조세특례제한법
제11절 그 밖의 직접국세 특례39조 · 2027-10-30 시험일 기준
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법령조세특례제한법제2장 직접국세

제11절 그 밖의 직접국세 특례

2027-10-30 시험일 기준 39조 지난 시험 이후 개정 3조
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삭제 <2019.12.31>

② 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

삭제 <2000.12.29>

삭제 <2007.12.31>

① 2009년 12월 31일까지 받는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지원금에 대해서는 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니한다.

1. 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」에 따른 어업자등(이하 이 조에서 "어업자등"이라 한다)이 같은 법 제4조제1항에 따라 받는 지원금

2. 어선원이 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제5조제1항에 따라 받는 실업지원금

② 어업자등이 「어업협정체결에 따른 어업인 등의 지원 및 수산업발전특별법」 제4조제3항에 따라 2009년 12월 31일까지 보조받는 어선ㆍ어구(漁具)의 개조 비용 및 출어 비용(이하 이 항에서 "어업보조금"이라 한다)은 해당 어업자등의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하며, 그 어업보조금을 지출하거나 어업보조금으로 취득한 사업용 자산에 대하여 감가상각을 할 때에 이를 손금에 산입하지 아니한다.

② 제1항에 따라 손실보전준비금을 손금으로 계상한 법인은 손실이 발생할 때에는 그 손실은 이미 손금으로 계상한 손실보전준비금과 먼저 상계하여야 한다.

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 손실보전준비금으로서 그 준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 제2항에 따라 상계하고 남은 준비금의 잔액은 5년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

④ 자본확충목적회사에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 손실보전준비금 전액을 익금에 산입한다.

1. 해당 사업을 폐업하였을 때

2. 법인이 해산하였을 때

⑤ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 손실보전준비금에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항에 따라 계산한 금액이 간이지급명세서 제출자별로 연 1만원 미만인 때에는 이를 1만원으로 하고, 연 300만원(「세무사법」에 따른 세무법인 또는 「공인회계사법」에 따른 회계법인인 경우에는 600만원)을 초과하는 때에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 한다.

삭제 <2011.12.31>

④ 정비사업조합이 관리처분계획에 따라 해당 정비사업의 시행으로 조성된 토지 및 건축물의 소유권을 타인에게 모두 이전한 경우로서 그 정비사업조합이 납부할 국세 또는 강제징수비를 납부하지 아니하고 그 남은 재산을 분배하거나 인도한 경우에는 그 정비사업조합에 대하여 강제징수를 하여도 징수할 금액이 부족한 경우에만 그 남은 재산의 분배 또는 인도를 받은 자가 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 이 경우 해당 제2차 납세의무는 그 남은 재산을 분배 또는 인도받은 가액을 한도로 한다. <개정 2020.12.29>

③ 「세무사법」에 따른 세무사(「세무사법」에 따른 세무사등록부 또는 세무대리업무등록부에 등록한 공인회계사 및 변호사, 같은 법에 따른 세무법인 및 「공인회계사법」에 따른 회계법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 납세자를 대리하여 전자신고의 방법으로 직전 과세연도 동안 소득세, 양도소득세 또는 법인세를 신고를 한 경우에는 해당 세무사의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세의 납부세액에서 제1항에 따른 금액을 공제하고, 직전 과세기간 동안 부가가치세를 신고한 경우에는 해당 세무사의 부가가치세 납부세액에서 제2항에 따른 금액을 공제한다. <개정 2011.12.31, 2017.12.19, 2019.12.31, 2020.6.9, 2020.12.29, 2021.11.23>

④ 제3항에 따라 세무사가 공제받을 수 있는 연간 공제 한도액(해당 세무사가 소득세 또는 법인세의 납부세액에서 공제받을 금액 및 부가가치세에서 공제받을 금액을 합한 금액)은 3백만원(「세무사법」에 따른 세무법인 또는 「공인회계사법」에 따른 회계법인인 경우에는 750만원)으로 한다. <신설 2019.12.31>

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 참가준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. <개정 2012.1.26>

1. 2012년 12월 31일까지 「여수세계박람회 지원 및 사후활용에 관한 특별법」제2조제6호에 따른 박람회장 조성사업구역에 설치할 사업용 고정자산을 취득하기 위하여 지출한 금액에 해당하는 참가준비금은 2012년 12월 31일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 참가준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 사업연도의 개월 수를 곱하여 계산한 금액을 익금에 산입한다.

2. 제1항에 따라 손금에 산입한 참가준비금이 제2항에 따라 상계한 금액과 제1호에 따라 익금에 산입할 금액의 합계액을 초과하는 때에는 2012년 12월 31일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 초과액을 익금에 산입한다. 다만, 참가준비금을 손금에 산입한 후 사업계획이 변경되어 박람회 참가 용도에 사용하지 아니하게 된 금액은 2012년 12월 31일이 속하는 사업연도가 도래하기 전에 익금에 산입할 수 있다.

④ 제1항에 따라 참가준비금을 손금에 산입한 내국법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 참가준비금 전액을 익금에 산입한다.

1. 박람회참가계약 또는 도급계약이 해지된 때

2. 해당 사업을 폐업한 때

3. 법인이 해산한 때. 다만, 합병으로 인하여 해산한 경우 합병으로 설립된 법인 또는 합병 후 존속하는 법인에 해당 참가준비금계정의 금액을 인계한 경우는 제외한다.

⑥ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 참가준비금에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서에 제출하여야 한다.

⑤ 과세표준계산특례 적용을 받기 전에 발생한 이월결손금은 제1항 각 호의 금액 계산 시 공제하지 아니한다.

⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간 동안 제1항에 따른 요건을 2개 사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 해당 과세표준계산특례적용기간의 남은 기간과 다음 5개 사업연도 기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다.

⑨ 운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 「법인세법」을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

① 낮은 신용도 또는 경제력의 부족 등의 사유로 금융회사 등으로부터 여신 거래에 제한을 받고 있는 자에 대한 부실채권의 매입과 금리ㆍ만기 등의 재조정, 고금리 금융비용을 경감하기 위한 지급보증 등의 사업을 수행하는 법인으로서 재정경제부장관이 지정하여 고시한 법인(이하 이 조에서 "신용회복목적회사"라 한다)이 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 각 사업연도에 손실보전준비금을 손금으로 계상하였을 때에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 금액을 손금에 산입한다. <개정 2013.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31, 2025.10.1>

② 제1항에 따라 손실보전준비금을 손금에 산입한 법인은 손실이 발생하였을 때에는 그 손실을 이미 손금으로 산입한 손실보전준비금과 먼저 상계하여야 한다.

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 손실보전준비금으로서 그 준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 15년이 되는 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 제2항에 따라 상계하고 남은 준비금의 잔액은 15년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. <개정 2014.12.23, 2018.12.24>

④ 신용회복목적회사에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 손실보전준비금 전액을 익금에 산입한다.

1. 해당 사업을 폐업한 때

2. 법인이 해산한 때

⑤ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 손실보전준비금에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

② 개별단체가 제1항에 따라 종합부동산세를 신고하는 경우 향교재단 등은 대상주택 또는 대상토지의 공시가격을 한도로 그 개별단체와 연대하여 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

③ 개별단체가 제1항에 따라 종합부동산세를 신고하는 경우 향교재단 등은 대상주택 또는 대상토지를 소유하지 아니한 것으로 보아 종합부동산세를 신고하여야 한다.

④ 제1항에 따른 종합부동산세액의 계산 및 신고ㆍ납부 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

① 제조업을 경영하는 중소기업 및 중견기업이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2020년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 각 과세연도에 지출한 물류비용 중 제3자물류비용이 직전 과세연도에 지출한 제3자물류비용을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 5)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15, 2018.12.24, 2020.12.29>

1. 각 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 각 과세연도에 지출한 물류비용의 100분의 30 이상일 것

2. 해당 과세연도에 지출한 물류비용 중 제3자물류비용이 차지하는 비율이 직전 과세연도보다 낮아지지 아니할 것

② 직전 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 직전 과세연도에 지출한 물류비용의 100분의 30 미만이거나 없는 경우로서 해당 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 해당 과세연도에 지출한 물류비용의 100분의 30을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 5)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다. <개정 2011.12.31, 2014.12.23>

③ 제1항 및 제2항을 적용받으려는 중소기업 및 중견기업은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. <개정 2011.12.31, 2018.12.24>

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지를 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2025.12.23>

② 제1항을 적용받으려는 금융기관은 해당 과세연도의 법인세 과세표준신고와 함께 재정경제부령으로 정하는 휴면예금출연명세서를 제출하여야 한다. <개정 2025.10.1>

삭제 <2020.12.29>

② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 이주택지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 다음 각 호의 서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 해당 사업을 위하여 제공된 주거용 건축물에서 2년 이상 거주하였음을 확인할 수 있는 서류

2. 사업시행자와 체결한 이주택지의 분양계약서 사본

③ 법률 제9706호 한국토지주택공사법 부칙 제7조에 따른 합병으로 설립된 한국토지주택공사는 같은 조에 따라 해산된 대한주택공사 및 한국토지공사의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액을 「법인세법」 제49조에도 불구하고 승계한다. <신설 2010.5.14, 2020.6.9>

② 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

② 제1항에 따라 시공자등이 채권을 포기함에 따라 조합등이 얻는 이익에 대해서는 「상속세 및 증여세법」에 따른 증여 또는 「법인세법」에 따른 익금으로 보지 아니한다.

④ 고배당기업은 매년 사업연도 결산이 종료된 후 정기주주총회에서 이익배당을 결의한 날의 다음 날까지 해당 기업이 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추었음을 공시하여야 한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지를 적용할 때 고배당기업의 배당성향 및 이익배당 증가율 계산방법, 고배당기업 공시방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

② 2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 조직위원회로부터 대회에 참가하거나 그 운영에 관련된 활동을 수행하는 자로 인정받은 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비거주자가 2018년 12월 31일까지 대회 참가 및 대회 운영과 관련하여 얻은 소득에 대해서는 소득세를 부과하지 아니한다. <개정 2016.5.29>

1. 제1항에 따른 외국법인의 위원 또는 임직원

2. 경기의 선수ㆍ감독ㆍ코치ㆍ심판 또는 운영요원

3. 행사 공연자 등 대회에 참가하거나 운영에 관련된 활동을 수행하는 자

⑥ 제5항에 따른 매입세액 공제대상, 공제방법, 신청절차와 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2017.9.12>

② 제1항에 따른 매입세액 공제대상, 공제방법 및 신청절차에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 운송비용의 계산 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

④ 제3항 본문에 따라 최초로 이월된 사업연도 이후 사업연도의 배당금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 이월결손금과 해당 사업연도로 이월된 금액을 순서대로 뺀 금액(해당 금액이 0보다 작은 경우에는 0으로 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액을 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있다. 다만, 내국법인이 이월된 사업연도에 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당하지 아니하는 경우에는 그 이월된 금액을 공제하지 아니한다. <신설 2024.12.31>

⑤ 제3항 본문 및 제4항 본문에 따라 이월된 금액(이하 이 조에서 "이월공제배당금액"이라 한다)을 해당 사업연도의 소득금액에서 공제하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따라 공제한다. <신설 2022.12.31, 2024.12.31>

1. 이월공제배당금액을 해당 사업연도의 배당금액보다 먼저 공제할 것

2. 이월공제배당금액이 둘 이상인 경우에는 먼저 발생한 이월공제배당금액부터 공제할 것

⑥ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득공제신청을 하여야 한다. <개정 2022.12.31, 2024.12.31>

② 제1항에 따른 세액공제의 적용, 신청방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

② 제1항에 따른 대손충당금의 손금산입 한도는 해당 사업연도 종료일 현재 대여금등의 채권잔액에서 해외건설자회사의 순자산 장부가액(차입금 등을 제외한 순자산 장부가액을 말하며, 0보다 작은 경우에는 0으로 한다)을 뺀 금액에 제3항에 따른 손금산입률을 곱한 금액으로 한다.

③ 제2항에 따른 손금산입 한도를 계산할 때 2024년 1월 1일이 속하는 사업연도의 손금산입률은 100분의 10으로 하고, 이후 사업연도의 손금산입률은 100분의 100을 한도로 매년 직전 사업연도의 손금산입률에서 100분의 10만큼 가산한 율로 한다.

⑤ 출자전환차액상당액의 손금산입 한도는 출자전환차액상당액에서 해당 사업연도 종료일 현재 해외건설자회사의 순자산 장부가액(0보다 작은 경우에는 0으로 한다. 이하 이 조에서 같다)을 뺀 금액에 100분의 10을 곱한 금액으로 한다. 이 경우 출자전환차액상당액을 손금에 산입할 수 있는 기간은 해당 금액을 최초로 손금에 산입한 사업연도와 그 다음 9개 사업연도의 기간으로 한정한다. <신설 2025.3.14>

⑥ 제1항에 따라 대손충당금을 손금에 산입한 내국법인은 해당 대여금등의 대손금이 발생한 경우 그 대손금을 제1항에 따라 손금에 산입한 대손충당금과 먼저 상계하고, 상계하고 남은 대손충당금의 금액은 다음 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. <개정 2025.3.14>

⑧ 대여금등 및 출자전환차액상당액의 손금산입 특례 신청절차, 제출서류, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2025.3.14>

② 제1항을 적용받은 거주자는 해당 건설기계의 양도일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 5개 과세기간 동안 다른 건설기계의 양도차익상당액에 대해서는 제1항을 적용받을 수 없다.

④ 제1항부터 제3항까지를 적용할 때 건설기계 양도차익명세서, 건설기계 취득명세서 및 총수입금액 분할산입 조정명세서의 제출, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

② 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

③ 이스포츠대회운영비용의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.