제50조(공익법인등의 세무확인 및 회계감사의무)

① 법 제50조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 다음 각 호의 어느 하나에도 해당하지 아니하는 경우를 말한다. <개정 2011.7.25, 2012.2.2, 2013.2.15, 2015.2.3, 2016.2.5>

1. 해당 공익법인등의 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총 출연재산가액의 100분의 1에 해당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액 이하의 금액을 출연한 사람은 제외한다), 설립자(이하 이 항에서"출연자등"이라 한다) 또는 임직원(퇴직 후 5년이 지나지 아니한 사람을 포함한다)인 경우

2. 출연자등과 제2조의2제1항제1호 또는 제2호의 관계에 있는 사람인 경우

3. 출연자등 또는 그가 경영하는 회사(해당 회사가 법인인 경우에는 출연자등이 최대주주등인 회사를 말한다)와 소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문 등의 거래가 있는 사람인 경우

4. 해당 공익법인등과 채권ㆍ채무 관계에 있는 사람인 경우

5. 제1호부터 제4호까지의 사유 외에 해당 공익법인등과 이해관계가 있는 등의 사유로 그 직무의 공정한 수행을 기대하기 어렵다고 인정되는 사람인 경우

6. 제1호(임직원은 제외한다) 및 제3호부터 제5호까지의 규정에 따른 관계에 있는 법인에 소속된 사람인 경우

②법 제50조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등을 말한다. <개정 1998.12.31, 1999.12.31, 2000.12.29, 2005.8.5, 2008.2.22, 2010.2.18, 2011.7.25, 2012.2.2, 2013.2.15, 2014.2.21, 2017.2.7, 2020.2.11, 2022.2.15>

1. 법 제50조제1항에 따라 외부전문가의 세무확인을 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액(부동산의 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 큰 경우에는 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 5억원 미만인 공익법인등. 다만, 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액(해당 공익사업과 관련된 「소득세법」에 따른 수입금액 또는 「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련된 수입금액을 말한다. 이하 이 조 및 제43조의5제2항 단서에서 같다)과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인등은 제외한다.

2. 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인등(출연자 1명과 그의 특수관계인이 출연한 출연재산가액의 합계액이 공익법인등이 출연받은 총재산가액의 100분의 5에미달하는 경우로 한정한다)

3. 국가 또는 지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인등으로서 「감사원법」 또는 관련 법령에 따라 감사원의 회계검사를 받는 공익법인등(회계검사를 받는 연도분으로 한정한다)

③ 법 제50조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인등"이란 회계감사를 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 직전 사업연도의 총자산가액 등이 다음 각 호를 모두 충족하는 공익법인등을 말한다. 다만, 제41조의2제6항에 해당하는 공익법인등은 제외한다. <개정 2020.2.11, 2021.2.17, 2025.2.28>

1. 직전 과세기간 또는 직전 사업연도 종료일의 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 100억원 미만일 것

2. 직전 과세기간 또는 직전 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 50억원 미만일 것

3. 직전 과세기간 또는 직전 사업연도에 출연받은 재산가액이 20억원 미만일 것

④ 법 제50조제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 제12조제1호 또는 제2호의 사업을 하는 공익법인등을 말한다. 다만, 제41조의2제6항에 해당하는 공익법인등은 제외한다. <신설 2008.2.22, 2021.2.17>

⑤ 법 제50조제7항에 따른 외부전문가의 세무확인 항목은 다음 각 호의 어느 하나에 따른다. <개정 1998.12.31, 2000.12.29, 2008.2.22, 2008.2.29, 2013.2.15, 2021.2.17, 2024.2.29, 2025.12.30, 2026.2.27>

1. 법 제48조제2항제1호에 따른 출연받은 재산의 공익목적 사용여부

2. 법 제48조ㆍ이 영 제37조 및 제39조에 따른 의무사항 이행여부

3. 삭제<2000.12.29>

4. 그 밖에 공익목적사업운영등에 관하여 재정경제부령이 정하는 것

⑥ 외부전문가의 세무확인을 받은 공익법인등은 그 결과를 재정경제부령이 정하는 보고서에 의하여 세무확인을 받은 해당 공익법인등의 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 4개월 이내에 해당 공익법인등을 관할하는 세무서장에게 보고해야 한다. <개정 1998.12.31, 2000.12.29, 2008.2.22, 2008.2.29, 2012.2.2, 2013.2.15, 2022.2.15, 2025.12.30>

⑦ 법 제50조제3항에 따라 회계감사를 받은 공익법인등은 감사인이 작성한 감사보고서를 해당 공익법인등의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 관할 세무서장에게 제출해야 한다. 이 경우 관할 세무서장은 제출받은 감사보고서를 일반인이 열람할 수 있도록 해야 한다. <신설 2008.2.22, 2010.12.30, 2022.2.15>

⑧ 법 제50조제7항에 따른 세무확인절차ㆍ방법 및 외부감사를 위한 외부전문가 및 감사인의 선임ㆍ선임의 제한, 외부전문가의 의무, 세무확인서 및 세무확인기간 등 외부전문가의 세무확인 및 감사인의 외부감사에 필요한 세부사항은 재정경제부령으로 정한다. <개정 2002.12.30, 2008.2.22, 2012.2.2, 2021.2.17, 2024.2.29, 2025.12.30>

① 삭제 <2007.2.28>

② 삭제 <2007.2.28>

③ 삭제 <2007.2.28>

④ 삭제 <2007.2.28>

⑤법 제78조제3항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 불분명한 경우"란 제출된 보고서에 법 제48조제2항제1호에 따른 출연받은 재산, 운용소득 및 매각재산 등의 명세를 누락하거나 잘못 기재하여 사실을 확인할 수 없는 경우를 말한다. <개정 2010.2.18, 2026.2.27>

⑥법 제78조제4항의 규정에 의한 보유기준을 초과하여 보유하는 주식등에 대한 가산세를 부과함에 있어서는 나중에 취득한 주식등부터 이를 부과한다. <신설 1999.12.31>

⑦ 법 제78조제5항 본문에서 "대통령령으로 정하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액"이란 다음 각 호의 금액의 합계액을 말한다. <개정 2017.2.7>

1. 법 제50조제1항에 따른 외부전문가의 세무확인을 받지 아니하거나 같은 조 제2항에 따른 보고를 이행하지 아니한 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액

2. 법 제50조제3항에 따른 회계감사를 이행하지 아니한 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액

3. 법 제51조에 따른 장부의 작성ㆍ비치의무를 이행하지 아니한 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액

⑧ 법 제78조제5항 각 호 외의 부분 본문에서 "출연받은 재산가액"이란 법 제50조제1항 및 제2항에 따른 외부전문가의 세무확인에 대한 보고를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적사업에 직접 사용하는 분을 차감한 가액과 법 제50조제3항에 따른 회계감사를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적사업에 직접 사용하는 분을 차감한 가액의 합계액을 말한다. <개정 2017.2.7>

⑨법 제78조제5항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2017.2.7, 2021.2.17>

1. 법 제78조제5항제1호 및 제2호의 경우: 공익법인등이 제43조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등인 경우. 다만, 법 제78조제5항제2호의 경우에는 제41조의2제6항에 해당하는 공익법인등은 제외한다.

2. 법 제78조제5항제3호의 경우: 공익법인등이 제43조제3항 및 제4항에 해당하는 공익법인등인 경우

⑩법 제78조제6항에서 "대통령령으로 정하는 직접경비 또는 간접경비"란 해당 이사 또는 임직원을 위하여 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비 등[의료기관의 의사, 학교의 교직원(교직원 중 직원은 「사립학교법」 제29조에 따른 학교에 속하는 회계로 경비를 지급하는 직원만 해당한다), 아동복지시설의 보육사, 어린이집의 보육교사, 도서관의 사서, 박물관ㆍ미술관의 학예사, 사회복지시설의 사회복지사 자격을 가진 사람, 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제2조제3호에 따른 연구기관의 연구원으로서 재정경제부령으로 정하는 연구원과 관련된 경비는 제외한다]을 말한다. 이 경우 이사의 취임시기가 다른 경우에는 나중에 취임한 이사에 대한 분부터, 취임시기가 동일한 경우에는 지출경비가 큰 이사에 대한 분부터 가산세를 부과한다. <신설 1999.12.31, 2002.12.30, 2008.2.22, 2010.2.18, 2021.2.17, 2024.2.29, 2025.12.30, 2026.2.27>

⑪제6항의 규정은 법 제78조제7항의 규정에 의한 가산세의 부과에 관하여 이를 준용한다. <신설 1999.12.31, 2003.12.30>

⑫법 제78조제8항에서 "직접 지출된 경비"라 함은 다음 각호의 경비를 말한다. <신설 1999.12.31, 2001.12.31, 2003.12.30, 2016.2.5, 2025.2.28>

1. 제38조제15항제1호의 경우에는 당해 광고ㆍ홍보매체의 이용비용

2. 제38조제15항제2호의 경우에는 당해 행사비용 전액

⑬ 법 제78조제9항제1호에서 "대통령령으로 정하는 기준금액"이란 제38조제5항에 따른 사용기준금액을 말한다. <개정 2017.2.7>

⑭ 법 제78조제9항제2호에서 "대통령령으로 정하는 기준금액"이란 제38조제7항에 따른 사용기준에 상당하는 금액을 말한다. <신설 2017.2.7>

⑮ 법 제78조제10항제2호가목에서 "직접 공익목적사업과 관련한 수입금액"이란 해당 공익법인등의 수입금액 총액에서 「법인세법」에 따라 법인세가 과세되는 수익사업 관련 수입금액을 뺀 금액을 말한다. <신설 2008.2.22, 2017.2.7>

<16> 법 제78조제11항에서 "자산총액"이란 공시하여야 할 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액을 말한다. <신설 2008.2.22, 2017.2.7, 2022.2.15>

<17> 법 제78조제12항 전단에서 "대통령령으로 정하는 불분명한 부분이 있는 경우"란 제출된 지급명세서 등에 지급자 및 소득자의 주소, 성명, 고유번호(주민등록번호로 갈음하는 경우에는 주민등록번호를 말한다), 사업자등록번호, 소득의 종류, 소득귀속연도 또는 지급액을 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 지급사실을 확인할 수 없는 경우 및 제출된 지급명세서와 이자ㆍ배당소득지급명세서에 유가증권표준코드를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재한 경우를 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. <신설 2009.2.4, 2017.2.7>

1. 지급일 현재 사업자등록증을 교부받은 자 또는 고유번호를 부여받은 자에게 지급한 경우

2. 제1호 외의 지급으로서 지급 후 그 지급받은 자가 소재불명으로 확인된 경우

<18> 세무서장은 공익법인등이 법 제48조제13항에 따른 신고를 하지 않은 경우에는 신고해야 할 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 제16항에 따른 자산총액의 1천분의 5에 상당하는 금액을 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. <신설 2021.2.17, 2023.2.28>

①법 제48조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 재산"이란 제12조제1호에 따른 종교사업에 출연하는 헌금(부동산 및 주식등으로 출연하는 경우를 제외한다)을 말한다. <개정 2010.2.18, 2015.2.3>

②법 제48조제2항제1호ㆍ제7호 및 같은 조 제11항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 법 제48조제2항제1호에 따른 출연받은 재산(이하 이 조에서 "출연받은 재산"으로 한다)을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다. <개정 1999.12.31, 2000.12.29, 2008.2.29, 2012.2.2, 2013.2.15, 2017.2.7, 2021.2.17, 2025.2.28, 2026.2.27>

1. 「법인세법 시행령」 제56조제11항에 따라 고유목적에 지출한 것으로 보지 아니하는 금액

2. 해당 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에 소요되는 수선비, 전기료 및 전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비

③ 법 제48조제2항제1호 단서에서 "직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하는 것이 곤란한 경우를 말한다. <개정 2021.2.17, 2026.2.27>

1. 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우

2. 해당 공익목적사업 등의 인가ㆍ허가 등과 관련한 소송 등으로 사용이 곤란한 경우

④법 제48조제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우"란 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함하며, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조에 따른 공시대상기업집단에 속하는 법인과 같은 법 시행령 제4조제1항제1호에 따른 동일인 관련자의 관계에 있는 공익법인등이 매각대금으로 해당 기업집단에 속하는 법인의 의결권 있는 주식등을 취득한 경우는 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용 한다. <신설 2000.12.29, 2010.2.18, 2017.2.7, 2018.2.13, 2019.2.12, 2021.12.28, 2025.2.28>

⑤법 제48조제2항제5호에서 운용소득과 관련된 "대통령령으로 정하는 기준금액"이란 제1호에 따라 계산한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액(이하 이 항에서 "운용소득"이라 한다)의 100분의 80에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "사용기준금액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조제9항에 따른 가산세를 뺀 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다. <개정 2000.12.29, 2005.8.5, 2010.2.18, 2012.2.2, 2013.2.15, 2021.2.17, 2026.2.27>

1. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(「법인세법」 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업준비금과 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함하며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액은 제외한다)과 출연받은 재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액

가. 출연받은 재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액

나. 법 제48조제2항제4호에 따른 출연받은 재산의 매각금액

다. 「법인세법」 제16조제1항제5호 또는 「소득세법」 제17조제2항제4호에 해당하는 금액(합병대가 중 주식등으로 받은 부분으로 한정한다)으로서 해당 과세기간 또는 사업연도의 소득금액에 포함된 금액

라. 「법인세법」 제16조제1항제6호 또는 「소득세법」 제17조제2항제6호에 해당하는 금액(분할대가 중 주식으로 받은 부분으로 한정한다)으로서 해당 과세기간 또는 사업연도의 소득금액에 포함된 금액

2. 해당 소득에 대한 법인세 또는 소득세ㆍ농어촌특별세ㆍ주민세 및 이월결손금

⑥법 제48조제2항제5호에 따른 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적(제5항제1호에 따라 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 해당 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시 후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시 후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다. <개정 2000.12.29, 2010.2.18>

⑦법 제48조제2항제5호에서 "매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우"란 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다. <개정 2000.12.29, 2010.2.18>

⑧법 제48조제2항제8호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 1998.12.31, 2008.2.29, 2010.2.18, 2013.2.15, 2018.2.13, 2019.2.12, 2025.12.30>

1. 공익법인등이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 국가ㆍ지방자치단체 또는 해당 공익법인등과 동일하거나 주무부장관이 유사한 것으로 인정하는 공익법인등에 귀속시키지 아니한 때

2. 직접 공익목적사업에 사용하는 것이 사회적 지위ㆍ직업ㆍ근무처 및 출생지 등에 의하여 일부에게만 혜택을 제공하는 것인 때. 다만, 주무부장관이 재정경제부장관과 협의(「행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정」 제3조제1항에 따라 공익법인 등의 설립허가등에 관한 권한이 위임된 경우에는 해당 권한을 위임받은 기관과 해당 공익법인등의 관할세무서장의 협의를 말한다)하여 따로 수혜자의 범위를 정하여 이를 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조건으로 한 경우를 제외한다.

가. 해당 공익법인등의 설립허가의 조건으로 붙인 경우

나. 정관상의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 또는 정관상의 목적사업에 새로운 사업을 추가하기 위하여 재산을 추가출연함에 따라 정관의 변경허가를 받는 경우로서 그 변경허가조건으로 붙인 경우

⑨법 제48조제2항제1호, 제3호부터 제5호까지, 제7호 및 제8호를 적용할 때 출연받은 재산ㆍ운용소득ㆍ출연받은 재산의 매각대금 및 제8항제1호에 따른 잔여재산(이하 이 항에서 "출연받은 재산등"이라 한다)중 일부가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 인하여 직접 공익목적사업에 사용할 수 없거나 제8항제1호에 따른 국가ㆍ지방자치단체 및 공익법인등에 귀속시킬 수 없는 경우에는 해당 금액을 출연받은 재산등의 가액에서 뺀 금액을 기준으로 한다. <신설 2003.12.30, 2009.2.4, 2010.2.18, 2013.6.11, 2016.2.5, 2017.2.7, 2018.2.13>

1. 공익법인등의 이사 또는 사용인의 불법행위로 인하여 출연받은 재산등이 감소된 경우. 다만, 출연자 및 그 출연자와 제2조의2제1항제1호의 관계에 있는 자의 불법행위로 인한 경우를 제외한다.

2. 출연받은 재산등을 분실하거나 도난당한 경우

⑩ 법 제48조제8항에서 "출연자"란 재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 초과하여 출연한 자를 말한다. <개정 2012.2.2>

⑪법 제48조제8항에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 법인(제12조제4호에 해당하는 공익법인을 제외한다)을 말한다. <신설 1999.12.31, 2000.12.29, 2010.2.18, 2012.2.2, 2016.2.5>

1. 출연자와 제2조의2제1항제3호의 관계에 있는 자가 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인

2. 출연자와 제2조의2제1항제4호의 관계에 있는 자가 재산을 출연하여 설립한 비영리법인

3. 출연자와 제2조의2제1항제5호 또는 제8호의 관계에 있는 비영리법인

⑫ 법 제48조제8항 단서에서 "사망 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다. <신설 2016.2.5>

1. 이사의 사망 또는 사임

2. 특수관계인에 해당하지 아니하던 이사가 특수관계인에 해당하는 경우

⑬법 제48조제9항 본문 및 제10항 본문에서 "특수관계에 있는 내국법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 제1호에 해당하는 기업의 주식등을 출연하거나 보유한 경우의 해당 기업(해당 기업과 함께 제1호에 해당하는 자에 속하는 다른 기업을 포함한다)을 말한다. <신설 1999.12.31, 2000.12.29, 2012.2.2, 2013.2.15, 2016.2.5, 2019.2.12, 2025.12.30>

1. 재정경제부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업(해당 기업의 임원 및 퇴직임원을 포함한다)과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자 또는 해당 기업의 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자

가. 기업집단 소속의 다른 기업

나. 기업집단을 사실상 지배하는 자

다. 나목의 자와 제2조의2제1항제1호의 관계에 있는 자

2. 제1호 각 목 외의 부분에 따른 소속 기업 또는 같은 호 가목에 따른 기업의 임원 또는 퇴직임원이 이사장인 비영리법인

3. 제1호 및 제2호에 해당하는 자가 이사의 과반수이거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인

⑭법 제48조제9항 후단에서 "그 초과하는 내국법인의 주식등의 가액"이란 각 사업연도 종료일 현재 제1호의 가액에서 제2호의 가액의 100분의 30(법 제50조제3항에 따른 외부감사, 법 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 법 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하면 100분의 50)에 해당하는 금액을 차감하여 계산한 가액을 말한다. <신설 2000.12.29, 2005.8.5, 2008.2.22, 2013.2.15, 2016.2.5, 2022.2.15>

1. 「법인세법 시행령」 제74조제1항제1호 마목의 규정에 의한 당해 내국법인의 주식등의 취득가액과 재무상태표상의 가액 중 적은 금액

2. 공익법인등의 총재산(당해 내국법인의 주식등을 제외한다)에 대한 재무상태표상의 가액에 제1호의 가액을 가산한 가액

⑮법 제48조제10항에 따라 가산세를 부과하는 광고ㆍ홍보는 공익법인등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하는 경우를 말한다. <신설 1999.12.31, 2004.12.31, 2013.2.15, 2016.2.5>

1. 신문ㆍ잡지ㆍ텔레비전ㆍ라디오ㆍ인터넷 또는 전자광고판등을 이용하여 내국법인을 위하여 홍보하거나 내국법인의 특정상품에 관한 정보를 제공하는 행위. 다만, 내국법인의 명칭만을 사용하는 홍보를 제외한다.

2. 팜플렛ㆍ입장권 등에 내국법인의 특정상품에 관한 정보를 제공하는 행위. 다만, 내국법인의 명칭만을 사용하는 홍보를 제외한다.

3. 삭제<2004.12.31>

<16> 이 조를 적용함에 있어 주무부장관 또는 주무관청을 알 수 없는 경우에는 관할 세무서장을 주무부장관 또는 주무관청으로 본다. <신설 2013.2.15, 2016.2.5>

<17> 법 제48조제2항제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 공과금 등"이란 출연받은 재산의 매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 말한다. <신설 2017.2.7, 2026.2.27>

<18> 법 제48조제2항제7호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 출연받은 재산의 가액"이란 직접 공익목적사업에 사용해야 할 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. 다만, 공익법인등이 제41조의2제6항에 따른 공익법인등에 해당하거나 제43조제3항에 따른 공익법인등에 해당하지 않는 경우로서 재무상태표상 자산가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 같은 장에 따라 평가한 가액을 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. <개정 2020.2.11, 2021.2.17, 2022.2.15, 2024.2.29, 2026.2.27> <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=138286335" alt="img138286335" > ┌──────────────────────────────────────────┐ │ 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 재산(직접 공익목적사업용 재산은 제외한다)의 │ │[총자산가액 - (부채가액 + 당기 순이익)] │ │ │ │* 총자산가액 중 해당 공익법인등이 3년 이상 5년 미만 보유한 유가증권시장 또는 │ │코스닥시장에 상장된 주권상장법인의 주식의 가액은 직전 3개 과세기간 또는 사업연도 │ │종료일 현재 각 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 한 가액의 평균액으로 하고, 해당 │ │공익법인등이 5년 이상 보유한 유가증권시장 또는 코스닥시장에 상장된 주권상장법인의 │ │주식의 가액은 직전 5개 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 각 재무상태표 및 │ │운영성과표를 기준으로 한 가액의 평균액으로 한다. │ └──────────────────────────────────────────┘ </img>

<19> 법 제48조제2항제7호 각 목 외의 부분에 따른 직접 공익목적사업에 사용한 실적은 직접 공익목적사업에 사용해야 할 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입한 금액을 포함하며, 직접 공익목적사업에 사용한 실적을 계산할 때 공익법인등이 해당 공익목적사업 개시 후 5년이 지난 경우에는 직접 공익목적사업에 사용해야 할 과세기간 또는 사업연도와 그 과세기간 또는 사업연도 직전 4개 과세기간 또는 사업연도의 5년간 평균금액을 기준으로 계산할 수 있다. <신설 2024.2.29>

<20> 법 제48조제2항제7호가목1) 및 2) 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 법 제48조제11항 각 호의 요건을 모두 충족하여 법 제16조제2항, 제48조제1항, 같은 조 제2항제2호, 같은 조 제9항 및 제49조제1항에 따른 주식등의 출연ㆍ취득 및 보유에 대한 증여세 및 가산세 등의 부과대상에서 제외되는 공익법인등으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등을 말한다. <신설 2024.2.29>

1. 법 제16조제2항 및 제48조제1항에 따라 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연받은 공익법인등. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 다음의 어느 하나에 해당하는 공익법인등으로서 법 제16조제3항제1호에 해당하는 경우 1) 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 2) 제42조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등

나. 법 제16조제3항제3호에 해당하는 경우

2. 법 제48조제2항제2호에 따라 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 취득한 공익법인등. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 공익법인등(다음의 어느 하나에 해당하는 공익법인등이 제13조제6항에 해당하는 경우로 한정한다)이 제13조제7항에 따른 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 주무관청이 공익법인등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우 1) 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 2) 제42조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등

나. 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식등을 취득하는 경우

다. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제25조에 따른 산학협력단이 주식등을 취득하는 경우로서 제37조제6항 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우

3. 법 제48조제9항에 따른 가산세가 부과되지 않는 공익법인등이 제38조제13항에 따른 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 보유하는 경우로서 같은 조 제14항에 따른 가액이 0보다 큰 공익법인등. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공익법인등은 제외한다.

가. 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등

나. 제42조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등

4. 법 제49조제1항에 따라 1996년 12월 31일 현재 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 의결권 있는 주식등을 보유하고 있는 공익법인등으로서 해당 주식등을 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 계속하여 보유하고 있는 공익법인등. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공익법인등은 제외한다.

가. 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등

나. 제42조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등

<21> 법 제48조제2항제7호가목2)에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 주식등"이란 제20항 각 호의 구분에 따라 출연, 취득 또는 보유하는 주식등을 말한다. <신설 2024.2.29>

<22> 법 제48조제2항제7호나목에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등을 말한다. <신설 2020.2.11, 2021.2.17, 2022.2.15, 2024.2.29>

1. 제43조의5제1항 및 제2항에 따른 공익법인등

2. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호바목에 따른 공익법인등 중 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관

① 법 제50조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 제12조제1호의 사업을 하는 공익법인등을 말한다. 다만, 제41조의2제6항에 해당하는 공익법인등은 제외한다. <개정 2020.2.11, 2021.2.17>

② 법 제50조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 법 제50조의3제1항에 따른 결산서류등(이하 이 조에서 "결산서류등"이라 한다)의 공시대상 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 5억원 미만인 공익법인등을 말한다. 다만, 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인등과 제41조의2제6항에 해당하는 공익법인등은 제외한다. <신설 2020.2.11, 2021.2.17>

③ 법 제50조의3제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <개정 2013.2.15, 2017.2.7, 2019.2.12, 2020.2.11, 2021.2.17, 2026.2.27>

1. 공익법인등의 주식등의 출연ㆍ취득ㆍ보유 및 처분사항

2. 공익법인등에 주식등을 출연한 자와 그 주식등의 발행법인과의 관계

3. 주식등의 보유로 인한 배당현황, 보유한 주식등의 처분에 따른 수익현황 등

4. 법 제16조제2항, 제48조제1항 및 같은 조 제2항제2호에 따라 내국법인의 의결권 있는 주식등을 그 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 보유하고 있는 공익법인등으로서 제41조의2제6항에 해당하는 경우에는 보유주식에 대한 의결권의 행사 결과

5. 법 제50조제3항에 따른 외부감사를 받는 공익법인등의 경우에는 법 제48조제2항제1호에 따른 출연받은 재산의 공익목적사용 현황

④ 법 제50조의3제1항에 따른 공익법인등은 국세청의 인터넷 홈페이지에 접속하여 재정경제부령으로 정하는 표준서식(법 제50조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공익법인등의 경우 재정경제부령으로 정하는 간편서식을 말한다)에 따라 작성된 결산서류등을 직접 공시해야 한다. <개정 2008.2.29, 2014.2.21, 2020.2.11, 2025.12.30>

⑤ 국세청장은 법 제50조의3제2항에 따라 공시요구를 하거나 오류시정을 요구할 때에는 문서로 하여야 하며, 요구를 이행하지 아니하는 공익법인등에 대하여는 법 제78조제11항에 따라 가산세를 부과하고 해당 공익법인등의 주무부장관에게 관련 사실을 통보하여야 한다.

⑥ 법 제50조의3제3항에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 결산서류등의 제공을 신청한 자를 말한다. <개정 2019.2.12, 2021.2.17, 2024.7.23, 2025.2.28>

1. 「정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」 제8조제1항 또는 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」 제8조제1항에 따라 설립된 연구기관

2. 법 제50조의3에 따라 공시의무를 이행한 공익법인등

3. 「기부금품의 모집ㆍ사용 및 기부문화 활성화에 관한 법률」 제4조제1항에 따른 등록청이 「전자정부법」 제72조제4항에 따라 기부금을 통합하여 관리하는 시스템의 구축 및 운영에 관한 업무를 위탁한 기관

4. 법 제50조제6항 전단 및 이 영 제43조의3제5항에 따라 감리 및 자료 제출 등의 요구 업무를 위탁받은 한국공인회계사회

⑦ 국세청장은 국세청의 인터넷 홈페이지에 공시하는 방법, 제4항에 따른 표준서식과 간편서식의 작성방법, 공시하지 않거나 허위공시할 때의 처리 등 공익법인등의 결산서류등의 공시에 필요한 세부적인 사항을 정할 수 있다. <개정 2012.2.2, 2014.2.21, 2021.2.17>

① 법 제50조제4항 전단에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 제4항에 따른 지정기준일이 속하는 과세연도(과세기간 또는 사업연도를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 직전 과세연도 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액이 1,000억원 이상인 공익법인등을 말한다. 다만, 다음 각 호의 공익법인등은 제외한다. <개정 2025.2.28, 2025.12.30>

1. 제4항에 따른 지정기준일 이전 4년 이내에 법 제50조제5항에 따른 감리를 받은 공익법인등으로서 그 감리 결과 법 제50조의4제1항에 따른 회계기준(다른 법령에 따라 별도의 회계기준이 적용되는 공익법인등의 경우에는 해당 회계기준을 말한다)을 위반한 사실이 발견되지 않은 공익법인등

2. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관인 공익법인등

3. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관으로서 같은 법에 따른 공공기관으로 지정되지 않은 기관 중 재정경제부령으로 정하는 공익법인등

② 직전 과세연도 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액이 1,000억원 이상인 공익법인등(제1항 각 호의 공익법인등은 제외한다)은 과세연도가 시작된 후 9개월째 되는 달의 초일부터 2주 이내에 법 제50조제4항에 따른 회계감사(이하 "지정회계감사"라 한다)에 필요한 자료로서 재정경제부령으로 정하는 자료를 재정경제부장관에게 제출해야 한다. 다만, 지정회계감사 대상인 2개 과세연도 중 두 번째 과세연도 및 그 직후 3개 과세연도에는 제출하지 않을 수 있다. <개정 2025.12.30>

③ 재정경제부장관은 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사인 중에서 신청을 받아 법 제50조제4항 전단에 따른 감사인(이하 "지정감사인"이라 한다)을 지정하되, 다음 각 호의 자는 지정감사인으로 지정하지 않을 수 있다. <개정 2023.2.28, 2025.12.30>

1. 감사보고서에 기재해야 할 사항을 기재하지 않았거나 거짓으로 기재한 혐의로 공소가 제기된 자

2. 특별한 사유 없이 제7항(제10항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따른 기간 내에 감사계약을 체결하지 않은 자

3. 제43조의3제3항에 따라 회계감사기준 또는 회계기준을 위반한 것으로 주무관청, 국세청장 및 금융위원회에 통보된 자

4. 그 밖에 과도한 감사보수를 요구하는 등의 사유로 제6항에 따라 의견이 제출된 자 등 지정감사인으로 지정하는 것이 적절하지 않다고 재정경제부장관이 인정하는 자

④ 재정경제부장관은 지정회계감사의 대상이 되는 과세연도의 직전 과세연도 개시일부터 11개월 15일이 되는 날(이하 이 조에서 "지정기준일"이라 한다)까지 지정감사인을 지정하고 이를 지정회계감사 대상 공익법인등 및 지정감사인에게 각각 통지해야 한다. <개정 2025.12.30>

⑤ 재정경제부장관은 지정감사인을 지정하기 전에 지정회계감사 대상 공익법인등과 지정감사인으로 지정하려는 감사인에게 지정기준일 4주 전까지 지정 예정 사실을 문서로 통지해야 한다. 다만, 신속하게 지정감사인을 지정할 필요가 있는 경우에는 그 기간을 단축할 수 있다. <개정 2025.12.30>

⑥ 제5항에 따른 통지를 받은 공익법인등과 지정 예정 감사인은 통지를 받은 날부터 2주 이내에 재정경제부장관에게 의견을 제출할 수 있으며, 재정경제부장관은 그 의견에 상당한 이유가 있는 경우 그 의견을 반영할 수 있다. <개정 2025.12.30>

⑦ 제4항에 따라 지정감사인 지정 통지를 받은 공익법인등은 지정기준일부터 2주 이내에 지정감사인과 감사계약을 체결해야 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 지정감사인을 다시 지정해 줄 것을 재정경제부장관에게 요청할 수 있다. <개정 2025.12.30>

1. 지정감사인이 특별한 사유 없이 지정기준일부터 2주 이내에 감사계약을 체결하지 않은 경우

2. 지정감사인이 「공인회계사법」 제33조 및 그 밖의 법령에 따라 해당 공익법인등의 감사인이 될 수 없는 경우

⑧ 재정경제부장관은 제7항 단서에 따른 요청에 상당한 이유가 있는 경우 지정감사인을 다시 지정할 수 있다. <개정 2025.12.30>

⑨ 재정경제부장관은 제8항에 따라 지정감사인을 다시 지정한 경우에는 그 사실을 해당 공익법인등 및 새로 지정된 지정감사인에게 각각 통지해야 한다. <개정 2025.12.30>

⑩ 제8항에 따라 지정감사인을 다시 지정한 경우의 감사계약 체결 등에 관하여는 제7항을 준용한다. 이 경우 "지정기준일"은 "통지일"로 본다.

⑪ 제7항(제10항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)에 따라 감사계약을 체결한 지정감사인은 감사계약을 체결한 날부터 2주 이내에 감사계약서 사본을 재정경제부장관에게 제출해야 한다. <개정 2025.12.30>

⑫ 재정경제부장관은 법 제50조제4항 후단에 따라 이 조에 따른 지정감사인 지정에 관한 업무를 국세청장에게 위탁한다. <개정 2025.12.30>

⑬ 제1항부터 제12항까지에서 규정한 사항 외에 지정감사인의 지정 절차, 그 밖에 지정감사인 지정에 필요한 세부사항은 재정경제부령으로 정한다. <개정 2025.12.30>

① 재정경제부장관은 법 제50조제5항에 따라 공익법인등이 공시한 감사보고서와 그 감사보고서에 첨부된 재무제표가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 감사보고서와 재무제표에 대하여 감리할 수 있다. <개정 2024.2.29, 2025.12.30>

1. 계량적 분석 또는 무작위 표본 추출 등의 방법에 따라 감리 대상으로 선정된 경우

2. 재정경제부장관이 공익법인등의 회계 관련 법령 위반사실의 확인을 위하여 감리가 필요하다고 인정하는 경우

② 재정경제부장관은 제1항에 따른 감리에 필요한 경우 해당 공익법인등 또는 감사인에게 자료 제출이나 의견 진술 등을 요구할 수 있다. <개정 2025.12.30>

③ 재정경제부장관은 제1항에 따른 감리 결과 해당 감사보고서 또는 재무제표가 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제16조에 따른 회계감사기준 또는 법 제50조의4제1항에 따른 회계기준(다른 법령에 따라 별도의 회계기준이 적용되는 공익법인등의 경우에는 해당 회계기준을 말한다)을 위반한 것으로 인정되는 경우 해당 공익법인등과 감사인의 명단 및 위반 내용 등을 해당 공익법인등의 주무관청, 국세청장 및 금융위원회에 통보해야 한다. <개정 2025.12.30>

④ 제3항에 따른 통보를 받은 금융위원회는 그 통보 내용에 따라 해당 감사인에 대하여 징계 등의 조치를 하는 경우 그 내용을 재정경제부장관에게 통보해야 한다. <개정 2025.12.30>

⑤ 재정경제부장관은 법 제50조제6항 전단에 따라 이 조 제1항 및 제2항에 따른 감리 및 자료 제출 등의 요구 업무를 「공인회계사법」 제41조에 따른 한국공인회계사회에 위탁한다. <개정 2024.2.29, 2025.12.30>

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 감리 대상 선정 및 감리 방법 등에 관하여 필요한 세부사항은 재정경제부령으로 정한다. <개정 2025.12.30>