제46조의3(해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례)

①법 제104조의10제1항 각 호 외의 부분에서 "「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 기업으로서 해당 기업이 용선(다른 해운기업이 재정경제부령으로 정하는 공동운항에 투입한 선박을 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 선박의 연간운항순톤수(선박의 순톤수에 연간운항일수와 사용률을 곱하여 계산한 톤수를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 합계가 해당 기업이 소유한 선박 등 재정경제부령으로 정하는 기준선박(이하 이 조에서 "기준선박"이라 한다)의 연간운항순톤수의 합계의 5배를 초과하지 아니하는 기업을 말한다. <개정 2006.2.9, 2007.11.30, 2008.2.29, 2009.2.4, 2009.6.19, 2010.2.18, 2016.2.5, 2025.2.28, 2025.12.30>

1. 「해운법」 제3조에 따른 외항정기여객운송사업 또는 외항부정기여객운송사업

2. 「해운법」 제23조에 따른 외항정기화물운송사업 또는 외항부정기화물운송사업. 다만, 수산물운송사업을 제외한다.

3. 「크루즈산업의 육성 및 지원에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 국제순항 크루즈선 운항사업

②법 제104조의10제1항제1호에서 "외항운송 활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득"이란 제1호 또는 제2호에 해당하는 활동으로 발생한 소득과 제3호에 해당하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)을 말한다. <개정 2008.2.29, 2009.2.4, 2010.2.18, 2012.2.2, 2014.2.21, 2021.2.17, 2023.2.28, 2025.12.30>

1. 외항해상운송활동(외항해상운송에 사용하기 위한 「해운법」 제2조제4호에 따른 용대선(傭貸船)을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 외항해상운송활동과 연계된 활동으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 활동

가. 화물의 유치ㆍ선적ㆍ하역ㆍ유지 및 관리와 관련된 활동

나. 외항해상운송활동을 위하여 필요한 시설의 임대차와 관련된 활동으로서 재정경제부령이 정하는 활동

다. 직원의 모집ㆍ교육 및 훈련과 관련된 활동

라. 선박의 취득ㆍ유지ㆍ관리 및 폐기와 관련된 활동

마. 선박의 매각과 관련된 활동. 다만, 법 제104조의10제1항에 따른 해운기업의 과세표준계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라고 한다)의 적용 이전부터 소유하고 있던 선박을 매각하는 경우에는 1)의 계산식에 따라 계산한 금액(이하 이 목에서 "특례적용전 기간분"이라 한다)은 비해운소득으로 하되, 그 매각대금으로 해당 선박의 매각일이 속하는 사업연도의 종료일까지 새로운 선박을 취득하는 경우에는 2)의 계산식에 따라 계산한 금액에 상당하는 금액은 해운소득으로 한다. 1) <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=22000293" alt="img22000293" > ┌──────────────────────────────────┐ │ 해당 선박의 매각 손익 × 해당 선박의 과세표준계산특례가 │ │ 적용되기 전의 기간 │ │ ────────────────── │ │ 해당 선박의 총 소유기간 │ └──────────────────────────────────┘ </img> 2) <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=23970132" alt="img23970132" > ┌─────────────────────────────────┐ │ 특례적용전 기간분 × 새로운 선박의 취득에 사용된 × 80 │ │ 매각대금 │ │ ──────────────── ────│ │ 해당 선박의 매각대금 100 │ └─────────────────────────────────┘ </img>

바. 단일운송계약에 의한 재정경제부령이 정하는 복합운송활동

사. 가목 내지 바목과 유사한 활동으로 재정경제부령이 정하는 활동

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

가. 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 「소득세법」 제16조의 이자소득, 동법 제17조제1항제5호의 투자신탁수익의 분배금(이하 이 조에서 "이자소득등"이라 한다) 및 지급이자. 다만, 기업회계기준에 따른 유동자산에서 발생하는 이자소득등을 포함하되, 기업회계기준에 따른 비유동자산 중 투자자산에서 발생하는 이자소득등과 그 밖에 재정경제부령이 정하는 이자소득등은 제외한다.

나. 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 기업회계기준에 따른 화폐성 외화자산ㆍ부채를 평가함에 따라 발생하는 원화평가금액과 원화기장액의 차익 또는 차손

다. 외항해상운송활동과 관련하여 상환받거나 상환하는 외화채권ㆍ채무의 원화금액과 원화기장액의 차익 또는 차손

라. 외항해상운송활동과 관련하여 발생하는 차입금에 대한 이자율 변동, 통화의 환율 변동, 운임의 변동, 선박 연료유 등 해운관련 주요 원자재 가격변동의 위험을 회피하기 위하여 체결한 기업회계기준에 의한 파생상품거래로 인한 손익

③ 제1항 및 법 제104조의10제1항제1호에서 "선박", "순톤수", "운항일수" 또는 "사용률"은 다음 각 호에 따른다. <신설 2009.2.4, 2022.2.15>

1. 선박: 과세표준계산특례를 적용받는 기업(이하 이 조에서 "특례적용기업"이라 한다)이 소유하거나 용선한 선박

2. 순톤수: 「선박법」 제3조제1항제3호에 따른 순톤수

3. 운항일수: 다음 각 목의 어느 하나의 기간에 속하는 일수. 다만, 정비ㆍ개량ㆍ보수 그 밖의 불가피한 사유로 30일 이상 연속하여 선박을 운항하지 아니한 경우 그 기간은 제외한다.

가. 특례적용기업이 소유한 선박의 경우에는 소유기간

나. 특례적용기업이 용선한 선박의 경우에는 용선기간

4. 사용률 : 다음 각 목의 어느 하나의 비율

가. 특례적용기업이 선박을 소유하거나 선박 전체를 용선한 경우: 100퍼센트

나. 특례적용기업이 선박의 일부를 용선한 경우: 해당 선박의 최대 적재량에서 특례적용기업이 해당 선박에 적재한 물량이 차지하는 비율. 다만, 특례적용기업이 컨테이너 수량을 기준으로 용선을 한 경우에는 해당 선박에 적재할 수 있는 최대 컨테이너 수(선박 건조 시 설계서에 명시된 적재능력의 100분의 75에 해당하는 컨테이너 수를 말한다)에서 특례적용기업이 해당 선박에 적재한 컨테이너 수가 차지하는 비율로 한다.

다. 삭제 <2022.2.15>

④법 제104조의10제8항에서 "1톤당 1운항일이익"은 다음과 같다. <신설 2009.2.4, 2025.2.28> <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=149420003" alt="img149420003" > ┌───────────────┬──────────┐ │개별선박의 순톤수 │1톤당 1운항일이익 │ │ ├────┬─────┤ │ │기준선박│기준선박 │ │ │ │외의 선박 │ ├───────────────┼────┼─────┤ │1,000톤 이하분 │14원 │18.2원 │ ├───────────────┼────┼─────┤ │1,000톤 초과 10,000톤 이하분 │11원 │14.3원 │ ├───────────────┼────┼─────┤ │10,000톤 초과 25,000톤 이하분 │7원 │9.1원 │ ├───────────────┼────┼─────┤ │25,000톤 초과분 │4원 │5.2원 │ └───────────────┴────┴─────┘ </img>

⑤ 과세표준계산특례를 적용받으려는 법인은 과세표준계산특례를 적용받으려는 최초 사업연도의 과세표준 신고기한까지 재정경제부령으로 정하는 해운기업의 법인세과세표준계산특례 적용신청서에 제1항에 따른 요건의 충족여부에 대한 해양수산부장관의 확인서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2009.2.4, 2013.3.23, 2025.12.30>

⑥ 특례적용기업은 법 제104조의10제2항 본문에 따른 과세표준계산특례적용기간(이하 이 조에서 "특례적용기간"이라 한다)에 속하는 사업연도(제5항에 따라 제출된 해양수산부장관의 확인서에 의하여 요건의 충족을 확인할 수 있는 사업연도는 제외한다)의 과세표준을 신고하는 때에 재정경제부령으로 정하는 해운기업의 법인세과세표준계산특례 요건명세서에 제1항에 따른 요건의 충족여부에 대한 해양수산부장관의 확인서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2009.2.4, 2009.6.19, 2013.3.23, 2025.12.30>

⑦ 특례적용기업이 법 제104조의10제2항 단서에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기하려는 때에는 과세표준계산특례를 적용받지 아니하려는 최초 사업연도의 과세표준신고기한까지 재정경제부령으로 정하는 해운기업의 법인세 과세표준계산특례 포기신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2009.6.19, 2025.12.30>

⑧ 특례적용기업은 특례적용기간이 종료되거나 제1항에 따른 요건을 위반하거나 법 제104조의10제2항 단서에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기함으로써 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 「법인세법」을 적용받게 되는 경우에는 특례적용기간에도 계속하여 「법인세법」을 적용받은 것으로 보고 각 사업연도의 소득을 계산한다. 다만, 다음 각 호의 「법인세법」 규정을 적용하는 때에는 각각 해당 호의 계산방법에 따른다. <신설 2009.2.4, 2009.6.19, 2019.2.12, 2025.12.30>

1. 「법인세법」 제19조의2를 적용할 때에는 같은 조 제1항의 대손금으로서 같은 법 시행령 제19조의2제1항 각 호의 채권을 회수할 수 없는 사유가 특례적용기간에 발생한 경우에는 같은 조 제3항에도 불구하고 해당 사유가 발생한 사업연도에 손금에 산입한 것으로 본다.

2. 「법인세법」 제23조를 적용할 때 같은 조 제1항의 상각범위액은 같은 법 시행령 제30조를 준용하여 계산한다. 이 경우 특례적용기간에 「법인세법 시행령」 제26조제1항 각 호의 구분을 달리하는 감가상각자산이나 같은 법 시행령 제28조제1항제2호의 자산별ㆍ업종별 구분에 따른 기준내용연수가 다른 감가상각자산을 새로 취득한 경우에는 같은 법 시행령 제26조제3항 및 제28조제3항에도 불구하고 해당 자산에 관한 감가상각방법신고서 또는 내용연수신고서를 「법인세법」을 적용받게 된 최초 사업연도의 법인세 과세표준신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)할 수 있다.

3. 「법인세법」 제33조를 적용할 때 특례적용기간에는 같은 법 시행령 제60조제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 계산한 각 사업연도의 퇴직급여충당금의 손금산입 한도액에 해당하는 금액을 해당 사업연도에 퇴직급여충당금으로서 손금에 산입한 것으로 보고 같은 조 제2항의 퇴직급여충당금의 누적액을 계산한다.

4. 「법인세법」 제13조ㆍ제34조 및 이 법 제144조를 적용할 때에는 다음 각 목에 따른다. 다만, 해당 법인이 「법인세법」을 적용받게 된 최초 사업연도의 과세표준신고기한까지 특례적용기간에 관하여 「법인세법」 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서 등 재정경제부령으로 정하는 서류를 작성하여 같은 조 제1항에 따른 신고와 함께 납세지 관할세무서장에게 제출하는 경우에는 특례적용기간에도 계속하여 「법인세법」을 적용받은 것으로 보고 같은 법 제13조ㆍ제34조 및 이 법 제144조를 적용한다.

가. 「법인세법」 제13조를 적용할 때에는 같은 조 제1항제1호에도 불구하고 특례적용기간의 종료일 현재의 같은 법 시행령 제16조제1항에 따른 이월결손금의 잔액은 없는 것으로 본다.

나. 「법인세법」 제34조를 적용할 때에는 같은 조 제3항에도 불구하고 과세표준계산특례를 적용받기 직전 사업연도 종료일 현재의 대손충당금 잔액은 「법인세법」을 적용받게 된 최초 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

다. 이 법 제144조를 적용할 때에는 같은 조 제1항에도 불구하고 같은 항에 따라 이월된 특례적용기간의 종료일 현재의 미공제금액은 없는 것으로 본다.

⑨ 특례적용기업은 해운소득과 비해운소득을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 하고, 해운소득과 비해운소득에 공통되는 익금과 손금은 재정경제부령으로 정하는 방법에 따라 안분하여 계산한다. <신설 2009.2.4, 2009.6.19, 2025.12.30>

⑩ 과세표준계산특례를 적용받으려는 법인 또는 특례적용기업은 제5항 또는 제6항에 따른 해양수산부장관의 확인서를 받으려는 경우에는 선박 보유 현황 및 기준선박 투자계획서를 해양수산부장관에게 제출해야 한다. <신설 2025.2.28>