제44조(자유무역지역에서 생산한 물품에 대한 관세등의 부과기준)
① 제29조제5항제1호의 경우 그 반출되는 물품은 외국으로부터 우리나라에 도착된 외국물품으로 보아 관세등을 부과한다. 이 경우 제29조제1항제2호에 따른 반입신고를 하지 아니한 내국물품을 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장의 승인을 받아 원재료로 사용하였을 때에는 반출되는 물품 중 원재료로 사용된 외국물품의 수량 또는 가격에 상응하는 것을 과세표준으로 한다. <개정 2021.12.28, 2026.5.26>
② 제29조제5항제1호의 경우 제29조의2에 따른 사용ㆍ소비 신고 전에 미리 세관장에게 해당 물품의 원재료인 외국물품등에 대한 과세의 적용을 신청한 경우에는 같은 조에 따른 사용ㆍ소비 신고를 할 때의 그 원재료의 성질 및 수량에 따라 관세를 부과한다. <신설 2026.5.26>
제45조(관세등의 면제 또는 환급 등)
① 입주기업체가 제29조제1항제2호에 따라 반입신고를 한 내국물품에 대하여는 「주세법」 제20조제1항제1호, 「개별소비세법」 제15조제1항제1호 또는 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」 제13조제1항제1호에 따라 수출하거나 「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」 제4조제1호 또는 제3호에 따라 수출 또는 공급하는 것으로 보아 관세등을 면제하거나 환급한다. <개정 2016.1.27, 2026.5.26>
② 입주기업체가 제29조제1항제2호ㆍ제3호에 따라 반입신고를 한 내국물품에 대해서는 「부가가치세법」 제21조제1항에 따라 수출에 해당하는 것으로 보아 부가가치세의 영세율(零稅律)을 적용한다. <개정 2016.1.27>
③ 자유무역지역에서 입주기업체 간에 공급하거나 제공하는 외국물품등과 용역에 대하여는 부가가치세의 영세율을 적용한다.
제47조(법인세 등 조세감면) 외국인투자기업인 입주기업체에 대하여는 「조세특례제한법」에서 정하는 바에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록면허세, 재산세, 종합토지세 등의 조세를 감면할 수 있다.
제48조(교통유발부담금의 면제) 입주기업체의 공장등에 대하여는 「도시교통정비 촉진법」 제36조에 따른 교통유발부담금을 면제한다.
제48조의2(「출입국관리법」에 관한 특례) 법무부장관은 「출입국관리법」 제8조 및 제10조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 업종에 속한 입주기업체에 근무하는 외국인에 대한 사증발급의 절차와 1회에 부여할 수 있는 체류자격별 체류기간 상한을 산업통상부장관과 협의하여 달리 정할 수 있다.
제49조(입주기업체의 기술개발활동 지원 등)
① 국가나 지방자치단체는 자유무역지역에 있는 입주기업체의 기술개발활동 및 인력양성 또는 디지털전환을 촉진하기 위하여 필요한 자금을 지원할 수 있다. <개정 2026.5.26>
② 국가나 지방자치단체는 자유무역지역에 있는 입주기업체의 사업을 지원하기 위하여 입주기업체에 임대하는 공장등의 유지ㆍ보수와 의료시설ㆍ교육시설ㆍ주택 등 각종 기반시설의 확충에 노력하여야 하며, 그에 필요한 자금을 지원할 수 있다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 지원기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제49조의2(자유무역지역 경쟁력강화사업 추진계획의 수립 등)
① 관리권자는 자유무역지역 입주기업체의 경쟁력 강화를 위한 경쟁력강화사업 추진계획(이하 "추진계획"이라 한다)을 수립ㆍ시행하여야 한다.
② 추진계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 해당 자유무역지역의 경쟁력 현황
2. 기업, 연구소, 대학 등의 연구개발 역량 강화 및 상호연계에 관한 사항
3. 입주기업체에 대한 인센티브 강화에 관한 사항
4. 자유무역지역 경쟁력강화사업 추진체계 및 재원조달 방안
5. 그 밖에 자유무역지역 경쟁력 강화를 위하여 필요한 사항
③ 국가와 지방자치단체는 추진계획을 효과적으로 시행하기 위하여 필요한 재원을 확보하도록 노력하여야 한다.
④ 관리권자는 추진계획을 수립하거나 변경하려는 경우에는 시ㆍ도지사의 의견을 듣고 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑤ 관리권자는 자유무역지역 경쟁력강화사업의 효율적인 추진을 위하여 「산업기술혁신 촉진법」 제11조제4항에 따른 전담기관에 사업을 위탁할 수 있다. 이 경우 관리권자는 예산의 범위에서 그 위탁업무의 원활한 수행을 위하여 필요한 경비를 전담기관에 출연 또는 보조할 수 있다.
⑥ 제5항에 따라 사업을 위탁받은 전담기관은 효율적이고 체계적인 사업 추진을 위하여 산업통상부령으로 정하는 해당 분야 전문기관 또는 「민법」 제32조에 따라 설립된 비영리법인에 사업의 일부를 대행하게 할 수 있다. <개정 2025.10.1>
제49조의3(자유무역지역의 친환경ㆍ첨단화 지원 등)
① 관리권자는 신에너지 및 재생에너지의 이용ㆍ보급을 촉진하기 위하여 입주기업체등에 「재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」 제2조제2호에 따른 재생에너지의 이용과 같은 법 제2조제3호에 따른 재생에너지 설비의 설치 및 「수소경제 육성 및 수소 안전관리에 관한 법률」 제2조제6호 및 제11호에 따른 연료전지등에 활용되는 에너지 및 수소에너지의 이용과 같은 법 제2조제6호 및 제12호에 따른 연료전지등 및 수소에너지 설비의 설치를 권고할 수 있다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관은 자유무역지역의 입주기업체가 필요로 하는 자금을 원활하게 조달할 수 있도록 우선적으로 신용보증을 할 수 있다.
1. 「신용보증기금법」에 따른 신용보증기금
2. 「기술보증기금법」에 따른 기술보증기금
3. 「지역신용보증재단법」 제9조에 따라 설립된 신용보증재단
제49조의4(고용보조금 등의 지급)
① 지방자치단체는 자유무역지역에 대한 투자를 촉진하기 위하여 필요한 경우에는 조례로 정하는 바에 따라 자유무역지역에 투자하는 기업에 대하여 고용보조금 및 교육훈련보조금 등을 지급할 수 있다.
② 지방자치단체는 자유무역지역에 있거나 자유무역지역으로 이전하는 기업에 대하여 조례로 정하는 바에 따라 보조금의 지급 등 필요한 지원을 할 수 있다.
③ 지방자치단체는 자유무역지역의 입주기업체등에 대하여 「지방세특례제한법」 및 조례로 정하는 바에 따라 지방세를 감면할 수 있다.