제29조의2(의료기기 등의 범위)

①법 제29조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다. <개정 2001.12.31, 2010.2.18, 2010.12.30, 2016.8.11, 2018.2.13, 2019.2.12>

1. 제39조제1항제1호에 해당하는 단체

2. 삭제<2001.12.31>

3. 법령에 의하여 설치된 기금

4. 「공동주택관리법」 제2조제1항제1호가목에 따른 공동주택의 입주자대표회의ㆍ임차인대표회의 또는 이와 유사한 관리기구

②다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조제1항제1호가목의 금액으로 본다. <개정 2007.2.28, 2008.2.22, 2019.2.12, 2020.2.11, 2024.2.29>

1. 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융 및 보험업을 영위하는 법인의 계약기간이 3개월 이하인 금융상품(계약기간이 없는 요구불예금을 포함한다)에 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액

2. 제3조제1항제5호나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

3. 「한국주택금융공사법」에 따른 주택금융신용보증기금이 동법 제43조의8제1항 및 제2항에 따른 보증료의 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

③ 법 제29조제1항제2호에 따른 수익사업에서 발생한 소득은 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조제2항제1호에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액에서 법 제66조제2항에 따른 경정으로 증가된 소득금액 중 제106조에 따라 해당 법인의 특수관계인에게 상여 및 기타소득으로 처분된 금액은 제외한다)에서 법 제29조제1항제1호에 따른 금액, 법 제13조제1항제1호에 따른 결손금(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 각 사업연도 소득의 100분의 80을 이월결손금 공제한도로 적용받는 법인은 공제한도 적용으로 인해 공제받지 못하고 이월된 결손금을 차감한 금액을 말한다) 및 법 제24조제2항제1호에 따른 기부금을 뺀 금액으로 한다. <개정 2019.2.12, 2020.2.11, 2021.2.17, 2023.2.28>

④ 삭제 <2004.3.22>

⑤법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다. <개정 2019.2.12>

⑥법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2008.2.29, 2010.12.30, 2011.3.31, 2012.2.2, 2014.2.21, 2016.1.22, 2017.2.3, 2018.2.13, 2019.2.12, 2020.8.19, 2024.2.29, 2025.12.30>

1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

2. 특별법에 따라 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조에 따라 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제3조제1항제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

가. 의료기기 등 재정경제부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

나. 「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 재정경제부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액

다. 재정경제부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

4. 「농업협동조합법」에 따른 농업협동조합중앙회가 법 제29조제2항에 따라 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액

5. 「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

6. 「수산업협동조합법」에 의한 수산업협동조합중앙회가 「수산업협동조합의 부실예방 및 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

7. 「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합중앙회가 동법에 의한 신용협동조합예금자보호기금에 출연하는 금액

8. 「새마을금고법」에 의한 새마을금고중앙회가 동법에 의한 예금자보호준비금에 출연하는 금액

9. 「산림조합법」에 의한 산림조합중앙회가 동법에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

10. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제166조에 따라 설립된 제주국제자유도시 개발센터가 같은 법 제170조제1항제1호, 같은 항 제2호라목ㆍ마목(관련 토지의 취득ㆍ비축을 포함한다) 및 같은 항 제3호의 업무에 지출하는 금액

⑦법 제29조제7항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2002.12.30, 2010.12.30, 2019.2.12, 2022.2.15>

1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 10만분의 22의 율

⑧법 제29조제8항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 해당 비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 제외한다. <신설 2006.2.9, 2010.12.30, 2019.2.12>

⑨법 제29조제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2025.12.30>

⑩제6항제3호를 적용받으려는 의료법인은 손비로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 재정경제부령으로 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다. <신설 2000.12.29, 2008.2.29, 2019.2.12, 2025.12.30>

⑪ 해당 사업연도에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 임원 및 직원이 지급받는 「소득세법」 제20조제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(이하 "총급여액"이라 하며, 해당 사업연도의 근로기간이 1년 미만인 경우에는 총급여액을 근로기간의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 개월 수는 태양력에 따라 계산하되, 1개월 미만의 일수는 1개월로 한다)이 8천만원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 제6항제1호에 따른 인건비로 보지 아니한다. 다만, 해당 법인이 해당 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준을 신고하기 전에 해당 임원 및 종업원의 인건비 지급규정에 대하여 주무관청으로부터 승인받은 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2012.2.2, 2019.2.12, 2025.2.28, 2025.11.28>

1. 법 제29조제1항제2호에 따라 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인

2. 「조세특례제한법」 제74조제1항제2호 및 제8호에 해당하여 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인

3. 직전 5개 사업연도 중 1개 이상의 사업연도에 제1호 또는 제2호에 해당한 비영리내국법인으로서 다음 계산식에 따라 계산한 비율이 100분의 50을 초과하는 비영리내국법인 <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=149423763" alt="img149423763" > ┌────────────────────────────────────────┐ │ │ │ │ │ 해당 사업연도 및 직전 5개 사업연도 동안 법 제29조제1항제2호에 따른 │ │ 수익사업에서 발생한 소득 중 고유목적사업준비금으로 손금산입한 금액의 합계액 │ │────────────────────────────────────────│ │ 해당 사업연도 및 직전 5개 사업연도 동안 │ │ 법 제29조제1항제2호에 따른 수익사업에서 발생한 소득의 합계액 │ │ │ │ │ └────────────────────────────────────────┘ </img>

⑫ 제11항 단서 또는 제13항에 따라 승인을 요청받은 주무관청은 해당 인건비 지급규정이 사회통념상 타당하다고 인정되는 경우 이를 승인하여야 한다. <신설 2012.2.2>

⑬ 제12항에 따라 인건비 지급규정을 승인받은 자는 승인받은 날부터 3년이 지날 때마다 다시 승인을 받아야 한다. 다만, 그 기간 내에 인건비 지급규정이 변경되는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 다시 승인을 받아야 한다. <신설 2012.2.2>

⑭ 제12항에 따라 주무관청의 승인을 받은 법인은 법 제60조에 따른 신고를 할 때 인건비 지급규정 및 주무관청의 승인사실을 확인할 수 있는 서류를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <신설 2012.2.2>