제44조(회계) 금융감독원의 회계연도는 정부의 회계연도에 따른다.
제45조(예산과 결산)
① 금융감독원의 예산과 결산은 금융위원회의 승인을 받아야 한다. <개정 2018.2.21>
② 금융감독원은 회계연도 개시 90일 전까지 금융위원회에 예산서를 제출하여야 한다. <개정 2018.2.21>
③ 금융감독원은 회계연도 종료 후 2개월 이내에 외부 감사를 받은 해당 연도의 결산서(재무제표와 그 부속명세서 및 「공인회계사법」 제23조에 따른 회계법인의 감사보고서를 포함한다)를 금융위원회에 제출하여야 한다. <개정 2018.2.21>
④ 금융감독원은 제1항에 따라 금융위원회의 승인을 받은 예산서 및 결산서를 국회 소관 상임위원회에 지체 없이 보고하여야 한다. <신설 2018.2.21>
제47조(분담금)
① 금융감독원의 검사를 받는 제38조 각 호의 기관은 분담금을 금융감독원에 납부하여야 한다.
② 제1항에 따른 분담금에 관련된 사항을 심의하기 위하여 금융위원회에 분담금 관리위원회를 설치한다. <신설 2018.2.21>
③ 제1항에 따른 분담금의 분담요율 및 한도와 그 밖에 분담금의 납부에 필요한 사항 및 제2항에 따른 분담금 관리위원회의 구성 및 운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2018.2.21>
제48조(차입) 금융감독원은 필요한 경우에는 금융위원회의 승인을 받아 금융기관으로부터 자금을 차입할 수 있다.
제49조(국유재산의 무상 대부 등) 정부는 금융감독원에 대하여 국유재산을 무상으로 사용하게 하거나 대부(貸付)할 수 있다.
제50조(잉여금의 처리) 금융감독원의 결산상 잉여금은 금융위원회의 승인을 받아 다음 회계연도에 이월(移越)할 수 있다.