제45조(관세등의 면제 또는 환급 등)
① 입주기업체가 제29조제1항제2호에 따라 반입신고를 한 내국물품에 대하여는 「주세법」 제31조제1항제1호, 「개별소비세법」 제15조제1항제1호 또는 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」 제13조제1항제1호에 따라 수출하거나 「수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」 제4조제1호 또는 제3호에 따라 수출 또는 공급하는 것으로 보아 관세등을 면제하거나 환급한다. <개정 2016.1.27>
② 입주기업체가 제29조제1항제2호ㆍ제3호에 따라 반입신고를 한 내국물품에 대해서는 「부가가치세법」 제21조제1항에 따라 수출에 해당하는 것으로 보아 부가가치세의 영세율(零稅律)을 적용한다. <개정 2016.1.27>
③ 자유무역지역에서 입주기업체 간에 공급하거나 제공하는 외국물품등과 용역에 대하여는 부가가치세의 영세율을 적용한다.
제47조(법인세 등 조세감면) 외국인투자기업인 입주기업체에 대하여는 「조세특례제한법」에서 정하는 바에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록면허세, 재산세, 종합토지세 등의 조세를 감면할 수 있다.
제48조(교통유발부담금의 면제) 입주기업체의 공장등에 대하여는 「도시교통정비 촉진법」 제36조에 따른 교통유발부담금을 면제한다.
제49조(입주기업체의 기술개발활동 지원 등)
① 국가나 지방자치단체는 자유무역지역에 있는 입주기업체의 기술개발활동 및 인력양성을 촉진하기 위하여 필요한 자금을 지원할 수 있다.
② 국가나 지방자치단체는 자유무역지역에 있는 입주기업체의 사업을 지원하기 위하여 입주기업체에 임대하는 공장등의 유지ㆍ보수와 의료시설ㆍ교육시설ㆍ주택 등 각종 기반시설의 확충에 노력하여야 하며, 그에 필요한 자금을 지원할 수 있다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 지원기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제49조의2(자유무역지역 경쟁력강화사업 추진계획의 수립 등)
① 관리권자는 자유무역지역 입주기업체의 경쟁력 강화를 위한 경쟁력강화사업 추진계획(이하 "추진계획"이라 한다)을 수립ㆍ시행하여야 한다.
② 추진계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 해당 자유무역지역의 경쟁력 현황
2. 기업, 연구소, 대학 등의 연구개발 역량 강화 및 상호연계에 관한 사항
3. 입주기업체에 대한 인센티브 강화에 관한 사항
4. 자유무역지역 경쟁력강화사업 추진체계 및 재원조달 방안
5. 그 밖에 자유무역지역 경쟁력 강화를 위하여 필요한 사항
③ 국가와 지방자치단체는 추진계획을 효과적으로 시행하기 위하여 필요한 재원을 확보하도록 노력하여야 한다.
④ 관리권자는 추진계획을 수립하거나 변경하려는 경우에는 시ㆍ도지사의 의견을 듣고 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑤ 관리권자는 자유무역지역 경쟁력강화사업의 효율적인 추진을 위하여 「산업기술혁신 촉진법」 제11조제4항에 따른 전담기관에 사업을 위탁할 수 있다. 이 경우 관리권자는 예산의 범위에서 그 위탁업무의 원활한 수행을 위하여 필요한 경비를 전담기관에 출연 또는 보조할 수 있다.
⑥ 제5항에 따라 사업을 위탁받은 전담기관은 효율적이고 체계적인 사업 추진을 위하여 산업통상부령으로 정하는 해당 분야 전문기관 또는 「민법」 제32조에 따라 설립된 비영리법인에 사업의 일부를 대행하게 할 수 있다. <개정 2025.10.1>