제39조(채무의 인수ㆍ변제에 대한 과세특례)

① 법 제39조제1항 각 호 외의 부분에 따른 채무의 인수ㆍ변제(이하 이 조에서 "채무인수ㆍ변제"라 한다)는 같은 조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 주주등(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)이 단독 또는 공동으로 하나의 계약에 의하여 일시에 인수ㆍ변제하는 것에 한정한다.

② 법 제39조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 채무의 범위는 제4항에 따른 재무구조개선계획에 채무의 내용 및 주주등의 채무인수ㆍ변제 계획이 명시되어 있는 것으로서 제34조제5항 각 호의 금액(이하 이 조에서 "금융채권자채무"라 한다)으로 한다. <개정 2018.2.13>

③ 법 제39조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 해당 주주등이 인수ㆍ변제한 법 제39조제2항에 따른 양도등대상법인(이하 이 조에서 "양도등대상법인"이라 한다)의 금융채권자채무 금액(이하 이 조에서 "채무인수ㆍ변제액"이라 한다)을 말한다. <개정 2017.2.7, 2018.2.13>

④ 법 제39조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 재무구조개선계획"이란 제34조제6항제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 것으로서 금융채권자채무의 총액, 내용, 주주등의 채무인수ㆍ변제 계획, 기업 양도 또는 청산 계획을 명시한 것(이하 이 조에서 "재무구조개선계획"이라 한다)을 말한다. <개정 2017.2.7, 2018.2.13>

⑤ 법 제39조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 제34조제7항제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. <개정 2017.2.7>

⑥ 법 제39조제1항제1호에 따른 "지배주주ㆍ출자자 및 그 특수관계자"란 「법인세법 시행령」 제43조제7항 및 제8항에 따른 지배주주 등 및 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "지배주주등"이라 한다)를 말한다.

⑦ 법 제39조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 해당 내국법인 또는 지배주주등과의 관계가 「법인세법 시행령」 제2조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. <개정 2019.2.12, 2025.2.28>

⑧ 법 제39조제2항 본문에서 "대통령령으로 정하는 결손금을 초과하는 금액"이란 채무인수ㆍ변제를 받은 금액에서 「법인세법 시행령」 제16조제1항에 따른 결손금(이하 이 조에서 "이월결손금"이라 한다)을 뺀 금액(이하 이 조에서 "채무감소액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 양도등대상법인이 「법인세법」 제18조제6호에 따라 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액(채무인수ㆍ변제를 받은 금액은 제외한다)으로 먼저 이월결손금을 보전하는 경우에는 이월결손금에서 그 보전액을 제외한 잔액을 뺀 금액을 말한다. <개정 2017.2.7, 2019.2.12>

⑨ 법 제39조제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 양도등대상법인이 익금에 산입하여야 할 금액은 다음 각 호의 방법으로 계산한 금액을 말한다.

1. 법 제39조제3항제1호에 해당하는 경우: 다음 산식에 따라 계산한 금액 채무감소액 × 부채비율에서 기준부채비율을 뺀 비율이 기준부채비율에서 차지하는 비율(이 비율이 1을 초과하는 경우에는 1로 본다)

2. 법 제39조제3항제2호에 해당하는 경우: 채무감소액 중 익금에 산입하지 아니한 금액 전액

3. 법 제39조제3항제3호에 해당하는 경우: 채무감소액 전액

⑩ 법 제39조제3항 각 호 외의 부분 후단 중 법인세에 가산하여 납부하여야 할 주주등이 감면받은 법인세액은 다음 각 호의 방법에 따라 계산한다.

1. 법 제39조제3항제1호에 해당하는 경우: 다음 산식에 따라 계산한 금액 채무인수ㆍ변제액을 손금에 산입한 사업연도에 채무인수ㆍ변제액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세 차액 × 부채비율에서 기준부채비율을 뺀 비율이 기준부채비율에서 차지하는 비율(이 비율이 1을 초과하는 경우에는 1로 본다)

2. 법 제39조제3항제2호 본문 및 같은 항 제3호에 해당하는 경우: 채무인수ㆍ변제액을 손금에 산입한 사업연도에 채무인수ㆍ변제액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세 차액

⑪ 법 제39조제3항 각 호 외의 부분 후단 및 같은 항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액"이란 각각 다음 각 호의 금액을 합산한 금액을 말한다. <개정 2019.2.12, 2022.2.15, 2026.2.27>

1. 채무인수ㆍ변제를 받은 날이 속하는 사업연도에 제9항에 따라 익금에 산입하여야 할 금액을 익금에 산입하지 아니함에 따라 발생한 법인세액의 차액에 가목에 따른 기간과 나목에 따른 율을 곱하여 계산한 금액

가. 채무인수ㆍ변제를 받은 날이 속하는 사업연도의 종료일의 다음 날부터 제9항에 따라 익금에 산입하여야 할 금액을 익금에 산입하는 사업연도의 종료일까지의 기간

나. 제11조의2제10항제2호에 따른 율

2. 제10항에 따라 납부하여야 할 세액에 가목에 따른 기간과 나목에 따른 율을 곱하여 계산한 금액

가. 채무인수ㆍ변제를 한 날이 속하는 사업연도의 종료일의 다음 날부터 제10항에 따라 납부하여야 할 세액을 납부하는 사업연도의 종료일까지의 기간

나. 제11조의2제10항제2호에 따른 율

⑫ 법 제39조제3항제1호를 적용할 때 채무인수ㆍ변제를 한 날부터 해당 사업연도 종료일까지의 기간을 1년으로 보아 3년의 기간을 계산한다.

⑬ 법 제39조제3항제1호에 따른 부채비율 및 기준부채비율의 산정에 관하여는 제34조제15항 및 제16항을 준용한다. 이 경우 "채무상환액"을 "채무인수ㆍ변제를 받은 금액의 합계"로 본다.

⑭ 법 제39조제3항제2호 단서에서 "파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 제34조제17항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

⑮ 법 제39조제4항에 따른 법인의 양도ㆍ양수에 있어서 양도등대상법인의 자산부족액은 해당 주식양도계약에 자산의 실제조사에 대한 내용이 포함되어 있는 경우로서 주식양도일 현재의 자산부족액을 양도등대상법인이 「금융위원회의 설치 등에 관한 법률」 제19조에 따라 설립된 증권선물위원회에 요청하여 지명을 받은 회계법인으로부터 확인받아 수정하여 회계처리한 것에 한정한다. <개정 2021.1.5>

<16> 법 제39조제5항 단서에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 채무인수ㆍ변제를 한 주주등과의 관계가 「상속세 및 증여세법 시행령」 제19조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

<17> 재무구조개선계획승인권자는 양도등대상법인의 그 승인일이 속하는 사업연도(이하 이 조에서 "사업연도"라 한다) 종료일까지 재무구조개선계획의 내용을 재정경제부령으로 정하는 재무구조개선계획서에 따라 양도등대상법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하며, 다음 각 호에 해당하는 사업연도의 과세표준 신고기한 종료일까지 재정경제부령으로 정하는 재무구조개선계획이행보고서를 양도등대상법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 양도등대상기업이 재무구조개선계획승인권자의 확인을 받아 재무구조개선계획서 또는 재무구조개선계획이행보고서를 납세지 관할세무서장에게 제출하는 경우에는 재무구조개선계획승인권자가 제출한 것으로 본다. <개정 2025.12.30>

1. 채무인수ㆍ변제를 한 날이 속하는 사업연도

2. 법 제39조제1항제1호에 따라 주식 등을 양도한 날 또는 같은 항 제2호에 따라 법인의 청산을 종결한 날이 속하는 사업연도

3. 법 제39조제1항제1호에 따라 주식 등을 양도한 날이 속하는 사업연도의 다음 3년간

<18> 법 제39조제1항을 적용받으려는 주주등은 채무인수ㆍ변제를 한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령으로 정하는 법인양도ㆍ양수계획서 또는 법인청산계획서, 채무인수ㆍ변제명세서 및 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2025.12.30>

<19> 법 제39조제2항을 적용받으려는 법인은 채무인수ㆍ변제를 받은 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령으로 정하는 법인양도ㆍ양수계획서 또는 법인청산계획서, 채무인수ㆍ변제명세서 및 분할익금산입조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2025.12.30>