①해양수산부장관은 관계중앙행정기관의 장과 협조하여 전국을 대상으로 국가해양생태계종합조사(해양생태계에 관한 기본적인 조사, 제29조제1항에 따른 해양보호구역 조사ㆍ관찰, 제39조제2항에 따른 조사 및 「습지보전법」 제4조에 따라 해양수산부장관이 실시하는 기초조사를 통합하여 실시하는 조사를 말한다)를 실시하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23, 2016.12.27>
② 삭제 <2016.12.27>
③제1항에 따른 조사의 내용 및 방법에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2016.12.27>
④시ㆍ도지사는 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 바에 따라 관할구역의 해양생태계를 조사할 수 있으며, 조사를 하는 경우에는 조사계획 및 조사결과를 해양수산부장관에게 보고하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23, 2019.8.20, 2020.2.18>
①해양수산부장관은 제10조에 따른 조사결과 새롭게 파악된 해양생태계로서 특별히 조사하여 관리할 필요가 있다고 판단되는 경우에는 그 해양생태계에 대한 정밀조사계획을 수립하여 시행하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23, 2020.2.18>
②해양수산부장관은 제10조에 따라 조사를 실시한 지역 및 해역 중 자연적 또는 인위적 요인으로 인한 해양생태계의 변화가 뚜렷하다고 인정되는 지역 및 해역에 대하여는 보완조사를 실시할 수 있다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23, 2020.2.18>
③해양수산부장관은 자연적 또는 인위적 요인으로 인한 해양생태계의 변화내용을 지속적으로 관찰하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23>
④시ㆍ도지사는 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 바에 따라 관할구역에 대한 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 조사 및 관찰을 실시할 수 있다. <개정 2019.8.20, 2020.2.18>
⑤제1항 및 제2항에 따른 조사의 항목ㆍ내용 및 방법은 해양수산부령으로 정한다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23, 2020.2.18>
②제1항에 따른 조사원의 자격ㆍ위촉절차 그 밖의 필요한 사항은 해양수산부령 또는 해당 지방자치단체의 조례로 정한다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23, 2019.8.20, 2020.2.18>