제50조의2(재화의 수입에 대한 부가가치세 납부의 유예)

① 법 제35조제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 법 제50조의2제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다. <개정 2016.2.17>

② 세관장은 「관세법」에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조제2항, 제38조의2제1항ㆍ제2항, 제38조의3제1항부터 제3항까지, 제38조의4제1항, 제46조, 제47조, 제106조 및 제106조의2에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. <개정 2014.2.21, 2023.2.28>

③ 법 제35조제2항제3호에서 "세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다. <개정 2014.2.21, 2023.2.28>

1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위

3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위

④ 법 제35조제2항제2호다목에서 "수입자가 과세표준 또는 세액을 신고하면서 관세조사 등을 통하여 이미 통지받은 오류를 다음 신고 시에도 반복하는 등 대통령령으로 정하는 중대한 잘못이 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2023.2.28>

1. 「관세법」 제37조의4제1항 및 제2항에 따라 세관장이 과세가격의 결정과 관계되는 자료 및 증명자료를 제출하도록 요구하였으나 수입자가 같은 조 제3항에 따른 기한까지 제출하지 않거나 거짓의 자료를 제출하는 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 심사 또는 조사를 통하여 과세표준 또는 세액의 과소신고에 관한 오류를 통지받은 후에도 법 제50조에 따른 부가가치세에 관한 다음 신고 시에도 그 오류를 반복하는 경우

가. 「관세법」 제38조제2항에 따른 심사

나. 「관세법」 제110조제2항제1호 및 제2호에 따른 조사 중 과세표준 또는 세액의 결정ㆍ경정을 위한 조사

다. 「관세법」 제255조의2에 따른 심사(같은 법 시행령 제259조의2제1항제1호의 기준에 따라 과세표준 또는 세액의 결정ㆍ경정에 관련하여 심사하는 경우로 한정한다)

라. 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제17조제1항에 따른 조사

3. 「관세법」 제38조의2제2항에 따라 보정신청을 하도록 통지하였으나 정당한 사유 없이 수입자가 같은 조 제1항에 따른 신청 또는 같은 법 제38조의3제1항에 따른 수정신고를 하지 않은 경우

4. 「관세법 시행령」 제15조제1항제1호에 따른 사항을 적은 서류 또는 같은 조 제5항 각 호에 해당하는 과세자료의 내용이 객관적 사실과 명백히 다른 경우 등 해당 서류 또는 과세자료에 중대한 하자가 있는 경우(수입자의 착오 또는 경미한 과실로 인한 경우는 제외한다)

⑤ 세관장이 제2항과 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우에는 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급한 날을 작성일로 적고 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급한다.

⑥ 법 제35조제5항에 따라 수정수입세금계산서를 발급받으려는 자는 재정경제부령으로 정하는 수정수입세금계산서 발급신청서를 해당 부가가치세를 징수한 세관장에게 제출하여야 한다. <신설 2018.2.13, 2023.2.28, 2025.12.30>

⑦ 제6항에 따라 신청을 받은 세관장은 신청을 받은 날부터 2개월 이내에 수정수입세금계산서를 발급하거나 발급할 이유가 없다는 뜻을 신청인에게 통지하여야 한다. <신설 2018.2.13>

⑧ 세관장이 제7항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우에는 그 작성일은 발급결정일로 적고 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰며, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급한다. <신설 2018.2.13>

⑨ 법인의 합병, 분할 또는 분할합병에 따른 수입세금계산서의 발급에 관하여는 제69조제21항 및 제22항을 준용한다. 이 경우 "세금계산서"는 "수입세금계산서"로 본다. <신설 2025.2.28, 2026.2.27>

⑩ 제1항부터 제9항까지에서 규정한 사항 외에 수입세금계산서 또는 수정한 수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다. <개정 2018.2.13, 2025.2.28, 2025.12.30>

① 법 제50조의2제1항에서 "매출액에서 수출액이 차지하는 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 중소ㆍ중견사업자"란 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 중소ㆍ중견사업자(이하 이 조에서 "중소ㆍ중견사업자"라 한다)를 말한다. <개정 2017.2.7, 2020.2.11, 2021.2.17, 2024.2.29>

1. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 중소기업 또는 같은 영 제6조의4제1항에 따른 중견기업에 해당하는 법인(「조세특례제한법」 제6조제3항제2호에 따른 제조업을 주된 사업으로 경영하는 기업에 한정한다)일 것

2. 직전 사업연도에 법 제21조에 따라 영세율을 적용받은 재화의 공급가액의 합계액(이하 이 호에서 "수출액"이라 한다)이 다음 각 목에 해당할 것

가. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 중소기업인 경우: 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액에서 수출액이 차지하는 비율이 30퍼센트 이상이거나 수출액이 50억원 이상일 것

나. 직전 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제6조의4제1항에 따른 중견기업인 경우: 직전 사업연도에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액에서 수출액이 차지하는 비율이 30퍼센트 이상일 것

3. 제3항에 따른 확인 요청일 현재 다음 각 목의 요건에 모두 해당할 것

가. 최근 3년간 계속하여 사업을 경영하였을 것

나. 최근 2년간 국세(관세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 체납(납부고지서에 따른 납부기한의 다음 날부터 15일 이내에 체납된 국세를 모두 납부한 경우는 제외한다)한 사실이 없을 것

다. 최근 2년간 「조세범처벌법」 또는 「관세법」 위반으로 처벌받은 사실이 없을 것

라. 최근 2년간 법 제50조의2제3항에 따라 납부유예가 취소된 사실이 없을 것

② 법 제50조의2제1항에서 "원재료 등 대통령령으로 정하는 재화"란 중소ㆍ중견사업자가 자기의 과세사업에 사용하기 위한 재화를 말한다. 다만, 법 제39조제1항에 따라 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액과 관련된 재화는 제외한다. <개정 2017.2.7>

③ 중소ㆍ중견사업자는 다음 각 호의 신고기한의 만료일 중 늦은 날부터 3개월 이내에 관할 세무서장에게 제1항 각 호 요건의 충족 여부의 확인을 요청할 수 있다. <개정 2017.2.7, 2020.2.11>

1. 직전 사업연도에 대한 「법인세법」 제60조 또는 제76조의17에 따른 신고기한

2. 직전 사업연도에 대한 법 제49조에 따른 신고기한

④ 관할 세무서장은 중소ㆍ중견사업자가 제3항에 따른 확인을 요청한 경우에는 해당 중소ㆍ중견사업자가 제1항 각 호에 해당하는지 여부를 확인한 후 요청일부터 1개월 이내에 재정경제부령으로 정하는 확인서를 해당 중소ㆍ중견사업자에게 발급하여야 한다. <개정 2017.2.7, 2025.12.30>

⑤ 법 제50조의2제1항에 따라 부가가치세의 납부를 유예받으려는 중소ㆍ중견사업자는 제4항에 따라 발급받은 확인서를 첨부하여 재정경제부령으로 정하는 부가가치세 납부유예 적용 신청서를 관할 세관장에게 제출하여야 한다. <개정 2017.2.7, 2025.12.30>

⑥ 법 제50조의2제1항에 따른 납부유예는 「관세법」 제38조에 따른 납세신고를 할 때 납부하여야 하는 부가가치세에 한정하여 적용한다.

⑦ 제5항에 따라 신청을 받은 관할 세관장은 신청일부터 1개월 이내에 납부유예의 승인 여부를 결정하여 해당 중소ㆍ중견사업자에게 통지하여야 한다. <개정 2017.2.7>

⑧ 제7항에 따라 납부유예를 승인하는 경우 그 유예기간은 1년으로 한다.

⑨ 중소ㆍ중견사업자는 법 제48조제1항, 법 제49조제1항 또는 법 제59조제2항에 따른 신고를 할 때 해당 재화에 대하여 법 제38조제1항제2호에 따라 공제하는 매입세액과 납부가 유예된 세액을 정산하여 납부하여야 한다. <개정 2017.2.7>

⑩ 법 제50조의2제3항에서 "국세를 체납하는 등 대통령령으로 정하는 사유"란 해당 중소ㆍ중견사업자가 납부유예를 승인받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우를 말한다. <개정 2017.2.7>

1. 해당 중소ㆍ중견사업자가 국세를 체납한 경우

2. 해당 중소ㆍ중견사업자가 「조세범처벌법」 또는 「관세법」 위반으로 국세청장ㆍ지방국세청장ㆍ세무서장 또는 관세청장ㆍ세관장으로부터 고발된 경우

3. 제1항 각 호의 요건을 충족하지 아니한 중소ㆍ중견사업자에게 납부유예를 승인한 사실을 관할 세관장이 알게 된 경우

⑪ 국세청장, 지방국세청장, 세무서장은 해당 중소ㆍ중견사업자가 제10항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사실을 알게 되었을 때에는 지체 없이 그 사실을 관세청장에게 통보하여야 한다. <개정 2017.2.7>

⑫ 법 제50조의2제3항에 따른 납부유예 취소는 중소ㆍ중견사업자가 부가가치세 납부를 유예받고 수입한 재화에 대해서는 영향을 미치지 아니한다. <개정 2017.2.7>

⑬ 법 제50조의2제1항에 따라 납부가 유예된 후 세액을 정정하기 위한 수정신고 등에 관하여는 「관세법」에서 정하는 바에 따른다.