제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

법 제39조제1항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 법 제46조제1항에 따른 신용카드매출전표등의 수령명세서(정보처리시스템으로 처리된 전산매체를 포함하며, 이하 "신용카드매출전표등 수령명세서"라 한다)를 「국세기본법 시행령」 제25조제1항에 따라 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 「국세기본법 시행령」 제25조의3에 따라 경정청구서와 함께 제출하여 제102조에 따른 경정기관이 경정하는 경우

3. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 「국세기본법 시행령」 제25조의4에 따른 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할 세무서장이 결정하는 경우

4. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표의 거래처별 등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우

5. 법 제57조에 따른 경정을 하는 경우 사업자가 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서 또는 법 제46조제3항에 따라 발급받은 신용카드매출전표등을 제102조에 따른 경정기관의 확인을 거쳐 해당 경정기관에 제출하는 경우

법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2016.2.17, 2019.2.12, 2021.2.17, 2022.2.15, 2023.2.28>

1. 제11조제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

4. 법 제32조제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5. 법 제32조제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

6. 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 법 제51조제1항에 따라 총괄하여 납부하거나 사업자 단위 과세 사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 그 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사업자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고하고 납부한 경우

7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 「국세기본법 시행령」 제25조제1항에 따른 과세표준수정신고서와 같은 영 제25조의3에 따른 경정 청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우

나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)이 결정 또는 경정하는 경우

8. 재화 또는 용역의 공급시기 전에 세금계산서를 발급받았더라도 재화 또는 용역의 공급시기가 그 세금계산서의 발급일부터 6개월 이내에 도래하고 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장등이 결정 또는 경정하는 경우

9. 다음 각 목의 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우

가. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 발급받은 경우

나. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당하지 않음에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매로 하여 세금계산서를 발급받은 경우

다. 거래의 실질이 용역의 공급에 대한 주선ㆍ중개에 해당함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 용역의 공급에 대한 주선ㆍ중개가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 발급받은 경우

라. 거래의 실질이 용역의 공급에 대한 주선ㆍ중개에 해당하지 않음에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 용역의 공급에 대한 주선ㆍ중개로 하여 세금계산서를 발급받은 경우

마. 다른 사업자로부터 사업(용역을 공급하는 사업으로 한정한다. 이하 이 호에서 같다)을 위탁받아 수행하는 사업자가 위탁받은 사업의 수행에 필요한 비용을 사업을 위탁한 사업자로부터 지급받아 지출한 경우로서 해당 비용을 공급가액에 포함해야 함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 이를 공급가액에서 제외하여 세금계산서를 발급받은 경우

바. 다른 사업자로부터 사업을 위탁받아 수행하는 사업자가 위탁받은 사업의 수행에 필요한 비용을 사업을 위탁한 사업자로부터 지급받아 지출한 경우로서 해당 비용을 공급가액에서 제외해야 함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 이를 공급가액에 포함하여 세금계산서를 발급받은 경우

사. 법 제29조제5항제1호에 따라 같은 호에 따른 금액을 공급가액에 포함하지 않아야 함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 해당 금액을 같은 조 제6항에 따른 장려금이나 이와 유사한 금액으로 보고 이를 공급가액에 포함하여 세금계산서를 발급받은 경우

10. 삭제<2022.2.15>

11. 법 제3조제2항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 수탁자가 위탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우

12. 법 제3조제3항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 위탁자가 수탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우

법 제39조제1항제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 「소득세법 시행령」 제78조 또는 「법인세법 시행령」 제48조, 제49조제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

법 제39조제1항제5호에서 "운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종"이란 제19조 각 호에 따른 업종을 말한다.

법 제39조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 비용의 지출"이란 「소득세법」 제35조 및 「법인세법」 제25조에 따른 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용의 지출을 말한다. <개정 2023.2.28>

법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

① 사업자가 법 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물 <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=31073142" alt="img31073142" > ┌─────────────────────────────────────────────┐ │ 공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업 × (1- 5 × 경과된 ) │ │ 등과 관련하여 공제되지 아니한 ──── 과세기간의 수 │ │ 매입세액 100 │ └─────────────────────────────────────────────┘ </img>

2. 그 밖의 감가상각자산 <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=31073143" alt="img31073143" > ┌─────────────────────────────────────────────┐ │ 공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업 × (1- 25 × 경과된 ) │ │ 등과 관련하여 공제되지 아니한 ──── 과세기간의 수 │ │ 매입세액 100 │ └─────────────────────────────────────────────┘ </img>

② 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용하거나 소비하는 경우에 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 하되, 그 과세사업에 의한 과세공급가액이 총공급가액 중 5퍼센트 미만일 때에는 공제세액이 없는 것으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물 <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=22008244" alt="img22008244" > ┌───────────────────────────────────────────────────────┐ │ 공제되는 = 취득 당시 해당 × (1- × 경과된 ) × 과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 │ │ 세액 재화의 면세사업등과 5 과세기간의 속하는 과세기간의 과세공급가액 │ │ 관련하여 공제되지 ──── 수 ──────────────────│ │ 아니한 매입세액 100 과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 │ │ 속하는 과세기간의 총공급가액 │ └───────────────────────────────────────────────────────┘ </img>

2. 그 밖의 감가상각자산 <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=22008279" alt="img22008279" > ┌───────────────────────────────────────────────────────┐ │ 공제되는 = 취득 당시 해당 × (1- × 경과된 ) × 과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 │ │ 세액 재화의 면세사업등과 25 과세기간의 속하는 과세기간의 과세공급가액 │ │ 관련하여 공제되지 ──── 수 ──────────────────│ │ 아니한 매입세액 100 과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 │ │ 속하는 과세기간의 총공급가액 │ └───────────────────────────────────────────────────────┘ </img>

③ 제2항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 그 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 취득 시 면세사업등과 관련하여 매입세액이 공제되지 아니한 건물에 대하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액에 대한 과세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 과세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 과세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

④ 제3항에 따라 안분하여 계산한 매입세액을 공제한 경우에는 면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 사용 또는 소비로 과세사업과 면세사업등의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. <개정 2015.2.3>

1. 제3항제1호 및 제2호에 따라 공제매입세액을 안분하여 계산한 경우

가. 건물 또는 구축물 <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=22008495" alt="img22008495" > ┌──────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ 가산되거나 = 취득 당시 해당 × (1- × 경과된 ) × 과세사업과 면세사업 등의 - 이미 공제 │ │ 공제되는 재화의 면세사업등과 과세기간의 공급가액이 확정되는 한 │ │ 세액 관련하여 공제되지 5 수 과세기간의 과세공급가액 매입세액 │ │ 아니한 매입세액 ──── ─────────────── │ │ 100 과세사업과 면세사업 등의 │ │ 공급가액이 확정되는 │ │ 과세기간의 총공급가액 │ └──────────────────────────────────────────────────────────────┘ </img>

나. 그 밖의 감가상각자산 <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=22008611" alt="img22008611" > ┌──────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ 가산되거나 = 취득 당시 해당 × (1- × 경과된 ) × 과세사업과 면세사업 등의 - 이미 공제 │ │ 공제되는 재화의 면세사업등과 과세기간의 공급가액이 확정되는 한 │ │ 세액 관련하여 공제되지 25 수 과세기간의 과세공급가액 매입세액 │ │ 아니한 매입세액 ──── ─────────────── │ │ 100 과세사업과 면세사업 등의 │ │ 공급가액이 확정되는 │ │ 과세기간의 총공급가액 │ └──────────────────────────────────────────────────────────────┘ </img>

2. 제3항제3호에 따라 공제매입세액을 안분하여 계산한 경우 <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=22008697" alt="img22008697" > ┌──────────────────────────────────────────────────────────────┐ │ 가산되거나 = 취득 당시 해당 × (1- × 경과된 ) × 과세사업과 면세사업 등의 - 이미 공제 │ │ 공제되는 세 재화의 면세사업등과 과세기간의 사용면적이 확정되는 한 │ │ 액 관련하여 공제되지 5 수 과세기간의 과세사용면적 매입세액 │ │ 아니한 매입세액 ──── ─────────────── │ │ 100 과세사업과 면세사업 등의 │ │ 사용면적이 확정되는 │ │ 과세기간의 총사용면적 │ └──────────────────────────────────────────────────────────────┘ </img>

⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 재정경제부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. <개정 2025.12.30>

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 경과된 과세기간의 수를 계산할 때 과세기간 개시일 후에 감가상각자산을 취득하는 경우에는 그 과세기간 개시일에 그 재화를 취득한 것으로 본다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 매입세액이 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산하였을 때에는 그 재계산한 기간)에 적용되었던 비율 간의 차이가 5퍼센트 이상인 경우에는 제83조를 준용하여 매입세액을 재계산한다.

⑧ 제1항부터 제7항까지에서 규정한 사항 외에 면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액 공제 특례에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다. <개정 2025.12.30>

① 법 제50조의2제1항에서 "매출액에서 수출액이 차지하는 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 중소ㆍ중견사업자"란 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 중소ㆍ중견사업자(이하 이 조에서 "중소ㆍ중견사업자"라 한다)를 말한다. <개정 2017.2.7, 2020.2.11, 2021.2.17, 2024.2.29>

1. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 중소기업 또는 같은 영 제6조의4제1항에 따른 중견기업에 해당하는 법인(「조세특례제한법」 제6조제3항제2호에 따른 제조업을 주된 사업으로 경영하는 기업에 한정한다)일 것

2. 직전 사업연도에 법 제21조에 따라 영세율을 적용받은 재화의 공급가액의 합계액(이하 이 호에서 "수출액"이라 한다)이 다음 각 목에 해당할 것

가. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 중소기업인 경우: 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액에서 수출액이 차지하는 비율이 30퍼센트 이상이거나 수출액이 50억원 이상일 것

나. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제6조의4제1항에 따른 중견기업인 경우: 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액에서 수출액이 차지하는 비율이 30퍼센트 이상일 것

3. 제3항에 따른 확인 요청일 현재 다음 각 목의 요건에 모두 해당할 것

가. 최근 3년간 계속하여 사업을 경영하였을 것

나. 최근 2년간 국세(관세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 체납(납부고지서에 따른 납부기한의 다음 날부터 15일 이내에 체납된 국세를 모두 납부한 경우는 제외한다)한 사실이 없을 것

다. 최근 2년간 「조세범처벌법」 또는 「관세법」 위반으로 처벌받은 사실이 없을 것

라. 최근 2년간 법 제50조의2제3항에 따라 납부유예가 취소된 사실이 없을 것

② 법 제50조의2제1항에서 "원재료 등 대통령령으로 정하는 재화"란 중소ㆍ중견사업자가 자기의 과세사업에 사용하기 위한 재화를 말한다. 다만, 법 제39조제1항에 따라 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액과 관련된 재화는 제외한다. <개정 2017.2.7>

③ 중소ㆍ중견사업자는 다음 각 호의 신고기한의 만료일 중 늦은 날부터 3개월 이내에 관할 세무서장에게 제1항 각 호 요건의 충족 여부의 확인을 요청할 수 있다. <개정 2017.2.7, 2020.2.11>

1. 직전 사업연도에 대한 「법인세법」 제60조 또는 제76조의17에 따른 신고기한

2. 직전 사업연도에 대한 법 제49조에 따른 신고기한

④ 관할 세무서장은 중소ㆍ중견사업자가 제3항에 따른 확인을 요청한 경우에는 해당 중소ㆍ중견사업자가 제1항 각 호에 해당하는지 여부를 확인한 후 요청일부터 1개월 이내에 재정경제부령으로 정하는 확인서를 해당 중소ㆍ중견사업자에게 발급하여야 한다. <개정 2017.2.7, 2025.12.30>

⑤ 법 제50조의2제1항에 따라 부가가치세의 납부를 유예받으려는 중소ㆍ중견사업자는 제4항에 따라 발급받은 확인서를 첨부하여 재정경제부령으로 정하는 부가가치세 납부유예 적용 신청서를 관할 세관장에게 제출하여야 한다. <개정 2017.2.7, 2025.12.30>

⑥ 법 제50조의2제1항에 따른 납부유예는 「관세법」 제38조에 따른 납세신고를 할 때 납부하여야 하는 부가가치세에 한정하여 적용한다.

⑦ 제5항에 따라 신청을 받은 관할 세관장은 신청일부터 1개월 이내에 납부유예의 승인 여부를 결정하여 해당 중소ㆍ중견사업자에게 통지하여야 한다. <개정 2017.2.7>

⑧ 제7항에 따라 납부유예를 승인하는 경우 그 유예기간은 1년으로 한다.

⑨ 중소ㆍ중견사업자는 법 제48조제1항, 법 제49조제1항 또는 법 제59조제2항에 따른 신고를 할 때 해당 재화에 대하여 법 제38조제1항제2호에 따라 공제하는 매입세액과 납부가 유예된 세액을 정산하여 납부하여야 한다. <개정 2017.2.7>

⑩ 법 제50조의2제3항에서 "국세를 체납하는 등 대통령령으로 정하는 사유"란 해당 중소ㆍ중견사업자가 납부유예를 승인받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우를 말한다. <개정 2017.2.7>

1. 해당 중소ㆍ중견사업자가 국세를 체납한 경우

2. 해당 중소ㆍ중견사업자가 「조세범처벌법」 또는 「관세법」 위반으로 국세청장ㆍ지방국세청장ㆍ세무서장 또는 관세청장ㆍ세관장으로부터 고발된 경우

3. 제1항 각 호의 요건을 충족하지 아니한 중소ㆍ중견사업자에게 납부유예를 승인한 사실을 관할 세관장이 알게 된 경우

⑪ 국세청장, 지방국세청장, 세무서장은 해당 중소ㆍ중견사업자가 제10항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사실을 알게 되었을 때에는 지체 없이 그 사실을 관세청장에게 통보하여야 한다. <개정 2017.2.7>

⑫ 법 제50조의2제3항에 따른 납부유예 취소는 중소ㆍ중견사업자가 부가가치세 납부를 유예받고 수입한 재화에 대해서는 영향을 미치지 아니한다. <개정 2017.2.7>

⑬ 법 제50조의2제1항에 따라 납부가 유예된 후 세액을 정정하기 위한 수정신고 등에 관하여는 「관세법」에서 정하는 바에 따른다.