조세특례제한법 시행령

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정하는 날부터 시행한다.
1. 제80조의3제1항 및 제110조제5항제3호의 개정규정: 2026년 7월 1일
2. 제100조의32제4항제1호다목의 개정규정: 2027년 1월 1일
3. 제113조의3의 개정규정: 2026년 4월 1일
제2조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제5조제21항제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우부터 적용한다.
제3조(세액공제 대상 연구개발비 범위 확대에 관한 적용례) 제9조제3항제1호나목, 같은 조 제7항제1호나목 및 별표 6 제1호가목6)의 개정규정은 2026년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.
제4조(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등의 상시근로자 수에 관한 적용례) ① 제11조의2제7항의 개정규정(제61조제6항, 제99조의8제6항, 제116조의14제4항, 제116조의15제7항, 제116조의21제6항, 제116조의25제5항, 제116조의26제6항, 제116조의27제6항 및 제116조의36제6항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)은 이 영 시행 이후 개시하는 과세연도를 최초 감면연도로 하여 소득세 또는 법인세의 감면을 신청하는 경우부터 적용한다.
② 제11조의2제8항의 개정규정(제61조제6항, 제99조의8제6항, 제116조의14제4항, 제116조의15제7항, 제116조의21제6항, 제116조의25제5항, 제116조의26제6항, 제116조의27제6항 및 제116조의36제6항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제5조(벤처투자회사 등의 주식양도차익에 대한 비과세에 관한 적용례등) ① 제12조제3항의 개정규정은 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제63조의2제1항제1호 및 제2호에 해당하는 자가 이 영 시행 전에 출자하여 취득한 주식 또는 출자지분을 이 영 시행 이후 양도하는 경우에도 적용한다.
② 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제63조의2제3항에 따라 공동으로 업무집행조합원이 된 법인이 이 영 시행 전에 출자하여 취득한 주식 또는 출자지분에 관하여는 제12조제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제6조(내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제12조의2제1항제5호의 개정규정은 이 영 시행 이후 출자하여 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우부터 적용한다.
제7조(벤처투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례 등) ① 제14조제2항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 벤처기업투자신탁의 수익증권에 투자하는 경우부터 적용한다.
② 2025년 12월 31일까지 벤처기업투자신탁의 수익증권에 투자한 금액(해당 거주자가 투자한 모든 벤처기업투자신탁의 합계액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 1천만원 미만이고, 2026년 1월 1일부터 이 영 시행일 전날까지 벤처기업투자신탁의 수익증권에 투자한 금액이 2천만원을 초과하는 경우 소득공제를 적용받을 수 있는 투자액에 관하여는 제14조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
③ 제14조제11항의 개정규정은 이 영 시행 이후 추징하는 경우부터 적용한다.
제8조(성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제 등에 관한 적용례) 제17조제1항제7호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 경영성과급을 지급하는 경우부터 적용한다.
제9조(통합투자세액공제에 관한 적용례) 제21조의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제10조(근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제26조의4제2항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도부터 적용한다.
제11조(통합고용세액공제에 관한 적용례 등) ① 제26조의8제4항제1호의 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 경우부터 적용한다.
② 제26조의8제4항제1호의 개정규정에도 불구하고 2025년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지의 기간 동안 근로계약을 체결하고 근로계약 체결 당시 34세(제27조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 사람의 경우에는 6년을 한도로 병역을 이행한 기간을 현재 연령에서 빼고 계산한 연령을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 이하인 사람은 근로기간 중 34세를 초과하더라도 근로계약 체결일부터 3년간(중소기업 또는 중견기업이 아닌 경우에는 2년간)은 청년등상시근로자로 본다.
③ 제26조의8제6항 및 제7항의 개정규정은 이 영 시행 이후 신고하는 경우부터 적용한다.
제12조(가업의 승계에 대한 증여세 과세특례에 관한 적용례) 제27조의6제8항의 개정규정은 이 영 시행 이후 증여받은 주식등이 상장되거나 그 주식등을 발행한 법인이 합병되는 경우부터 적용한다.
제13조(농지대토에 대한 양도소득세 감면에 관한 적용례) 제67조제3항제2호의 개정규정은 이 영 시행 이후 새로운 농지를 취득하는 경우부터 적용한다.
제14조(영농자녀등이 증여받는 농지 등에 대한 증여세의 감면에 관한 적용례) 제68조제14항의 개정규정은 이 영 시행 이후 농지등을 증여하는 경우부터 적용한다.
제15조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제73조제5항제4호 및 같은 조 제9항의 개정규정은 이 영 시행 이후 부동산투자회사에 현물출자하는 경우부터 적용한다.
제16조(사회적기업의 상시근로자 수에 관한 적용례) ① 제79조의7제1항의 개정규정(제11조의2제7항의 개정규정을 준용하는 부분으로 한정한다)은 이 영 시행 이후 개시하는 과세연도의 상시근로자 수를 계산하는 경우부터 적용한다.
② 제79조의7제1항의 개정규정(제11조의2제8항의 개정규정을 준용하는 부분으로 한정한다)은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제17조(소기업ㆍ소상공인 공제부금 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) ① 제80조의3제1항의 개정규정은 2026년 7월 1일 이후 공제부금을 납입하는 경우부터 적용한다.
② 제80조의3제5항제1호 및 제2호의 개정규정은 이 영 시행 이후 소기업ㆍ소상공인 공제계약을 해지하는 경우부터 적용한다.
제18조(해외주식투자전용집합투자기구에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제93조의3제8항 단서의 개정규정은 이 영 시행 이후 계약기간 만료일이 도래하는 경우부터 적용한다.
제19조(청년도약계좌에 대한 비과세에 관한 적용례) 제93조의8제8항의 개정규정은 이 영 시행 이후 청년도약계좌 계약을 해지하는 경우부터 적용한다.
제20조(공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례에 관한 적용례 등) 제97조의10제2항의 개정규정은 이 영 시행 이후 토지를 양도하는 경우부터 적용한다.
제21조(수도권 밖의 지역에 있는 준공 후 미분양주택 취득자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제98조의8제1항제2호의 개정규정은 이 영 시행 이후 준공 후 미분양주택을 취득하는 경우부터 적용한다.
제22조(근로장려금 및 자녀장려금의 신청자격 등에 관한 적용례) ① 제100조의4제8항제2호의2의 개정규정은 이 영 시행 이후 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청 또는 정산하는 경우부터 적용한다.
② 제100조의9제6항의 개정규정은 이 영 시행 이후 압류하는 경우부터 적용한다.
제23조(법인이 아닌 동업기업에 대한 준용규정에 관한 적용례) 제100조의27제6호의 개정규정은 2026년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도의 소득에 대한 법인세액에 더하여 납부하는 가산세를 배분하는 경우부터 적용한다.
제24조(투자ㆍ배당 및 상생협력 촉진을 위한 과세특례 기업소득 가산항목에 관한 적용례) ① 제100조의32제4항제1호나목ㆍ바목 및 같은 조 제15항제5호의 개정규정은 2026년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 미환류소득 또는 초과환류액을 계산하는 경우부터 적용한다.
② 제100조의32제4항제1호다목의 개정규정은 2027년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 미환류소득 또는 초과환류액을 계산하는 경우부터 적용한다.
제25조(전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의5제2항 및 제4항의 개정규정은 이 영 시행 이후 전자신고하는 경우부터 적용한다.
제26조(해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제104조의21제3항제3호, 같은 조 제6항제3호 및 같은 조 제9항의 개정규정은 이 영 시행 이후 국내에서 사업장을 신설 또는 증설하는 경우부터 적용한다.
제27조(재활용폐자원 등의 부가가치세매입세액공제 신청에 관한 적용례) 제110조제5항제3호의 개정규정은 2026년 7월 1일 이후 개시하는 과세기간의 매입세액공제를 신청하는 경우부터 적용한다.
제28조(증권거래세의 면제에 관한 적용례) 제115조제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 시장조성하는 경우부터 적용한다.
제29조(신용카드등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제121조의2제6항제2호의2의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간의 신용카드등사용금액 합계를 계산하는 경우부터 적용한다.
제30조(신성장ㆍ원천기술에 관한 적용례) 별표 7의 개정규정은 2026년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.
제31조(국가전략기술에 관한 적용례) 별표 7의2의 개정규정은 2026년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.
제32조(국제금융기구의 비과세 대상 소득 등에 관한 특례) 제18조제6항제4호의 개정규정에도 불구하고 2026년 12월 31일까지는 같은 개정규정 중 "「법인세법」 제93조제10호타목"을 "「법인세법」 제93조제10호카목"으로 본다.
제33조(청년미래적금 가입 시 연령계산에 관한 특례) 2025년 12월 31일 당시 34세(제27조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 6년을 한도로 병역을 이행한 기간을 현재 연령에서 빼고 계산한 연령을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 이하였으나 2026년 1월 1일부터 2026년 8월 31일까지의 기간 중에 34세를 초과하게 된 거주자가 해당 기간 중에 청년미래적금에 가입하려는 경우에는 2025년 12월 31일을 해당 거주자의 청년미래적금 가입일로 보아 제93조의11제1항의 개정규정을 적용한다.
제34조(수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등에 관한 경과조치) ① 이 영 시행 전에 본사를 이전한 경우의 세액감면에 관하여는 제60조의2제13항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 이 영 시행 이후 본사를 이전하는 경우로서 본사이전법인이 이 법 시행 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 경우에는 제60조의2제13항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
1. 본사를 신축하는 경우로서 법 제63조의2제1항에 따라 이전계획서를 제출한 경우
2. 본사 이전을 위해 기존 본사의 부지나 본사용 건축물을 양도(양도 계약을 체결한 경우를 포함한다)하거나 본사를 철거ㆍ폐쇄 또는 본사 외의 용도로 전환한 경우
3. 본사 이전을 위해 신규 본사의 부지나 본사용 건축물을 매입(매입 계약을 체결한 경우를 포함한다)한 경우
4. 본사를 신축하기 위해 건축허가를 받은 경우
5. 제1호부터 제4호까지의 행위에 준하는 행위를 한 경우로서 실질적으로 이전에 착수한 것으로 볼 수 있는 경우
제35조(다른 법령의 개정) 지방세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제35조의3제3항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제11조의2제6항 및 제7항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제11조의2제7항 및 제8항"으로 한다.
제59조제5항 단서 중 "「조세특례제한법 시행령」 제11조의2제5항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제11조의2제6항"으로 한다.

부칙(기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 시행령) <제36055호,2026.1.27>
제1조(시행일) 이 영은 2026년 2월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <41>까지 생략
<42> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제18항 각 호 외의 부분 중 "「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항 각 호"를 "「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」 제8조제1항 각 호"로 하고, 같은 항 제1호 중 "「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항 각 호의 어느 하나"를 "「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」 제8조제1항 각 호의 어느 하나"로 한다.
제9조제19항제1호 중 "「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항제1호"를 "「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」 제8조제1항제1호"로 하고, 같은 항 제2호 중 "「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항제2호, 제3호, 제5호, 제6호 및 제8호"를 "「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」 제8조제1항제2호부터 제5호까지 및 제8호부터 제10호까지"로 하며, 같은 항 제3호 중 "「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항제4호ㆍ제7호"를 "「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」 제8조제1항제6호ㆍ제7호"로 한다.
제16조의3제2항제1호 중 "「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항"을 "「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」 제7조제1항"으로 한다.
제116조의37제1항제3호를 다음과 같이 한다.
3. 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」 제7조제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소
<43>부터 <54>까지 생략
제3조 생략

제1조(시행일) 이 영은 2026년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(통합고용세액공제에 관한 경과조치) 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도 또는 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도에 상시근로자의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도의 세액공제에 관하여는 제26조의8의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제3조(재정경제부 명칭 변경에 관한 경과조치) 제82조의5제3항ㆍ제6항 및 제83조의3제2항ㆍ제5항의 개정규정에도 불구하고 재정경제부령은 2026년 1월 1일까지는 기획재정부령으로 본다.

부칙(재정경제부 직제) <제35947호,2025.12.30>
제1조(시행일) 이 영은 2026년 1월 2일부터 시행한다. 다만, 부칙 제6조에 따라 개정되는 대통령령 중 이 영 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 않은 대통령령을 개정한 부분은 각각 해당 대통령령의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법령의 개정) ①부터 <57>까지 생략
<58> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제4항, 제3조, 제4조의2제2항제5호, 같은 조 제3항, 제5조제6항, 같은 조 제12항제7호, 같은 조 제26항, 제6조제8항, 제6조의2제3항, 제6조의4제4항, 제7조제3항, 제7조의2제4항ㆍ제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제9항ㆍ제12항ㆍ제16항, 제7조의3제3항, 제9조제3항제1호가목, 같은 항 제2호, 같은 조 제7항제1호가목, 같은 항 제2호, 같은 조 제10항 본문, 같은 조 제12항 후단, 같은 조 제13항ㆍ제14항, 제9조의2제4항, 제11조제3항제2호ㆍ제3호, 같은 조 제6항, 제11조의2제3항ㆍ제10항, 제11조의3제1항제4호사목, 같은 조 제3항제1호 전단, 같은 조 제14항, 제11조의4제2항제4호사목, 같은 조 제12항, 제12조제2항, 제12조의2제5항, 제12조의3제7항제1호 전단, 같은 조 제15항, 제13조의2제3항, 제14조제6항 각 호 외의 부분, 같은 조 제7항, 같은 조 제8항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제12항, 제14조의2제2항 본문, 제14조의3제2항ㆍ제3항, 제14조의4제2항부터 제4항까지, 같은 조 제5항제3호, 같은 조 제6항, 제14조의5제3항부터 제6항까지, 제16조제1항제1호, 같은 항 제2호나목, 같은 조 제3항, 제16조의2제4항ㆍ제6항ㆍ제7항, 제16조의3제1항제3호, 같은 조 제3항ㆍ제4항, 제17조제5항ㆍ제9항ㆍ제10항, 제18조제4항제1호 본문, 같은 항 제2호 본문, 제21조제2항, 같은 조 제3항제1호ㆍ제2호, 같은 조 제4항제1호가목1), 같은 항 제2호가목1)ㆍ2), 같은 조 제5항제1호, 같은 조 제10항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제13항 전단ㆍ후단, 같은 조 제14항ㆍ제16항ㆍ제17항, 제22조의10제1항, 같은 조 제2항제2호, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 본문, 같은 항 제2호, 같은 조 제4항제1호, 같은 항 제2호가목부터 다목까지, 같은 호 라목 후단, 같은 조 제5항, 같은 조 제6항 각 호 외의 부분, 제22조의11제5항, 제23조제1항ㆍ제15항ㆍ제16항ㆍ제17항, 제24조제2항 각 호 외의 부분, 같은 항 제1호다목, 같은 항 제2호다목, 같은 조 제7항제3호, 같은 조 제12항ㆍ제15항, 제24조의2제7항, 제25조제9항ㆍ제10항, 제25조의2제9항ㆍ제10항, 제25조의3제3항제2호가목ㆍ나목, 같은 항 제3호가목ㆍ다목, 같은 항 제4호가목ㆍ나목, 같은 조 제10항ㆍ제11항, 제25조의4제4항ㆍ제9항ㆍ제10항ㆍ제11항, 제26조의2제3항, 제26조의3제4항제2호, 같은 조 제6항, 제26조의4제2항제3호, 같은 조 제8항ㆍ제16항ㆍ제17항, 제26조의5제11항, 제26조의6제5항ㆍ제6항, 제26조의7제10항, 제26조의8제11항, 제27조제5항 전단, 같은 조 제6항ㆍ제7항, 제27조의3제3항, 제27조의4제5항제7호, 같은 조 제13항제2호 후단, 제27조의5제13항ㆍ제14항, 제27조의6제4항제3호, 같은 조 제13항, 제27조의7제1항제1호, 같은 조 제16항, 제28조제2항ㆍ제3항, 제29조제3항제3호, 같은 조 제4항, 제30조제11항부터 제13항까지, 제34조제9항, 같은 조 제15항 전단ㆍ후단, 같은 조 제18항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제19항, 제35조의2제14항, 제35조의3제15항ㆍ제16항, 제35조의4제4항ㆍ제5항, 제35조의5제2항, 제36조제17항 각 호 외의 부분 전단, 같은 조 제18항ㆍ제19항, 제37조제23항부터 제25항까지, 제40조제2항, 제41조제4항, 제42조제5항ㆍ제6항, 제42조의2제1항제2호, 제43조제11항 각 호 외의 부분 전단, 같은 조 제12항, 제43조의2제9항, 제43조의3제3항, 제43조의4제5항, 같은 조 제6항제2호, 같은 조 제7항, 제43조의7제10항, 제43조의8제12항 본문ㆍ단서, 제44조제4항, 제44조의4제7항, 제45조제3항, 제51조의2제3항ㆍ제5항, 제53조제2호, 제54조제1항, 제56조제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제7항 각 호 외의 부분, 같은 항 제1호, 같은 항 제2호 전단ㆍ후단, 제57조제11항 각 호 외의 부분, 같은 항 제1호 전단ㆍ후단, 같은 항 제2호 전단ㆍ후단, 제58조제11항, 제60조제9항, 제60조의2제4항제1호, 같은 조 제16항, 제61조제2항ㆍ제3항ㆍ제8항, 제63조제7항 본문, 같은 조 제8항 전단, 같은 조 제10항 전단, 제64조제8항 본문, 같은 조 제9항 전단, 같은 조 제10항 전단, 제65조제2항 각 호 외의 부분, 같은 조 제5항 전단, 같은 조 제6항 전단, 제66조제4항제1호가목ㆍ나목, 같은 조 제9항 전단, 같은 조 제12항제3호, 제66조의2제3항제1호가목ㆍ나목, 같은 조 제7항제3호, 같은 조 제8항ㆍ제12항, 제66조의3제3항제1호가목ㆍ나목, 같은 조 제7항제3호, 같은 조 제9항, 제66조의4제3항제1호가목ㆍ나목, 같은 조 제7항제3호, 같은 조 제9항, 제67조제3항제1호 각 목 외의 부분 본문, 같은 항 제2호 각 목 외의 부분 본문, 같은 조 제8항제1호가목ㆍ나목, 같은 조 제9항, 같은 조 제10항제2호, 제67조의2제1항 각 호 외의 부분, 제68조제5항제6호, 같은 조 제6항제5호, 같은 조 제12항 각 호 외의 부분, 같은 항 제7호, 같은 조 제15항, 제68조의2제2항 각 호 외의 부분 전단, 같은 조 제4항 본문, 제69조제2항ㆍ제5항, 제70조제1항제3호, 같은 조 제5항 각 호 외의 부분, 제71조제1항제4호 본문, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분, 같은 조 제4항 전단ㆍ후단, 같은 조 제10항, 제72조제4항ㆍ제7항ㆍ제8항, 제73조제6항ㆍ제7항, 제74조제2항제5호, 같은 조 제3항ㆍ제4항, 제78조제5항ㆍ제6항, 제79조의3제5항 각 호 외의 부분 단서, 같은 항 제2호, 같은 조 제8항부터 제10항까지, 제79조의4제5항, 제79조의5제4항, 제79조의6제6항부터 제8항까지, 제79조의7제2항, 제79조의8제5항 각 호 외의 부분 단서, 같은 항 제2호, 같은 조 제8항부터 제10항까지, 제79조의9제5항 각 호 외의 부분 단서, 같은 항 제2호, 같은 조 제8항부터 제10항까지, 제79조의10제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항제2호, 같은 조 제9항부터 제11항까지, 제79조의11, 제80조의3제7항 본문, 같은 조 제9항ㆍ제11항, 제81조제5항, 같은 조 제6항제4호, 같은 조 제7항 전단ㆍ후단, 같은 조 제9항, 같은 조 제11항제5호, 같은 조 제12항, 같은 조 제15항제1호 본문ㆍ단서, 같은 항 제2호, 제81조의4제2항ㆍ제5항, 제82조의4제13항ㆍ제15항, 제83조제10항, 제92조의11제4항, 제92조의13제1항 전단ㆍ후단, 같은 조 제3항ㆍ제5항, 제93조제8항, 제93조의2제1항ㆍ제3항ㆍ제9항, 제93조의3제9항, 제93조의4제1항제1호 본문, 같은 조 제9항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제11항ㆍ제15항ㆍ제17항, 제93조의5제3항, 제93조의6제2항제1호, 같은 조 제4항ㆍ제13항ㆍ제16항, 제93조의7제3항제1호, 같은 조 제6항ㆍ제9항ㆍ제11항, 제93조의8제5항제1호, 같은 조 제7항ㆍ제8항, 제93조의10제3항, 제94조제3항 각 호 외의 부분, 제96조제8항 각 호 외의 부분, 같은 항 제4호, 제96조의2제5항 각 호 외의 부분, 같은 항 제2호, 제96조의3제8항 각 호 외의 부분, 제97조제3항, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분, 같은 항 제5호, 같은 조 제5항제5호, 제97조의3제6항 전단, 제97조의4제3항 전단, 제97조의5제4항 전단, 제97조의6제1항, 같은 조 제9항 전단, 제97조의7제2항, 제97조의8제6항, 제97조의9제2항, 제98조제4항 각 호 외의 부분, 제98조의2제2항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제4항ㆍ제5항, 같은 조 제6항 본문, 같은 조 제8항, 제98조의3제5항 본문, 같은 조 제6항 본문, 같은 조 제8항ㆍ제9항ㆍ제10항ㆍ제12항, 제98조의4제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제9항ㆍ제10항ㆍ제12항, 제98조의5제6항제1호ㆍ제4호, 같은 조 제7항ㆍ제9항ㆍ제10항ㆍ제14항, 제98조의6제6항ㆍ제8항ㆍ제9항ㆍ제10항ㆍ제12항, 제98조의7제6항, 같은 조 제8항제1호ㆍ제4호, 같은 조 제9항ㆍ제10항ㆍ제14항, 제98조의8제2항제2호ㆍ제4호, 같은 조 제3항, 같은 조 제4항 본문, 제99조제2항 단서, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 전단, 제99조의2제9항 본문, 같은 조 제11항ㆍ제12항ㆍ제14항ㆍ제15항ㆍ제16항ㆍ제18항, 제99조의3제4항 단서, 제99조의4제3항 각 호 외의 부분, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분, 같은 조 제10항 각 호 외의 부분 전단, 제99조의5제3항ㆍ제7항, 제99조의7제2항, 제99조의8제2항ㆍ제7항, 제99조의9제3항 후단, 같은 조 제4항, 제99조의10제5항, 제99조의11제4항 각 호 외의 부분, 같은 항 제2호, 제99조의12, 제99조의13제2항제1호ㆍ제2호, 제100조제2항, 제100조의2제4항제2호, 제100조의4제3항제6호ㆍ제7호, 같은 조 제8항제5호, 제100조의6제2항제2호, 같은 항 제4호 단서, 제100조의7제1항제4호, 같은 조 제3항ㆍ제6항, 제100조의9제1항, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 전단, 같은 항 제2호, 제100조의10제2항, 제100조의12, 제100조의14제1항제13호, 같은 조 제2항제27호, 제100조의16제1항ㆍ제2항ㆍ제7항, 제100조의17제2항, 제100조의20제1항제4호, 제100조의24 각 호 외의 부분 전단, 같은 조 제1호ㆍ제2호ㆍ제3호, 제100조의27제18호, 제100조의30제1항제4호, 제100조의32제3항, 같은 조 제4항제2호가목ㆍ다목ㆍ파목, 같은 조 제6항제1호 각 목 외의 부분 본문, 같은 호 가목2), 같은 조 제9항, 같은 조 제10항제2호, 같은 조 제14항제4호 각 목 외의 부분, 같은 항 제5호, 같은 조 제16항, 같은 조 제20항제1호라목, 같은 항 제2호, 같은 조 제21항 각 호 외의 부분, 같은 조 제23항ㆍ제25항, 제102조, 제104조제4항, 제104조의2제4항, 제104조의5제6항, 제104조의6제4항, 제104조의7제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항제2호나목ㆍ바목ㆍ사목, 같은 항 제3호가목 단서, 같은 조 제5항부터 제7항까지, 같은 조 제8항제4호 각 목 외의 부분 단서, 같은 조 제9항, 제104조의10, 제104조의13제1항, 제104조의14제2항, 제104조의15제6항, 제104조의16제6항ㆍ제7항, 제104조의18제1항 본문, 제104조의19제4항, 제104조의20제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분, 같은 조 제4항제2호, 같은 조 제5항, 제104조의21제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제5항제1호 계산식, 같은 항 제2호 계산식, 같은 조 제6항제1호 계산식, 같은 항 제2호 계산식, 같은 조 제11항제1호, 같은 항 제2호 단서, 같은 조 제13항, 제104조의22제3항, 제104조의25제2항 각 호 외의 부분 전단, 제104조의26제1항 각 호 외의 부분 전단, 제104조의27제3항, 제104조의28제4항제5호 각 목 외의 부분, 같은 조 제6항ㆍ제8항ㆍ제9항, 제104조의29제2항, 제104조의30제3항제2호, 같은 조 제4항ㆍ제8항, 제104조의31제6항제1호ㆍ제2호, 제104조의32제1항 각 호 외의 부분 후단, 같은 항 제5호, 같은 조 제5항, 제105조제2항, 제105조의2제2항 각 호 외의 부분, 같은 항 제2호, 같은 조 제3항, 같은 조 제5항 각 호 외의 부분, 제106조제4항제1호, 같은 조 제8항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제12항제2호ㆍ제3호, 같은 조 제14항제13호, 같은 조 제16항 전단, 같은 조 제17항ㆍ제18항, 제106조의3제2항제1호나목, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분, 같은 조 제9항 각 호 외의 부분, 같은 조 제10항 각 호 외의 부분, 같은 조 제12항 각 호 외의 부분 전단, 제106조의4제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분, 같은 조 제5항ㆍ제6항, 같은 조 제8항제3호, 같은 조 제9항, 제106조의5제4항, 제106조의8제2항ㆍ제6항, 제106조의9제14항, 제106조의11제2항, 제106조의12제2항, 제106조의13제13항, 제106조의14제3항 각 호 외의 부분, 제106조의15제12항, 제107조제1항제3호, 같은 조 제6항, 제108조제3항ㆍ제6항, 제109조의2제7항, 제109조의3제9항, 제110조제3항제5호, 같은 조 제5항 각 호 외의 부분 전단, 제110조의3제7항, 제111조제1항ㆍ제3항ㆍ제6항, 제112조의2제11항 전단ㆍ후단, 제112조의3제3항 전단ㆍ후단, 제112조의4제5항 전단ㆍ후단, 같은 조 제7항, 제112조의6제2항제6호, 제112조의7제1항ㆍ제3항ㆍ제8항, 제115조제1항, 같은 조 제3항제1호가목ㆍ나목, 같은 항 제2호가목ㆍ나목, 같은 조 제4항 전단ㆍ후단, 같은 조 제5항제1호ㆍ제2호, 같은 조 제7항부터 제10항까지, 같은 조 제11항제4호, 같은 조 제12항ㆍ제15항ㆍ제16항, 같은 조 제18항 전단, 같은 조 제19항, 제115조의3제6항, 제116조의2제1항제2호, 같은 조 제2항, 같은 조 제8항제2호, 제116조의3제2항, 제116조의4제5항, 제116조의14제2항ㆍ제5항, 제116조의15제4항ㆍ제8항, 제116조의21제4항ㆍ제7항, 제116조의25제2항ㆍ제8항, 제116조의26제3항ㆍ제11항, 제116조의27제3항ㆍ제8항, 제116조의30제2항 계산식, 같은 조 제13항 전단ㆍ후단, 같은 조 제14항 각 호 외의 부분 후단, 같은 조 제19항 각 호 외의 부분, 같은 조 제20항 본문, 제116조의31제18항 각 호 외의 부분, 같은 조 제19항ㆍ제20항, 제116조의32제23항 각 호 외의 부분, 같은 조 제24항 본문, 같은 조 제25항ㆍ제26항, 제116조의33제7항 각 호 외의 부분, 같은 조 제8항, 제116조의34제11항 각 호 외의 부분, 같은 조 제12항, 제116조의35제9항 각 호 외의 부분, 같은 조 제10항, 제116조의36제3항ㆍ제8항, 제116조의37제8항부터 제10항까지, 제116조의38제2항제1호 단서, 같은 조 제7항제3호, 같은 조 제12항, 제117조의3제6항, 제117조의4제4항, 제121조의2제6항제13호, 같은 조 제8항 본문, 같은 조 제9항ㆍ제12항, 같은 조 제17항 단서, 제121조의3제9항, 제121조의5제2항, 같은 조 제5항 단서, 같은 조 제7항, 제121조의6제2항, 제121조의7제5항, 제123조의2제2항 본문, 같은 조 제5항, 제124조제1항제1호ㆍ제2호, 같은 조 제3항제4호, 제130조제5항제8호, 제132조제3항 후단, 같은 조 제6항제1호ㆍ제2호, 제133조의2, 제134조의2제1항, 제137조제3항, 제137조의2제2항제2호, 같은 항 제3호 단서, 같은 조 제3항제1호, 별표 6 제1호가목1)가)부터 다)까지 외의 부분 본문, 같은 목 3), 같은 호 라목, 같은 표 제2호가목5), 같은 호 나목ㆍ다목ㆍ라목ㆍ마목ㆍ사목ㆍ아목ㆍ차목, 별표 6의3 제1호가목1)가)부터 다)까지 외의 부분 본문, 같은 호 라목, 같은 표 제2호가목5) 및 같은 호 나목부터 마목까지 중 "기획재정부령"을 각각 "재정경제부령"으로 한다.
제9조제15항 각 호 외의 부분, 같은 항 제4호, 제21조제4항제1호가목1), 같은 호 나목, 같은 항 제2호가목1) 및 2) 외의 부분, 같은 호 나목, 제26조의6제1항, 제45조제1항, 제71조제3항 전단, 같은 조 제8항ㆍ제9항, 제99조의6제1항제5호, 제100조의14제1항제7호, 제106조제7항제44호, 제109조의2제12항, 제109조의3제13항, 제111조제2항, 제112조의7제9항, 제115조제6항, 제116조의3제1항부터 제4항까지, 같은 조 제5항 전단, 같은 조 제6항, 제116조의5제1항ㆍ제2항, 제116조의6제1항, 제116조의10제2항제1호ㆍ제2호ㆍ제7호, 같은 조 제3항, 같은 조 제4항 본문, 같은 조 제5항, 제116조의11제1항ㆍ제2항ㆍ제4항, 제116조의13제1항 전단ㆍ후단, 같은 조 제2항부터 제4항까지, 제135조제2항 각 호 외의 부분, 같은 항 제3호, 같은 조 제3항제3호, 같은 조 제10항 단서, 제135조의2 각 호 외의 부분, 같은 조 제3호, 제135조의3제1항 및 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 중 "기획재정부장관"을 각각 "재정경제부장관"으로 한다.
제9조제16항 및 제24조제13항 중 "기획재정부"를 각각 "재정경제부"로 한다.
<59>부터 <313>까지 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(통합투자세액공제에 관한 적용례) 제21조의 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 국가전략기술사업화시설에 투자하는 경우부터 적용한다.
제3조(인구감소지역 주택 취득자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제68조의2제1항의 개정규정은 2025년 8월 14일 이후 인구감소지역주택을 취득하는 경우부터 적용한다.
제4조(동업기업의 소득의 계산 및 배분명세 신고 시 첨부서류에 관한 적용례) 제100조의24제1호의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제5조(국가전략기술에 관한 적용례 등) ① 별표 7의2 제6호 분야란, 같은 호 사목 및 제8호의 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.
② 별표 7의2 제6호가목 및 바목의 개정규정은 2025년 7월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.
③ 2025년 7월 1일 전에 발생한 연구개발비에 관하여는 별표 7의2 제6호나목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제6조(신성장ㆍ원천기술에 관한 경과조치 등) ① 2025년 7월 1일 전에 발생한 연구개발비에 관하여는 별표 7 제1호가목5)의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 별표 7 제14호가목3)의 개정규정은 2025년 7월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.

부칙(정부조직 개편 반영을 위한 306개 법령의 일부개정에 관한 대통령령) <제35811호,2025.10.1>
이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 이 영에 따라 개정되는 대통령령 중 이 영 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 대통령령을 개정한 부분은 각각 해당 대통령령의 시행일부터 시행한다.

부칙(관광진흥법 시행령) <제35716호,2025.8.26>
제1조(시행일) 이 영은 2025년 8월 28일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <20>까지 생략
<21> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제12항제6호 중 "유원시설업"을 "테마파크업"으로 한다.
제27조의4제5항제5호 중 "유원시설업"을 "테마파크업"으로 한다.
제116조의2제3항제2호나목 중 "종합유원시설업"을 "종합테마파크업"으로 한다.
제116조의15제1항제1호라목 중 "제2조제1항제5호에 따른 종합유원시설"을 "제2조제1항제5호가목에 따른 종합테마파크업"으로 한다.
제116조의25제1항제2호가목 중 "유원시설업"을 "테마파크업"으로 한다.
제116조의36제1항제14호 중 "종합유원시설업"을 "종합테마파크업"으로 한다.
제130조제5항제14호 중 "종합유원시설업 또는 일반유원시설업"을 "종합테마파크업 또는 일반테마파크업"으로, "유기시설 또는 유기기구"를 "테마파크시설"로 한다.
<22>부터 <30>까지 생략

이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제80조의3의 개정규정은 2025년 7월 1일부터 시행한다.

부칙(국내입양에 관한 특별법 시행령) <제35498호,2025.5.7>
제1조(시행일) 이 영은 2025년 7월 19일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑦까지 생략
⑧ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제100조의2제1항 중 "「민법」 또는 「입양특례법」"을 "「민법」, 「국내입양에 관한 특별법」 또는 「국제입양에 관한 법률」"로 한다.
제3조 생략

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정하는 날부터 시행한다.
1. 제106조제18항 및 제109조의2의 개정규정: 2025년 4월 1일
2. 제106조의15, 제121조의2제16항 및 제17항의 개정규정: 2025년 7월 1일
제2조(중소기업 및 중견기업의 범위에 관한 적용례 등) ① 제2조제1항 및 제6조의4제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 제1항에도 불구하고 이 영 시행 이후 개시하는 과세연도 직전 과세연도의 종료일 이전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 규정에 따른 세액공제를 적용받고, 해당 호의 규정에 따른 세액공제 대상 과세연도에 이 영 시행 이후 개시하는 과세연도가 포함되는 경우의 중소기업 및 중견기업의 범위에 관하여는 제2조제1항 및 제6조의4제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
1. 법 제29조의7제1항에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제
2. 법 제29조의8제1항에 따른 통합고용세액공제
3. 법 제30조의4제1항에 따른 사회보험료 세액공제
제3조(세액공제 대상 연구 및 인력개발비 범위 확대 등에 관한 적용례) ① 제9조제3항제1호나목, 같은 조 제7항제1호나목, 별표 6 제1호가목3)ㆍ5) 및 같은 표 제2호차목의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 연구 및 인력개발비부터 적용한다.
② 제9조제4항제2호다목 및 같은 항 제5호의 개정규정은 이 영 시행 이후 개시하는 과세연도에 발생하는 연구 및 인력개발비부터 적용한다.
제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) 제9조제8항 및 제126조제2항의 개정규정은 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다.
제5조(벤처기업등에 대한 투자지분 이전ㆍ회수 등의 예외 인정에 관한 적용례) ① 제14조제10항제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 개인투자조합이 해산하는 경우부터 적용한다.
② 제14조제10항제4호의 개정규정은 이 영 시행 이후 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우부터 적용한다.
제6조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례에 관한 적용례) 제14조의2제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 주식매수선택권을 행사하는 경우부터 적용한다.
제7조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례에 관한 적용례) 제14조의3제6항의 개정규정은 이 영 시행 이후 원천징수의무자가 특례적용신청서를 제출받는 경우부터 적용한다.
제8조(소득세 감면 대상 외국인기술자의 범위에 관한 적용례) 제16조제1항제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 우수 해외인재가 지급받는 근로소득부터 적용한다.
제9조(통합고용세액공제에 관한 적용례 등) ① 제26조의8제3항제5호의 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 경우부터 적용한다.
② 2024년 12월 31일 이전에 개시하는 과세연도에 고용한 북한이탈주민에 관하여는 제26조의8제3항제5호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
③ 제26조의8제11항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 하는 경우부터 적용한다.
제10조(중소기업 취업자에 대한 소득세 감면에 관한 적용례) 제27조제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 취업하는 경우부터 적용한다.
제11조(가업의 승계에 대한 증여세 과세특례에 관한 적용례) 제27조의6제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 가업의 주식 또는 출자지분을 증여받는 경우부터 적용한다.
제12조(전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한 과세이연 신청에 관한 적용례) 제43조의7제10항의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도소득세의 과세이연 신청을 하는 경우부터 적용한다.
제13조(청년우대형주택청약종합저축 비과세 적용 신청에 관한 적용례) ① 제81조제15항제1호 단서의 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 청년우대형주택청약종합저축에 가입하는 경우부터 적용한다.
② 제1항에도 불구하고 2025년 1월 1일부터 2025년 3월 31일까지 청년우대형주택청약종합저축에 가입하는 사람이 소득확인증명서로 법 제87조제3항제1호 각 목의 요건을 갖추었는지 여부를 확인하기 어려운 경우 소득확인증명서 대신 제출하는 자료에 관하여는 제81조제15항제1호 단서의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제14조(근로장려금 환수 등에 관한 적용례) ① 제100조의9제7항제2호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간 직전 5개 과세기간의 근로장려금 또는 자녀장려금에서 차감한 후에도 환수 금액이 남은 경우에도 적용한다.
② 별표 11의 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 근로장려금을 신청(법 제100조의6제9항에 따라 2024년 과세기간의 하반기 소득분에 대하여 같은 조 제7항에 따른 반기 신청을 한 것으로 보는 경우를 포함한다)하는 경우부터 적용한다.
제15조(해운기업에 대한 과세표준계산특례 적용 등 신청에 관한 적용례) 제104조의7제10항의 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제16조(용역제공자에 관한 과세자료 제출에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의29제1항 전단의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 과세자료를 제출하는 경우부터 적용한다.
제17조(외국인투자에 대한 관세등 면제 대상 자본재의 범위 확대에 관한 적용례) 제116조의5제1항 및 제2항의 개정규정은 이 영 시행 전에 기획재정부장관에게 연장신청하여 이 영 시행 이후 승인을 받는 경우에도 적용한다.
제18조(기회발전특구의 창업기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제116조의36제1항제18호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득부터 적용한다.
제19조(현금거래 사실 확인 신청에 관한 적용례) 제121조의5제2항 및 제8항의 개정규정은 이 영 시행 당시 현금거래일부터 3년이 지나지 않은 경우에도 적용한다.
제20조(조세특례에 대한 평가에 관한 적용례) 제135조제3항제4호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 연도에 적용기한이 종료되는 조세특례에 대한 평가를 실시하는 경우부터 적용한다.
제21조(신성장ㆍ원천기술에 관한 적용례) 별표 7의 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.
제22조(국가전략기술에 관한 적용례) 별표 7의2의 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.
제23조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 요건에 관한 경과조치 등) ① 이 영 시행 전에 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 경우의 기술 가치금액에 관하여는 제11조의4제4항 및 제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 제11조의4제6항제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.

이 영은 2025년 1월 1일부터 시행한다.

부칙(전북특별자치도 설치 및 글로벌생명경제도시 조성을 위한 특별법 시행령) <제35089호,2024.12.24>
제1조(시행일) 이 영은 2024년 12월 27일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법령의 개정) ①부터 <22>까지 생략
<23> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 12의 구분란 중 "전라북도"를 "전북특별자치도"로 한다.
<24>부터 <34>까지 생략

부칙(통상환경변화 대응 및 지원 등에 관한 법률 시행령) <제35053호,2024.12.10>
제1조(시행일) 이 영은 2025년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ① 및 ② 생략
③ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제30조의 제목 중 "무역조정지원기업"을 "통상변화대응지원기업"으로 한다.
④ 및 ⑤ 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제105조의2의 개정규정은 2025년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) 제2조제2항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 발생하는 경우부터 적용한다.
제3조(중소기업 사회보험료 세액공제 적용 시 장기요양보험료율에 관한 적용례) 제27조의4제10항제2호의 개정규정은 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정하는 경우부터 적용한다.
제4조(주택청약종합저축 및 청년우대형주택청약종합저축의 특별해지사유 확대에 관한 적용례) 제81조제6항제4호, 같은 조 제11항제5호 및 같은 조 제13항제3호ㆍ제4호의 개정규정은 이 영 시행 이후 주택청약종합저축 또는 청년우대형주택청약종합저축을 해지하는 경우부터 적용한다.

부칙(중소기업진흥에 관한 법률 시행령) <제34940호,2024.10.8>
제1조(시행일) 이 영은 2024년 11월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제7항제60호 중 "중소기업유통센터"를 "한국중소벤처기업유통원"으로 한다.
③ 생략
제4조 생략

부칙(근현대문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률 시행령) <제34881호,2024.9.10>
제1조(시행일) 이 영은 2024년 9월 15일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑮까지 생략
<16> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제130조제5항제9호나목 중 "「문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률」"을 "「근현대문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률」"로 한다.
<17>부터 <22>까지 생략
제3조 생략

부칙(산업재산 정보의 관리 및 활용 촉진에 관한 법률 시행령) <제34809호,2024.8.6>
제1조(시행일) 이 영은 2024년 8월 7일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 6 제1호사목 중 "「발명진흥법」에 따라 지정된 산업재산권 진단기관"을 "「산업재산 정보의 관리 및 활용 촉진에 관한 법률」 제17조제1항에 따라 지정된 산업재산진단기관"으로 한다.

부칙(한국도로교통공단법 시행령) <제34731호,2024.7.23>
제1조(시행일) 이 영은 2024년 7월 31일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑧까지 생략
⑨ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제7항제48호를 다음과 같이 한다.
48. 「한국도로교통공단법」에 따른 한국도로교통공단
⑩ 및 ⑪ 생략
제3조 생략

부칙(기부금품의 모집ㆍ사용 및 기부문화 활성화에 관한 법률 시행령) <제34728호,2024.7.23>
제1조(시행일) 이 영은 2024년 7월 31일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑧까지 생략
⑨ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제71조제7항제2호 중 "「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」"을 "「기부금품의 모집ㆍ사용 및 기부문화 활성화에 관한 법률」"로 한다.
⑩부터 ⑬까지 생략
제3조 생략

부칙(벤처기업육성에 관한 특별법 시행령) <제34657호,2024.7.2>
제1조(시행일) 이 영은 2024년 7월 10일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <33>까지 생략
<34> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제4항제1호, 같은 조 제5항 및 제11조의3제1항제1호 중 "「벤처기업육성에 관한 특별조치법」"을 각각 "「벤처기업육성에 관한 특별법」"으로 한다.
제11조의3제3항제1호 전단 중 "「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」"을 "「벤처기업육성에 관한 특별법 시행령」"으로 한다.
제11조의4제2항제1호 중 "「벤처기업육성에 관한 특별조치법」"을 "「벤처기업육성에 관한 특별법」"으로 하고, 같은 조 제4항제1호 전단 중 "「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」"을 "「벤처기업육성에 관한 특별법 시행령」"으로 한다.
제13조제1항제1호 본문, 같은 조 제2항제1호, 제14조제3항제2호, 같은 조 제6항 각 호 외의 부분, 제14조의2제1항, 제14조의4제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제5항제3호, 제43조의7제2항제1호, 제43조의8제7항 및 제100조의32제6항제2호 각 목 외의 부분 중 "「벤처기업육성에 관한 특별조치법」"을 각각 "「벤처기업육성에 관한 특별법」"으로 한다.
대통령령 제34263호 조세특례제한법 시행령 일부개정령 제13조제3항제1호 중 "「벤처기업육성에 관한 특별조치법」"을 "「벤처기업육성에 관한 특별법」"으로 한다.
<35>부터 <55>까지 생략
제3조 생략

부칙(강원특별자치도 설치 및 미래산업글로벌도시 조성을 위한 특별법 시행령) <제34550호,2024.6.4>
제1조(시행일) 이 영은 2024년 6월 8일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ①부터 <28>까지 생략
<29> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 12의 구분란 중 "강원도"를 "강원특별자치도"로 한다.
<30>부터 <44>까지 생략

부칙(문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률 시행령) <제34488호,2024.5.7>
제1조(시행일) 이 영은 2024년 5월 17일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 <40>까지 생략
<41> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제130조제5항제9호를 다음과 같이 한다.
9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 국가유산의 관람을 위한 입장권의 구입
가. 「문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률」에 따른 지정문화유산
나. 「문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률」에 따른 국가등록문화유산
다. 「자연유산의 보존 및 활용에 관한 법률」에 따른 천연기념물등
라. 「무형유산의 보전 및 진흥에 관한 법률」에 따른 국가무형유산
마. 「무형유산의 보전 및 진흥에 관한 법률」에 따른 시ㆍ도무형유산
<42>부터 <53>까지 생략
제5조 생략

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정) <제34356호,2024.3.26>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제66조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제3항 및 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 중 "경영이양보조금"을 각각 "농지이양은퇴보조금"으로 한다.
③ 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정하는 날부터 시행한다.
1. 제80조의3제4항제5호 및 제93조의5제1항의 개정규정: 2024년 6월 1일
2. 제81조의4제3항부터 제5항까지, 제93조의6제10항부터 제16항까지 및 제109조의2제2항제1호의 개정규정: 2024년 4월 1일
3. 삭제 <2024.12.31>
제2조(내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제12조의2제1항제1호의 개정규정은 이 영 시행 이후 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우부터 적용한다.
제3조(벤처투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제14조제14항의 개정규정은 이 영 시행 이후 벤처투자조합에 출자하는 경우부터 적용한다.
제4조(근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 위한 평균임금 계산에 관한 적용례) 제26조의4제9항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제5조(통합고용세액공제를 위한 상시근로자 수 계산에 관한 적용례) 제26조의8제7항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제6조(중소기업 취업자에 대한 소득세 감면에 관한 적용례) 제27조제3항제18호의2의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득부터 적용한다.
제7조(영농조합법인 등에 현물출자하는 농업인의 경작기간 계산에 관한 적용례) 제63조제14항제2호의 개정규정(제64조제11항의 개정규정에 따라 준용되는 경우를 포함한다)은 이 영 시행 이후 농지등을 영농조합법인 또는 농업회사법인에 현물출자하는 경우부터 적용한다.
제8조(영어조합법인 등에 대한 법인세의 면제대상 소득금액 등에 관한 적용례) 제64조제1항제1호 및 제2호의 개정규정은 2024년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 적용한다.
제9조(소기업ㆍ소상공인 공제부금에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제80조의3제3항 단서의 개정규정은 이 영 시행 이후 공제금을 지급받는 경우부터 적용한다.
제10조(청년도약계좌의 특별해지사유 확대에 관한 적용례) 제93조의8제6항제2호사목의 개정규정은 이 영 시행 이후 청년도약계좌를 해지하는 경우부터 적용한다.
제11조(체납액 등에 대한 과세특례 등의 적용대상 재기중소기업인 확대에 관한 적용례) 제99조의6의 개정규정은 이 영 시행 이후 제99조의6제8항에 따라 재산의 압류 유예 등을 신청하는 경우부터 적용한다.
제12조(부가가치세 면제 등의 과세특례에 관한 적용례) ① 제106조제7항제62호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 재화 또는 용역을 공급하는 경우부터 적용한다.
② 제106조제14항제13호의 개정규정은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
제13조(신용카드등사용금액 소득공제에 관한 적용례) 제121조의2제6항제9호의2 및 제10호의2의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간의 신용카드등사용금액 합계를 계산하는 경우부터 적용한다.
제14조(세액공제 대상 인건비 범위 확대에 관한 적용례) 별표 6의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도부터 적용한다.
제15조(신성장ㆍ원천기술에 관한 적용례 등) ① 별표 7 제1호가목4), 같은 표 제7호가목4)ㆍ5), 같은 표 제8호다목6)ㆍ9)ㆍ10)ㆍ11), 같은 호 라목9), 같은 표 제10호가목5), 같은 호 라목4), 같은 표 제12호가목5)부터 9)까지, 같은 표 제13호나목10)ㆍ11), 같은 호 다목10), 같은 호 라목14), 같은 호 마목12) 및 같은 표 제14호의 개정규정은 2024년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.
② 2024년 1월 1일 전에 발생한 연구개발비에 관하여는 별표 7 제13호나목5)ㆍ6) 및 같은 호 라목1)의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제16조(국가전략기술에 관한 적용례) 별표 7의2의 개정규정은 2024년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.
제17조(자녀장려금 산정에 관한 적용례) 별표 11의2의 개정규정은 2024년 1월 1일 이후 자녀장려금을 신청하는 경우(법 제100조의30제3항에 따라 2023년 과세기간의 자녀장려금을 신청한 것으로 보는 경우를 포함한다)부터 적용한다.
제18조(기술혁신형 합병 및 주식취득에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 합병하거나 주식 또는 출자지분을 취득한 경우의 세액공제금액에 관하여는 제11조의3제3항제2호 및 제11조의4제4항제2호가목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제19조(외국인기술자 등의 범위에 관한 경과조치 등) ① 이 영 시행 전에 근로를 제공한 경우의 소득세 감면요건에 관하여는 제16조제1항제2호다목, 제16조의2제2항 및 제16조의3제1항제4호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 제16조제1항제2호라목의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 근로를 제공하는 경우부터 적용한다.
제20조(가업의 주된 업종 변경에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 가업의 주된 업종을 변경한 경우에 대한 가업 종사 여부의 판단에 관하여는 제27조의6제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제21조(주식매각 후 벤처기업 등 재투자에 대한 과세특례 요건 완화에 관한 경과조치 등) ① 이 영 시행 전에 매각대상기업의 주식을 매각한 자가 이 영 시행 이후 재투자를 하는 경우 과세특례를 적용받기 위한 재투자 기간에 관하여는 제43조의8제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 제1항에도 불구하고 이 영 시행 당시 매각대상기업의 주식매각으로 발생하는 양도소득에 대한 예정신고 기간의 종료일부터 1년이 지나지 않은 경우에는 제43조의8제5항의 개정규정을 적용한다.
제22조(대토보상에 대한 양도소득세 납부에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 대토를 증여하거나 그 상속이 이루어진 경우의 양도소득세 납부에 관하여는 제73조제5항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제23조(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례에 관한 경과조치 등) ① 2023년 12월 31일이 속하는 사업연도에 대한 미환류소득 또는 초과환류액의 계산에 관하여는 제100조의32제4항제2호타목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 제100조의32제9항의 개정규정은 2024년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 임금증가액을 계산하는 경우부터 적용한다.
제24조(외국인관광객 등에 대한 부가가치세의 특례에 관한 경과조치) 2024년 4월 1일 전에 외국인관광객 등이 숙박용역을 공급받은 경우에는 제109조의2제2항제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제25조(제주투자진흥지구 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 제주투자진흥지구에 식료품 제조업 또는 음료 제조업을 경영하기 위한 시설을 새로 설치한 경우에는 제116조의15제1항제2호카목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제26조(성실사업자에 대한 의료비등 공제에 관한 경과조치) 2024년 1월 1일 전에 의료비를 지출한 경우의 세액공제금액에 관하여는 제117조의3제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부칙(벤처투자 촉진에 관한 법률 시행령) <제34011호,2023.12.19>
제1조(시행일) 이 영은 2023년 12월 21일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑭까지 생략
⑮ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항제1호ㆍ제2호 및 제12조의2제1항제1호 중 "중소기업창업투자회사"를 각각 "벤처투자회사"로 한다.
제12조의4의 제목 "(중소기업창업투자회사 등의 소재ㆍ부품ㆍ장비전문기업 주식양도차익 등에 대한 법인세 비과세)"를 "(벤처투자회사 등의 소재ㆍ부품ㆍ장비전문기업 주식양도차익 등에 대한 법인세 비과세)"로 한다.
<16>부터 <21>까지 생략
제3조 생략

부칙(소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법 시행령) <제33899호,2023.12.5>
제1조(시행일) 이 영은 2023년 12월 14일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑩까지 생략
⑪ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조의3제1항, 제12조의4제1항, 제14조제6항 각 호 외의 부분 및 제16조제2항 중 "「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」"을 각각 "「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법」"으로 한다.
⑫부터 ⑭까지 생략

부칙(민간임대주택에 관한 특별법 시행령) <제33764호,2023.9.26>
제1조(시행일) 이 영은 2023년 9월 29일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 및 ② 생략
③ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제96조제8항제1호 중 "「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제5항"을 "「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제6항"으로 한다.
제97조제4항제1호 중 "「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항"을 "「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제5항"으로 한다.
제98조의5제6항제2호 중 "「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항"을 "「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제5항"으로 한다.
제98조의7제8항제2호 중 "「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항"을 "「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제5항"으로 한다.

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(신성장ㆍ원천기술에 관한 적용례 등) ① 별표 7 제7호가목8)의 개정규정 중 국가전략기술에 관한 부분은 2023년 7월 1일 이후 발생한 연구개발비부터 적용한다.
② 2023년 7월 1일 전에 발생한 연구개발비에 관하여는 별표 7 제7호가목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제3조(국가전략기술에 관한 적용례) 별표 7의2 제7호의 개정규정은 2023년 7월 1일 이후 발생한 연구개발비부터 적용한다.

부칙(지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법 시행령) <제33621호,2023.7.7>
제1조(시행일) 이 영은 2023년 7월 10일부터 시행한다.
제2조부터 제11조까지 생략
제12조(다른 법령의 개정) ①부터 <25>까지 생략
<26> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제99조의4제3항제2호 및 같은 조 제4항제1호 중 "「국가균형발전 특별법」 제2조제9호"를 각각 "「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제12호"로 한다.
<27>부터 <39>까지 생략
제13조 및 제14조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제56조제2항, 제79조의8제1항제2호 본문 및 제79조의10제2항제2호 본문의 개정규정은 2023년 7월 1일부터 시행하고, 제93조의 개정규정은 2023년 6월 12일부터 시행한다.
제2조(접대비의 손금불산입특례에 관한 적용례) 제130조제5항제14호부터 제16호까지의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 지출하는 경우부터 적용한다.
제3조(신성장ㆍ원천기술에 관한 경과조치) 2023년 1월 1일 전에 발생한 연구개발비에 관하여는 별표 7의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부칙(국가보훈부와 그 소속기관 직제) <제33382호,2023.4.11>
제1조(시행일) 이 영은 2023년 6월 5일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제112조의2제6항 전단 중 "국가보훈처장"을 각각 "국가보훈부장관"으로 한다.
⑥부터 <73>까지 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다.
1. 제11조의3제8항제1호, 제11조의4제6항제1호 및 제35조의2제6항제1호의 개정규정: 2023년 3월 1일
2. 제22조의10제2항제3호나목의 개정규정: 2023년 3월 28일
3. 제69조제3항, 제104조의2 및 제130조의 개정규정: 2024년 1월 1일
4. 제100조의9제8항 및 제121조의2제13항 전단의 개정규정: 2023년 7월 1일
5. 제106조제7항제60호ㆍ제61호 및 제112조의2의 개정규정: 2023년 4월 1일
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제19199호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 규정의 시행일 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다.
④ 이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 경우부터 적용한다.
제3조(청년 상시근로자의 범위 변경에 관한 적용례) 제11조의2제6항제2호의 개정규정(제61조제6항, 제99조의8제5항, 제116조의14제4항, 제116조의15제7항, 제116조의21제6항, 제116조의25제5항, 제116조의26제6항 및 제116조의27제6항에 따라 준용되는 경우를 포함한다)은 2023년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도의 청년 상시근로자 수를 계산하는 경우부터 적용한다.
제4조(통합투자세액공제에 관한 적용례) 제21조제13항 후단의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제5조(소기업ㆍ소상공인 공제부금에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제80조의3제5항제5호의 개정규정은 이 영 시행 이후 소기업ㆍ소상공인 공제계약을 해지하는 경우부터 적용한다.
제6조(근로장려금 환급ㆍ환수에 관한 적용례) 제100조의9제8항의 개정규정은 부칙 제1조제4호에 따른 시행일 이후 근로장려금을 환급 또는 환수하는 경우부터 적용한다.
제7조(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례에 관한 적용례) ① 제100조의32제4항제1호나목의 개정규정은 2023년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 기업소득을 계산하는 경우부터 적용한다.
② 제100조의32제4항제2호타목의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
③ 제100조의32제12항 전단의 개정규정은 2023년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 미환류소득 또는 초과환류액을 계산하는 경우부터 적용한다.
제8조(용역제공자에 관한 과세자료 제출에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의29제1항 후단의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 과세자료를 제출하는 경우부터 적용한다.
제9조(신성장ㆍ원천기술 및 국가전략기술 범위 확대에 관한 적용례) 별표 7 및 별표 7의2의 개정규정은 2023년 1월 1일 이후 발생하는 연구개발비부터 적용한다.
제10조(근로장려금 및 자녀장려금 산정에 관한 적용례) 별표 11 및 별표 11의2의 개정규정은 2023년 1월 1일 이후 근로장려금 및 자녀장려금을 신청하는 경우(법 제100조의6제9항에 따라 2022년 과세기간의 하반기 소득분에 대하여 같은 조 제7항에 따른 반기 신청을 한 것으로 보는 경우를 포함한다)부터 적용한다.
제11조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 발생한 연구개발비 또는 인력개발비의 세액공제 요건에 관하여는 제9조제1항제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제12조(가업의 승계에 대한 증여세 과세특례에 관한 경과조치 등) ① 이 영 시행 전에 가업의 주식 또는 출자지분을 증여받은 경우의 대표이사 취임 기한에 관하여는 제27조의6제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 제27조의6제9항제1호 본문의 개정규정은 이 영 시행 이후 상속이 개시되는 경우부터 적용한다.
제13조(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 양도한 주택의 양도소득세 과세특례 요건에 관하여는 제99조의4제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제14조(해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 수도권과밀억제권역 밖의 지역에 창업하거나 사업장을 신설 또는 증설한 경우의 세액감면 요건에 관하여는 제104조의21제1항제2호, 같은 조 제3항제2호 및 같은 조 제10항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

이 영은 2023년 1월 1일부터 시행한다.

부칙(농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령) <제32636호,2022.5.9>
제1조(시행일) 이 영은 2022년 8월 18일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 개정) 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제63조제1항 각 호 외의 부분 중 "「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조제1항에 따른 영농조합법인의 사업"을 "「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제20조의5제1항 각 호의 사업"으로 한다.
제64조제1항 각 호 외의 부분 중 "「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조제2항에 따른 영어조합법인의 사업"을 "「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제20조의5제2항 각 호의 사업"으로 한다.
제65조제2항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5제1항제6호가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득

부칙(기후위기 대응을 위한 탄소중립ㆍ녹색성장 기본법 시행령) <제32557호,2022.3.25>
제1조(시행일) 이 영은 2022년 3월 25일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제11조까지 생략
제12조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑦까지 생략
⑧ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제24조제2항제2호나목을 다음과 같이 한다.
나. 「기후위기 대응을 위한 탄소중립ㆍ녹색성장 기본법」에 따른 녹색산업
⑨부터 ⑬까지 생략
제13조 생략

부칙(한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률 시행령) <제32449호,2022.2.17>
제1조(시행일) 이 영은 2022년 2월 18일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <46>까지 생략
<47> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제34조제6항제5호 각 목 외의 부분 중 "「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」"을 "「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」"로 하고, 같은 호 가목 중 "「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」 제2조제3호"를 "「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」"로 하며, 같은 호 나목 중 "「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」 제26조제1항제7호"를 "「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」"로 한다.
제104조제2항제1호 중 "「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」"을 "「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」"로 한다.
<48>부터 <55>까지 생략
제3조 생략

부칙(국민 평생 직업능력 개발법 시행령) <제32447호,2022.2.17>
제1조(시행일) 이 영은 2022년 2월 18일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <58>까지 생략
<59> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제12항제4호 및 제27조의4제5항제4호 중 "「근로자직업능력 개발법」"을 각각 "「국민 평생 직업능력 개발법」"으로 한다.
별표 6 제2호가목2), 같은 목 3) 및 같은 호 나목 중 "「근로자직업능력 개발법」"을 각각 "「국민 평생 직업능력 개발법」"으로 한다.
별표 6의3 제2호가목2), 같은 목 3) 및 같은 호 나목 중 "「근로자직업능력 개발법」"을 각각 "「국민 평생 직업능력 개발법」"으로 한다.
<60>부터 <72>까지 생략
제3조 생략

부칙(개별소비세법 시행령) <제32416호,2022.2.15>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제112조의6제2항제3호 중 "「개별소비세법 시행령」 제20조제3항제3호, 제34조제3항제4호"를 "「개별소비세법 시행령」 제20조제3항제3호, 제34조제4항제4호"로 한다.

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다. <개정 2022.12.31, 2024.2.29, 2024.12.31>
1. 제13조제2항, 제14조의4제6항, 제14조의5제7항, 제24조제9항ㆍ제11항 각 호 외의 부분ㆍ제14항, 제24조의2제2항ㆍ제6항, 제35조의2제3항ㆍ제4항ㆍ제12항, 제37조제15항제1호, 제43조제6항ㆍ제8항(같은 항 제1호나목 및 제2호나목은 제외한다), 제43조의2제6항ㆍ제8항ㆍ제9항, 제43조의3제3항, 제43조의7제8항ㆍ제9항ㆍ제10항, 제43조의8제5항ㆍ제8항부터 제12항까지ㆍ제14항, 제81조의4제6항, 제82조의2제5항ㆍ제6항, 제83조제11항ㆍ제12항, 제92조의13제9항ㆍ제10항, 제93조의3제7항ㆍ제9항, 제93조의4제8항부터 제12항까지ㆍ제14항(같은 항 제2호는 제외한다), 제100조의22, 제116조의32제14항제1호, 제116조의34제5항ㆍ제7항(같은 항 제1호나목 및 제2호나목을 제외한다) 및 제137조의2의 개정규정: 2025년 1월 1일
2. 제100조의9제2항의 개정규정: 2022년 8월 1일
3. 제109조의2제2항제2호의 개정규정: 2022년 4월 1일
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제18634호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 규정의 시행일 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 규정의 시행일 이후 양도하는 경우부터 적용한다.
제3조(연구 및 인력개발비 세액공제에 대한 적용례) 제9조제12항의 개정규정은 2021년 7월 1일 이후 발생한 국가전략기술연구개발비부터 적용한다.
제4조(지역특구 등 세액감면 사후관리에 따른 납부세액 계산에 관한 적용례) 제11조의2제8항, 제61조제7항, 제99조의8제6항, 제116조의14제7항, 제116조의25제7항, 제116조의26제10항 및 제116조의27제7항의 개정규정에 따라 납부대상이 되는 세액은 2022년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 감면받은 세액부터 적용한다.
제5조(기술혁신형 합병ㆍ주식취득에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제11조의3제1항제4호바목 및 제11조의4제2항제4호바목의 개정규정은 2022년 1월 1일 이후 합병하거나 주식 또는 출자지분을 취득한 경우부터 적용한다.
제6조(벤처기업투자신탁의 투자비율 산정에 관한 적용례) 제14조제13항의 개정규정은 이 영 시행 이후 벤처기업투자신탁이 벤처기업 주식 또는 출자지분을 매도하는 경우부터 적용한다.
제7조(성과공유 중소기업의 경영성과급 세액공제에 관한 적용례) 제17조제2항의 개정규정은 중소기업이 2022년 1월 1일 이후 지급한 경영성과급부터 적용한다.
제8조(통합투자세액공제에 대한 적용례) ① 제21조제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 특허권, 실용신안권 또는 디자인권을 취득하는 경우부터 적용한다.
② 제21조제4항, 제5항, 제10항, 제11항 및 제14항의 개정규정은 2021년 7월 1일 이후 새로 투자한 국가전략기술사업화시설 또는 신성장사업화시설부터 적용한다.
제9조(특정사회기반시설 집합투자기구 및 개인종합자산관리계좌의 계약 해지에 관한 적용례) 제24조제11항제2호의 개정규정(제24조의2제4항에 따라 준용되는 경우를 포함한다) 및 제93조의4제14항제2호의 개정규정은 이 영 시행 전에 제81조제6항 각 호의 사유가 발생하여 이 영 시행 이후 계약을 해지하는 경우에도 적용한다.
제10조(개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제93조의4제9항부터 제11항까지의 개정규정은 2025년 1월 1일 전에 가입한 개인종합자산관리계좌를 2025년 1월 1일 이후 해지하는 경우에도 적용한다. <개정 2022.12.31>
제11조(장병내일준비적금의 이자소득 비과세에 관한 적용례) 제93조의5제1항제5호의 개정규정은 이 영 시행 전에 장병내일준비적금에 가입한 대체복무요원이 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 지급받는 이자소득에 대해서도 적용한다.
제12조(상가임대료를 인하한 임대사업자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제96조의3제4항제1호의 개정규정은 임대사업자가 2022년 1월 1일 전에 개시한 과세연도에 임대상가건물의 임대차계약을 동일한 임차소상공인과 갱신하거나 재계약한 경우에 대해서도 적용한다.
제13조(근로장려금 또는 자녀장려금에 관한 적용례 등) ① 제100조의4제1항제4호 및 같은 조 제8항제2호의2의 개정규정은 2022년 5월 1일 이후 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청ㆍ정산하는 경우부터 적용한다.
② 제100조의7제4항의 개정규정은 이 영 시행 이후 근로장려금을 신청하는 경우부터 적용한다.
③ 2021년 12월 31일이 속하는 과세기간에 대한 근로장려금 또는 자녀장려금 신청자격에 관하여는 제100조의2제4항제2호 및 제100조의3제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제14조(기관전용 사모집합투자기구 등에 대한 과세특례에 관한 적용례 등) 제100조의17제4항 및 제100조의20제2항의 개정규정은 이 영 시행일 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제15조(해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례에 관한 적용례) 제104조의7제3항제4호의 개정규정은 이 영 시행 전에 용선(제104조의7제1항에 따라 공동운항에 투입한 선박을 사용하는 경우를 포함한다)한 경우로서 이 영 시행 이후 법인세 과세표준을 신고하는 경우에도 적용한다.
제16조(해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제104조의21제1항제2호 및 같은 조 제3항제2호의 개정규정은 이 영 시행 이후 수도권과밀억제권역 밖의 지역에 창업하거나 사업장을 신설 또는 증설하는 경우부터 적용한다.
제17조(제주투자진흥지구 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제116조의15제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 제주투자진흥지구에 입주하는 기업부터 적용한다.
제18조(제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 관세 등의 추징에 관한 적용례) 제116조의16제2항의 개정규정에 따라 징수의 대상이 되는 관세 면제액은 이 영 시행 이후 면제되는 관세액부터 적용한다.
제19조(무기명선불카드등의 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제121조의2제1항제2호나목의 개정규정은 이 영 시행 전에 같은 개정규정에 따른 무기명선불카드등을 사용하고 이 영 시행 이후 근로소득세액의 연말정산 또는 종합소득과세표준 확정신고를 하거나 결정 또는 경정하는 경우에도 적용한다.
제20조(신성장ㆍ원천기술심의위원회의 명칭 변경에 따른 경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 제9조제12항에 따라 설치된 신성장ㆍ원천기술심의위원회는 제9조제15항의 개정규정에 따라 설치된 연구개발세액공제기술심의위원회로 본다.
제21조(이자상당가산액 등에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 발생한 사유로 이 영 시행 이후 세액을 납부 또는 부과하는 경우 이 영 시행일 전일까지의 기간분에 대한 이자상당가산액 또는 이자상당액의 계산에 적용되는 이자율은 제11조의3제12항제2호, 제11조의4제10항제2호, 제12조의2제3항제2호, 제12조의3제6항제2호, 제21조제6항제2호, 제27조의5제7항제3호, 제27조의6제5항제3호, 제30조제9항제1호나목, 같은 항 제2호나목, 제34조제11항제2호, 제36조제11항제1호나목, 같은 항 제2호나목, 제37조제19항제1호나목, 같은 항 제2호나목, 제43조제8항제1호나목, 같은 항 제2호나목, 제60조제7항제2호, 같은 조 제10항제2호, 제63조제9항제2호, 제67조제11항제2호, 제71조제6항, 제97조의6제8항제1호나목, 같은 항 제2호나목, 제97조의8제5항제2호, 제100조의11제2항, 제100조의26제2항, 제100조의32제21항제2호, 제104조의6제3항제2호, 제104조의15제4항제2호, 제104조의18제3항제2호, 제104조의20제7항제2호, 제106조의9제8항, 제106조의12제3항, 제106조의13제7항, 제116조의7제3항제2호, 제116조의30제10항제2호, 제116조의31제10항제1호나목, 같은 항 제2호나목, 제116조의32제15항제1호나목, 같은 항 제2호나목, 제116조의33제3항제2호, 제116조의34제7항제1호나목, 같은 항 제2호나목, 제116조의35제7항제2호 및 제137조제2항제2호의 개정규정에도 불구하고 각각 종전의 규정에 따르고, 이 영 시행 이후의 기간분에 대한 이자상당가산액 또는 이자상당액의 계산에 적용되는 이자율은 각각 같은 개정규정에 따른다.
제22조(외국납부세액공제금액 한도의 계산에 관한 경과조치) 2025년 1월 1일 전에 발생한 소득에 대하여 외국납부세액공제를 하는 경우 외국납부세액공제금액 한도의 계산에 관하여는 제93조의3제7항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. <개정 2022.12.31>

부칙(지역중소기업 육성 및 혁신촉진 등에 관한 법률 시행령) <제32370호,2022.1.25>
제1조(시행일) 이 영은 2022년 1월 28일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ① 및 ② 생략
③ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제28조제4항 중 "「중소기업진흥에 관한 법률」 제62조의23제1항에 따른 지방중소기업 특별지원지역(이하 "지방중소기업 특별지원지역"이라 한다)"을 "「지역중소기업 육성 및 혁신촉진에 관한 법률」 제23조에 따른 중소기업특별지원지역(이하 "중소기업특별지원지역"이라 한다)"으로 한다.
제61조제2항 중 "지방중소기업 특별지원지역"을 각각 "중소기업특별지원지역"으로 한다.
④부터 ⑦까지 생략
제4조 생략

제1조(시행일) 이 영은 2021년 11월 11일부터 시행한다. 다만, 제96조의3제3항 및 같은 조 제8항제4호의 개정규정은 2022년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(상가임대료를 인하한 임대사업자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제96조의3제3항제1호나목 및 같은 항 제2호의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 발생한 임대료 수입금액에 대하여 세액공제를 신청하는 경우부터 적용한다.

부칙(연구산업진흥법 시행령) <제32063호,2021.10.19>
제1조(시행일) 이 영은 2021년 10월 21일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑧까지 생략
⑨ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 6 제1호나목1)사) 중 "「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」에 따른 연구개발서비스업"을 "영리를 목적으로 「연구산업진흥법」 제2조제1호가목 또는 나목의 산업"으로 한다.
별표 6의3 제1호나목1)사)를 다음과 같이 한다.
사) 영리를 목적으로 「연구산업진흥법」 제2조제1호가목 또는 나목의 산업을 영위하는 기업
⑩부터 ⑭까지 생략
제3조 생략

부칙(한국광해광업공단법 시행령) <제31961호,2021.8.31>
제1조(시행일) 이 영은 2021년 9월 10일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 <18>까지 생략
<19> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제7항제36호 중 "「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」에 따른 한국광해관리공단"을 "「한국광해광업공단법」에 따른 한국광해광업공단"으로 한다.
<20>부터 <29>까지 생략
제5조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제100조의7제3항, 제100조의8제1항제2호 및 제100조의11제1항제1호의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(대토보상권을 부동산 투자회사에 현물 출자할 경우 과세특례 확대에 관한 적용례) 제73조제5항의 개정규정은 법률 제18048호 부동산투자회사법 일부개정법률의 시행일 이후 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우부터 적용한다.

부칙(5ㆍ18민주유공자예우 및 단체설립에 관한 법률 시행령) <제31614호,2021.4.6>
제1조(시행일) 이 영은 2021년 4월 6일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <28>까지 생략
<29> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제26조의7제3항제2호 및 제27조제1항제3호다목 중 "「5ㆍ18민주유공자예우에 관한 법률」"을 각각 "「5ㆍ18민주유공자예우 및 단체설립에 관한 법률」"로 한다.
<30>부터 <36>까지 생략
제3조 생략

부칙(지방세법 시행령) <제31463호,2021.2.17>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제100조의14제2항제6호 중 "종합부동산세과세자료"를 "재산세 및 종합부동산세 과세자료"로 한다.
② 및 ③ 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조제7항제58호ㆍ제59호 및 제115조제3항부터 제19항까지의 개정규정은 2021년 4월 1일부터 시행하고, 제104조의5제7항 및 제110조제1항의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하며, 제84조의 개정규정은 2023년 1월 1일부터 시행하고, 별표 6 제2호아목의 개정규정은 2021년 6월 23일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제17759호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
③ 이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 경우부터 적용한다.
제3조(외국인기술자에 대한 소득세의 감면에 관한 적용례) 제16조제1항제2호의 개정규정은 이 영 시행 이후 외국인기술자가 최초로 국내에서 근로계약을 체결하는 경우부터 적용한다.
제4조(근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례) 제26조의4제15항의 개정규정은 이 영 시행 전에 정규직 전환 근로자와의 근로관계가 종료되어 이 영 시행 이후 공제받은 세액상당액을 납부하는 경우에 대해서도 적용한다.
제5조(기부장려금에 관한 적용례) ① 제71조제1항제4호의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 기부금 모금액 및 활용실적을 공개하거나 표준서식에 따라 공시하는 경우부터 적용한다.
② 제71조제7항제1호 및 제3호의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 제71조제1항제5호부터 제7호까지의 요건을 위반하는 경우부터 적용한다.
제6조(개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제93조의4제8항제2호의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 신주인수권증서를 취득하는 분부터 적용한다.
제7조(소형주택 임대사업자에 대한 세액감면에 관한 적용례) ① 제96조제3항 각 호 외의 부분, 같은 항 제2호 및 같은 조 제6항의 개정규정은 2020년 8월 18일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 등록을 신청하는 민간임대주택부터 적용한다.
② 제96조제3항제1호 단서 및 같은 조 제5항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.
제8조(상가임대료를 인하한 임대사업자에 대한 세액공제 사후관리 등에 관한 적용례) 제96조의3제5항 및 제6항의 개정규정은 2020년 7월 1일 이후에 발생한 임대료를 인하하는 경우부터 적용한다.
제9조(감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제99조의10제1항제9호의 개정규정은 2020년 6월 30일이 속하는 과세연도의 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제10조(근로장려금 및 자녀장려금에 관한 적용례) ① 제100조의4제8항제2호의2 단서의 개정규정은 2021년 5월 1일 이후 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청 또는 정산하는 경우부터 적용한다.
② 제100조의4제8항제3호의 개정규정은 2022년 5월 1일 이후 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청 또는 정산하는 경우부터 적용한다.
③ 제100조의6제2항제5호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용한다.
④ 제100조의9제5항 및 별표 11의 개정규정은 이 영 시행 이후 근로장려금을 신청하는 경우부터 적용한다.
⑤ 제100조의9제6항의 개정규정은 이 영 시행 이후 압류하는 분부터 적용한다.
⑥ 제100조의9제7항 단서의 개정규정은 이 영 시행 이후 납부고지를 요청하는 경우부터 적용한다.
⑦ 제100조의14제2항제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 자료를 요청하는 경우부터 적용한다.
제11조(정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역의 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제7항제58호 및 제59호의 개정규정은 2021년 4월 1일 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용한다.
제12조(제주투자진흥지구 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제116조의15제1항제1호바목의 개정규정은 이 영 시행 이후 제주투자진흥지구에 입주한 기업부터 적용한다.
제13조(신용카드등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제121조의2제9항의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 신문 구독료를 지급하는 분부터 적용한다.
제14조(조세지출예산서의 작성에 관한 적용례) 제135조의3제2항제4호의 개정규정은 이 영 시행 이후 조세지출예산서를 작성하는 분부터 적용한다.
제15조(특정사회기반시설 집합투자기구의 연평균 비율 판정기간에 관한 특례) 이 영 시행 전에 설정ㆍ설립 또는 영업인가된 특정사회기반시설 집합투자기구의 경우에는 제24조제4항의 개정규정에도 불구하고 이 영 시행일부터 매 1년 동안의 기간을 연평균 비율 판정기간으로 한다.
제16조(연안화물선용 경유에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 환급 등에 관한 특례) 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」 제3조에 따른 납세의무자가 2021년 1월 1일부터 2021년 3월 31일까지 법 제111조의5제1항에 따라 한국해운조합에 직접 공급한 경유에 대하여 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 납부했거나 납부할 세액이 있는 경우로서 제112조의7제1항의 개정규정에 따른 신청서를 2021년 4월 10일까지 관할 세무서장에게 제출하는 경우에는 감면분에 해당하는 세액을 환급받거나 납부 또는 징수할 세액에서 공제받을 수 있다.
제17조(외국인기술자에 대한 소득세의 감면에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 근로계약을 체결한 외국인기술자에 대해서는 제16조제1항제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제18조(소형주택 임대사업자에 대한 세액감면에 관한 경과조치) ① 2020년 8월 18일 전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 등록을 신청한 민간임대주택에 대해서는 제96조제3항 각 호 외의 부분, 같은 항 제2호 및 같은 조 제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 이 영 시행 전에 과세표준을 신고한 경우에는 제96조제3항제1호 단서 및 같은 조 제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제19조(상가임대료를 인하한 임대사업자에 대한 세액공제 사후관리 등에 관한 경과조치) 2020년 6월 30일 이전에 발생한 임대료를 인하한 경우에는 제96조의3제7항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제20조(제주투자진흥지구 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 제주투자진흥지구에 입주한 기업에 대해서는 제116조의15제1항제1호가목 및 나목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제21조(다른 법령의 개정) ① 공공주택 특별법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제11호 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 한다.
② 공공토지의 비축에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제3호 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호 각 목"을 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항 각 호"로 한다.
③ 금융지주회사법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3항제4호 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 한다.
제3조제2항제1호 단서 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 한다.
④ 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항제3호다목 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 한다.
⑤ 부동산개발업의 관리 및 육성에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항제3호 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 하고, 같은 조 제2항제2호다목 중 "「법인세법 시행령」 제86조의2제5항제2호"를 "「조세특례제한법 시행령」 제104조의28제4항제2호"로 한다.
⑥ 부동산투자회사법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제3항제7호 본문 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 한다.
제17조의2제1항제4호 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 한다.
제21조제1항제2호 본문 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 하고, 같은 호 단서 중 "「법인세법 시행령」 제86조의2제5항제2호"를 "「조세특례제한법 시행령」 제104조의28제4항제2호"로 한다.
제27조제1항제1호나목 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 한다.
제31조제3항제9호 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 한다.
⑦ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제31조의6제3호 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호 각 목"을 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항 각 호"로 한다.
⑧ 은행법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제1조의4제2항제1호 단서 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 한다.
⑨ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제4항제5호 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제6호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 한다.
⑩ 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항제2호 중 "「법인세법」 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나"를 "「법인세법」 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하거나 「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 한다.
⑪ 택지개발촉진법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조의3제10호 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제9호"를 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항"으로 한다.
⑫ 한국토지주택공사법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제3호 중 "「법인세법」 제51조의2제1항제6호 각 목"을 "「조세특례제한법」 제104조의31제1항 각 호"로 한다.

부칙(소상공인기본법 시행령) <제31429호,2021.2.2>
제1조(시행일) 이 영은 2021년 2월 5일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑩까지 생략
⑪ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제96조의3제3항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「소상공인기본법」 제2조에 따른 소상공인
제99조의11제4항제3호 중 "「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조에 따른 소상공인"을 "「소상공인기본법」 제2조에 따른 소상공인"으로, "같은 법 제17조"를 "「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제17조"로 한다.
⑫부터 ⑭까지 생략
제3조 생략

부칙(어려운 법령용어 정비를 위한 473개 법령의 일부개정에 관한 대통령령) <제31380호,2021.1.5>
이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(중소기업 범위 축소에 따른 적용례) 제2조제1항제3호 전단의 개정규정은 다음 각 호의 구분에 따른 과세연도 분부터 적용한다.
1. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 중 상호출자제한기업집단에 속하지 않는 회사와 같은 법 제14조의3에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사 중 상호출자제한기업집단에 속하지 않는 회사: 2021년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도 분
2. 제2조제1항제3호 전단의 개정규정에 따라 투자 세액공제 대상 중소기업에서 제외되는 회사 중 제1호의 회사를 제외한 회사: 이 영 시행일이 속하는 과세연도 분

부칙(지능정보화 기본법 시행령) <제31220호,2020.12.8>
제1조(시행일) 이 영은 2020년 12월 10일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ①부터 <17>까지 생략
<18> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제4항 중 "「국가정보화 기본법」 제3조제6호"를 "「지능정보화 기본법」 제2조제15호"로 한다.
<19>부터 <21>까지 생략
제6조 생략

부칙(생명공학육성법시행령) <제31168호,2020.11.20>
제1조(시행일) 이 영은 2020년 11월 20일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 및 ② 생략
③ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조의2제1항제1호 중 "「생명공학육성법」 제2조"를 "「생명공학육성법」 제2조제1호"로 한다.
제116조의14제1항제1호 중 "「생명공학육성법」 제2조의 규정에 의한"을 "「생명공학육성법」 제2조제1호에 따른"으로 한다.
④ 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 적용례) 제97조의3제2항제2호의 개정규정은 2020년 8월 18일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대사업자 등록이 말소되는 경우부터 적용한다.
제3조(소형주택 임대사업자에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 2020년 7월 10일 이전에 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 같은 조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 경우에는 제96조제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부칙(양식산업발전법 시행령) <제30977호,2020.8.26>
제1조(시행일) 이 영은 2020년 8월 28일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 <29>까지 생략
<30> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제64조제4항 중 "「수산업법」 제41조제3항제2호에 따른 육상해수양식어업"을 "「양식산업발전법」 제43조제1항제1호에 따른 육상해수양식업"으로 한다.
제66조의3제2항제1호 중 "「수산업법」에 따른 육상해수양식어업, 「내수면어업법」에 따른 육상양식어업"을 "「양식산업발전법」에 따른 육상해수양식업, 같은 법 시행령에 따른 육상수조식내수양식업"으로 한다.
<31>부터 <37>까지 생략
제5조 생략

부칙(벤처투자 촉진에 관한 법률 시행령) <제30934호,2020.8.11>
제1조(시행일) 이 영은 2020년 8월 12일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 <19>까지 생략
<20> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제2호나목 중 "「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조에 따른 조합"을 "「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 개인투자조합"으로 한다.
제14조의 제목 중 "중소기업창업투자조합"을 "벤처투자조합"으로 하고, 같은 조 제1항제3호가목1)을 다음과 같이 한다.
1) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 투자
제14조제3항 각 호 외의 부분 중 "「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조에 따른 조합"을 "「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 개인투자조합"으로 하고, 같은 조 제6항 각 호 외의 부분 중 "「중소기업창업 지원법」에 의한 중소기업창업투자조합(이하 "중소기업창업투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 한국벤처투자조합(이하 "한국벤처투자조합"이라 한다)"을 "「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다)"으로 하며, 같은 조 제10항제3호 중 "중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합"을 "벤처투자조합"으로 한다.
제43조의8제7항 중 "「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조에 따른 조합"을 "「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 개인투자조합"으로 한다.
<21>부터 <27>까지 생략
제5조 생략

부칙(외국인투자 촉진법 시행령) <제30918호,2020.8.5>
제1조(시행일) 이 영은 2020년 8월 5일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제16조의2제3항 중 "「외국인투자 촉진법 시행령」 제20조의2제4항제1호"를 "「외국인투자 촉진법 시행령」 제20조의2제5항제1호"로 한다.

부칙(신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률 시행령) <제30893호,2020.8.4>
제1조(시행일) ① 이 영은 2020년 8월 5일부터 시행한다. <단서 생략>
② 및 ③ 생략
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ①부터 <47>까지 생략
<48> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제2항제3호 및 제14조제3항제4호 중 "「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제4조제1항제1호에 따라 금융위원회로부터 신용조회업의 허가를 받고 같은 법 시행령 제2조제1항제5호파목의 기술신용정보를 제공하는 신용조회회사"를 각각 "「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제2조제8호의3다목에 따른 기술신용평가업무를 하는 기업신용조회회사"로 한다.
<49>부터 <65>까지 생략
제4조 생략

부칙(개인정보 보호법 시행령) <제30892호,2020.8.4>
제1조(시행일) 이 영은 2020년 8월 5일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법령의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제100조의14제2항제18호 중 "「정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률」"을 "「개인정보 보호법」"으로 한다.
⑤ 생략
제7조 생략

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(문화재보호법 시행령) <제30704호,2020.5.26>
제1조(시행일) 이 영은 2020년 5월 27일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑫까지 생략
⑬ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제130조제5항제9호 중 "「문화재보호법」 제2조제2항"을 "「문화재보호법」 제2조제3항"으로, "제3항제1호"를 "제4항제1호"로 한다.
⑭부터 <18>까지 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제104조의21제3항 및 제11항의 개정규정은 이 영 시행 이후 국내에서 사업장을 창업하거나 신설 또는 증설하는 경우부터 적용한다.
제3조(노후자동차 교체에 대한 개별소비세 등 감면에 관한 적용례) 제111조제8항제3호의 개정규정은 2020년 1월 1일 이후 제조장에서 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.

부칙(소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법 시행령) <제30586호,2020.3.31>
제1조(시행일) 이 영은 2020년 4월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제6항 각 호 외의 부분 중 "「소재ㆍ부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」에 따른 소재ㆍ부품전문투자조합(이하 "소재ㆍ부품전문투자조합"이라 한다)"을 "「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」에 따른 전문투자조합(이하 "전문투자조합"이라 한다)"으로 하고, 같은 조 제10항제3호 중 "소재ㆍ부품전문투자조합"을 "전문투자조합"으로 한다.
⑧ 생략
제10조 생략

부칙(건설산업기본법 시행령) <제30423호,2020.2.18>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑬까지 생략
⑭ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제98조제1항제2호, 같은 조 제5항제2호, 제99조제2항 본문 및 제99조의3제4항 본문 중 "주택건설업자"를 각각 "주택건설사업자"로 하고, 제106조제7항제46호 중 "건설업자단체"를 "건설사업자단체"로 한다.
⑮부터 <20>까지 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제105조제2항, 제109조의2제7항, 제109조의3제9항 및 제12항의 개정규정은 2020년 7월 1일부터 시행하고, 제121조의2의 개정규정(신문 구독료와 관련된 부분에 한정한다)은 2021년 1월 1일부터 시행하며, 제35조의3 및 제35조의4의 개정규정은 2022년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제16835호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 경우부터 적용한다.
제3조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제5조제7항의 개정규정은 2020년 1월 1일 이후 창업하는 경우부터 적용한다.
제4조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제9조제15항 및 제16항의 개정규정은 2020년 1월 1일 이후 같은 조 제15항 각 호의 개정규정의 어느 하나에 해당하게 되는 분부터 적용한다.
제5조(중소기업창업투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제14조제6항제1호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
제6조(안전시설의 범위에 관한 적용례) 제22조의5제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 투자하는 분부터 적용한다.
제7조(청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례) 제26조의5제7항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.
제8조(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례) 제26조의7제5항 및 제6항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.
제9조(중소기업 취업자에 대한 소득세 감면에 관한 적용례) 제27조제3항의 개정규정(같은 항 제21호부터 제23호까지의 개정규정은 제외한다)은 이 영 시행 이후 연말정산 또는 종합소득과세표준을 확정신고하는 분부터 적용한다.
제10조(가업의 승계에 대한 증여세 과세특례에 관한 적용례) 제27조의6제6항제2호의 개정규정은 이 영 시행 이후 업종을 변경하는 경우부터 적용한다.
제11조(전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제43조의7제3항의 개정규정은 2019년 1월 1일 이후 제휴법인과의 계약을 통하여 협력관계를 형성한 계획에 대해서도 적용한다.
제12조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제66조제14항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다.
제13조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제73조제5항 및 제8항의 개정규정은 이 영 시행 이후 현물출자하는 분부터 적용한다.
제14조(소형주택 임대사업자 세액감면의 임대료 증액제한 요건에 관한 적용례) 제96조제2항제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 주택 임대차계약을 갱신하거나 새로 체결하는 분부터 적용하고, 임대보증금과 월임대료 상호 간 전환은 이 영 시행 이후 전환하는 분부터 적용한다.
제15조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면신청 시 첨부서류 간소화에 관한 적용례) 제97조제4항제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 감면신청하는 분부터 적용한다.
제16조(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 과세특례의 임대료 증액제한 등에 관한 적용례) 제97조의3제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 주택 임대차계약을 갱신하거나 새로 체결하는 분부터 적용하고, 임대보증금과 월임대료 상호 간 전환은 이 영 시행 이후 전환하는 분부터 적용한다.
제17조(근로장려세제 및 자녀장려세제에 관한 적용례) 제100조의2제3항, 제100조의4제1항부터 제3항까지, 제100조의5, 제100조의6제2항 및 제4항, 제100조의7제4항 및 제7항, 제100조의9제7항 및 제100조의31제1항의 개정규정은 2020년 5월 이후 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청 또는 정산하는 분부터 적용하고, 제100조의9제2항, 별표 11 및 별표 11의2의 개정규정은 이 영 시행 이후 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청하는 분부터 적용한다.
제18조(외국인관광객 부가가치세 환급 특례적용 관광호텔 및 의료기관의 부가가치세 신고에 관한 적용례) 제109조의2제7항 및 제109조의3제9항의 개정규정은 2020년 7월 1일 이후 환급증명서 또는 환급ㆍ송금증명서를 송부받아 부가가치세를 신고하는 분부터 적용한다.
제19조(성실사업자의 의료비 등 세액공제에 관한 적용례) 제117조의3제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 「소득세법」 제70조제1항에 따라 종합소득과세표준을 확정신고하는 분부터 적용한다.
제20조(신용카드등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제121조의2제6항 및 제9항(박물관 및 미술관 사용분과 관련된 부분에 한정한다)의 개정규정은 이 영 시행 이후 연말정산 또는 종합소득과세표준을 확정신고하는 분부터 적용한다.
제21조(조세특례의 사전ㆍ사후관리에 관한 적용례) 제135조제3항제3호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 연도에 기획재정부장관이 실시하는 조세특례에 대한 평가분부터 적용한다.
제22조(신성장ㆍ원천기술에 관한 적용례) 별표 7의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.
제23조(시행 예정인 법률의 인용에 따른 특례) ① 제12조의3제1항 및 제16조제2항의 개정규정 중 "「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」"은 2020년 3월 31일까지는 "법률 제16859호 소재ㆍ부품전문기업 등의 육성에 관한 특별법 전부개정법률"로 본다.
② 제22조의10제2항제1호다목의 개정규정 중 "「애니메이션산업 진흥에 관한 법률」"은 2020년 6월 3일까지는 "법률 제16690호 애니메이션산업 진흥에 관한 법률"로 본다.
제24조(안전시설의 범위에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 투자한 분에 대해서는 제22조의5제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제25조(청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 과세표준을 신고한 경우에는 제26조의5제7항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제26조(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 과세표준을 신고한 경우에는 제26조의7제5항 및 제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제27조(중소기업의 사회보험료 세액공제에서 제외되는 금액에 관한 경과조치) 법률 제16835호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 전 개시한 과세연도분의 경우에는 제27조의4제8항 및 제9항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제28조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 이 영 시행일이 속하는 과세기간 전의 과세기간분에 대해서는 제66조제14항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제29조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 현물출자한 분에 대해서는 제73조제5항 및 제8항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제30조(전자신고 세액공제의 연간 공제한도에 관한 경과조치) 법률 제16835호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 전에 세무사가 본인의 과세표준을 신고한 경우에는 제104조의5제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제31조(군인 등에게 판매하는 물품에 대한 주세의 면제에 관한 경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 제113조제1항제2호에 따라 주세의 면제 대상으로 인정된 자는 제113조제1항제2호의 개정규정에 따른 주세의 면제 대상으로 본다.
제32조(성실사업자의 의료비 등 세액공제에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 「소득세법」 제70조제1항에 따른 신고기한이 경과한 분에 대해서는 제117조의3제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제33조(신용카드등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 경과조치) 제121조의2제6항의 개정규정에도 불구하고 2018년 12월 31일 이전에 사용한 분에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

부칙(문화재보호법 시행령) <제30285호,2019.12.31>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑦까지 생략
⑧ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제130조제5항제9호 중 "제3항에 따른 등록문화재"를 "제3항제1호에 따른 국가등록문화재"로 한다.
⑨ 및 ⑩ 생략

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(주식ㆍ사채 등의 전자등록에 관한 법률 시행령) <제29892호,2019.6.25>
제1조(시행일) 이 영은 2019년 9월 16일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑮까지 생략
<16> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제72조제3항 중 "예탁자로 하여 개설된 계좌를 통하여 한국예탁결제원에 만기까지 예탁하는"을 "「주식ㆍ사채 등의 전자등록에 관한 법률」 제19조에 따른 계좌관리기관으로 하여 개설한 계좌를 통하여 만기까지 보유하는"으로 하고, 같은 조 제7항 및 제8항 중 "예탁사실"을 각각 "보유사실"로 한다.
제73조제7항 중 "예탁사실"을 "보유사실"로 한다.
제83조제1항제1호 중 "「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조제1호 각목의 1에 해당하는 금융기관에 계좌를 개설하여 1년 이상 계속하여 예탁할 것"을 "「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금융기관에 계좌를 개설하여 1년 이상 계속하여 전자등록(「주식ㆍ사채 등의 전자등록에 관한 법률」제2조제2호에 따른 전자등록을 말한다. 이하 같다)하여 보유하거나 예탁할 것"으로 한다.
제93조제1항 중 "(「전자단기사채등의 발행 및 유통에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 전자단기사채의 경우 A3+ 이하)"를 "[「주식ㆍ사채 등의 전자등록에 관한 법률」 제59조에 따른 단기사채등(같은 법 제2조제1호나목에 따른 권리에 한정한다)의 경우 A3+ 이하]"로 한다.
<17> 생략
제10조 생략

부칙(한국해양교통안전공단법 시행령) <제29849호,2019.6.11>
제1조(시행일) 이 영은 2019년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제7항제24호를 다음과 같이 한다.
24. 「한국해양교통안전공단법」에 따라 설립된 한국해양교통안전공단
⑦부터 ⑩까지 생략

부칙(중소기업진흥에 관한 법률 시행령) <제29677호,2019.4.2>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <44>까지 생략
<45> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제99조의6제1항제1호 및 같은 조 제10항제1호 중 "중소기업진흥공단"을 각각 "중소벤처기업진흥공단"으로 한다.
<46>부터 <61>까지 생략

부칙(철도의 건설 및 철도시설 유지관리에 관한 법률 시행령) <제29617호,2019.3.12>
제1조(시행일) 이 영은 2019년 3월 14일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 <21>까지 생략
<22> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 6의2 제17호 중 "「철도건설법」"을 "「철도의 건설 및 철도시설 유지관리에 관한 법률」"로, "동법 제22조"를 "「역세권의 개발 및 이용에 관한 법률」 제4조"로 한다.
<23>부터 <33>까지 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제121조의2제8항ㆍ제13항의 개정규정(박물관ㆍ미술관 입장료와 관련된 부분에 한정한다)은 2019년 7월 1일부터 시행하고, 제9조제9항부터 제13항까지, 제22조의9제1항 및 별표 6의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제16009호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
제3조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제9조제9항 및 제10항의 개정규정은 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
제4조(중소기업창업투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) ① 제14조제1항제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 연말정산하는 분부터 적용한다.
② 제14조제1항제4호의 개정규정은 이 영 시행 이후 설정되는 투자신탁 분부터 적용한다.
③ 제14조제10항의 개정규정은 이 영 시행 이후 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
④ 제14조제11항의 개정규정은 이 영 시행 이후 법 제16조제2항 단서에 따른 사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제5조(중소기업 취업자에 대한 소득세 감면에 관한 적용례) 제27조제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 취업하는 분부터 적용한다.
제6조(주식매각 후 벤처기업등 재투자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제43조의8제5항의 개정규정은 2019년 1월 1일 이후 매각대상기업의 주식을 양도하는 분부터 적용한다.
제7조(축사용지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제66조의2제9항의 개정규정은 이 영 시행 이후 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다.
제8조(장기주택마련저축의 범위 등에 관한 적용례) 제81조제15항의 개정규정은 이 영 시행 이후 가입하는 분부터 적용한다.
제9조(우리사주조합원 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제82조의4제15항의 개정규정은 이 영 시행 이후 제출하는 분부터 적용한다.
제10조(개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제93조의4제7항의 개정규정은 이 영 시행 이후 가입하는 분부터 적용한다.
제11조(장병내일준비적금에 대한 비과세에 관한 적용례) 제93조의5제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 가입하는 경우부터 적용한다.
제12조(월세 세액공제에 관한 적용례) 제95조제2항제1호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 지급하는 월세 분부터 적용한다.
제13조(소형주택 임대사업자에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제96조제2항제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 임대차계약을 갱신하거나 체결하는 분부터 적용한다.
제14조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제97조제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다.
제15조(임대주택 부동산투자회사의 현물출자자에 대한 과세특례 등에 관한 적용례) 제97조의6제8항제2호 각 목 외의 부분의 개정규정은 이 영 시행 이후 이자상당액을 납부하는 분부터 적용한다.
제16조(근로장려금 및 자녀장려금에 관한 적용례) ① 제100조의4제3항ㆍ제8항 및 제100조의14제2항의 개정규정은 이 영 시행 이후 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청하는 분부터 적용한다.
② 제100조의4제4항, 제100조의6제4항제2호 및 제100조의7제2항ㆍ제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 발생하는 소득에 대해 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청하는 분부터 적용한다.
제17조(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례에 관한 적용례) ① 제100조의32제4항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.
② 제100조의32제6항제2호의 개정규정은 이 영 시행 이후 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.
제18조(전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의5제2항의 개정규정은 이 영 시행 이후 소득세를 신고하는 분부터 적용한다.
제19조(경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 적용례) 제112조의2제3항의 개정규정은 법률 제16009호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 환급대상자가 환급용 유류구매카드로 구매하는 분부터 적용한다.
제20조(증권거래세의 면제에 관한 적용례) 제115조의 개정규정은 2019년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용한다.
제21조(면세점 구매비용에 대한 신용카드소득공제 제외에 관한 적용례) 제121조의2제6항의 개정규정은 이 영 시행 이후 면세점에서 지출하는 분부터 적용한다.
제22조(신용카드등사용금액 소득공제 신청에 관한 적용례) 제121조의2제8항의 개정규정은 이 영 시행 이후 연말정산하는 분부터 적용한다. 다만, 박물관ㆍ미술관 입장료와 관련된 부분은 2019년 7월 1일 이후 사용분에 대해 연말정산하는 분부터 적용한다.
제23조(접대비의 손금불산입특례에 관한 적용례) 제130조제5항의 개정규정은 이 영 시행 이후 지출하는 분부터 적용한다.
제24조(연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 관한 특례) 별표 6에도 불구하고 2020년 1월 1일 전에 개시하는 과세연도 분까지는 별표 6의3에 따른다.
제25조(이자율에 관한 경과조치) 이 영 시행 이후 납부 또는 부과하는 경우 제8조제3항제3호, 제11조의3제12항제2호, 제11조의4제10항제2호, 제12조의2제3항제2호, 제22조의7제4항제2호, 제22조의9제7항제2호, 제26조의4제15항제2호나목, 제27조의2제2항제2호, 제27조의5제7항제3호, 제27조의6제4항제3호, 제30조제9항제1호나목 및 같은 항 제2호나목, 제30조의2제6항제2호, 제34조제11항제2호, 제35조의3제10항제2호, 제36조제11항제1호나목 및 같은 항 제2호나목, 제37조제19항제1호나목 및 같은 항 제2호나목, 제43조제8항제1호나목 및 같은 항 제2호나목, 제60조의2제15항제2호, 제63조제9항제2호, 제67조제11항제2호, 제71조제6항, 제97조의6제8항제1호나목 및 같은 항 제2호나목, 제97조의8제5항제2호, 제100조의11제2항, 제100조의26제2항, 제100조의32제21항제2호, 제104조의6제3항제2호, 제104조의15제4항제2호, 제104조의18제3항제2호, 제104조의20제6항제2호, 제106조의9제8항, 제106조의13제7항, 제116조의7제3항제2호, 제116조의30제10항제2호, 제116조의31제10항제1호나목 및 같은 항 제2호나목, 제116조의32제15항제1호나목 및 같은 항 제2호나목, 제116조의33제3항제2호, 제116조의34제7항제1호나목 및 같은 항 제2호나목, 제116조의35제7항제2호 및 제137조제2항제2호의 개정규정에도 불구하고 해당 이자상당가산액 또는 이자상당액의 계산의 기준이 되는 기간 중 이 영 시행일 전일까지의 기간에 대한 이자율은 종전의 규정에 따른다.
제26조(주식매각 후 벤처기업등 재투자에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 2019년 1월 1일 전에 매각대상기업의 주식을 양도한 분을 2019년 1월 1일 이후 재투자하는 경우에는 제43조의8제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제27조(농업회사법인에 대한 세액감면 등에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 신설된 농업회사법인의 경우에는 제65조제2항 각 호 외의 부분의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제28조(소형주택 임대사업자에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 세액의 감면을 신청한 경우에는 제96조제6항제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제29조(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 경과조치) ① 이 영 시행 전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항에 따라 변경 신고한 경우에는 제97조의3제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 이 영 시행일 현재 단기민간임대주택을 8년 초과하여 임대한 경우에는 제97조의3제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제30조(근로장려금 및 자녀장려금에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청한 분에 대해서는 제100조의6제5항, 별표 11 및 별표 11의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 적용례 등) ① 제97조의3제3항제4호의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제97조의3제3항제4호의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
1. 2018년 9월 13일 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득한 경우
2. 2018년 9월 13일 이전에 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우

부칙(출입국관리법 시행령) <제29163호,2018.9.18>
제1조(시행일) 이 영은 2018년 9월 21일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑫까지 생략
⑬ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제92조의11제5항제2호 각 목 외의 부분 단서 중 "별표 1 제28호의2"를 "별표 1의2 제26호"로 한다.
⑭부터 <17>까지 생략
제3조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제5조제1항제1호의 개정규정은 2018년 5월 29일 이후 창업하는 분부터 적용한다.
제3조(중소기업 취업 시 소득세 감면이 적용되는 청년의 범위에 관한 적용례) 제27조제1항제1호의 개정규정은 이 영 시행일이 속한 과세기간부터 적용하되, 이 영 시행 전에 취업한 청년에 대해서도 적용한다.

부칙(민간임대주택에 관한 특별법 시행령) <제29045호,2018.7.16>
제1조(시행일) 이 영은 2018년 7월 17일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제96조제2항 각 호 외의 부분 중 "기업형임대주택 또는 준공공임대주택"을 "공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택"으로 하고, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 중 "기업형임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 준공공임대주택(이하 이 조에서 "준공공임대주택등"이라 한다)"을 "공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)"로 하며, 같은 항 제2호 중 "준공공임대주택등"을 각각 "장기일반민간임대주택등"이라 하고, 같은 조 제4항 중 "준공공임대주택등"을 각각 "장기일반민간임대주택등"으로 한다.
제97조의3의 제목 중 "준공공임대주택등"을 "장기일반민간임대주택등"으로 하고, 같은 조 제2항 중 "기업형임대주택 또는 같은 조 제5호의 준공공임대주택(이하 이 조에서 "준공공임대주택등"이라 한다)"을 "공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)"로 하며, 같은 조 제4항 전단 및 후단 중 "준공공임대주택등"을 각각 "장기일반민간임대주택등"이라 하고, 같은 조 제5항 전단 중 "준공공임대주택등"을 "장기일반민간임대주택등"이라 한다.
제97조의5의 제목 중 "준공공임대주택등"을 "장기일반민간임대주택등"으로 하고, 같은 조 제1항 전단 중 "기업형임대주택 또는 같은 조 제5호의 준공공임대주택(이하 이 조에서 "준공공임대주택등"이라 한다)"을 "공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)"으로, "준공공임대주택등으로"를 "장기일반민간임대주택등으로"로 하며, 같은 조 제3항 전단 및 후단 중 "준공공임대주택등"을 각각 "장기일반민간임대주택등"으로 하고, 같은 조 제4항 전단 중 "준공공임대주택등"을 "장기일반민간임대주택등"으로 한다.
제97조의7의 제목 중 "기업형임대사업자"를 "임대사업자"로 하고, 같은 조 제2항 중 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제8호의 기업형임대사업자"를 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제7호에 따른 임대사업자로서 같은 조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 300호 또는 300세대 이상 취득하였거나 취득하려는 자"로 한다.
⑧ 생략

부칙(혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 시행령) <제28686호,2018.2.27>
제1조(시행일) 이 영은 2018년 3월 27일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <16>까지 생략
<17> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제58조제1항 중 "「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」"을 "「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」"으로 한다.
제60조의2제1항 각 호 외의 부분 단서 중 "「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」"을 "「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」"으로 한다.
제79조의3제1항 각 호 외의 부분 중 "「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」"을 "「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」"으로 한다.
<18>부터 <25>까지 생략
제3조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제121조의3제8항의 개정규정은 2018년 4월 1일부터 시행하고, 제71조제7항제3호, 제104조의5제5항 및 제106조의14제1항부터 제4항까지의 개정규정은 2019년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제15227호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 경우부터 적용한다.
제3조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) ① 제14조제1항 및 제2항의 개정규정은 이 영 시행 이후 설정된 벤처기업투자신탁에 투자하는 분부터 적용한다.
② 제14조제3항의 개정규정은 법률 제15227호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
제4조(가업의 승계에 대한 증여세 과세특례에 관한 적용례) 제27조의6제6항제2호의 개정규정은 이 영 시행 이후 출자전환을 하는 경우부터 적용한다.
제5조(사업전환 무역조정지원기업에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제30조제9항제2호가목의 개정규정은 이 영 시행 이후 법 제33조제1항에 따른 사업전환을 하지 아니하거나 전환사업을 폐업 또는 해산하는 경우부터 적용한다.
제6조(내국법인의 금융채무 상환을 위한 자산매각에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제34조 및 제116조의30의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제7조(채무의 인수ㆍ변제에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제36조의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제8조(주식매각 후 벤처기업 등 재투자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제43조의8제6항의 개정규정은 이 영 시행 이후 설정된 벤처기업투자신탁에 투자하는 경우부터 적용한다.
제9조(기부장려금단체의 취소사유에 관한 적용례) 제71조제7항제3호의 개정규정은 2019년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
제10조(전자신고세액공제에 관한 적용례) 제104조의5제5항의 개정규정은 2019년 1월 1일 이후 세액공제를 신청하는 분부터 적용한다.
제11조(정부업무대행단체에 관한 적용례) 제106조제7항제57호의 개정규정은 이 영 시행 이후 신고하거나 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다.
제12조(채무의 인수ㆍ변제에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제116조의31의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제13조(기업 간 주식등의 교환에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제116조의34조제7항의 개정규정은 이 영 시행 이후 주주등이 법 제121조의30제3항 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우부터 적용한다.
제14조(현금영수증사업자 및 현금영수증가맹점에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제121조의3제8항의 개정규정은 2018년 4월 1일 이후 현금영수증을 발급하는 분부터 적용한다.
제15조(어업용 토지등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 특례) ① 이 영 시행 당시 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 어업용 토지등에 대해서는 제66조의3제3항제1호 각 목 외의 부분 본문의 개정규정을 적용할 때 이 영 시행일을 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 날로 본다.
② 이 영 시행 당시 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 어업용 토지등 외의 토지로 환지 예정지 지정을 받은 어업용 토지등에 대해서는 제66조의3제3항제2호의 개정규정을 적용할 때 이 영 시행일을 그 환지 예정지 지정일로 본다.
제16조(자경산지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 특례) ① 이 영 시행 당시 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 산지에 대해서는 제66조의4제3항제1호 본문의 개정규정을 적용할 때 이 영 시행일을 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 날로 본다.
② 이 영 시행 당시 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 산지 외의 토지로 환지 예정지 지정을 받은 산지에 대해서는 제66조의4제3항제2호의 개정규정을 적용할 때 이 영 시행일을 그 환지 예정지 지정일로 본다.
제17조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 설정된 벤처기업투자신탁에 대해서는 제14조제1항 및 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제18조(사업전환 무역조정지원기업에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 법 제33조제1항에 따른 사업전환을 하지 아니하거나 전환사업을 폐업 또는 해산하는 경우에 대해서는 제30조제9항제2호가목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제19조(주식매각 후 벤처기업 등 재투자에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 설정된 벤처기업투자신탁에 투자하는 경우에 대해서는 제43조의8제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제20조(재기중소기업인의 체납액 등에 대한 과세특례의 요건완화 등에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 유예를 신청한 재기중소기업인에 대해서는 제99조의6의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제21조(기업 간 주식등의 교환에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 주주등이 법 제121조의30제3항 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에 대해서는 제116조의34제7항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제22조(현금영수증사업자 및 현금영수증가맹점에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 2018년 3월 31일 이전에 현금영수증을 발급한 분에 대해서는 제121조의3제8항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제23조(자경농지ㆍ축사용지에 대한 양도소득세 5년간 감면한도가 적용되는 사업지역의 범위) 법률 제15227호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제61조에서 "대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역"이란 해당 공익사업의 시행자가 2017년 12월 31일 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다.

부칙(빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 시행령) <제28627호,2018.2.9>
제1조(시행일) 이 영은 2018년 2월 9일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑦까지 생략
⑧ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제72조제5항 중 "사업시행인가"를 각각 "사업시행계획인가"로 한다.
제96조제3항제6호 중 "주택재건축사업 또는 주택재개발사업"을 "재건축사업, 재개발사업 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업"으로, "관리처분계획"을 "관리처분계획(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획을 말한다)"으로 한다.
제97조의5제1항제3호 중 "주택재건축사업 또는 주택재개발사업"을 "재건축사업, 재개발사업 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업"으로, "관리처분계획"을 "관리처분계획(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획을 말한다)"으로 한다.
제99조의2제1항제8호가목 중 "주택재개발사업 또는 주택재건축사업"을 "재개발사업, 재건축사업 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업"으로, "관리처분계획"을 "관리처분계획(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획을 말한다)"으로 한다.
제104조의23제3호 중 "「도시 및 주거환경정비법」 제16조의2제7항제3호"를 "「도시 및 주거환경정비법」 제133조제3호"로 한다.
⑨부터 ⑪까지 생략
제5조 생략

부칙(물환경보전법 시행령) <제28583호,2018.1.16>
제1조(시행일) 이 영은 2018년 1월 18일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <26>까지 생략
<27> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제22조의3제1항제1호 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」"을 "「물환경보전법」"으로 한다.
제60조제1항 각 호 외의 부분 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」"을 "「물환경보전법」"으로 한다.
제60조의2제2항제1호 중 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」"을 "「물환경보전법」"으로 한다.
<28>부터 <46>까지 생략

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(행정안전부와 그 소속기관 직제) <제28211호,2017.7.26>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제8조에 따라 개정되는 대통령령 중 이 영 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 대통령령을 개정한 부분은 각각 해당 대통령령의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법령의 개정) ①부터 <31>까지 생략
<32> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제5항 각 호 외의 부분 및 제121조의2제12항 전단 중 "중소기업청장"을 각각 "중소벤처기업부장관"으로 한다.
<33>부터 <388>까지 생략

부칙(농업협동조합법 시행령) <제28152호,2017.6.27>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑬까지 생략
⑭ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의28제2항제2호 중 "「농업협동조합법」 제134조의2제3항"을 "「농업협동조합법」 제161조의4제1항제6호"로 한다.
⑮부터 <17>까지 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례) 제26조의5제6항제1호 및 제2호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 공제받은 분부터 적용한다.
제3조(노후경유자동차 교체에 대한 개별소비세 등 감면에 관한 적용례) 제111조제8항제2호의 개정규정은 이 영 시행 전에 「자동차관리법」 제13조제1항제1호에 따라 자동차해체재활용업자에게 노후경유자동차의 폐차를 요청한 경우에도 적용한다.

제1조(시행일) 이 영은 2017년 4월 10일부터 시행한다.
제2조(경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 적용례) 제112조의2제3항 전단의 개정규정은 2017년 1월 1일 이후 환급대상자가 환급용 유류구매카드를 통하여 구매하는 유류에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 대하여 적용한다. 다만, 2017년 1월 1일부터 2017년 4월 9일까지의 기간에 구매한 유류에 대하여 환급하는 세액의 한도액은 10만원으로 한다.

부칙(공항시설법 시행령) <제27972호,2017.3.29>
제1조(시행일) 이 영은 2017년 3월 30일부터 시행한다.
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법령의 개정) ①부터 <35>까지 생략
<36> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의2제3항제3호라목 중 "「항공법」 제2조제8호"를 "「공항시설법」 제2조제7호"로 하고, "같은 조 제9호"를 "같은 조 제4호"로 한다.
<37>부터 <45>까지 생략
제10조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
제3조(중소기업 및 중견기업의 범위확대에 관한 적용례) 제2조제1항, 제4조제1항, 제9조제4항 및 제10조제1항의 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분(투자, 고용 또는 연구ㆍ인력개발비의 경우에는 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도에 투자하거나 고용을 개시하거나 연구ㆍ인력개발비가 발생하는 분을 말한다)부터 적용한다.
제4조(기술비법의 범위 등에 관한 적용례) 제11조제3항부터 제5항까지의 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 특허권, 실용신안권, 기술비법 또는 기술을 이전ㆍ취득 및 대여하는 경우부터 적용한다.
제5조(고용창출투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항 및 제4항의 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 투자하는 경우부터 적용한다.
제6조(내국법인의 금융채무 상환을 위한 자산매각에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제34조제6항제5호 및 같은 조 제7항제5호의 개정규정은 이 영 시행 이후 재무구조개선계획에 따라 양도하는 경우부터 적용한다.
제7조(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례에 관한 적용례) 제35조의2의 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 주식의 포괄적 교환등을 한 경우부터 적용한다.
제8조(채무의 인수ㆍ변제에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제36조제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제9조(주주 등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례에 관한 적용례) 제37조제11항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제10조(주식매각 후 벤처기업 등 재투자에 대한 과세특례에 대한 적용례) 제43조의8의 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 매각대상기업의 주식을 양도한 경우부터 적용한다.
제11조(합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제44조의4제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제12조(법인 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 데 따른 양도차익에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제57조제5항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제13조(공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 적용례) 제58조제8항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제14조(기부장려금에 관한 적용례) ① 제71조제1항제4호의 개정규정은 이 영 시행 이후 지정을 신청하는 경우부터 적용한다.
② 제71조제5항의 개정규정은 이 영 시행 이후 기부장려금을 결정하는 경우부터 적용한다.
제15조(대토를 상속ㆍ증여한 경우 양도소득세 신고ㆍ납부기한 연장에 관한 적용례) 제73조제5항의 개정규정은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여하는 경우부터 적용한다.
제16조(주택청약종합저축 소득공제에 관한 적용례) 제81조제5항의 개정규정은 이 영 시행 이후 서류를 제출하는 경우부터 적용한다.
제17조(임대주택 부동산투자회사등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제81조의3제1항 및 제3항부터 제5항까지의 개정규정은 이 영 시행 이후 부동산집합투자기구등에 가입하는 경우부터 적용한다.
제18조(개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제93조의4의 개정규정은 이 영 시행 이후 개인종합자산관리계좌에 가입하는 경우부터 적용한다.
제19조(월세 세액공제에 관한 적용례) 제95조제2항의 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세기간에 지급하는 월세분부터 적용한다.
제20조(근로장려금의 환급 및 수급사실 증명서 발급에 관한 적용례) ① 제100조의9제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 계좌개설을 신고하는 경우부터 적용한다.
② 제100조의9제3항의 개정규정은 이 영 시행 전에 근로장려금을 받은 분에 대해서도 적용한다.
제21조(외국 연ㆍ기금의 국내투자에 대한 소득원천별 과세 적용범위 확대에 관한 적용례) 제100조의18제6항제4호나목의 개정규정은 이 영 시행 이후 경영참여형 사모집합투자기구가 투자목적회사를 통하여 지급받은 소득을 수동적동업자에게 배분하는 경우부터 적용한다.
제22조(자본확충목적회사에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제23조(부가가치세의 면제 등에 관한 적용례) ① 제106조제7항제22호의2의 개정규정은 이 영 시행 전에 시ㆍ군 또는 자치구에서 설립한 지방공사가 「지방공기업법」 제78조 및 제78조의2에 따른 경영개선명령 등에 따라 공사ㆍ공단과 합병하거나 같은 법 제49조에 따른 설립 타당성 평가에 따라 자발적으로 공사ㆍ공단과 합병한 경우에도 적용한다.
② 제106조제7항제44호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 재화 또는 용역을 공급하는 경우부터 적용한다.
제24조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제특례에 관한 적용례) 제110조제6항의 개정규정은 이 영 시행 이후 결정ㆍ경정하는 경우부터 적용한다.
제25조(경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 적용례) 제112조의2제3항의 개정규정은 법률 제14390호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 환급대상자가 환급용 유류구매카드로 구매하는 경우부터 적용한다.
제26조(합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제116조의35제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제27조(사업전환 중소기업에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 종전의 제30조의2제3항에 따른 전환사업을 추가한 날이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 3년이 경과한 경우에는 제30조의2제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제28조(아시아문화중심도시 투자진흥지구 안 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 아시아문화중심도시 투자진흥지구에 입주한 기업에 대해서는 제116조의25제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제29조(기업 간 주식등의 교환에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 「기업 활력 제고를 위한 특별법」에 따른 사업재편계획 승인을 받아 주식을 교환한 경우에는 제116조의34제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제30조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 신성장동력산업 분야별 대상기술 또는 원천기술을 얻기 위하여 발생한 비용에 대해서는 별표 7 및 별표 8의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(광산안전법 시행령) <제27767호,2017.1.6>
제1조(시행일) 이 영은 2017년 1월 7일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑦까지 생략
⑧ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제22조제1항제7호 중 "「광산보안법」에 의한 광산보안시설"을 "「광산안전법」에 따른 광산안전시설"로 한다.
⑨ 및 ⑩ 생략
제5조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제14조의3제5항제4호의 개정규정은 이 영 시행 이후 부여하는 주식매수선택권부터 적용한다.
제3조(전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제43조의7제3항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 제휴법인과의 계약을 통하여 협력관계를 형성한 계획에 대해서도 적용한다.
제4조(개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제93조의4제12항제3호 및 같은 조 제14항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 이전하는 분부터 적용한다.
제5조(수산업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) ① 제116조의29제1항부터 제6항까지의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 제116조의29제7항부터 제9항까지의 개정규정은 2016년 12월 1일 이후 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.

부칙(지방회계법 시행령) <제27621호,2016.11.29>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 11월 30일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제7항제49호 중 "「지방재정법 시행령」 제103조의2제3호"를 "「지방회계법 시행령」 제62조제3호"로 한다.
⑧부터 ⑭까지 생략
제3조 생략

부칙(병역법 시행령) <제27620호,2016.11.29>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 11월 30일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 <20>까지 생략
<21> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제113조제1항제1호 중 "제1국민역의 무관후보생"을 "병역준비역의 군간부후보생"으로, "교육소집중에"를 "군사교육소집 중에"로 하고, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 후단 중 "제1국민역의 무관후보생"을 "병역준비역의 군간부후보생"으로, "교육소집중에"를 "군사교육소집 중에"로 한다.
<22>부터 <26>까지 생략

부칙(경비교도대 폐지에 따른 보상 등에 관한 법률 시행령) <제27617호,2016.11.29>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 11월 30일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑭까지 생략
⑮ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조제1항제1호가목 중 "제24조, 제25조"를 "제25조"로, "경비교도 ㆍ의무경찰"을 "의무경찰"로 한다.
<16> 및 <17> 생략

부칙(중소기업진흥에 관한 법률 시행령) <제27524호,2016.9.29>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 9월 30일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ① 및 ② 생략
③ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제28조제4항 중 "「지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률」 제50조제1항"을 "「중소기업진흥에 관한 법률」 제62조의23제1항"으로 한다.
④부터 ⑥까지 생략
제4조 생략

부칙(서민의 금융생활 지원에 관한 법률 시행령) <제27511호,2016.9.22>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 9월 23일부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑥까지 생략
⑦ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제99조의6제1항제2호 중 "「민법」 제32조에 따라 금융위원회로부터 허가를 받아 설립된 신용회복위원회"를 "「서민의 금융생활 지원에 관한 법률」 제56조에 따른 신용회복위원회"로 한다.
⑧ 및 ⑨ 생략
제8조 생략

부칙(2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 지원 등에 관한 특별법 시행령) <제27464호,2016.8.29>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 8월 30일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제104조의25의 제목 중 "장애인동계올림픽대회"를 "동계패럴림픽대회"로 한다.
제106조제7항제52호를 다음과 같이 한다.
52. 「2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 지원 등에 관한 특별법」 제5조에 따른 2018 평창 동계올림픽대회 및 동계패럴림픽대회 조직위원회
제5조 생략

부칙(공동주택관리법 시행령) <제27445호,2016.8.11>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 8월 12일부터 시행한다.
제2조부터 제20조까지 생략
제21조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑪까지 생략
⑫ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제6항제1호가목 중 "「주택법 시행령」 제58조"를 "「공동주택관리법 시행령」 제23조"로, "같은 시행령 별표 5 제1호"를 "같은 시행령 별표 2 제1호"로, "같은 법 시행령 별표 5 제2호부터 제9호까지"를 "같은 법 시행령 별표 2 제2호부터 제10호까지"로 하고, 같은 호 나목 중 "「주택법 시행령」 제58조"를 "「공동주택관리법 시행령」 제23조"로 한다.
⑬부터 ⑮까지 생략
제22조 생략

부칙(주택법 시행령) <제27444호,2016.8.11>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 8월 12일부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법령의 개정) ①부터 <54>까지 생략
<55> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제94조제2항 중 "「주택법」 제2조제3호"를 "「주택법」 제2조제6호"로 한다.
제95조제2항 각 호 외의 부분 중 "「주택법 시행령」 제2조의2제4호"를 "「주택법 시행령」 제4조제4호"로 하고, 같은 항 제1호 전단 중 "「주택법」 제2조제3호"를 "「주택법」 제2조제6호"로 한다.
제96조제2항제1호 각 목 외의 부분 및 제97조의3제3항제2호 중 "「주택법」 제2조제3호"를 각각 "「주택법」 제2조제6호"로 한다.
제98조의2제1항제1호 중 "「주택법」 제38조"를 "「주택법」 제54조"로 하고, 같은 항 제2호 중 "「주택법」 제16조"를 "「주택법」 제15조"로, "「주택법」 제38조"를 "「주택법」 제54조"로 한다.
제98조의3제1항제1호 중 "「주택법」 제38조"를 "「주택법」 제54조"로 하고, 같은 항 제2호 중 "「주택법」 제16조"를 "「주택법」 제15조"로, "「주택법」 제38조"를 "「주택법」 제54조"로 한다.
제98조의4제1항제1호 중 "「주택법」 제38조"를 "「주택법」 제54조"로 하고, 같은 조 제9항 중 "「주택법」 제16조"를 "「주택법」 제15조"로 한다.
제98조의5제2항 본문 중 "「주택법」 제38조"를 "「주택법」 제54조"로, "같은 법 제29조"를 "같은 법 제49조"로 하고, 같은 조 제3항제2호 중 "「주택법」 제38조"를 "「주택법」 제54조"로 하며, 같은 조 제10항 중 "「주택법」 제16조"를 "「주택법」 제15조"로 한다.
제98조의6제1항 및 제2항제1호 전단 중 "「주택법」 제38조"를 각각 "「주택법」 제54조"로 하고, 같은 조 제9항 중 "「주택법」 제16조"를 "「주택법」 제15조"로 한다.
제98조의7제1항제1호 중 "「주택법」 제38조"를 "「주택법」 제54조"로, "같은 법 제29조"를 "같은 법 제49조"로 하고, 같은 조 제2항제1호 전단 중 "「주택법」 제38조"를 "「주택법」 제54조"로 하며, 같은 조 제10항 중 "「주택법」 제16조"를 "「주택법」 제15조"로 한다.
제99조의2제1항제1호 중 "「주택법」 제38조"를 "「주택법」 제54조"로 하고, 같은 항 제2호 중 "「주택법」 제16조"를 "「주택법」 제15조"로, "「주택법」 제38조"를 "「주택법」 제54조"로 하며, 같은 항 제9호 중 "「주택법 시행령」 제2조의2제4호"를 "「주택법 시행령」 제4조제4호"로 하고, 같은 조 제14항 중 "「주택법」 제16조"를 "「주택법」 제15조"로 한다.
제99조의3제3항제2호 본문 및 같은 조 제5항 중 "「주택법」 제16조의 규정에 의한"을 각각 "「주택법」 제15조에 따른"으로 한다.
제100조의14제2항제17호 중 "「주택법」 제38조"를 "「주택법」 제54조"로 한다.
<56>부터 <75>까지 생략
제8조 생략

부칙(수산종자산업육성법 시행령) <제27245호,2016.6.21>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 6월 23일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑫까지 생략
⑬ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조의2제1항제1호 중 "종묘생산업"을 "수산종자생산업"으로 한다.
제64조제3항 중 "「수산업법」에 따른 어업인으로서"를 "「수산업법」에 따른 어업인 또는 「수산종자산업육성법」에 따른 수산종자생산업자(바다, 바닷가, 수산종자생산업을 목적으로 인공적으로 조성된 육상의 해수면을 이용하는 수산종자생산업자로 한정한다)로서"로 한다.
제64조제4항 중 "같은 항 제3호에 따른 종묘생산어업"을 "「수산종자산업육성법」 제21조제1항에 따른 수산종자생산업(바다, 바닷가, 수산종자생산업을 목적으로 인공적으로 조성된 육상의 해수면을 이용하는 수산종자생산업으로 한정한다)"으로 한다.
제116조의14제1항제1호 중 "종묘생산업"을 "수산종자생산업"으로 한다.
⑭ 및 ⑮ 생략
제4조 생략

부칙(의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률 시행령) <제27241호,2016.6.21>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 6월 23일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ①부터 ③까지 생략
④ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제109조의3제2항제1호 중 "「의료법」 제27조의2제1항"을 "「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」 제6조제1항"으로 한다.

부칙(창조경제 민관협의회 등의 설치 및 운영에 관한 규정) <제27230호,2016.6.21>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 6월 23일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 및 ② 생략
③ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조의2제2항제3호를 다음과 같이 한다.
3. 「과학기술기본법」 제16조의4제3항에 따라 지정된 전담기관과 연계하여 지원하는 창업기업

부칙(기술보증기금법 시행령) <제27205호,2016.5.31>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 9월 30일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <47>까지 생략
<48> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조의2제5항 중 "기술신용보증기금"을 "기술보증기금"으로 한다.
제99조의6제1항제2호 중 "「기술신용보증기금법」에 따른 기술신용보증기금(이하 이 조에서 "기술신용보증기금"으로 한다)"을 "「기술보증기금법」에 따른 기술보증기금(이하 이 조에서 "기술보증기금"으로 한다)"으로 하고, 같은 조 제10항제1호 중 "기술신용보증기금"을 "기술보증기금"으로 한다.
<49>부터 <59>까지 생략
제3조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제5장의8(제116조의29부터 제116조의34까지)의 개정규정은 2016년 8월 13일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 영 중 소득세와 법인세에 관한 개정규정은 2016년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
제3조(해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제104조의21제3항의 개정규정은 2016년 1월 1일 이후 국내에서 창업하거나 사업장을 신설하는 경우부터 적용한다.
제4조(감면세액 추징면제에 관한 적용례) 제116조의10제2항제7호의 개정규정은 이 영 시행 이후 외국투자가의 주식등을 대한민국 국민 또는 법인에 양도하는 경우부터 적용한다.

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 경우부터 적용한다.
제3조(기술혁신형 합병에 대한 세액공제 관한 적용례) 제11조의3제1항제4호의 개정규정은 이 영 시행 이후 합병하는 분부터 적용한다.
제4조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 관한 적용례) 제11조의4제2항제4호의 개정규정은 이 영 시행 이후 주식을 취득하는 분부터 적용한다.
제5조(창업자 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제13조제1항제1호 단서 및 제2호 단서의 개정규정은 이 영 시행 이후 출자하는 분부터 적용한다.
제6조(중소기업창업투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제14조제2항의 개정규정은 이 영 시행 이후 투자하는 분부터 적용한다.
제7조(중소기업 취업자에 대한 소득세 감면에 관한 적용례) ① 제27조제2항제5호 단서, 같은 조 제8항 및 제9항의 개정규정은 이 영 시행 이후 연말정산하거나 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.
② 제27조제5항의 개정규정은 이 영 시행 이후 근로소득을 지급하는 분부터 적용한다.
제8조(창업자금에 대한 증여세 과세특례에 관한 적용례) 제27조의5제2항ㆍ제3항, 같은 조 제6항제3호 및 같은 조 제10항의 개정규정은 이 영 시행 이후 증여하는 분부터 적용한다.
제9조(가업의 승계에 대한 증여세 과세특례에 관한 적용례) 제27조의6제5항제2호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제10조(지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례 관한 적용례) 제35조의3의 개정규정은 이 영 시행 이후 적격분할하는 분부터 적용한다.
제11조(기부장려금에 관한 적용례) 제71조제10항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 신청하는 분부터 적용한다.
제12조(비과세종합저축 요건에 관한 적용례) 제82조의2제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 비과세종합저축의 계좌에서 인출하는 분부터 적용한다.
제13조(세금우대저축자료집중기관에 관한 적용례) 제83조의2의 개정규정은 이 영 시행 이후 통보하는 분부터 적용한다.
제14조(고위험고수익투자신탁 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제93조제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 신규로 가입한 자가 있는 고위험고수익투자신탁 등으로서 2016년 4월 1일 이후 평균보유비율을 계산하는 분부터 적용한다.
제15조(기업형임대사업자에게 양도하는 토지에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제97조의7의 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
제16조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제99조제1항 및 제99조의3제2항의 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
제17조(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제99조의4제2항 및 별표 12의 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
제18조(재기중소기업인의 체납액 등에 대한 과세특례 요건 완화 등에 관한 적용례) 제99조의6제4항제2호의 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 유예를 신청하는 분부터 적용한다.
제19조(근로장려세제의 1세대의 범위에 관한 적용례) 제100조의4제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 신청하는 분부터 적용한다.
제20조(권한의 위탁에 관한 적용례) 제116조의13의 개정규정은 이 영 시행 이후 조세감면을 신청하는 경우부터 적용한다.
제21조(신용카드등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제121조의2제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 연말정산하거나 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다.
제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.
제23조(기술혁신형 합병에 대한 세액공제 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 합병한 경우에는 제11조의3제1항제4호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제24조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 주식을 취득한 경우에는 제11조의4제2항제4호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제25조(창업자 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 전 창업자 등에의 출자의 경우에는 제13조제1항제1호 단서 및 제2호 단서의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제26조(중소기업창업투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제에 관한 경과조치) 이 영 시행 전 중소기업창업투자조합 등에의 출자 등의 경우에는 제14조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제27조(창업자금에 대한 증여세 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 창업자금을 증여한 경우에는 제27조의5제2항ㆍ제3항, 제6항제3호 및 제10항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제28조(지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 적격분할하는 경우에는 제35조의3의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
제29조(영어조합법인 등에 대한 법인세의 면제에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 어업용 토지를 양도하는 경우에는 제64조제3항ㆍ제5항 및 제11항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제30조(자경농지에 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 농지를 양도하는 경우에는 제66조제13항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제31조(축사용지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 축사용지를 양도한 경우에는 제66조의2제2항 및 제12항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제32조(농지대토에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 농지를 대토한 경우에는 제67조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제33조(고위험고수익투자신탁 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 이후 신규로 가입한 자가 없는 고위험고수익투자신탁 등 또는 2016년 4월 1일 이전에 평균보유비율을 계산하는 고위험고수익투자신탁 등의 경우에는 제93조제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제34조(소형주택 임대사업자에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 임대사업에서 발생한 소득에 대해서는 제96조제2항부터 제4항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제35조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 전에 양도한 경우에는 제99조제1항 및 제99조의3제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제36조(재기중소기업인의 체납액 등에 대한 과세특례 요건 완화 등에 관한 경과조치) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 전에 유예를 신청한 재기중소기업인에 대해서는 제99조의6제4항제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제37조(근로장려세제의 1세대의 범위에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 근로장려금을 신청한 경우에는 제100조의4제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제38조(증권거래세 면제에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 양도한 경우에는 제115조의4제2항부터 제4항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제39조(자경농지에 대한 양도소득세 연간 감면한도가 적용되는 사업지역의 범위) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제63조에서 "대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역"이란 해당 공익사업의 시행자가 2015년 12월 31일 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다.

부칙(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 시행령) <제26922호,2016.1.22>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 1월 25일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 <38>까지 생략
<39> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제63조제4항, 제64조제3항, 제66조제1항제1호, 같은 조 제4항제1호 각 목 외의 부분 본문, 제66조의2제3항제1호 각 목 외의 부분 본문, 제67조제1항제1호, 같은 조 제8항제1호 각 목 외의 부분 본문, 제70조제5항제1호 및 제74조제1항제1호 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항"을 각각 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항"으로 한다.
제98조의4제5항, 제98조의5제6항제1호, 제98조의6제6항, 제98조의7제6항 및 제99조의2제9항 본문 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제17조제2항"을 각각 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제11조제2항"으로 한다.
제116조의2제7항 각 호 외의 부분 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조의 규정에 의한"을 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제162조에 따른"으로 하고, 같은 조 제20항 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제216조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제161조"로 하며, 같은 조 제21항 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제162조"로 한다.
제116조의15제1항을 다음과 같이 하고, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제3항 중 "법인세ㆍ소득세ㆍ취득세 및 재산세"를 각각 "법인세 및 소득세"로 한다.
① 법 제121조의9제1항제1호에 따라 법인세 및 소득세를 감면하는 투자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 투자를 말한다.
1. 투자금액이 미합중국화폐 2천만달러 이상으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 경영하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우
가. 「관광진흥법 시행령」 제2조제1항제2호에 따른 관광호텔업ㆍ수상관광호텔업ㆍ한국전통호텔
나. 「관광진흥법 시행령」 제2조제1항제3호에 따른 전문휴양업ㆍ종합휴양업ㆍ관광유람선업ㆍ관광공연장업. 다만, 전문휴양업과 종합휴양업 중 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」 제10조제1항제1호에 따른 골프장업은 제외한다.
다. 「관광진흥법 시행령」 제2조제1항제4호에 따른 국제회의시설업
라. 「관광진흥법 시행령」 제2조제1항제5호에 따른 종합유원시설
마. 「관광진흥법 시행령」 제2조제1항제6호에 따른 관광식당업
2. 투자금액이 미합중국화폐 500만달러 이상으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 경영하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우
가. 「문화산업진흥 기본법」 제2조제1호에 따른 문화산업
나. 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업
다. 「청소년활동 진흥법」 제10조제1호에 따른 청소년수련시설을 운영하는 사업
라. 「궤도운송법」 제2조제7호에 따른 궤도사업
마. 「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」 제2조제1호 및 제2호에 따른 신에너지ㆍ재생에너지를 이용하여 전기를 생산하는 사업
바. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제216조에 따른 자율학교, 같은 법 제217조에 따른 국제고등학교, 같은 법 제220조에 따른 외국교육기관 및 같은 법 제223조에 따른 국제학교
사. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제307조에 따른 외국의료기관과 「의료법」 제33조에 따라 개설된 의료기관(의원, 치과의원, 한의원 및 조산원은 제외한다)
아. 「건축법 시행령」 별표 1 제10호나목에 따른 교육원(연수원, 그 밖에 이와 비슷한 것을 포함한다)
자. 「산업발전법」 제5조에 따른 첨단기술을 활용한 산업(전자ㆍ전기ㆍ정보ㆍ신물질 및 생명공학 분야로 한정한다)
차. 「보건의료기술 진흥법」 제2조제1항제1호에 따른 보건의료기술에 관한 연구개발사업과 기술정보 제공, 컨설팅, 시험ㆍ분석 등을 통한 보건의료기술에 관한 연구개발을 지원하는 연구개발서비스업
카. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 공장 중 식료품제조업과 음료제조업. 다만, 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제378조제2항에 따른 물산업 클러스터 안에 설치되는 시설로 한정한다.
제116조의16제2항 중 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조의 규정에 의하여"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제162조에 따라"로, "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제261조의 규정에 의한 제주국제자유도시개발센터(이하 이 장에서 "개발센터"라 한다) 이사장이"를 "제주특별자치도지사가"로 한다.
제116조의18제1항 중 "지방자치단체의 장과 개발센터 이사장"을 "지방자치단체의 장"으로, 같은 조 제2항 중 "개발센터 이사장에게 통보하여야 하고, 개발센터 이사장은 이를 국토교통부장관에게 보고하여야 한다"를 "제주특별자치도지사에게 통보하여야 한다"로 하며, 같은 조 제4항 중 "지방자치단체의 장과 개발센터 이사장"을 "지방자치단체의 장"으로 한다.
<40>부터 <46>까지 생략
제5조(「조세특례제한법 시행령」의 개정에 관한 경과조치) 이 영 시행 당시 지정되어 있는 제주투자진흥지구에 입주하였거나 입주하는 기업의 법인세 및 소득세의 감면에 관하여는 부칙 제4조제39항에 따라 개정되는 「조세특례제한법 시행령」 제116조의15제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제6조 생략

부칙(민간임대주택에 관한 특별법 시행령) <제26763호,2015.12.28>
제1조(시행일) 이 영은 2015년 12월 29일부터 시행한다.
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법령의 개정) ①부터 <16>까지 생략
<17> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제96조제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 하였거나 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로 지정되었을 것
제96조제2항 각 호 외의 부분 중 "「임대주택법」 제2조"를 "「민간임대주택에 관한 특별법」 및 「공공주택 특별법」"으로 하고, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 중 "「임대주택법」 제2조제3호의3"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호"로 하며, 같은 조 제6항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항에 따른 임대사업자 등록증 또는 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로의 지정을 증명하는 자료
제96조제6항제2호를 삭제한다.
제97조제4항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항에 따른 임대사업자 등록증 또는 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로의 지정을 증명하는 자료
제97조의3제2항 중 "「임대주택법」 제2조제3호의3"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호"로 하고, 같은 조 제3항제1호 중 "「임대주택법」 제20조제2항"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제2항"으로 하며, 같은 항 제2호를 다음과 같이 한다.
2. 전용면적 제한
제97조의3제3항제3호 중 "「임대주택법 시행령」 제13조제1항제1호"를 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호"로 하고, 같은 항 제4호를 다음과 같이한다.
4. 최초의 임대보증금 또는 임대료의 제한
제97조의3제4항 후단 중 "「임대주택법」 제6조"를 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조"로, "「임대주택법」 제2조제2호 또는 제3호에 따른 민간건설임대주택 또는 매입임대주택"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택"으로, "민간건설임대주택 또는 매입임대주택"을 "민간임대주택"으로 한다.
제97조의4제2항 후단 중 "「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 임대주택으로 등록하여"를 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하거나, 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로 지정되어"로 한다.
제97조의5제1항 각 호 외의 부분 전단 중 "「임대주택법」 제2조제3호의3"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호"로 하고, 같은 조 제3항 후단 중 "「임대주택법」 제6조"를 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조"로 한다.
제97조의6제2항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조에 따른 민간임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조제1호가목에 따른 공공임대주택에 해당하는 주택(주거에 사용하는 오피스텔을 포함한다)
제98조제1항제1호 중 "「임대주택법」 제2조에 규정하는 임대주택"을 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조에 따른 민간임대주택과 「공공주택 특별법」제2조제1호가목에 따른 공공임대주택"으로 한다.
제98조의5제5항제1호 중 "「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 한 후"를 "「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하거나 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로 지정된 후"로 하고, 같은 조 제6항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항에 따른 임대사업자등록증 사본 또는 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자를 증명하는 자료
제98조의7제8항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항에 따른 임대사업자등록증 사본 또는 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자를 증명하는 자료
제99조의2제2항제4호나목 중 "「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자(취득 후 「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다)"를 "「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자(취득 후 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다)"로 한다.
<18>부터 <26>까지 생략
제10조 생략

부칙(공공주택 특별법 시행령) <제26762호,2015.12.28>
제1조(시행일) 이 영은 2015년 12월 29일부터 시행한다.
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법령의 개정) ①부터 <16>까지 생략
<17> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제72조제2항 각 호 외의 부분 중 "「공공주택건설 등에 관한 특별법」"을 "「공공주택 특별법」"으로 하고, 같은 항 제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「공공주택 특별법」
<18>부터 <20>까지 생략
제9조 생략

부칙(수산업ㆍ어촌 발전 기본법 시행령) <제26755호,2015.12.22>
제1조(시행일) 이 영은 2015년 12월 23일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <37>까지 생략
<38> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제63조제4항 중 "「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호가목에 따른 농업인"을 각각 "「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호에 따른 농업인"으로 한다.
제65조제2항제1호 중 "「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법 시행령」"을 "「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」"으로 한다.
<39>부터 <42>까지 생략
제3조 생략

부칙(기업도시개발 특별법 시행령) <제26748호,2015.12.22>
제1조(시행일) 이 영은 2015년 12월 23일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의22 각 호 외의 부분 중 "관광레저형 기업도시"를 "관광 중심 기업도시(법률 제13372호 기업도시개발 특별법 일부개정법률 시행 당시 지정된 종전의 「기업도시개발 특별법」 제2조제1호다목에 따른 관광레저형 기업도시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)"로 하고, 같은 조 제1호 중 "관광레저형 기업도시내에"를 "관광 중심 기업도시 내에"로 한다.
② 생략

부칙(의무경찰대 설치 및 운영에 관한 법률 시행령) <제26659호,2015.11.20>
제1조(시행일) 이 영은 2016년 1월 25일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ①부터 <23>까지 생략
<24> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조제1항제1호가목 중 "전투경찰순경"을 "의무경찰"로 한다.
<25>부터 <28>까지 생략
제4조 생략

부칙(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령) <제26600호,2015.10.23>
제1조(시행일) 이 영은 2015년 10월 25일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑮까지 생략
<16> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제100조의15제2항제1호 중 "사모투자전문회사"를 "경영참여형 사모집합투자기구"로 한다.
제100조의17제4항 전단 중 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제18항제7호의 사모투자전문회사(이하 이 절에서 "사모투자전문회사"라 한다)"를 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제19항제1호에 따른 경영참여형 사모집합투자기구(이하 이 절에서 "경영참여형 사모집합투자기구"라 한다)"로 하고, 같은 항 후단 중 "같은 법 제86조제1항 및 제272조제11항에 따른 성과보수"를 "같은 법 제86조제1항 및 제249조의14제11항에 따른 성과보수"로 한다.
제100조의18제1항제2호, 같은 조 제8항 및 같은 조 제9항제3호 중 "사모투자전문회사"를 각각 "경영참여형 사모집합투자기구"로 한다.
제100조의20제2항 본문 중 "사모투자전문회사"를 "경영참여형 사모집합투자기구"로, "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제272조에 따라"를 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제249조의14에 따라"로 한다.
제115조제8항제4호 중 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제278조의3제1항제5호에 따른"을 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제249조의22제1항제5호에 따른"으로 한다.
<17> 및 <18> 생략

부칙(주택도시기금법 시행령) <제26369호,2015.6.30>
제1조(시행일) 이 영은 2015년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ①부터 <25>까지 생략
<26> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제98조의3제1항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 「주택도시기금법」에 따른 주택도시보증공사(이하 이 조에서 "주택도시보증공사"라 한다)가 같은 법 시행령 제22조제1항제1호가목에 따라 매입한 주택으로서 주택도시보증공사가 공급하는 주택
제98조의3제2항제2호, 제98조의4제2항제2호 및 제99조의2제6항제1호 중 "대한주택보증주식회사"를 각각 "주택도시보증공사"로 한다.
제98조의4제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「주택도시기금법」에 따른 주택도시보증공사(이하 이 조에서 "주택도시보증공사"라 한다)가 같은 법 시행령 제22조제1항제1호가목에 따라 매입한 주택으로서 주택도시보증공사가 공급하는 주택
제98조의5제1항제1호, 제98조의6제3항제1호 및 제98조의7제3항제1호를 각각 다음과 같이 한다.
1. 「주택도시기금법 시행령」 제22조제1항제1호가목에 따라 주택을 매입한 주택도시보증공사
제99조의2제1항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 「주택도시기금법」에 따른 주택도시보증공사(이하 이 조에서 "주택도시보증공사"라 한다)가 같은 법 시행령 제22조제1항제1호가목에 따라 매입한 주택으로서 주택도시보증공사가 공급하는 주택
제132조제2항 중 "「주택법」에 따른 국민주택기금"을 "「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금"으로 한다.
<27>부터 <32>까지 생략
제4조 생략

부칙(신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법 시행령) <제26316호,2015.6.15>
제1조(시행일) 이 영은 2015년 7월 29일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑨까지 생략
⑩ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의15제1항제6호 중 "「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」 제2조제1호의 규정에 의한"을 "「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」 제2조제1호 및 제2호에 따른"으로 한다.
⑪부터 ⑬까지 생략

부칙(소재ㆍ부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법 시행령) <제26205호,2015.4.20>
제1조(시행일) 이 영은 2015년 4월 29일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑦까지 생략
⑧ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제5항 각 호 외의 부분 중 "「부품ㆍ소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」에 의한 부품ㆍ소재전문투자조합(이하 "부품ㆍ소재전문투자조합"이라 한다)"을 "「소재ㆍ부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」에 따른 소재ㆍ부품전문투자조합(이하 "소재ㆍ부품전문투자조합"이라 한다)"으로 하고, 같은 조 제8항제3호 중 "부품ㆍ소재전문투자조합"을 "소재ㆍ부품전문투자조합"으로 한다.
별표 4 비고 중 "부품ㆍ소재전문기업등의육성에관한특별조치법"을 "「소재ㆍ부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」"으로, "부품ㆍ소재를"을 "소재ㆍ부품을"로 한다.
⑨ 및 ⑩ 생략
제3조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제112조의5 및 제112조의6의 개정규정은 2015년 4월 1일부터 시행하고, 제63조제6항ㆍ제14항, 제106조의9제1항 및 제121조의3제12항의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하며, 제71조 및 제80조의3의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 경우 또는 재화를 수입신고하는 경우부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다.
④ 이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 경우부터 적용한다.
제3조(중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조제1항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) 제2조제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다.
제5조(안전설비의 범위에 관한 적용례) 제22조제1항제6호의2의 개정규정은 이 영 시행 이후 투자하는 경우부터 적용한다.
제6조(환경보전설비의 범위에 관한 적용례) 제22조의3제1항제1호의 개정규정은 이 영 시행 이후 투자하는 경우부터 적용한다.
제7조(산업수요맞춤형고등학교등의 범위에 관한 적용례) 제23조제5항제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 고용하는 경우부터 적용한다.
제8조(가업의 승계에 대한 증여세 과세특례에 관한 적용례) 제27조의6제6항제1호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제9조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제28조제10항제6호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 영 시행 이후 증여받는 경우부터 적용한다.
제10조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제29조제7항제6호 및 같은 조 제8항의 개정규정은 이 영 시행 이후 증여받는 경우부터 적용한다.
제11조(법인 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 데 따른 양도차익에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제57조제8항의 개정규정은 이 영 시행 이후 수도권과밀억제권역내 본사를 이전하는 경우부터 적용한다.
제12조(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 적용례) 제60조의2제11항의 개정규정은 이 영 시행 이후 본사를 이전하는 경우부터 적용한다.
제13조(장기주택마련저축 특별해지에 관한 적용례) 제81조제6항 및 제7항의 개정규정은 이 영 시행 이후 장기주택마련저축을 해지하는 경우부터 적용한다.
제14조(고위험고수익투자신탁 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제93조제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 고위험고수익투자신탁에 전자단기사채를 편입하는 경우부터 적용한다.
제15조(준공공임대주택 임대사업자에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제96조제4항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 발생하는 임대소득분부터 적용한다.
제16조(재산의 합계액에 관한 적용례) 제100조의4제3항제4호의 개정규정은 이 영 시행 이후 근로장려금을 신청하는 경우부터 적용한다.
제17조(근로장려금의 결정에 관한 적용례) 제100조의8제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 근로장려금을 신청하는 경우부터 적용한다.
제18조(단체 또는 기관의 범위와 자료의 종류에 관한 적용례) 제100조의14제1항제10호부터 제12호까지의 개정규정 및 같은 조 제2항제22호 및 제23호의 개정규정은 이 영 시행 이후 국세청장이 자료의 제공을 요청하는 경우부터 적용한다.
제19조(자녀장려금의 신청대상에 관한 적용례) 제100조의28의 개정규정은 이 영 시행 이후 자녀장려금을 신청하는 경우부터 적용한다.
제20조(부가가치세 영세율의 적용에 관한 적용례) 제105조제2항제18호의 개정규정은 이 영 시행 이후 부가가치세를 신고하거나 결정ㆍ경정하는 경우부터 적용한다.
제21조(현금영수증사업자 및 현금영수증가맹점에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제121조의3제12항의 개정규정은 이 영 시행 전에 재화 또는 용역을 공급한 경우로서 이 영 시행 당시 현금영수증을 발급하지 아니한 경우에 대해서도 적용한다.
제22조(접대비의 손금불산입특례에 관한 적용례) 제130조제5항제10호의 개정규정은 이 영 시행 이후 지출하는 경우부터 적용한다.
제23조(대ㆍ중소기업협력재단에 출연 시 세액공제를 적용받는 출연 목적에 관한 적용례) 별표 1의 개정규정은 이 영 시행 이후 출연금을 사용하는 경우부터 적용한다.
제24조(근로장려금 및 자녀장려금 산정에 관한 적용례) 별표 11 및 별표 11의2의 개정규정은 이 영 시행 이후 근로장려금 또는 자녀장려금을 신청하는 경우부터 적용한다.
제25조(중소기업 유예기간 적용에 관한 경과조치) 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 전에 종전의 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하거나 종전의 제2조제1항제1호의 기준을 초과한 기업에 대해서는 제2조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제26조(외국인기술자의 범위 등에 관한 경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 제16조제1항에 따라 외국인기술자에 해당하는 사람의 경우에는 제16조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제27조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등에 관한 경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 제28조제4항에 따라 개발촉진지구에 입주하여 세액을 감면받고 있는 중소기업으로서 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제64조에 따라 종전의 법 제64조제1항제2호를 적용받을 것을 선택한 기업의 경우에는 제28조제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제28조(경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 경과조치) 2014년 12월 31일 이전에 구매한 유류에 대하여 세액을 환급하는 경우에는 제112조의2제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제29조(다른 법령의 개정) 지방세특례제한법시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제53조제4항 단서 중 "「조세특례제한법 시행령」 제4조제4항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제4조제5항"으로 한다.
제58조제2항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제11조제2항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제11조제3항"으로, "「조세특례제한법 시행령」 제11조제3항에 따른 기술을"을 "「조세특례제한법 시행령」 제11조제4항에 따른 기술을"로 하고, 같은 조 제3항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제11조제5항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제11조제6항"으로 한다.
제59조제4항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제7항부터 제9항까지"를 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제10항부터 제12항까지"로 한다.
제62조제1항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제21조제1항에 따른 시설"을 "「조세특례제한법 시행령」 제21조제2항에 따른 시설"로, "「조세특례제한법 시행령」 제21조제2항에 따른 설비"를 "「조세특례제한법 시행령」 제21조제3항에 따른 설비"로, "「조세특례제한법 시행령」 제21조제3항에 따른 시스템"을 "「조세특례제한법 시행령」 제21조제4항에 따른 시스템"으로 하고, 같은 조 제2항 단서 중 "「조세특례제한법 시행령」 제21조제4항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제21조제5항"으로 한다.
제63조제2항 단서 중 "「조세특례제한법 시행령」 제22조제2항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제22조제4항"으로 한다.
제67조제4항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제3항 각 호"를 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제5항 각 호"로 하고, 같은 조 제5항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제4항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제7항"으로 하며, 같은 조 제6항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제5항 각 호"를 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제8항 각 호"로 하고, 같은 조 제7항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제6항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제9항"으로 하며, 같은 조 제8항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제7항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제10항"으로 하고, 같은 조 제9항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제8항 및 제9항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제11항 및 제12항"으로 하며, 같은 조 제10항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제10항 각 호"를 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제13항 각 호"로 하고, 같은 조 제11항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제11항 각 호"를 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제14항 각 호"로 하며, 같은 조 제12항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제12항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제15항"으로 한다.
제69조제4항 단서 중 "「조세특례제한법 시행령」 제27조제4항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제27조제5항"으로 하고, 같은 조 제5항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제27조제5항 및 제6항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제27조제6항 및 제7항"으로 하며, 같은 조 제6항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제27조제7항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제27조제8항"으로 한다.
제91조제4항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제96조제4항 각 호"를 "「조세특례제한법 시행령」 제96조제5항 각 호"로 하고, 같은 조 제5항 본문 중 "「조세특례제한법 시행령」 제96조제5항 각 호"를 "「조세특례제한법 시행령」 제96조제6항 각 호"로 하며, 같은 항 단서 중 "「조세특례제한법 시행령」 제96조제5항"을 "「조세특례제한법 시행령」 제96조제6항"으로 한다.
제105조제7항, 제106조제4항, 제107조제4항, 제108조제5항, 제109조제4항, 제110조제5항 및 제111조제4항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제7항부터 제9항까지"를 각각 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제10항부터 제12항까지"로 한다.
제121조제5항 중 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제7항부터 제10항까지"를 "「조세특례제한법 시행령」 제23조제10항부터 제13항까지"로 한다.

부칙(한국산업은행법 시행령) <제25945호,2014.12.30>
제1조(시행일) 이 영은 법률 제12663호 한국산업은행법 전부개정법률 부칙 제4조제6항에 따른 합병의 등기를 한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 <32>까지 생략
<33> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제2항제8호 및 제42조의2제1항제1호를 각각 삭제한다.
제104조제2항제1호 중 "「한국정책금융공사법」에 따른 한국정책금융공사"를 "「한국산업은행법」에 따른 한국산업은행"으로, "한국정책금융공사"를 "한국산업은행"으로 한다.
제104조의19제3항을 삭제한다.
<34>부터 <37>까지 생략
제5조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제5조제9항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제3조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관한 적용례) 별표 7 제7호라목 및 별표 8 제16호가목의 개정규정은 이 영 시행 이후 발생하는 비용부터 적용한다.

이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제135조제2항부터 제10항까지, 제135조의2 및 제135조의3제4항의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

부칙(공공주택건설 등에 관한 특별법 시행령) <제25339호,2014.4.29>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <22>까지 생략
<23> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제72조제2항 각 호 외의 부분 중 "「보금자리주택 건설 등에 관한 특별법」"을 "「공공주택 건설 등에 관한 특별법」"으로 하고, 같은 항 제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「공공주택 건설 등에 관한 특별법」
별표 6의2 제3호를 다음과 같이 한다.
3. 「공공주택 건설 등에 관한 특별법」 제6조에 따라 지정된 공공주택지구
<24>부터 <30>까지 생략
제3조 생략

부칙(지방세법 시행령) <제25317호,2014.4.22>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제100조의14제2항제6호를 다음과 같이 한다.
6. 「지방세법 시행령」 제119조의2제2항에 따른 종합부동산세과세자료
③ 및 ④ 생략

부칙(금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률 시행령) <제25279호,2014.3.24>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <30>까지 생략
<31> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제104조제2항제1호 중 "「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」"을 "「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」"로 한다.
제116조제2항 중 "「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」"을 "「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」"로, "같은 법 제26조제1항제7호ㆍ제8호 및 제10호"를 "같은 법 제26조제1항제9호ㆍ제10호 및 제12호"로, "같은 조 제1호의2 및 제1호의3"을 "같은 항 제2호 및 제3호"로, "같은 조 제5호"를 "같은 항 제7호"로 한다.
<32>부터 <34>까지 생략
제3조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조제14항, 제66조의2제13항, 제67조제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2제4항 및 제100조의6제2항제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제12173호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 영 중 관세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(협력중소기업의 범위 등에 관한 적용례) 제7조의2 및 별표 1의 개정규정은 이 영 시행 후 출연하는 분부터 적용한다.
제4조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제28조제10항의 개정규정은 이 영 시행 후 납부하는 분부터 적용한다.
제5조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제29조제7항의 개정규정은 이 영 시행 후 납부하는 분부터 적용한다.
제6조(자산의 포괄적 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제35조제6항의 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.
제7조(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례에 관한 적용례) 제35조의2의 개정규정은 이 영 시행 후 교환ㆍ이전하는 분부터 적용한다.
제8조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등에 관한 적용례) 제63조제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 현물출자하는 분부터 적용한다.
제9조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등에 관한 적용례) 제67조제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항의 개정규정은 이 영 시행 이후 종전의 농지를 양도하고 새로운 농지를 취득하거나 새로운 농지를 취득하고 종전의 농지를 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 같은 조 제3항제1호 각 목 외의 부분 단서, 같은 항 제2호 각 목 외의 부분 단서, 같은 조 제4항ㆍ제5항 및 같은 조 제6항 후단의 개정규정은 이 영 시행 전에 새로운 농지를 취득하고 이 영 시행 이후 종전의 농지를 양도하거나 이 영 시행 전에 종전의 농지를 양도하고 이 영 시행 이후 새로운 농지를 취득하는 분부터 적용한다.
제10조(소기업ㆍ소상공인 공제부금에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제80조의3의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 불입하는 분부터 적용한다.
제11조(재형저축에 대한 비과세에 관한 적용례) 제92조의13의 개정규정은 이 영 시행 후 가입하는 분부터 적용한다.
제12조(근로장려금 신청안내 등에 필요한 자료요청 등에 관한 적용례) 제100조의14의 개정규정은 이 영 시행 후 국세청장이 자료의 제공을 요청하는 분부터 적용한다.
제13조(동업기업과세특례의 적용 범위에 관한 적용례) 제100조의15제1항제5호나목의 개정규정은 이 영 시행 후 신청하는 분부터 적용한다.
제14조(해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례에 관한 적용례) 제104조의7의 개정규정은 이 영 시행일 이후 평가하는 분부터 적용한다.
제15조(정부업무대행단체에 관한 적용례) 제106조제7항제56호의 개정규정은 이 영 시행 후 신고하거나 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다.
제16조(재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액공제특례에 관한 적용례) 제110조제4항제2호나목의 개정규정은 이 영 시행 후 취득하는 분부터 적용한다.
제17조(증자의 조세감면에 관한 적용례) 제116조의6제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 조세감면을 신청하는 분부터 적용한다.
제18조(해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 화폐성 외화자산ㆍ부채를 「법인세법 시행령」 제76조제2항제2호 및 제4항의 방법에 따라 익금 또는 손금에 산입한 법인은 제104조의7의 개정규정에도 불구하고 이 영 시행 전에 산입한 해당 익금 또는 손금의 합계액을 상계할 때까지 종전의 규정에 따른다. 다만, 2019년 1월 1일 이후에는 그러하지 아니하다.

부칙(중소기업창업 지원법 시행령) <제25079호,2014.1.14>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제5항 중 "「중소기업 창업지원법」"을 "「중소기업창업 지원법」"으로 한다.

부칙(병역법 시행령) <제24890호,2013.12.4>
제1조(시행일) 이 영은 2013년 12월 5일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑭까지 생략
⑮ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「병역법」 제2조제1항제10호에 따른 사회복무요원
<16>부터 <19>까지 생략

제1조(시행일) 이 영은 2014년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제9조제4항제4호의 개정규정은 2014년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
제4조(구리스크랩등사업자의 구리 스크랩등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례에 관한 적용례) 제110조의2의 개정규정은 이 영 시행 후 구리 스크랩등을 취득하는 분부터 적용한다.

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령) <제24697호,2013.8.27>
제1조(시행일) 이 영은 2013년 8월 29일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제11조까지 생략
제12조(다른 법령의 개정) ①부터 <29>까지 생략
<30> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제92조의6제1항 중 "「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제4조제1항제4호의 업무에 관한 허가를 받은 자"를 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제335조의3에 따라 신용평가업인가를 받은 신용평가회사"로 한다.
제104조의22제1항 중 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제373조"를 "법률 제11845호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 일부개정법률 부칙 제15조"로 한다.
제106조의3제3항제2호 및 같은 항 제3호다목 중 "한국거래소"를 각각 "거래소"로 한다.
<31>부터 <35>까지 생략
제13조 생략

부칙(부가가치세법 시행령) <제24638호,2013.6.28>
제1조(시행일) 이 영은 2013년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 부칙 제16조제30항 중 「조세특례제한법 시행령」 제100조의2제4항, 제100조의3제1항제4호마목, 제100조의6제2항제1호 및 같은 항 제4호 본문의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제15조까지 생략
제16조(다른 법령의 개정) ①부터 <29>까지 생략
<30> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조의5제3항 중 "「부가가치세법」 제5조제1항의 규정"을 "「부가가치세법」 제8조제1항 및 제5항"으로 한다.
제100조의2제4항 중 "「부가가치세법 시행령」 제74조제2항제7호"를 "「부가가치세법 시행령」 제109조제2항제7호"로 한다.
제100조의3제1항제4호마목 중 "「부가가치세법」 제12조제1항제14호 및 같은 법 시행령 제35조"를 "「부가가치세법」 제26조제1항제15호 및 같은 법 시행령 제42조"로 한다.
제100조의6제2항제1호 중 "「부가가치세법 시행령」 제74조제2항제7호"를 "「부가가치세법 시행령」 제109조제2항제7호"로 하고, 같은 항 제4호 본문 중 "「부가가치세법」 제5조제2항"을 "「부가가치세법」 제8조제3항"으로 한다.
제104조의5제3항 중 "「부가가치세법」 제19조"를 "「부가가치세법」 제49조"로, "같은 법 제27조"를 "같은 법 제67조"로 한다.
제106조제8항 각 호 외의 부분 단서 중 "「부가가치세법 시행령」 제37조제1호의 규정에"를 "「부가가치세법 시행령」 제45조제1호에도"로 하고, 같은 항 제2호 중 "「부가가치세법 시행령」 제2조제2항"을 "「부가가치세법 시행령」 제3조제2항"으로 하며, 같은 조 제13항 중 "「부가가치세법」 제18조 및 동법 제19조의 규정에 의한"을 "「부가가치세법」 제48조 및 제49조에 따른"으로 한다.
제106조의5제1항 중 "「부가가치세법」 제18조 및 제19조의 규정에 의하여"를 "「부가가치세법」 제48조 및 제49조에 따라"로 하고, 같은 조 제3항 중 "「부가가치세법」 제9조의 규정에"를 "「부가가치세법」 제15조부터 제17조까지의 규정에도"로 한다.
제106조의10제2항제1호 중 "「부가가치세법」 제1조"를 "「부가가치세법」 제4조"로 하고, 같은 조 제3항제3호 중 "「부가가치세법」 제25조"를 "「부가가치세법」 제61조"로 하며, 같은 조 제5항 전단 중 "「부가가치세법」 제18조 또는 제19조"를 "「부가가치세법」 제48조 또는 제49조"로 하고, 같은 조 제6항 중 "「부가가치세법 시행령」 제60조제1항을"을 "「부가가치세법 시행령」 제74조제1호를"로 한다.
제107조제2항제3호 중 "「부가가치세법」 제32조의2제3항의 규정에 의하여"를 "「부가가치세법」 제46조제3항에 따라"로 한다.
제110조제1항 중 "「부가가치세법」 제25조"를 "「부가가치세법」 제61조"로 하고, 같은 조 제5항 각 호 외의 부분 전단 중 "「부가가치세법」 제18조 또는 동법 제19조의 규정에 의한"을 "「부가가치세법」 제48조 또는 제49조에 따른"으로 하며, 같은 조 제6항 중 "「부가가치세법 시행령」 제60조제1항의 규정을"을 "「부가가치세법 시행령」 제74조제1호를"로 한다.
제112조의4제1항 각 호 외의 부분 후단 중 "「부가가치세법」 제11조제2항을"을 "「부가가치세법」 제25조를"로 한다.
제116조의4제1항 중 "「부가가치세법」 제5조제1항의 규정에 의한"을 "「부가가치세법」 제8조제1항에 따른"으로 한다.
제116조의11제3항 중 "「부가가치세법」 제5조제5항 및 제6항"을 "「부가가치세법」 제8조제6항 및 제7항"으로 한다.
제116조의18제3항 중 "「부가가치세법」 제5조제4항의 규정에 의하여"를 "「부가가치세법」 제8조제6항에 따라"로 한다.
제116조의24제2항 중 "「부가가치세법」 제5조제5항"을 "「부가가치세법」 제8조제6항"으로 한다.
제121조의2제6항제8호 중 "「부가가치세법 시행령」 제38조제1호 및 제3호"를 "「부가가치세법 시행령」 제46조제1호 및 제3호"로 한다.
제121조의3제5항 중 "「부가가치세법 시행령」 제79조의2제1항 및 제2항의 규정에 의한"을 "「부가가치세법」 제36조제1항제1호, 같은 법 시행령 제73조제1항 및 제2항에 따른"으로 하고, 같은 조 제12항 전단 중 "「부가가치세법 시행령」 제11조제1항제12호"를 "「부가가치세법 시행령」 제14조제1항제11호"로 하며, 같은 항 후단 중 "「부가가치세법」 제5조제2항"을 "「부가가치세법」 제8조제5항"으로 한다.
제121조의4제1항 중 "「부가가치세법」 제16조"를 "「부가가치세법」 제32조"로, "「부가가치세법」 제25조제1항"을 "「부가가치세법」 제61조제1항"으로, "「부가가치세법 시행령」 제79조의2제3항 및 제4항"을 "「부가가치세법 시행령」 제73조제3항 및 제4항"으로 하고, 같은 조 제2항 중 "「부가가치세법」 제16조"를 "「부가가치세법」 제34조"로 하며, 같은 조 제11항 중 "「부가가치세법」 제18조"를 "「부가가치세법」 제48조"로, "동법 제19조"를 "같은 법 제49조"로, "「부가가치세법」 제17조제1항 및 제26조제3항"을 "「부가가치세법」 제37조, 제38조 및 제63조제3항"으로 한다.
제121조의5제7항 중 "「부가가치세법」 제20조의2"를 "「부가가치세법」 제55조"로 한다.
<31>부터 <37>까지 생략
제17조 생략

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(기획재정부와 그 소속기관 직제) <제24441호,2013.3.23>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 <35>까지 생략
<36> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조제3항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제4항 중 "교육과학기술부장관"을 각각 "산업통상자원부장관"으로 한다.
제11조의3제1항제4호 중 "지식경제부장관"을 "산업통상자원부장관"으로 한다.
제104조의7제5항 및 제6항 중 "국토해양부장관"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
제104조의17제2항제1호가목ㆍ나목ㆍ라목 및 같은 항 제2호가목ㆍ나목ㆍ라목 중 "교육과학기술부장관"을 각각 "교육부장관"으로 한다.
제108조제1항, 같은 조 제3항부터 제5항까지 중 "외교통상부장관"을 각각 "외교부장관"으로 한다.
제111조제2항 중 "지식경제부장관"을 "산업통상자원부장관"으로 하고, 같은 조 제9항 중 "국토해양부장관"을 각각 "국토교통부장관"으로 한다.
제112조의2제14항 중 "국토해양부장관"을 "국토교통부장관"으로 한다.
제112조의4제1항제2호, 같은 조 제3항ㆍ제9항 및 제12항 중 "외교통상부장관"을 각각 "외교부장관"으로 한다.
제115조의2제1항제1호ㆍ제2호, 같은 조 제2항 및 같은 조 제4항제1호 중 "지식경제부장관"을 각각 "산업통상자원부장관"으로 한다.
제116조의11제1항ㆍ제2항 및 제4항 중 "지식경제부장관"을 각각 "산업통상자원부장관"으로 한다.
제116조의14제1항제4호 중 "지식경제부장관"을 "산업통상자원부장관"으로 한다.
제116조의18제1항 중 "지식경제부장관ㆍ국토해양부장관"을 "산업통상자원부장관ㆍ국토교통부장관"으로 하고, 같은 조 제2항 중 "국토해양부장관"을 "국토교통부장관"으로 한다.
제116조의24제1항 중 "국토해양부장관"을 "국토교통부장관"으로 한다.
제116조의26제7항 및 제121조의2제12항 전단 중 "국토해양부장관"을 각각 "국토교통부장관"으로 한다.
제133조의2 중 "지식경제부장관"을 "산업통상자원부장관"으로 한다.
<37>부터 <43>까지 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제100조의15, 제100조의16 및 제100조의27의 개정규정은 2014년 1월 1일부터 시행하고, 제100조의2제4항, 제100조의3제1항, 제100조의6제1항 및 같은 조 제2항제1호ㆍ제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제11614호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 영 중 관세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(중소기업에 대한 특별세액감면에 관한 적용례) 제6조제7항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 신고하는 과세연도 분부터 적용한다.
제4조(외국인 기술자의 범위 등에 관한 적용례) 제16조의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용한다.
제5조(양도 시 과세가 면제되는 유가증권의 범위확대에 관한 적용례) 제18조의 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.
제6조(환경보전설비의 범위 등에 관한 적용례) 제22조의3제1항제3호의 개정규정은 이 영 시행 후 투자하는 분부터 적용한다.
제7조(고용창출투자세액공제에 관한 적용례) 제23조의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용한다.
제8조(산업수요맞춤형고등학교등 졸업자를 병역 이행 후 복직시킨 중소기업에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제26조의2의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 복직시키는 분부터 적용한다.
제9조(제약업 경영 기업 간 합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제44조의4의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 합병하는 분부터 적용한다.
제10조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제73조제4항 및 제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 신고하는 분부터 적용한다.
제11조(근로장려금의 신청자격 등에 관한 적용례) ① 제100조의3제2항, 제100조의4, 제100조의6제2항제2호ㆍ제3호 및 제3항, 제100조의7, 제100조의8 및 제100조의14의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 신청하는 분부터 적용한다.
② 제100조의2제4항, 제100조의3제1항, 제100조의6제1항 및 같은 조 제2항제1호ㆍ제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일 이후 신청하는 분부터 적용한다.
제12조(국외 공동사업체의 동업기업과세특례 적용에 관한 적용례) 제100조의15, 제100조의16 및 제100조의27의 개정규정은 2014년 1월 1일 이후 신청하는 분부터 적용한다.
제13조(해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제104조의21의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 국내에서 창업하거나 사업장을 신설하는 분부터 적용한다.
제14조(경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 적용례) 제112조의2의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 최초로 환급대상자가 환급용 유류구매카드를 통하여 구매하는 분부터 적용한다.
제15조(조세감면의 기준등에 관한 적용례) 제116조의2제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 외국인투자신고를 하는 분부터 적용하고, 같은 조 제13항 및 제15항의 개정규정은 이 영 시행 후 배당이나 분배를 받는 분부터 적용한다.
제16조(법인세등의 추징에 관한 적용례) 제116조의7제1항의 개정규정은 이 영 시행 후 외국투자가가 소유주식을 양도하는 분부터 적용하고, 같은 조 제4항 및 제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제17조(관세등의 추징에 관한 적용례) 제116조의8의 개정규정은 이 영 시행 후 외국투자가가 소유주식을 양도하는 분부터 적용한다.
제18조(취득세등의 추징에 관한 적용례) 제116조의9제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제19조(조세추징사유의 통보등에 관한 적용례) 제116조의11제3항 및 제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제20조(권한의 위탁 등에 관한 적용례) 제116조의13의 개정규정은 이 영 시행 후 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다.
제21조(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제116조의21의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 창업하거나 사업장을 신설하는 분부터 적용한다.
제22조(감면세액의 추징 및 조세추징 사유의 통보 등에 관한 적용례) 제116조의23 및 제116조의24의 개정규정은 이 영 시행 후 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제23조(현금영수증사업자에 대한 승인 철회에 관한 적용례) 제121조의3제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 같은 조 제3항을 위반하는 분부터 적용한다.
제24조(현금영수증사업자 및 현금영수증가맹점에 대한 과세특례 적용례) 제121조의3제7항 및 제11항의 개정규정은 이 영 시행 후 신고하거나 결정ㆍ경정하는 분부터 적용하고, 제121조의3제8항제2호의 개정규정은 2013년 7월 1일 이후 현금영수증을 발행하는 분부터 적용한다.
제25조(현금거래 사실 확인 신청에 관한 적용례) 제121조의5제2항 및 같은 조 제8항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 거래분부터 적용한다.
제26조(합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 2013년 1월 1일 전의 합병에 대해서는 제44조의4의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제27조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치 등) 이 영 시행 당시 비거주자인 자가 2015년 12월 31일까지 토지를 양도하는 경우에는 제66조제1항, 제66조의2제1항 및 제67조제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제28조(개인연금저축에 대한 경과조치) 이 영 시행 전에 종전의 제80조에 따라 가입한 개인연금저축은 제80조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제29조(연금저축에 대한 경과조치) 이 영 시행 전에 종전의 제80조의2에 따라 가입한 연금저축의 계좌는 「소득세법」 제20조의3제1항제2호에 따른 연금계좌로 본다. 다만, 사망으로 인하여 계약이 해지되거나 저축 납입계약기간 만료 후 계약자가 사망하여 연금 외의 형태로 받는 경우 또는 저축 가입일부터 5년 이내에 저축계약을 해지하는 경우에는 종전의 제80조의2를 적용한다.
제30조(근로장려세제의 신청자격에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 종전의 제100조의2제4항 중 "「소득세법 시행령」 제137조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자"는 2014년 12월 31일까지 "「소득세법 시행령」 제137조제1항제1호 및 제2호의 어느 하나에 해당하는 사업자"로 본다.
제31조(경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 경과조치) 2012년 12월 31일 이전에 구입한 유류에 대하여 환급받는 세액의 연간 환급 한도액 산정에 관하여는 제112조의2제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제32조(행정구역 개편에 따른 수도권과밀억제권역 외 지역이전 기업의 세액감면에 관한 경과조치) ① 법 제63조 또는 제63조의2에 따라 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권과밀억제권역에서 「경상남도 창원시 설치 및 지원특례에 관한 법률」 제2조에 따라 폐지되는 진해시 지역(이하 이 항에서 "진해시 지역"이라 한다)으로 이전하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 제60조제2항의 개정규정에도 불구하고 제60조제2항의 창원시 지역으로 이전한 것으로 보지 아니한다.
1. 2010년 7월 1일 이전에 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등 실질적 이전에 착수할 것
가. 공장시설 또는 본사를 매입하거나 매입계약을 체결한 경우
나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제13조에 따른 공장설립등의 승인을 받은 경우
다. 「건축법」 제11조에 따른 공장 건축허가를 받은 경우
2. 2013년 6월 30일까지 공장시설의 전부 또는 본사를 진해시 지역으로 이전하여 사업을 개시할 것
② 법 제63조 또는 제63조의2에 따라 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권과밀억제권역에서 「충청북도 청주시 설치 및 지원특례에 관한 법률」 제2조에 따라 폐지되는 청원군 지역(이하 이 항에서 "청원군 지역"이라 한다)으로 이전하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 제60조제2항의 개정규정에도 불구하고 제60조제2항의 청주시 지역으로 이전한 것으로 보지 아니한다.
1. 2014년 7월 1일 이전에 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 등 실질적 이전에 착수할 것
2. 2017년 6월 30일까지 공장시설의 전부 또는 본사를 청원군 지역으로 이전하여 사업을 개시할 것
[본조신설 2016.2.5]
[종전 제32조는 제33조로 이동 <2016.2.5>]
제33조(다른 법령의 개정) 국가재정법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제4호 중 "법 제27조"를 "「조세특례제한법」 제142조의2"로 한다.
제9조의2를 삭제한다.
제41조제2항 중 "조세지출예산서"를 "「조세특례제한법」 제142조의2에 따른 조세지출예산서"로 한다.
[제32조에서 이동 <2016.2.5>]

제1조(시행일) 이 영은 2013년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제7항의 개정규정은 이 영 시행 후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용한다.

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(적용례) 제98조의6의 개정규정은 법률 제11486호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.

부칙(국민건강보험법 시행령) <제24077호,2012.8.31>
제1조(시행일) 이 영은 2012년 9월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법령의 개정) ①부터 <24>까지 생략
<25> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제7항제6호나목, 제27조제2항제5호나목 및 제27조의3제4항제5호나목 중 "「국민건강보험법」 제62조"를 각각 "「국민건강보험법」 제69조"로 한다.
제27조의4제9항제1호 중 "「국민건강보험법 시행령」 제43조의2제1항"을 "「국민건강보험법 시행령」 제44조제1항"으로 한다.
<26>부터 <30>까지 생략
제9조 생략

부칙(입양특례법 시행령) <제24017호,2012.8.3>
제1조(시행일) 이 영은 2012년 8월 5일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제100조의2제1항 중 "「입양촉진 및 절차에 관한 특례법」"을 "「입양특례법」"으로 한다.
제6조 생략

부칙(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령) <제23718호,2012.4.10>
제1조(시행일) 이 영은 2012년 4월 15일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제13조까지 생략
제14조(다른 법령의 개정) ①부터 <60>까지 생략
<61> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제124조제2항제2호 중 "제2종지구단위계획구역"을 "지구단위계획구역"으로 한다.
<62>부터 <85>까지 생략
제15조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제18조, 제80조의2제1항, 제104조제1항제2호, 제106조의3제5항제7호 및 제116조의28의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행하고, 제105조제1항의 개정규정은 2013년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제11133호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 영 중 근로장려세제에 관한 개정규정은 이 영 시행일 이후 최초로 지급하는 근로장려금부터 적용한다.
제3조(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제11조의3제1항제3호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제4조(중소기업창업투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제14조제1항제1호의 개정규정은 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제5조(에너지절약시설의 범위에 관한 적용례) 제22조의2제1항제2호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다.
제6조(자산의 포괄적 양도 등의 사후관리 기간에 관한 적용례) 제35조제12항, 제35조의2제11항 및 제35조의3제6항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 자산의 포괄적 양도, 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 및 주식의 현물출자 등을 하는 분부터 적용한다.
제7조(총소득기준 환산에서 제외하는 근로자에 관한 적용례) 제100조의3제3항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 귀속되는 소득 분부터 적용한다.
제8조(근로장려금 신청안내 등에 필요한 자료요청 등에 관한 적용례) 제100조의14제1항 및 제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 국세청장이 자료의 제공을 요청하는 분부터 적용한다.
제9조(전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의5제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 세무사, 공인회계사, 세무법인 또는 회계법인이 납세자를 대리하여 전자신고하는 분부터 적용한다.
제10조(원산지확인서 발급에 대한 부가가치세 세액공제에 관한 적용례) 제106조의12의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 재화를 공급하면서 발급하는 분부터 적용한다.
제11조(조세감면의 기준 등에 대한 적용례) ① 제116조의2제2항 및 제22항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 감면신청하는 분부터 적용한다.
② 제116조의2제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다.
제12조(제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제116조의14제1항 제3호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제13조(문화접대비 손금산입 특례에 관한 적용례) 제130조제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
제14조(대ㆍ중소기업 상생협력을 위한 기금 출연 시 세액공제에 관한 적용례) 별표 1의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 출연하는 분부터 적용한다.

부칙(한국농수산식품유통공사법 시행령) <제23535호,2012.1.25>
제1조(시행일) 이 영은 2012년 1월 26일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <20>까지 생략
<21> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제7항제23호를 다음과 같이 한다.
23. 「한국농수산식품유통공사법」에 따른 한국농수산식품유통공사
<22>부터 <28>까지 생략
제3조 생략

부칙(영유아보육법 시행령) <제23356호,2011.12.8>
제1조(시행일) 이 영은 2011년 12월 8일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 <47>까지 생략
<48> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제79조의6의 제목 중 "보육시설용"을 "어린이집용"으로 하고, 같은 조 제1항제1호 중 "종전보육시설(이하 "종전보육시설"이라 한다)"을 "종전어린이집(이하 "종전어린이집"이라 한다)"으로 하며, 같은 항 제2호 중 "종전보육시설"을 "종전어린이집"으로, "신규보육시설(이하 "신규보육시설"이라 한다)"을 "신규어린이집(이하 "신규어린이집"이라 한다)"으로 하고, 같은 조 제2항제2호 중 "종전보육시설"을 "종전어린이집"으로, "신규보육시설"을 "신규어린이집"으로 하며, 같은 조 제3항 중 "종전보육시설"을 "종전어린이집"으로, "신규보육시설"을 각각 "신규어린이집"으로 하고, 같은 조 제5항 전단 중 "신규보육시설"을 "신규어린이집"으로 하며, 같은 조 제6항 및 제7항 중 "종전보육시설"을 각각 "종전어린이집"으로 하고, 같은 조 제8항 중 "신규보육시설"을 "신규어린이집"으로 한다.
제94조제1항제3호 중 "직장보육시설"을 "직장어린이집"으로 한다.
제121조의2제6항제2호 중 "보육시설"을 "어린이집"으로 한다.
별표 1 제3호마목 및 바목 중 "직장보육시설"을 각각 "직장어린이집"으로 한다.
<49>부터 <54>까지 생략

부칙(산업기술혁신 촉진법 시행령) <제23313호,2011.11.23>
제1조(시행일) 이 영은 2011년 11월 25일부터 시행한다.
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법령의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 「조세특례제한법 시행령」 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조제3항제2호 중 "「기술개발촉진법」 제6조 및 동법시행령 제9조의 규정에 의하여"를 "「산업기술혁신 촉진법」 제15조의2에 따라"로 한다.
⑥ 및 ⑦ 생략
제10조 생략

부칙(2011대구세계육상선수권대회, 2014인천아시아경기대회, 2014인천장애인아시아경기대회 및 2015광주하계유니버시아드대회 지원법 시행령) <제23142호,2011.9.16>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
조세특례제한법 시행령 제106조제7항제45호 중 "「2011대구세계육상선수권대회, 2014인천아시아경기대회 및 2015광주하계유니버시아드대회 지원법」"을 "「2011대구세계육상선수권대회, 2014인천아시아경기대회, 2014인천장애인아시아경기대회 및 2015광주하계유니버시아드대회 지원법」"으로 한다.
제3조 생략

부칙(택지개발촉진법 시행령) <제23113호,2011.8.30>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제66조제12항제1호 및 제74조제2항제2호 중 "택지개발예정지구"를 각각 "택지개발지구"로 한다.
제99조의3제1항 중 "「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로"를 "「택지개발촉진법」 제3조에 따라 택지개발지구로"로 한다.
⑦ 및 ⑧ 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(축사용지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 특례) ① 이 영 시행 당시 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 축사용지에 대해서는 제66조의2제3항제1호 본문의 개정규정을 적용할 때 이 영 시행일을 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 날로 본다.
② 이 영 시행 당시 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 축사용지 외의 토지로 환지 예정지 지정을 받은 축사용지에 대해서는 제66조의2제3항제2호의 개정규정을 적용할 때 이 영 시행일을 그 환지 예정지 지정일로 본다.

부칙(기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령) <제22977호,2011.6.24>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ①부터 <36>까지 생략
<37> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조제3항제3호 중 "「기술개발촉진법」 제7조제1항"을 "「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조제1항"으로 한다.
<38>부터 <47>까지 생략

부칙(물의 재이용 촉진 및 지원에 관한 법률 시행령) <제22967호,2011.6.8>
제1조(시행일) 이 영은 2011년 6월 9일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제22조의2제1항제3호 중 "「수도법」에 의한 중수도시설과"를 "「물의 재이용 촉진 및 지원에 관한 법률」에 따른 중수도와 「수도법」에 따른"으로 한다.
③ 및 ④ 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제3조(가업의 승계에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제27조의6제8항제2호의 개정규정은 법률 제10411호 상속세 및 증여세법 일부개정법률 시행 후 상속이 개시되는 분부터 적용한다.
제4조(녹색저축에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제92조의12제1항제4호 및 제5호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 가입하거나 매입하는 분부터 적용한다.
제5조(해외자원개발투자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의15제2항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용한다.
제6조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관한 적용례) 별표 7 및 별표 8의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 비용분부터 적용한다.

부칙(보험업법 시행령) <제22637호,2011.1.24>
제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 24일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제21조까지 생략
제22조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑪까지 생략
⑫ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제80조제1항제1호다목 중 "보험사업자"를 "보험회사"로 한다.
⑬ 생략
제23조 생략

부칙(엔지니어링산업 진흥법 시행령) <제22626호,2011.1.17>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ①부터 <26>까지 생략
<27> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제6항, 제11조제2항 및 제106조제4항제3호 중 "「엔지니어링기술 진흥법」"을 각각 "「엔지니어링산업 진흥법」"으로 한다.
<28>부터 <39>까지 생략
제6조 생략

부칙(전파법 시행령) <제22605호,2010.12.31>
제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 24일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제12조까지 생략
제13조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제7항제27호를 다음과 같이 한다.
27. 「전파법」 제66조에 따른 한국방송통신전파진흥원
⑦부터 ⑨까지 생략

제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조제7항제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행하고, 제16조의2제2항 및 제108조제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조제1항제3호 전단(「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 영 중 취득세 및 등록면허세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 취득 또는 등기하는 분부터 적용한다.
제3조(동업기업과세특례의 적용 및 포기에 관한 적용례) 제100조의16제1항 및 제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 동업기업과세특례의 적용 또는 포기를 신청하는 분부터 적용한다.
제4조(해외자원개발투자에 대한 적용례) 제104조의15제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제5조(정부업무대행단체에 관한 적용례) 제106조제7항제47호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 계약을 체결하여 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용한다.
제6조 (경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 적용례) 제112조의2제3항의 개정규정은 2011년 1월 1일 이후 최초로 환급대상자가 환급용 유류구매카드를 통하여 구매하는 분부터 적용한다.
제7조(임대보증금 등의 간주익금 계산에 관한 적용례) 제132조제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.
제8조(임시투자세액공제에 관한 특례) 법률 제10406호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제14조제2항에 따라 종전의 법 제26조에 따른 임시투자 세액공제를 적용하는 경우 적용대상이 되는 투자 등에 관하여는 제23조제1항부터 제3항까지 및 제11항부터 제15항까지의 규정을 준용한다.
제9조(경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 환급받는 세액의 연간 환급 한도액 산정에 대해서는 제112조의2제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부칙(근로복지기본법 시행령) <제22516호,2010.12.7>
제1조(시행일) 이 영은 2010년 12월 9일부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법령의 개정) ①부터 ⑨까지 생략
⑩ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제82조의4제1항제4호 중 "「근로자복지기본법」"을 "「근로복지기본법」"으로 하고, 같은 조 제9항 단서 중 "「근로자복지기본법」 제32조"를 "「근로복지기본법」 제38조"로 한다.
제8조 생략

부칙(은행법 시행령) <제22493호,2010.11.15>
제1조(시행일) 이 영은 2010년 11월 18일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①부터 <84>까지 생략
<85> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조제2항제1호, 제80조제1항제1호가목 및 제104조제1항제1호 중 "금융기관"을 각각 "은행"으로 한다.
<86>부터 <115>까지 생략
제5조 생략

부칙(행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 경제교육지원법 시행령 등 일부개정령) <제22467호,2010.11.2>
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(전기통신사업법 시행령) <제22424호,2010.10.1>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법령의 개정) ①부터 <17>까지 생략
<18> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제121조의3제12항 전단 중 "「전기통신사업법」 제4조"를 "「전기통신사업법」 제5조"로 한다.
<19> 및 <20> 생략

부칙(기업도시개발 특별법 시행령) <제22421호,2010.10.1>
제1조(시행일) 이 영은 2010년 10월 6일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제79조의4제1항 중 "「기업도시개발 특별법 시행령」 제14조제1항제2호에 따른 전담기업"을 "「기업도시개발 특별법 시행령」 제14조제1항제1호 및 제2호에 따른 전담기업"으로 한다.

부칙(지방세법 시행령) <제22395호,2010.9.20>
제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법령의 개정) ①부터 <28>까지 생략
<29> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제60조의2제14항 각 호 외의 부분 중 "「지방세법」 제182조제1항제1호 또는 제2호"를 각각 "「지방세법」 제106조제1항제1호 또는 제2호"로 한다.
제100조의4제3항제1호 본문 중 "「지방세법」 제180조제1호, 제2호 및 제3호"를 "「지방세법」 제104조제1호부터 제3호까지의 규정"으로 하고, 같은 호 단서 중 "같은 법 제186조"를 "「지방세법」 제109조제3항 및 「지방세특례제한법」 제50조ㆍ제72조ㆍ제90조"로 하며, 같은 항 제2호 본문 중 "「지방세법 시행령」 제146조의4제1항제1호 및 제3호"를 "「지방세법 시행령」 제123조제1호 및 제2호"로 하고, 같은 호 단서 중 "「지방세법 시행령」 제146조의2제2항"을 "「지방세법 시행령」 제121조제2항"으로 하며, 같은 조 제5항 전단 중 "「지방세법」 제183조"를 "「지방세법」 제107조"로 하고, 같은 조 제7항 중 "「지방세법」 제196조의3을"을 "「지방세법」 제125조를"로 하며, 같은 조 제8항제1호 중 "「지방세법」 제187조제1항"을 "「지방세법」 제110조제1항"으로 하고, 같은 항 제2호 중 "「지방세법」 제111조제2항제2호 및 「지방세법 시행령」 제80조제1항제3호"를 "「지방세법」 제4조제2항 및 「지방세법 시행령」 제4조제1항제3호"로 한다.
제116조제13항 중 "「지방세법 시행령」 제132조제1항제1호의 규정에 의한"을 "「지방세법 시행령」 제102조제1항제1호에 따른"으로, "「지방세법 시행령」 제131조의2의 규정에 의한"을 "「지방세법 시행령」 제101조제2항에 따른"으로 한다.
<30>부터 <35>까지 생략
제9조 생략

부칙(지방세기본법 시행령) <제22394호,2010.9.20>
제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제11조까지 생략
제12조(다른 법령의 개정) ①부터 ④까지 생략
⑤ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의17제3항제3호 중 "「지방세법」에 의한"을 "「지방세기본법」에 따른"으로 한다.
⑥ 생략
제13조 생략

부칙(근로자직업능력 개발법 시행령) <제22356호,2010.8.25>
제1조(시행일) 이 영은 2010년 9월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑩ 까지 생략
⑪ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제27조제1항제1호 중 "「기능대학법」"을 "「근로자직업능력 개발법」"으로 한다.
⑫ 부터 ⑮ 까지 생략
제4조 생략

부칙(주택법 시행령) <제22254호,2010.7.6>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법령의 개정) ① 생략
② 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제6항제1호가목 중 "위탁관리수수료와 같은 시행령 별표 5 제2호부터 제8호까지"를 "같은 법 시행령 별표 5 제2호부터 제9호까지"로 한다.

부칙(별정우체국법 시행령) <제22235호,2010.6.29>
제1조(시행일) 이 영은 2010년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제100조의14제1항제6호를 다음과 같이 한다.
6. 「별정우체국법」에 따른 별정우체국 연금관리단
제3조 생략

부칙(소음ㆍ진동관리법 시행령) <제22224호,2010.6.28>
제1조(시행일) 이 영은 2010년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑩ 까지 생략
⑪ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제22조의3제1항제1호, 제60조제1항 각 호 외의 부분 및 제60조의2제2항제1호 중 "「소음ㆍ진동규제법」"을 각각 "「소음ㆍ진동관리법」"으로 한다.
⑫ 부터 <17> 까지 생략
제5조 생략

제1조(시행일) 이 영은 2010년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 제98조의4의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(지주회사의 설립 등에 대한 법인 및 거주자등의 과세특례에 관한 적용례) 제35조의3(제1항은 제외한다) 및 제35조의4(제1항은 제외한다)의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 현물출자등을 하는 것부터 적용한다.
제3조(주식교부비율 판정 시 자산의 포괄적 양도 또는 주식의 포괄적 교환등 전 취득한 완전자회사 등의 주식 등에 관한 특례) 인수대가 또는 교환ㆍ이전대가를 산정할 때 이 영 시행 전에 인수법인 또는 완전모회사가 취득한 피인수법인의 주식등 또는 완전자회사의 주식은 제35조제5항 또는 제35조의2제5항의 개정규정에도 불구하고 해당 주식 등을 금전으로 교부한 것으로 보지 아니한다.

부칙(전자정부법 시행령) <제22151호,2010.5.4>
제1조(시행일) 이 영은 2010년 5월 5일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 부터 <153> 까지 생략
<154> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제64조제9항 후단, 제68조제10항 각 호 외의 부분 본문, 제97조제6항 및 제99조의4제9항 각 호 외의 부분 후단 중 "「전자정부법」 제21조제1항"을 각각 "「전자정부법」 제36조제1항"으로 한다.
<155> 부터 <192> 까지 생략

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조제7항의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행하고, 제104조의7제1항의 개정규정은 2011년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 영 중 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 주행세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 특정한 장소에 입장하거나 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 영 중 인지세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑦ 이 영 중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 취득 또는 등기하는 분부터 적용한다.
⑧ 이 영 중 관세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조(외국인기술자의 범위에 관한 적용례) 제16조제1항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용한다.
제4조(외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제16조의2의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용한다.
제5조(국제금융거래에 따른 이자소득 등에 대한 법인세 등의 면제) 제18조제2항제8호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 소득을 지급받는 분부터 적용한다.
제5조의2(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항 및 제4항의 개정규정은 2010년 1월 1일 이후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
[본조신설 2012.2.2]
제6조(행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제79조의3제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제7조(공익사업을 위한 수용 등에 따른 공장이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제79조의8제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제8조(중소기업의 공장이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제79조의9제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제9조(생계형저축의 요건 등에 관한 적용례) 제82조의2제1항제6호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 가입하는 분부터 적용한다.
제10조(근로장려금 산정 등에 관한 적용례) 제100조의4제3항제4호, 같은 조 제8항제3호 및 제100조의6제1항제1호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 신청하는 분부터 적용한다.
제11조(동업기업에 대한 손익배분비율 등에 관한 적용례) 제100조의17제1항ㆍ제3항 및 제100조의24제3호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 신고하는 과세연도 분부터 적용한다.
제12조(동업기업 소득금액 및 결손금의 계산 및 배분에 관한 적용례) 제100조의18제6항제2호가목 및 제7항제2호의 개정규정("「소득세법」 제121조제2항 또는 제5항"의 개정부분만 해당한다)은 이 영 시행 후 최초로 신고하는 과세연도 분부터 적용한다.
제13조(간접외국납부세액에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의3제1항 및 제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 배당이나 분배를 받는 분부터 적용한다.
제14조(해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례에 관한 적용례) 제104조의7제1항의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 같은 규정의 시행일 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.
제15조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액공제 특례에 관한 적용례) 제110조제4항제2호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
제16조(경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 적용례) 제112조의2의 개정규정은 2010년 1월 1일 이후 최초로 환급대상자가 환급용 유류구매카드를 통하여 구매하는 분부터 적용한다.
제17조(조세감면의 기준 등에 관한 적용례) 제116조의2제3항제2호라목 및 마목의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다.
제18조(관세 등의 면제에 관한 적용례) 제116조의5제1항 및 제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다.
제19조(제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제116조의15제1항제12호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 입주하는 기업부터 적용한다.
제20조(매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등에 관한 적용례) 제121조의4제2항ㆍ제3항 및 제5항제3호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 공급하는 분부터 적용한다.
제21조(접대비의 손금불산입특례에 관한 적용례) 제130조제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
제22조(부가가치세 면제 등에 관한 특례) 제106조제7항제46호의 개정규정에 따라 부가가치세 면세사업이 추가되는 사업자가 이 영 시행 전에 취득한 재화를 부가가치세가 면제되는 사업을 위하여 직접 사용하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제15조제1항제1호 및 제62조의2를 적용하지 아니한다.
제23조(자본확충목적회사에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 종전의 제104조제2항제1호에 따라 자본확충목적회사가 한국산업은행으로부터 차입한 분은 한국정책금융공사로부터 차입한 것으로 본다.
제24조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액공제 특례에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 취득한 중고자동차에 대해서는 제110조제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제25조(경형자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 경과조치) 2009년 12월 31일 이전에 구입한 유류에 대하여 환급받는 세액의 연간 환급 한도액 산정에 관하여는 제112조의2제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제26조(관세 등의 면제에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 외국인투자신고를 한 분에 대해서는 제116조의5제1항 및 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제27조(다른 법령의 개정) 「농어가목돈마련저축에 관한 법률 시행령」 일부를 다음과 같이 개정한다.
제18조를 삭제한다.

부칙(신문 등의 진흥에 관한 법률 시행령) <제22003호,2010.1.27>
제1조(시행일) 이 영은 2010년 2월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 부터 <38> 까지 생략
<39> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제35조의2제4항 각 호 외의 부분 중 "「정기간행물의 등록 등에 관한 법률」에 의한"을 "「신문 등의 진흥에 관한 법률」에 따른"으로 한다.
제106조제7항제42호를 다음과 같이 한다.
42. 「신문 등의 진흥에 관한 법률」 제29조에 따른 한국언론진흥재단
<40> 부터 <45> 까지 생략
제5조 생략

부칙(국가공간정보센터 운영규정) <제21984호,2010.1.7>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제100조의14제2항제6호 중 "「부동산정보관리전담기구의운영등에 관한규정」 제3조"를 "「국가공간정보센터 운영규정」 제2조제3호"로 한다.

부칙(여권법 시행령) <제21914호,2009.12.30>
제1조(시행일) 이 영은 2010년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제92조의11제5항제1호 중 "「여권법 시행령」 제6조제3항"을 "「여권법 시행령」 제6조제4항"으로 한다.

부칙(한국환경공단법 시행령) <제21904호,2009.12.24>
제1조(시행일) 이 영은 2010년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ① 부터 <19> 까지 생략
<20> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제110조제3항제3호를 다음과 같이 한다.
3. 「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단
<21> 부터 <30> 까지 생략
제6조 생략

부칙(항만법 시행령) <제21882호,2009.12.14>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법령의 개정) ① 부터 <19> 까지 생략
<20> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의2제3항제3호라목 중 "「항만법」 제2조제6호"를 "「항만법」 제2조제5호"로 한다.
<21> 부터 <27> 까지 생략
제7조 생략

부칙(농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법 시행령) <제21847호,2009.11.26>
제1조(시행일) 이 영은 2009년 11월 28일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ① 부터 <16> 까지 생략
<17> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제63조제4항 중 "「농어촌발전 특별조치법」에 의한"을 "「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호가목에 따른"으로 한다.
제65조제1항제1호 중 "「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」"을 "「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법 시행령」"으로 한다.
<18> 부터 <20> 까지 생략
제6조 생략

부칙(중소기업진흥에 관한 법률 시행령) <제21835호,2009.11.20>
제1조(시행일) 이 영은 2009년 11월 22일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 <47> 까지 생략
<48> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 6 제1호의 비용란의 바목 중 "중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률"을 "「중소기업진흥에 관한 법률」"로 한다.
별표 6의2 제15호 중 "「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」 제20조"를 "「중소기업진흥에 관한 법률」 제31조"로 한다.
<49> 부터 <64> 까지 생략
제3조 생략

부칙(궤도운송법 시행령) <제21807호,2009.11.2>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 <20> 까지 생략
<21> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의15제1항제5호를 다음과 같이 한다.
5. 「궤도운송법」 제2조제7호에 따른 궤도사업
<22> 부터 <25> 까지 생략
제3조 생략

부칙(농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령) <제21774호,2009.10.8>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑬ 까지 생략
⑭ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제63조제1항 중 "「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제22조"를 "「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조제1항"으로 한다.
제64조제1항 중 "「수산업법 시행령」 제15조"를 "「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조제2항"으로 한다.
제65조제1항제2호 중 "「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제30조"를 "「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제19조제1항"으로 한다.
제66조제2항 중 "「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제28조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제29조에 따른 농업회사법인"을 "「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인"으로 한다.
제106조제3항 중 "「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제28조에 따라 설립된 영농조합법인과 같은 법 제29조에 따라 설립된 농업회사법인"을 "「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따라 설립된 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따라 설립된 농업회사법인"으로, "「수산업법」 제10조"를 "「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조"로 한다.
⑮ 생략

부칙(신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률 시행령) <제21765호,2009.10.1>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 부터 <26> 까지 생략
<27> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제81조의2제1항 중 "「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제9조의2의 규정에 의한 신용평가업자 중 2이상의 신용평가업자"를 "「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제28조에 따른 신용평가회사 중 둘 이상의 신용평가회사"로 한다.
제83조의2 중 "「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제17조제2항제1호의 규정에 의한 종합신용정보집중기관"을 "「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제25조제2항제1호에 따른 종합신용정보집중기관"으로 한다.
제92조의6제1항 중 "「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제4조제4항제4호의 업무에 관한 허가를 받은 자(이하 이 조에서 "신용평가업자"라 한다) 중 2인 이상의 신용평가업자"를 "「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제4조제1항제4호의 업무에 관한 허가를 받은 자(이하 이 조에서 "신용평가회사"라 한다) 중 둘 이상의 신용평가회사"로 한다.
<28> 부터 <31> 까지 생략
제5조 생략

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(한국토지주택공사법 시행령) <제21744호,2009.9.21>
제1조(시행일) 이 영은 2009년 10월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 부터 <40> 까지 생략
<41> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제7항제10호를 다음과 같이 하고, 같은 항 제38호를 삭제한다.
10. 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사
<42> 부터 <54> 까지 생략
제5조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(적용례) 제106조제14항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.

부칙(항공법 시행령) <제21719호,2009.9.9>
제1조(시행일) 이 영은 2009년 9월 10일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑭ 까지 생략
⑮ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의2제3항제3호라목 중 "「항공법」 제2조제6호의 규정에 의한"을 "「항공법」 제2조제8호에 따른"으로, "동조제7호의 규정에 의한"을 "같은 조 제9호에 따른"으로 한다.
<16> 및 <17> 생략

부칙(정보통신산업 진흥법 시행령) <제21692호,2009.8.18>
제1조(시행일) 이 영은 2009년 8월 23일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ① 부터 <24> 까지 생략
<25> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조의2제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「정보통신산업 진흥법」
제11조의3제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「정보통신산업 진흥법」 제2조제2호에 따른 정보통신산업
제116조의14제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 「정보통신산업 진흥법」 제2조제2호에 따른 정보통신산업
<26> 부터 <28> 까지 생략
제6조 생략

부칙(식품위생법 시행령) <제21676호,2009.8.6>
제1조(시행일) 이 영은 2009년 8월 7일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑩ 까지 생략
⑪ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항제2호 중 "「식품위생법 시행령」 제7조"를 "「식품위생법 시행령」 제21조"로 한다.
⑫ 부터 <16> 까지 생략
제5조 생략

부칙(경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령) <제21656호,2009.7.30>
제1조(시행일) 이 영은 2009년 7월 31일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑩ 까지 생략
⑪ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제74조제2항 각 호 외의 부분 및 같은 항 제1호 중 "「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」"을 각각 "「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」"으로 한다.
제79조의5제1항 중 "「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」"을 "「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」"으로 한다.
제116조의2제5항 각 호 외의 부분 및 같은 항 제4호 중 "「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」"을 각각 "「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」"으로 한다.
제116조의2제6항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제19항 중 "「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」"을 각각 "「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」"으로 한다.
⑫ 부터 ⑮ 까지 생략

부칙(저작권법 시행령) <제21634호,2009.7.22>
제1조(시행일) 이 영은 2009년 7월 23일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑦ 까지 생략
⑧ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제10조제3항제5호 중 "「컴퓨터프로그램 보호법」"을 "「저작권법」"으로 한다.
⑨ 생략
제4조 생략

부칙(한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령) <제21565호,2009.6.26>
제1조(시행일) 이 영은 2009년 6월 30일부터 시행한다. 다만, ㆍㆍㆍ<생략>ㆍㆍㆍ 부칙 제3조는 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) ① 부터 <35> 까지 생략
<36> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제66조제1항 각 호 외의 부분 중 "「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 "한국농촌공사"라 한다)"를 "「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)"로 하고, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 중 "한국농촌공사"를 "한국농어촌공사"로 한다.
제106조제7항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사
<37> 부터 <48> 까지 생략
제4조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(적용례) 제104조의7의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 신고하는 사업연도 분부터 적용한다.

부칙(산업발전법 시행령) <제21480호,2009.5.6>
제1조(시행일) 이 영은 2009년 5월 8일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 <18> 까지 생략
<19> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제14조제5항 각 호 외의 부분 중 "「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)을 관리하는 자, 「산업발전법」에 따른 기업구조조정조합(이하 "기업구조조정조합"이라 한다)을 관리하는 자"를 "「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)을 관리하는 자"로 한다.
제14조제8항제3호 중 "신기술사업투자조합, 기업구조조정조합"을 "신기술사업투자조합"으로 한다.
<20> 부터 <22> 까지 생략
제3조 생략

부칙(산업기술혁신 촉진법 시행령) <제21461호,2009.4.30>
제1조(시행일) 이 영은 2009년 5월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 <16> 까지 생략
<17> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 한다.
제11조제3항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「산업기술혁신 촉진법」 제38조에 따른 한국산업기술진흥원
<18> 부터 <21> 까지 생략

부칙(보금자리주택건설 등에 관한 특별법 시행령) <제21445호,2009.4.21>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 <17> 까지 생략
<18> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 6의2 제3호를 다음과 같이 한다.
3. 「보금자리주택건설 등에 관한 특별법」 제6조에 따라 지정된 보금자리주택지구
<19> 부터 <24> 까지 생략
제3조 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(중소기업에 대한 특별세액 감면에 관한 적용례) 제6조제5항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도의 소득분부터 적용한다.
제3조(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도 투자분부터 적용한다.

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조의9제6항의 개정규정은 2009년 4월 1일부터 시행하고, 제106조의9제1항 및 제7항의 개정규정은 2009년 7월 1일부터 시행하며, 제6조제5항제2호의 개정규정은 2010년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제9272호 조세특례제한법 일부개정법률(이하 "개정법률"이라 한다) 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 영 중 재산세 및 종합부동산세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 영 중 제2장제10절의3의 동업기업과세특례에 관한 개정규정은 개정법률 시행 후 최초로 동업기업과세특례를 적용받는 분부터 적용한다.
제3조(중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조제1항의 개정규정은 이 영 시행 후 종료하는 과세연도 분부터 적용한다.
제4조(중소기업에 대한 특별세액감면에 관한 적용례) 제6조제5항 각 호 외의 부분 단서의 개정규정은 이 영 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용하고, 제6조제5항제2호의 개정규정은 2010년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
제5조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제66조제11항 및 제12항의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제6조(근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제94조제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제7조(간접외국납부세액에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의3제1항 및 제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 배당받는 분부터 적용한다.
제8조(전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의5제5항의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 세무사가 납세자를 대리하여 전자신고하는 분부터 적용한다.
제9조(해운기업에 대한 법인세과세표준 계산특례에 관한 적용례) ① 제104조의7제2항제2호마목의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 선박을 매각하는 분부터 적용한다.
② 제104조의7제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 과세표준계산특례 적용을 신청하는 분부터 적용한다.
제10조(부가가치세 면제 등에 관한 적용례) ⓛ 제106조제4항제3호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 계약을 체결하여 공급하는 분부터 적용한다.
② 제106조제7항제43호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.
제11조(금거래계좌 개설 등에 관한 적용례) ⓛ 제106조의9제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 금거래계좌를 사용하는 분부터 적용한다.
② 제106조의9제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개설하거나 해지하는 분부터 적용한다.
제12조(관세 등의 면제에 관한 적용례) ① 제116조의5제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.
② 제116조의5제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 관세 등 면제를 적용받기 시작하는 조세감면 결정분부터 적용한다.
제13조(법인세 등의 추징에 관한 적용례) 제116조의7제1항제5호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 추징하는 분부터 적용한다.
제14조(관세 등의 추징에 관한 적용례) 제116조의8제1항제4호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 추징하는 분부터 적용한다.
제15조(취득세 등의 추징에 관한 적용례) 제116조의9제3호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 추징하는 분부터 적용한다.
제16조(수도권과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제 등) 제124조제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제17조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 특례) 제66조제11항 및 제12항의 개정규정을 적용함에 있어서 2006년 2월 9일 이전에 상속받은 농지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 그 농지가 2008년 12월 31일까지 제66조제12항 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정된 경우에는 대통령령 제19329호 조세특례제한법시행령 부칙 제23조에도 불구하고 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

부칙(한국산업안전보건공단법 시행령) <제21263호,2009.1.14>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑦ 까지 생략
⑧ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제7항제28호를 다음과 같이 한다.
28. 「한국산업안전보건공단법」에 따른 한국산업안전보건공단
⑨ 및 ⑩ 생략

부칙(농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정) <제21252호,2009.1.6>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제66조제3항 중 "「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제3조의2의 규정에 의한"을 "「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제4조에 따른"으로 한다.

부칙(행정안전부와 그 소속기관 직제) <제21214호,2008.12.31>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ① 부터 ⑦ 까지 생략
⑧ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제100조의14제1항제7호 중 "재정경제부장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
⑨ 부터 <175> 까지 생략

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제23조의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항 및 제2항의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2009년 1월 1일 현재 투자가 진행 중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2009년 1월 1일 이후 투자분에 대하여도 제23조제1항 및 제2항의 개정규정을 적용한다.
제3조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제66조제7항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제4조(신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제121조의2제6항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간의 신용카드 등 사용금액 연간합계액의 계산분부터 적용한다.

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항의 개정규정은 2008년 1월 1일 이후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2008년 1월 1일 현재 투자가 진행 중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2008년 1월 1일 이후 투자분에 대하여도 제23조제1항의 개정규정을 적용한다.
제3조(경형자동차 및 소형 화물자동차 연료에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 적용례) 제112조의2의 개정규정중 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 개별소비세의 환급에 관한 부분은 이 영 시행 후 최초로 환급대상자가 환급용 유류구매카드를 통하여 구매하는 분부터 적용한다.
제4조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관한 적용례) 별표 6의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용한다.

부칙(농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령) <제20854호,2008.6.20>
제1조(시행일) 이 영은 2008년 6월 22일부터 시행한다.
제2조 부터 제4조 까지 생략
제5조(다른 법령의 개정) ① 부터 <18> 까지 생략
<19> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제63조제1항 중 "「농업ㆍ농촌기본법 시행령」 제13조"를 "「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제22조"로 한다.
제65조제1항제1호 중 "「농업ㆍ농촌기본법 시행령」"을 "「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」"으로 하고, 같은 항 제2호 중 "「농업ㆍ농촌기본법 시행령」 제21조"를 "「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제30조"로 한다.
제66조제2항 중 "「농업ㆍ농촌기본법」 제15조의 규정에 의한 영농조합법인 및 동법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인"을 "「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제28조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제29조에 따른 농업회사법인"으로 한다.
제106조제3항 중 "「농업ㆍ농촌기본법」 제15조의 규정에 의하여 설립된 영농조합법인과 동법 제16조의 규정에 의하여 설립된 농업회사법인"을 "「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제28조에 따라 설립된 영농조합법인과 같은 법 제29조에 따라 설립된 농업회사법인"으로 한다.
<20> 부터 <22> 까지 생략
제6조 생략

이 영은 2008년 5월 1일부터 시행한다. 다만, 제112조의2제3항ㆍ제4항ㆍ제6항ㆍ제10항ㆍ제11항ㆍ제12항 및 제112조의3제1항ㆍ제2항ㆍ제6항ㆍ제7항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항 및 제9항의 개정규정은 2008년 1월 1일 이후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2008년 1월 1일 현재 투자가 진행 중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2008년 1월 1일 이후 투자분에 대하여도 제23조제1항 및 제9항의 개정규정을 적용한다.

부칙(기획재정부와 그 소속기관 직제) <제20720호,2008.2.29>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제8조에 따라 개정되는 대통령령 중 이 영의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 대통령령을 개정한 부분은 각각 해당 대통령령의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제7조까지 생략
제8조(다른 법령의 개정) ① 부터 <55> 까지 생략
<56> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제4항, 제4조제2항 및 제4항, 제4조의2제2항제5호 및 제3항, 제5조제4항제2호 및 제12항, 제6조제7항, 제6조의2제3항, 제7조제3항, 제9조제1항제3호, 같은 조 제5항 본문 및 제7항, 제9조의2제1항제4호 및 제4항 중 "재정경제부령"을 각각 "기획재정부령"으로 한다.
제10조제1항 및 제2항 중 "재정경제부령"을 각각 "기획재정부령"으로 하고, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 중 "과학기술부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 하며, 같은 조 제4항 중 "과학기술부장관"을 "교육과학기술부장관"으로, "재정경제부장관"을 "기획재정부장관"으로 하고, 같은 조 제6항 중 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 한다.
제11조제5항 중 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 한다.
제11조의3제1항제3호 중 "산업자원부장관"을 "지식경제부장관"으로 하고, 같은 조 제2항 중 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 한다.
제13조제9항, 제14조제5항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제6항 본문, 제16조제1항제1호 및 제4호, 같은 조 제2항, 제16조의2, 제18조제4항제1호 본문 및 제2호 본문, 제20조제4항, 제21조제1항부터 제3항까지, 제22조제1항제4호ㆍ제6호ㆍ제7호, 같은 항 제9호부터 제11호까지 및 같은 조 제2항, 제22조의2제1항제1호ㆍ제4호 및 같은 조 제2항, 제22조의3제1항제1호 및 제2호, 같은 조 제2항, 제22조의4제1항 및 제2항, 제23조제1항, 같은 조 제5항부터 제7항까지 중 "재정경제부령"을 각각 "기획재정부령"으로 한다.
제26조제2항 중 "행정자치부장관"을 "행정안전부장관"으로 한다.
제27조제1항 단서, 제4항 전단, 제7항 단서, 제9항 및 제11항, 제27의5제10항, 제27조의6제3항제3호, 제28조제2항 및 제3항, 제29조제3항, 제30조제11항부터 제13항까지, 제30조의2제6항, 제35조제8항, 제35조의3제4항, 제35조의4제2항, 제36조제16항 및 제17항, 제37조제13항 전단 및 후단, 같은 조 제17항 각 호 외의 부분, 같은 항 제4호, 제18항 전단, 제40조제2항 중 "재정경제부령"을 각각 "기획재정부령"으로 한다.
제40조의2제1항 전단 중 "농림부장관"을 "농림수산식품부장관"으로, "재정경제부장관"을 "기획재정부장관"으로 하고, 같은 조 제2항 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 한다.
제41조제2항, 제43조제16항 및 제19항, 제43조의2제9항, 제43조의3제3항, 제43조의4제5항, 같은 조 제6항제2호 및 제7항, 제44조의4제6항, 제48조의3제4항 각 호 외의 부분, 제50조제6항, 제51조, 제51조의2제3항 및 제4항, 제53조제2호, 제54조제1항, 제56조제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제7항 각 호 외의 부분, 같은 항 제1호, 같은 항 제2호 전단 및 후단, 제57조제11항 각 호 외의 부분, 같은 항 제1호 전단 및 후단, 같은 항 제2호 전단 및 후단, 제60조제4항, 제60조의2제13항, 제60조의3, 제61조제2항 및 제3항, 제63조제7항 본문, 같은 조 제8항 전단 및 제9항 각 호 외의 부분 전단, 제64조제7항 본문, 같은 조 제8항 전단 및 제9항 전단, 제65조제3항 전단 및 제4항 전단, 제66조제4항제1호가목 및 나목, 같은 조 제9항 전단, 제67조제6항제1호가목 및 나목, 같은 조 제7항, 제68조제3항제1호 각 목 외의 부분, 제5항제6호, 제6항제5호, 제9항 각 호 외의 부분, 같은 항 제7호, 제69조제1항, 제70조제1항제3호, 제72조제5항 및 제6항, 제73조제6항, 제79조의3제5항제2호, 같은 조 제8항부터 제10항까지, 제79조의4제5항, 제79조의5제4항, 제79조의6제6항부터 제8항까지, 제79조의7, 제79조의8제5항제2호, 같은 조 제8항부터 제10항까지, 제80조제4항ㆍ제7항ㆍ제8항, 제80조의2제6항ㆍ제8항ㆍ제9항, 제80조의3제5항 본문, 제7항 및 제9항, 제81조제6항 및 제8항 중 "재정경제부령"을 각각 "기획재정부령"으로 한다.
제81조의2제1항 및 제92조의6제1항 중 "「금융감독기구의 설치 등에 관한 법률」"을 각각 "「금융위원회의 설치 등에 관한 법률」"로 한다.
제82조제3항, 제82조의4제13항 및 제15항, 제83조제10항, 제92조제2항, 제92조의2제4항, 제92조의6제11항제2호 본문 및 제13항, 제94조제2항 및 제4항, 제97조제3항 및 제4항 각 호 외의 부분, 제4항제5호 및 제5항제5호, 제98조제4항 각 호 외의 부분, 제99조제2항 단서 및 제4항 각 호 외의 부분, 제99조의2제2항제3호 단서, 제4항 각 호 외의 부분 전단 및 제5항, 제99조의3제4항 단서, 제99조의4제2항 및 제8항 각 호 외의 부분 전단, 제100조제2항, 제100조의4제3항제6호, 제7호 및 제8항제5호, 제100조의6제1항제2호, 제100조의7제1항제4호, 같은 조 제3항 및 제4항, 제100조의9제2항, 제100조의10제2항, 제100조의12, 제100조의14제1항제8호, 제2항제18호, 제100조의16제1항 및 제2항, 제100조의17제2항, 제100조의20제4호, 제100조의24 각 호 외의 부분 전단, 같은 조 제2호 및 제3호, 제100조의25제1항 각 호 외의 부분 전단, 제100조의27제18호, 제102조, 제104조의2제3항, 제104조의5제6항, 제104조의7제1항 각 호 외의 부분, 제2항제2호나목ㆍ바목ㆍ사목 및 제3호가목 단서 중 "재정경제부령"을 각각 "기획재정부령"으로 한다.
제104조의8제6항 및 제9항 중 "해양수산부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 하고, 같은 조 제11항 중 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 한다.
제104조의9제2항, 제104조의10제2항 본문, 제104조의13제1항, 제104조의14, 제104조의15제4항, 제104조의16제6항 및 제7항, 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제12항제2호ㆍ제3호 및 제15항, 제106조의3제2항제1호나목, 제3항 각 호 외의 부분, 제9항 각 호 외의 부분, 제10항 각 호 외의 부분 및 제12항 각 호 외의 부분 전단, 제106조의4제1항 각 호 외의 부분, 제2항 각 호 외의 부분, 제4항 각 호 외의 부분, 제5항, 제6항, 제8항제3호 및 제9항, 제106조의5제4항, 제106조의8제2항 및 제6항, 제106조의9제3항, 제12항, 제106조의10제5항, 제106조의11제2항, 제107조제1항제3호 및 제6항, 제108조제6항, 제110조제3항제5호, 제5항 각 호 외의 부분 전단, 제115조제9항, 제116조제10항 중 "재정경제부령"을 각각 "기획재정부령"으로 한다.
제116조의2제1항 각 호 외의 부분 중 "재정경제부장관"을 "기획재정부장관"으로 하고, 같은 조 제8항제2호 중 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 한다.
제116조의3제1항 중 "재정경제부장관"을 "기획재정부장관"으로 하고, 같은 조 제2항 중 "재정경제부장관"을 "기획재정부장관"으로, "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 하며, 같은 조 제3항, 제4항, 제5항 전단 및 제6항, 제116조의5제1항 및 제2항, 제116조의6제1항, 제116조의10제2항제1호 및 제2호, 같은 조 제3항, 제4항 본문, 제5항 중 "재정경제부장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
제116조의11제1항ㆍ2항 및 제4항 중 "재정경제부장관"을 각각 "기획재정부장관"으로, "산업자원부장관"을 각각 "지식경제부장관"으로 한다.
제116조의12제1항, 제2항 전단 및 제3항 전단, 제116조의13제1항부터 제4항까지 중 "재정경제부장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
제116조의14제1항제4호 중 "산업자원부장관"을 "지식경제부장관"으로 하고, 같은 조 제2항 중 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 한다.
제116조의15제3항 중 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 한다.
제116조의18제1항 중 "산업자원부장관ㆍ건설교통부장관"을 "지식경제부장관ㆍ국토해양부장관"으로 하고, 같은 조 제2항 중 "건설교통부장관"을 "국토해양부장관"으로 한다.
제116조의21제4항 중 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 한다.
제116조의24제1항 중 "건설교통부장관"을 "국토해양부장관"으로 한다.
제117조제5항 각 호 외의 부분, 제6항제2호, 제10항제2호, 제12항, 제117조의3제5항, 제121조의2제6항제6호 및 제11호, 같은 조 제11항, 제121조의3제9항, 제121조의4제2항, 제8항 각 호 외의 부분 단서 및 제11항, 제121조의5제2항, 제5항 단서 및 제7항, 제124조제1항제1호, 제132조제3항 후단, 제6항제1호ㆍ제2호 중 "재정경제부령"을 각각 "기획재정부령"으로 한다.
제121조의3제1항 중 "재정경제부"를 "기획재정부"로 한다.
제133조의2 중 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로, "산업자원부장관"을 "지식경제부장관"으로 한다.
별표 6 제1항가목ㆍ마목ㆍ아목ㆍ타목ㆍ파목ㆍ거목 및 제2항가목ㆍ나목ㆍ라목ㆍ마목ㆍ바목 중 "재정경제부령"을 각각 "기획재정부령"으로 한다.
<57> 부터 <68> 까지 생략

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조의9부터 제106조의11까지 및 제121조의3제7항ㆍ제10항ㆍ제11항의 개정규정은 2008년 7월 1일부터 시행하고, 제2장제10절의3(제100조의15부터 제100조의27까지) 및 제117조의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제8827호 조세특례제한법 일부개정법률(이하 "개정법률"이라 한다) 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 영 중 재산세 및 종합부동산세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업의 범위에 관한 적용례) ① 제2조제1항제3호의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 종료하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 제2조제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 그 사유가 발생하는 것부터 적용한다.
제4조 (창업자금 및 가업의 승계에 대한 증여세 과세특례에 관한 적용례) 제27조의5 및 제27조의6의 개정규정은 개정법률 시행 후 증여하는 분으로서 이 영 시행 후 최초로 증여세를 신고하는 분부터 적용한다.
제5조 (법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면 추징에 관한 규정의 적용례) ① 제60조의2제1항 각 호 외의 부분 단서의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 본사 또는 공장을 이전하는 분부터 적용한다.
② 제60조의2제14항 및 제15항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제6조 (농업회사법인에 대한 세액감면의 적용례) 제65조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.
제7조 (공익사업용 토지등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제72조의 개정규정은 2007년 7월 6일 이후 양도하는 분부터 적용한다.
제8조 (대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제73조의 개정규정은 2007년 10월 17일 이후 양도하는 분부터 적용한다.
제9조 (행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제79조의3의 개정규정은 개정법률 시행 후 최초로 이전하거나 양도하는 분부터 적용한다.
제10조 (공익사업을 위한 수용 등에 따른 공장이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제79조의8의 개정규정은 개정법률 시행 후 최초로 이전하거나 양도하는 분부터 적용한다.
제11조 (저축의 해지로 보지 아니하는 투자신탁의 해지 등에 관한 적용례) 제80조제6항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 투자신탁을 해지 또는 합병하는 분부터 적용한다.
제12조 (장기주택마련저축의 범위 등에 관한 적용례) 제81조제8항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 가입하는 분부터 적용한다.
제13조 (동업기업과세특례의 적용에 대한 특례) 제100조의16의 개정규정에도 불구하고 2008년 12월 31일 이전에 설립된 기업으로서 2009년 1월 31일 이전에 개시하는 과세연도부터 동업기업과세특례를 적용받으려는 기업은 동업기업과세특례를 적용받으려는 최초의 과세연도의 개시일부터 1개월 이내에 동업기업과세특례 적용신청서를 제출하여야 한다.
제14조 (비거주자 또는 외국법인인 동업자의 비과세ㆍ면제 또는 제한세율 적용을 위한 경정청구 등의 절차에 관한 적용례) 제100조의25의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 최초로 원천징수하는 분부터 적용한다.
제15조 (간접외국납부세액에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의3의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 내국법인이 지급받는 수입배당금액 분부터 적용한다.
제16조 (지급조서 제출에 관한 적용례) 제104조의2제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 지급조서를 제출하는 분부터 적용한다.
제17조 (전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의5제5항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 신고하는 분부터 적용한다.
제18조 (조세감면의 기준 등에 관한 적용례) 제116조의2제3항 및 제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 외국인투자를 하는 분부터 적용한다.
제19조 (신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제121조의2제1항 및 제6항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 신용카드 등 사용금액 연간합계액의 계산분부터 적용한다.
제20조 (현금거래의 확인 등에 관한 적용례) 제121조의5제7항부터 제9항까지의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 제출하는 수입금액명세서부터 적용한다.

부칙(해양환경관리법 시행령) <제20544호,2008.1.11>
제1조 (시행일) 이 영은 2008년 1월 20일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ① 부터 ⑫ 까지 생략
⑬ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제22조제1항제2호 중 "「해양오염방지법」에 의한 방제시설"을 "「해양환경관리법」에 따른 오염방지ㆍ오염물질처리시설 및 방제시설"로 한다.
⑭ 부터 <20> 까지 생략
제5조 생략

부칙(개별소비세법 시행령) <제20516호,2007.12.31>
제1조 (시행일) 이 영은 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법령의 개정) ① 부터 ⑮ 까지 생략
<16> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제108조제2항 중 "「특별소비세법 시행령」"을 "「개별소비세법 시행령」"으로 한다.
제112조의 제목 중 "특별소비세"를 "개별소비세"로 하고, 같은 조 제1항 및 제2항 중 "「특별소비세법 시행령」"을 각각 "「개별소비세법 시행령」"으로 한다.
제116조의5제1항, 제116조의8제1항 각 호 외의 부분, 같은 항 제1호 및 제2호 중 "특별소비세"를 각각 "개별소비세"로 한다.
제7조 생략

부칙(수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 시행령) <제20428호,2007.11.30>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법령의 개정) ① 부터 ⑪ 까지 생략
⑫ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항 본문 중 "「수질환경보전법」에 의한"을 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」에 따른"으로 하고, 제22조제1항제2호 중 "「수질환경보전법」"을 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」"로 하며, 제60조제1항 각 호 외의 부분 중 "「수질환경보전법」"을 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」"로 하고, 제60조의2제2항제1호 중 "「수질환경보전법」"을 "「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」"로 한다.
⑬ 부터 <22> 까지 생략
제7조 생략

부칙(해운법 시행령) <제20398호,2007.11.30>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날로부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법령의 개정) ① 부터 ③ 까지 생략
④ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제104조의7제1항제2호 중 "「해운법」 제25조의 규정에 의한"을 "「해운법」 제23조에 따른"으로 한다.
제104조의8제7항 중 "「해운법」 제4조 또는 제26조"를 "「해운법」 제4조 또는 제24조"로 한다.
⑤ 및 ⑥ 생략

부칙(전자거래기본법 시행령) <제20388호,2007.11.16>
제1조 (시행일) 이 영은 2007년 11월 18일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법령의 개정) ① 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제117조제7항 중 "제2조의 규정에 의한"을 "제2조제1호에 따른"으로 한다.
② 생략

부칙(수산업법 시행령) <제20351호,2007.10.31>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조부터 제7조까지 생략
제8조 (다른 법령의 개정) ① 부터 <21> 까지 생략
<22> 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제64조제1항 산식 외의 부분 중 "「수산업법 시행령」 제11조의7"을 "「수산업법 시행령」 제15조"로 한다.
제106조제3항 중 "「수산업법」 제9조의2의 규정에 의하여"를 "「수산업법」 제10조에 따라"로 한다.
<23> 부터 <27> 까지 생략
제9조 생략

부칙(선박안전법 시행령) <제20300호,2007.9.28>
제1조 (시행일) 이 영은 2007년 11월 4일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법령의 개정) ① 부터 ⑬ 까지 생략
⑭ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조제7항제26호를 다음과 같이 한다.
26. 「선박안전법」 제45조제1항에 따른 선박안전기술공단
⑮ 생략
제7조 생략

부칙(가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 시행령) <제20290호,2007.9.27>
제1조 (시행일) 이 영은 2007년 9월 28일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ① 부터 ⑫ 까지 생략
⑬ 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "「오수ㆍ분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」에 의한 분뇨등관련영업"을 "「하수도법」에 따른 분뇨수집ㆍ운반업 및 개인하수처리시설관리업, 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따른 가축분뇨수집ㆍ운반업, 가축분뇨처리업 및 가축분뇨시설관리업"으로 한다.
제22조제1항제2호 중 "「오수ㆍ분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」에 의한 축산폐수처리시설과 오수처리시설"을 "「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따른 처리시설과 「하수도법 시행령」에 따른 오수처리시설"로 한다.
제106조제4항제2호 중 "「주택법」 및 「오수ㆍ분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」"을 "「주택법」ㆍ「하수도법」 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」"로 하고, 같은 조 제5항제1호 중 "「주택법」 및 「오수ㆍ분뇨 및 축산폐수의 처리에 관한 법률」"을 "「주택법」ㆍ「하수도법」 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」"로 한다.
⑭ 부터 <23> 까지 생략
제5조 생략

부칙(폐기물관리법 시행령) <제20244호,2007.9.6>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법령의 개정) ① 부터 ⑩ 까지 생략
⑪조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "「폐기물관리법」 제44조의2"를 "「폐기물관리법」 제46조"로 한다.
⑫ 부터 <17> 까지 생략
제7조 생략

이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제80조의3, 제130조제5항 및 제6항의 개정규정은 2007년 9월 1일부터 시행한다.

부칙(기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률 시행령) <제20137호,2007.6.29>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ①부터 ⑨까지 생략
⑩조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제3항제1호 중 "「기술이전촉진법」 제6조"를 "「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제9조"로 하고, 같은 항 제2호 중 "「기술이전촉진법」 제7조"를 "「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제10조"로 하며, 같은 항 제3호를 삭제한다.
별표 6 제1호하목 중 "기술이전촉진법 제8조의 규정에 의한 기술평가전문기관"을 "「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제35조에 따른 기술평가기관"으로 한다.
⑪ 및 ⑫ 생략
제5조 생략

부칙(행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 간접투자자산 운용업법 시행령 등 일부개정령) <제20120호,2007.6.28>
이 영은 2007년 7월 4일부터 시행한다.

부칙(자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령) <제20105호,2007.6.26>
제1조 (시행일) 이 영은 2007년 6월 27일부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) 조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의2제9항제1호 중 "제10조제1항제1호의 규정에 의한"을 "제10조제1항제1호의2에 따른"으로 한다.
제116조의15제2항제1호 중 "제10조제1항제1호"를 "제10조제1항제1호의2"로 한다.

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제23조제1항의 개정규정은 2007년 9월 28일부터 시행하고, 제100조의2 내지 제100조의14의 개정규정은 2008년 1월 1일부터 시행하며, 제121조의3제11항ㆍ제121조의4 및 제121조의5의 개정규정은 2007년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제8146호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
②이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행일 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.
③이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 법률 제8146호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일 이후 양도하는 분부터 적용한다.
④이 영 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 법률 제8146호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일 이후 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤이 영 중 종합부동산세에 관한 개정규정은 법률 제8146호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제3조 (회생계획인가 등의 결정을 받은 법인의 채무면제익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제41조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 채무를 면제받는 분부터 적용한다.
제4조 (농지대토에 대한 양도소득세 감면요건에 관한 적용례) 제67조제3항제1호의 개정규정은 이 영 시행 후 협의매수ㆍ수용되어 대토하는 분부터 적용한다.
제5조 (우리사주조합원 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제82조의4제14항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 지급받는 배당소득 분부터 적용한다.
제6조 (장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수특례에 관한 적용례) 제92조제1항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 지급받는 배당소득 분부터 적용한다.
제7조 (정부업무대행단체의 범위 확대에 관한 적용례) 제106조제7항제41호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 공급하는 분부터 시행한다.
제8조 (조세감면 결정전 예고통지절차에 관한 적용례) 제116조의3제2항 내지 제7항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 조세감면을 신청하는 분부터 적용한다.
제9조 (신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제121조의2제3항 및 제6항제7호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 신용카드 등 사용금액 연간 합계액의 계산분부터 적용한다.
제10조 (증권거래세의 면제에 관한 특례) 제115조제1항ㆍ제2항 및 제3항의 개정규정을 적용하는 경우 이 영 시행 전에 설정된 투자신탁 또는 설립된 투자회사로서 「간접투자자산 운용업법」 제175조제1항에 따른 사모간접투자기구 외의 투자신탁 또는 투자회사에 대하여는 2007년 2월 28일까지는 제115조제1항 각 호의 개정규정에 따른 요건을 모두 충족한 것으로 보고, 2007년 3월 1일 이후에는 제115조제1항제1호의 개정규정에 따른 요건만을 충족한 것으로 본다.
제11조 (주식매수선택권에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 법률 제8146호 조세특례제한법 일부개정법률의 시행 전에 부여받은 주식매수선택권의 행사시 소득세감면신청서의 제출에 대하여는 제13조제10항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.

①(시행일) 이 영은 2007년 1월 1일부터 시행한다.
②(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항의 개정규정은 2007년 1월 1일 이후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2007년 1월 1일 현재 투자가 진행 중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2007년 1월 1일 이후 투자분에 대하여도 제23조제1항의 개정규정을 적용한다.

부칙(국가재정법 시행령) <제19806호,2006.12.29>
제1조 (시행일) 이 영은 2007년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) ①내지 <32>생략
<33>조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제70조제4항중 "「기금관리기본법」"을 "「국가재정법」"으로 한다.
<34>내지 <42>생략
제6조 생략

부칙(산업기술혁신 촉진법 시행령) <제19719호,2006.10.27>
제1조 (시행일) 이 영은 2006년 10월 29일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑪생략
⑫조세특례제한법시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 5 구분란 5의 가 및 6의 가중 "산업기술기반조성에관한법률에 의하여 설립된 전문생산기술연구소"를 "「산업기술혁신 촉진법」에 따라 설립된 전문생산기술연구소"로 한다.
별표 6 구분란 1의 바중 "산업기술기반조성에관한법률에 의하여 설립된 전문생산기술연구소"를 "「산업기술혁신 촉진법」에 따라 설립된 전문생산기술연구소"로 한다.
⑬내지 <19>생략
제6조 생략

부칙(영화 및 비디오물의 진흥에 관한 법률 시행령) <제19714호,2006.10.26>
제1조 (시행일) 이 영은 2006년 10월 29일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑥생략
⑦조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제117조제2항 및 제117조의2제4항제3호를 각각 다음과 같이 한다.
②법 제122조제2항에서 "대통령령이 정하는 통합시스템"이라 함은 「영화 및 비디오물의 진흥에 관한 법률」 제39조에 따른 영화상영관입장권 통합전산망을 말한다.
3. 「영화 및 비디오물의 진흥에 관한 법률」 제39조에 따른 영화상영관입장권 통합전산망
⑧및 ⑨생략
제5조 생략

부칙(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 시행령) <제19563호,2006.6.29>
제1조 (시행일) 이 영은 2006년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조 (다른 법령의 개정) ①내지 <27>생략
<28>조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의2제7항 각 호 외의 부분중 "「제주국제자유도시 특별법」 제42조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조"로 한다.
제116조의16제2항중 "「제주국제자유도시 특별법」 제42조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제217조"로, "「제주국제자유도시 특별법」 제72조"를 "「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제261조"로 한다.
제116조의19의 제목 및 동조제1호중 "제주도"를 각각 "제주특별자치도"로 하고, 동조 각 호 외의 부분중 "제주도지사"를 "제주특별자치도지사"로 한다.
<29>내지 <32>생략
제8조 생략

부칙(행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가채권관리법 시행령 등 일부개정령) <제19507호,2006.6.12>
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 시행령) <제19494호,2006.5.30>
제1조 (시행일) 이 영은 2006년 6월 4일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑥생략
⑦조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제22조제1항제5호중 "「중소기업의 사업영역보호 및 기업간 협력증진에 관한 법률」에 의하여 위탁기업체가 수탁기업체에"를 "「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」에 따라 위탁기업이 수탁기업에"로 한다.
별표 5의 제14호란을 다음과 같이 한다.
┃14. 수탁기업협의회의│「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」에┃
┃ 육성 │따른 수탁기업협의회에 대한 출연금 ┃
⑧내지 ⑩생략
제6조 생략

부칙(한국농촌공사 및 농지관리기금법 시행령) <제19463호,2006.4.28>
제1조 (시행일) 이 영은 2006년 4월 30일부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑤생략
⑥조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제40조의2제1항 및 동조제2항중 "농업기반공사"를 각각 "한국농촌공사"로 한다.
제66조제1항 각 호 외의 부분중 "농업기반공사및농지관리기금법"을 "「한국농촌공사 및 농지관리기금법」"으로, "농업기반공사"를 각각 "한국농촌공사"로 하고, 동조제4항중 "농업기반공사"를 각각 "한국농촌공사"로 한다.
제106조제7항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사
⑦내지 <41>생략
제3조 생략

부칙(채무자 회생 및 파산에 관한 법률 시행령) <제19422호,2006.3.29>
제1조 (시행일) 이 영은 2006년 4월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①내지 <20>생략
<21>조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제106조의3제14항제1호중 "「회사정리법」에 의한 정리계획인가 또는 「화의법」에 화의인가"를 "「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 의한 회생계획인가"로 한다.
<22>내지 <26>생략

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조제8항 제5호 및 제7호의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하고, 제2조 (제1항 각 호 외의 부분 본문 및 제5항을 제외한다)의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제7839호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
②이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③이 영 중 양도소득세와 증여세에 관한 개정규정은 법률 제7839호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일 이후 양도하거나 증여하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조제1항 각 호 외의 부분 본문의 개정규정은 이 영 시행 후 종료하는 과세연도 분부터 적용한다.
제4조 (중소기업으로 보는 유예기간 등에 관한 적용례) ①제2조제1항 각 호 외의 부분 단서의 개정규정은 2007년 1월 1일 이후 자산총액이 5천억원 이상인 경우에 해당하는 분부터 적용한다.
②제2조제2항제4호의 개정규정은 2007년 1월 1일 이후 창업하는 분부터 적용한다.
제5조 (국제금융거래에 따른 이자소득 등의 면세에 관한 적용례) 제18조제1항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 발생하는 소득 분부터 적용한다.
제6조 (임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2006년 1월 1일 현재 투자가 진행 중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2006년 1월 1일 이후 투자분에 대하여도 제23조의 개정규정을 적용한다.
제7조 (사회간접자본투자준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제25조제2항제12호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 손금산입하는 분부터 적용한다.
제8조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제29조제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.
제9조 (현물출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제35조제1항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 현물출자하는 분부터 적용한다.
제10조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제66조제11항 및 제12항의 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.
제11조 (개인연금저축등의 특별해지신고에 관한 적용례) 제80조제5항 및 제8항, 제80조의2제4항 및 제8항, 제81조제2항 및 제5항, 제83조제4항 및 제10항의 개정규정은 이 영 시행 후 사유가 발생한 분부터 적용한다.
제12조 (세금우대투자신탁의 합병에 관한 적용례) 제80조제6항ㆍ제80조의2제7항ㆍ제81조제3항 및 제83조제9항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 투자신탁이 합병되는 분부터 적용한다.
제13조 (개인연금저축에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제80조제7항ㆍ제80조의2제9항 및 제121조의2제10항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 최초로 발생하는 소득에 대한 소득공제를 위하여 지급하는 분부터 적용한다.
제14조 (장기주택마련저축에 관한 적용례) 제81조제1항제1호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 가입하는 분부터 적용한다.
제15조 (지급조서에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의2제2항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 제출하는 분부터 적용한다.
제16조 (전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의5제5항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 신고하는 분부터 적용한다.
제17조 (해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례의 적용범위에 대한 적용례) 제104조의7제1항제2호 단서의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 과세표준계산특례 적용을 신청하는 분부터 적용한다.
제18조 (해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례에 관한 적용례) 제104조의8제8항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 중간예납하는 분부터 적용한다.
제19조 (국민주택 규모 조정에 관한 적용례) 제106조제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 국민주택 및 당해 주택의 건설용역(리모델링용역을 포함한다)을 공급하는 분부터 적용한다.
제20조 (조세감면의 기준 등에 관한 적용례) 제116조의2제5항제4호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다.
제21조 (외국인투자에 대한 감면세액의 추징에 관한 적용례) 제116조의7의 개정규정은 법률 제7839호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일 이후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제22조 (감면세액 추징면제에 관한 적용례) 제116조의10의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제23조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 제66조제11항 및 제12항의 개정규정을 적용함에 있어서 이 영 시행 전에 상속받은 농지로서 2008년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 제66조제11항 및 제12항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

부칙(방위사업법 시행령) <제19321호,2006.2.8>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑪생략
⑫조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 4중 "방위산업에관한특별조치법"을 "「방위사업법」"으로 한다.
⑬내지 ⑮생략
제5조 생략

①(시행일) 이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다.
②(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등에 관한 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법 시행령) <제19023호,2005.8.31>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑦생략
⑧조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의15제1항제6호를 다음과 같이 한다.
6. 「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」 제2조제1호의 규정에 의한 신ㆍ재생에너지를 이용하여 전기를 생산하는 사업
⑨생략
제4조 생략

부칙(수산업협동조합법 시행령) <제18919호,2005.6.30>
제1조 (시행일) 이 영은 2005년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) ①내지 ③생략
④조세특례제한법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제71조제1항중 "「수산업협동조합법」 제65조제1항제2호ㆍ제6호 및 동법 제105조제1항제2호ㆍ제5호"를 "「수산업협동조합법」 제60조제1항제2호ㆍ제6호 및 동법 제112조제1항제2호ㆍ제5호"로 한다.
제6조 생략

부칙(석유 및 석유대체연료 사업법 시행령) <제18796호,2005.4.22>
제1조 (시행일) 이 영은 2005년 4월 23일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑬생략
⑭「조세특례제한법 시행령」 일부를 다음과 같이 개정한다.
제22조제1항제2호중 "「석유사업법」"을 "「석유 및 석유대체연료 사업법」"으로 하고, 제22조의2제1항제2호중 "「석유사업법」"을 "「석유 및 석유대체연료 사업법」"으로 한다.
⑮내지 <20>생략
제5조 생략

부칙(청소년활동진흥법 시행령) <제18740호,2005.3.18>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑪생략
⑫조세특례제한법시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의15제1항제4호중 "청소년기본법시행령 제27조"를 "「청소년활동진흥법」 제10조제1호"로 한다.
제5조 생략

부칙(사회기반시설에 대한 민간투자법 시행령) <제18736호,2005.3.8>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑮생략
<16>조세특례제한법시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항제7호중 "사회간접자본시설에대한민간투자법"을 "「사회기반시설에 대한 민간투자법」"으로, "사회간접자본시설"을 "사회기반시설"으로 하고, 동조제2항제9호중 "사회간접자본시설에대한민간투자법"을 "「사회기반시설에 대한 민간투자법」"으로 한다.
제26조제1항중 "사회간접자본시설에대한민간투자법"을 "「사회기반시설에 대한 민간투자법」"으로, "사회간접자본채권"을 "사회기반시설채권"으로 한다.
제116조의2제3항제3호 마목 및 제129조제6항제8호중 "사회간접자본시설에대한민간투자법"을 각각 "「사회기반시설에 대한 민간투자법」"으로 한다.
<17>내지 <27>생략
제5조 생략

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각호의 개정규정은 해당 호에 규정된 날부터 시행한다. <개정 2005.12.30>
1. 제51조의2의 개정규정은 법률 제7243호 부동산투자회사법중개정법률의 시행일부터 시행한다.
2. 제106조의4제8항제2호 및 제106조의6 내지 제106조의8의 개정규정은 2005년 4월 1일부터 시행한다.
3. 제116조의2제8항ㆍ제17항 및 제18항, 제116조의21 내지 제116조의24의 개정규정은 법률 제7310호 기업도시개발특별법중개정법률의 시행일부터 시행한다.
4. 제121조의2제5항제6호의 개정규정은 2006년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 영중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 영중 부가가치세에 관한 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 공급하거나 공급받는 재화나 용역 또는 수입신고하는 재화부터 적용한다.
③이 영중 양도소득세에 관한 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 양도하는 재산부터 적용한다.
④이 영중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 취득ㆍ등기 또는 등록하는 분부터 적용한다.
⑤이 영중 재산세 및 종합토지세에 관한 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업의 범위에 대한 적용례) 제2조의 개정규정중 「건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률」에 의한 건설폐기물처리업의 경우에는 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 허가받은 자부터 적용한다.
제4조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) ①제5조제9항의 개정규정은 2004년 7월 1일 이후 창업하는 기업부터 적용한다.
②제5조제10항 및 제11항의 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 창업하는 기업부터 적용한다.
제5조 (환경ㆍ안전설비투자 등의 범위에 관한 적용례) 제22조의 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 투자하는 분부터 적용한다.
제6조 (임시투자세액공제에 관한 적용례) ①제23조제1항의 개정규정은 2005년 1월 1일 이후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2005년 1월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2005년 1월 1일 이후의 투자분에 대하여도 제23조제1항의 개정규정을 적용한다.
②제23조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 2005년 12월 31일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2005년 12월 31일까지 투자한 분에 대하여는 2005년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조제3항의 규정을 적용한다.
제7조 (본사이전 법인의 감면세액 추징에 관한 적용례) 제60조의2제8항 및 제12항제5호의 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률을 공포한 날이 속하는 과세연도에 수도권과밀억제권역안 본사를 수도권외의 지역으로 이전하는 분부터 적용한다.
제8조 (기부금의 손금산입 특례에 관한 적용례) 제69조의2제3항의 개정규정은 법률 제7220호 조세특례제한법중개정법률의 시행일이 속하는 과세연도에 지출하는 분부터 적용한다.
제9조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례 규정의 적용례) 이 영중 제79조의2의 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 양도소득과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.
제10조 (선박투자회사의 배당소득에 대한 원천징수방법 등에 관한 적용례) 제81조의4의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 신고하는 소득을 지급하는 분부터 적용한다.
제11조 (세금우대종합저축에 대한 원천징수의 특례에 관한 적용례) 제83조의 개정규정은 이 영 시행후 가입하는 저축분부터 적용한다.
제12조 (복권당첨소득 등 분리과세대상소득의 범위에 관한 적용례) 제93조의 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 공포일이 속하는 과세연도에 당첨되는 분부터 적용한다.
제13조 (위탁운송비의 범위 등에 관한 적용례) 제103조의 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 비용이 발생하는 분부터 적용한다.
제14조 (지급조서에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의2의 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 제출하는 분부터 적용한다.
제15조 (전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의5의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 전자신고하는 분부터 적용한다.
제16조 (문화사업준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제104조의6의 개정규정은 법률 제7220호 조세특례제한법중개정법률의 시행일이 속하는 과세연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.
제17조 (금지금추천사실명세서 제출기한 등에 관한 적용례) 제106조의3제12항, 제106조의4제2항ㆍ제5항 및 제9항의 개정규정은 이 영 시행후 제출하는 분부터 적용한다.
제18조 (면세금지금거래승인신청서 제출에 관한 적용례) 제106조의4제1항 및 제4항의 개정규정은 이 영 시행당시 종전의 규정에 의하여 승인을 얻은 자 또는 이 영 시행 후 신규로 승인을 얻은 자가 2005년 3월에 해당하는 월평균 면세금지금 소요량을 기재하는 분부터 적용한다.
제19조 (금세공업자등과 면세금지금 거래추천자 등에 대한 승인철회에 관한 적용례) 제106조의4제7항 및 제8항의 개정규정은 이 영 시행후 승인철회하는 분부터 적용한다.
제20조 (조세감면의 기준 등에 관한 적용례) ①제116조의2제2항의 개정규정은 이 영시행후 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다.
②제116조의2제16항의 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 외국인투자신고를 하는 분부터 적용한다.
제21조 (증자의 조세감면에 관한 적용례) 제116조의6제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 주주총회ㆍ사원총회 등에서 유상감자를 결의하는 분부터 적용한다.
제22조 (신용카드등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) ①제121조의2(동조제5항제6호를 제외한다)의 개정규정중 현금영수증 사용분은 2005년 1월 1일 이후 사용하는 분부터 적용한다. <개정 2005.12.30>
②제121조의2제5항제6호의 개정규정은 2006년 12월 1일 이후 사용하는 분부터 적용한다. <신설 2005.12.30, 2006.12.30>
제23조 (현금영수증사업자에 대한 부가가치세세액공제 등에 관한 적용례) 제121조의3의 개정규정은 이 영 시행후 결제하는 분부터 적용한다.
제24조 (수도권과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면배제 등에 관한 적용례) 제124조의 개정규정은 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률의 시행일 이후 투자하는 분부터 적용한다.
제25조 (연구및인력개발비 세액공제 등에 관한 적용례) 별표 5 및 별표 6의 개정규정은 이 영 시행후 과세표준신고를 하는 과세연도분부터 적용한다.
제26조 (본사이전 법인의 감면세액 추징에 관한 경과조치) 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률 제63조의2의 개정규정을 적용받는 경우에는 제60조의2의 개정규정을 적용하되, 법률 제7322호 조세특례제한법중개정법률 제63조의2의 종전규정을 적용받는 경우에는 제60조의2의 종전규정을 적용한다.

부칙(지방세법 시행령) <제18669호,2005.1.5>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) ①내지 ③생략
④조세특례제한법시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제116조의2제1항 각호외의 부분ㆍ동조제3항 각호외의 부분ㆍ동조제5항 각호외의 부분ㆍ동조제6항 각호외의 부분ㆍ동조제7항 각호외의 부분ㆍ동조제10항 각호외의 부분, 제116조의9 각호외의 부분 본문, 동조제1호ㆍ제2호, 제116조의15제1항 각호외의 부분ㆍ동조제2항 각호외의 부분 및 제116조의17제1항 각호외의 부분중 "등록세ㆍ재산세 및 종합토지세"를 각각 "등록세 및 재산세"로 한다. 대통령령 제17034호 조세특례제한법시행령 중 개정령 부칙 제11조제2항 및 대통령령 제18176호 조세특례제한법시행령 중 개정령 부칙 제3조제6항중 "재산세 및 종합토지세"를 각각 "재산세"로 한다.
⑤생략

부칙(과학기술분야정부출연연구기관등의설립ㆍ운영및육성에관한법률시행령) <제18594호,2004.12.3>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ①내지 <31>생략
<32>조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제16조제1항제2호의2를 다음과 같이 한다.
2의2. 정부출연연구기관등의설립ㆍ운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립ㆍ운영및육성에관한법률에 의한 정부출연연구기관중 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 연구기관에서 연구원으로 근무하는 자
가. 과학기술정책연구원
나. 한국과학기술연구원
다. 한국기초과학지원연구원
라. 한국천문연구원
마. 한국생명공학연구원
바. 한국과학기술정보연구원
사. 한국전자통신연구원
아. 한국표준과학연구원
자. 한국해양연구원
차. 한국지질자원연구원
카. 한국기계연구원
타. 한국항공우주연구원
파. 한국에너지기술연구원
하. 한국전기연구원
거. 한국화학연구원
별표 5 제6호 나목중 "정부출연연구기관등의설립ㆍ운영및육성에관한법률"을 "정부출연연구기관등의설립ㆍ운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립ㆍ운영및육성에관한법률"로 하고, 동호 라목중 "정부출연연구기관등의설립ㆍ운영및육성에관한법률"을 "과학기술분야정부출연연구기관등의설립ㆍ운영및육성에관한법률"로 한다.
별표 6 제1호 바목중 "정부출연연구기관등의설립ㆍ운영및육성에관한법률"을 "과학기술분야정부출연연구기관등의설립ㆍ운영및육성에관한법률"로 한다.
<33>내지 <42>생략
제5조 생략

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 영중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 영중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제4조 (임시투자세액공제에 관한 적용례) ①제23조제1항의 개정규정은 2004년 7월 1일 이후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2004년 7월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2004년 7월 1일 이후의 투자분에 대하여도 동항의 개정규정을 적용한다.
②제23조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 2004년 12월 31일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2004년 12월 31일까지 투자한 분에 대하여는 2004년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 본다. 이 경우 투자금액의 계산에 관하여는 제4조제3항의 규정을 준용한다.
제5조 (고용창출형창업기업에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제27조의2의 개정규정은 2004년 7월 1일 이후 창업하는 분부터 적용한다.
제6조 (고용증대특별세액공제에 관한 적용례) 제27조의3 및 제27조의4의 개정규정은 2004년 7월 26일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제7조 (생계형저축의 요건 등에 관한 적용례) 제82조의2제1항의 개정규정은 2004년 7월 26일 이후 가입하는 분부터 적용한다.
제8조 (금지금거래에 대한 부가가치세 과세특례에 관한 적용례) 제106조의3제2항 및 제4항의 개정규정은 이 영 시행후 거래승인신청서를 제출하는 분부터 적용한다.
제9조 (중고자동차에 대한 부가가치세 매입세엑공제에 관한 적용례) 제110조제2항 단서의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다.
제10조 (중고자동차에 대한 부가가치세 매입세액공제율 인상에 관한 경과조치) 2004년 7월 1일 이후 중고자동차를 매매하거나 수출하는 사업자가 종전의 규정에 의하여 부가가치세를 신고한 경우에는 이 영 시행후 최초로 신고ㆍ납부 또는 경정청구하는 때에 공제율 차이에 해당하는 매입세액을 추가로 공제받을 수 있다.

부칙(전원개발촉진법시행령) <제18457호,2004.6.29>
제1조 (시행일) 이 영은 2004년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑧생략
⑨조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항제2호중 "전원개발에관한특례법"을 "전원개발촉진법"으로 한다.
⑩내지 ⑮생략
제4조 생략

부칙(자유무역지역의지정및운영에관한법률시행령) <제18437호,2004.6.22>
①(시행일) 이 영은 2004년 6월 23일부터 시행한다.
②생략
③(다른 법령의 개정) 조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제116조의2제9항제1호 및 제2호를 다음과 같이 하고, 동조제10항제1호중 "제9항제1호 가목"을 "제9항제1호"로 하며, 동항제2호중 "제9항제1호 나목 및 동항제2호"를 "제9항제2호"로 한다.
1. 자유무역지역의지정및운영에관한법률 제10조제1항제1호의 규정에 의한 입주기업체의 사업
2. 자유무역지역의지정및운영에관한법률 제10조제1항제3호의 규정에 의한 입주기업체의 사업
제116조의13제2항중 "산업자원부장관"을 "관리권자"로 하고, 동조제3항중 "주무부장관은"을 "주무부장관 및 관리권자는"으로 한다.
④생략

부칙(한국환경자원공사법시행령) <제18428호,2004.6.11>
제1조 (시행일) 이 영은 2004년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①생략
②조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제110조제3항제3호를 다음과 같이 한다.
3. 한국환경자원공사법에 의한 한국환경자원공사
③내지 ⑥생략

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제25조제2항제11호의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조제1항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제3조 (소득세가 면제되는 외국인기술자의 범위에 관한 적용례) 제16조제1항제3호 마목 및 바목의 개정규정은 이 영 시행후 제공하는 근로에 대한 소득분부터 적용한다.
제4조 (사회간접자본투자준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제25조제2항제11호의 개정규정은 2005년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.
제5조 (근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제94조제1항제2호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용한다.
제6조 (연구및인력개발비 세액공제 등에 관한 적용례) 별표 5 및 별표 6의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용한다.

①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(일반적 적용례) 이 영중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③(항만공사에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제7항제39호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다.
④(차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입에 관한 적용례) 제129조제6항제18호의2에 관한 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.

부칙(전자적민원처리를위한가석방자관리규정등중개정령) <제18312호,2004.3.17>
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(한국철도시설공단법시행령) <제18207호,2003.12.30>
제1조 (시행일) 이 영은 2004년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑮생략
<16>조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제25조제2항제8호를 다음과 같이 한다.
8. 한국철도시설공단법에 의하여 설립된 한국철도시설공단
<17>내지 <19>생략
제6조 생략

제1조 (시행일) 이 영은 2004년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제13조제8항제3호ㆍ제69조의2제2항ㆍ제104조의4 및 제129조제6항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제14조ㆍ제53조제2호ㆍ제80조의2제1항제1호 나목 및 바목ㆍ제82조의2제1항ㆍ제83조제6항 및 제116조제11항의 개정규정은 2004년 1월 5일부터 시행하며, 제106조제8항 단서의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (조세특례제한법 개정법률의 시행일) 법률 제7003호 조세특례제한법중개정법 부칙 제1조 단서에서 "대통령령이 정하는 날"이라 함은 2005년 1월 1일을 말한다.
제3조 (일반적 적용례) ①이 영중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 영중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③이 영중 특별소비세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
④이 영중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 양도하는 분부터 적용한다.
⑤이 영중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 취득ㆍ등기 또는 등록하는 분부터 적용한다.
⑥이 영중 재산세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. <개정 2005.1.5>
⑦이 영중 관세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 수입신고하는 분부터 적용한다.
제4조 (공제세액계산서 등 신고서식 개정에 관한 적용례) 제6조의2ㆍ제9조제6항ㆍ제60조제4항ㆍ제60조의2제13항ㆍ제63조제7항ㆍ제64조제7항 및 제104조의5제6항의 개정규정은 2004년 3월 1일 이후 과세표준신고를 하는 분부터 적용한다.
제5조 (해외파견비에 대한 임시세액공제에 관한 적용례) 제9조의2의 개정규정은 이 영 시행후 해외파견비용이 발생하는 분부터 적용한다.
제6조 (주식매수선택권에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제13조제8항제3호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 주식매수선택권을 행사하는 분부터 적용한다.
제7조 (폐기물감량화시설에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제22조제1항제2호의 개정규정은 이 영 시행후 투자하는 분부터 적용한다.
제8조 (임시투자세액공제의 범위에 관한 적용례) 제23조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2004년 1월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것중 2004년 1월 1일 이후의 투자분에 대하여는 제23조제1항의 개정규정을 적용한다.
제9조 (수해방지채권에 관한 적용례) 제26조제2항의 개정규정은 이 영 시행후 수해방지채권을 발행하는 분부터 적용한다.
제10조 (감가상각비의 손금산입특례에 관한 적용례) 제27조의 개정규정은 이 영 시행후 과세표준신고(국세기본법 제45조의3의 규정에 의한 기한후 신고를 제외한다)를 하는 분부터 적용한다. 다만, 이 영 시행전에 법인세법 제60조의 규정에 의한 과세표준신고기한이 도래한 법인에 대하여는 제27조제4항의 개정규정에 불구하고 당해 자산의 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 법인세 과세표준신고기한까지 감가상각특례신청서를 제출할 수 있다.
제11조 (공장ㆍ본사의 지방이전감면세액추징과 관련한 기준 이상의 사무소 계산에 관한 적용례) 제57조제8항 및 제60조의2제11항ㆍ제12항의 개정규정은 이 영 시행후 기준 이상의 사무소를 두거나 당해 감면세액추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제12조 (공장ㆍ본사의 지방이전에 대한 임시특별세액감면의 대상조정에 관한 적용례) 제60조의2제1항제5호의 개정규정은 이 영 시행후 공장 및 본사를 수도권외의 지역으로 이전하는 분부터 적용한다.
제13조 (기부금의 손금산입특례에 관한 적용례) 제69조의2제2항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제14조 (장기주택마련저축의 범위 등에 관한 적용례) 제81조제1항제1호ㆍ제3호 및 제2항의 개정규정은 이 영 시행후 저축에 가입하는 분부터 적용한다.
제15조 (연금저축 취급기관에 관한 적용례) 제80조의2제1항제1호 마목의 개정규정은 이 영 시행후 저축을 가입하는 분부터 적용한다.
제16조 (농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제99조의4의 개정규정은 2003년 8월 1일 이후 일반주택을 양도하는 분부터 적용한다.
제17조 (정비사업조합의 수익사업의 범위에 관한 적용례) 제104조의4의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제18조 (면세금지금거래신고서 등의 납부 및 제출에 관한 적용례) 제106조의3제9항 및 제12항의 개정규정은 이 영 시행후 납부하거나 제출하는 분부터 적용한다.
제19조 (재활용폐자원등의 매입세액공제신고서 개정에 관한 적용례) 제110조제5항제3호의 개정규정은 2004년 7월 1일 이후 신고서를 제출하는 분부터 적용한다.
제20조 (외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제116조의2의 개정규정은 이 영 시행후 조세감면을 신청하는 분부터 적용한다. 다만, 제116조의2제10항의 개정규정은 이 영 시행후 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자를 새로이 하는 분부터 적용한다.
제21조 (기술도입대가에 대한 조세면제기준 등에 관한 적용례) 제116조의12제2항 및 제3항의 개정규정은 이 영 시행후 조세면제의 신청을 하는 분부터 적용한다.
제22조 (제주첨단과학기술단지 등의 입주기업범위에 관한 적용례) 제116조의14 및 제116조의15의 개정규정은 이 영 시행후 입주하는 분부터 적용한다.
제23조 (수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제에 관한 적용례) 제124조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 투자하는 분부터 적용한다.
제24조 (차입금과다법인의 지급이자손금불산입에 관한 적용례) 제129조제6항제24호 및 제25호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제25조 (해저광물자원개발을 위한 과세특례에 관한 적용례) 제133조의2의 개정규정은 이 영 시행후 조세면제를 신청하는 분부터 적용한다.
제26조 (연구및인력개발준비금의 손금산입대상비용 확대 등에 관한 적용례) 별표 5 및 별표 6의 개정규정은 이 영 시행후 발생하는 분부터 적용한다.
제27조 (기술이전소득에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행당시 종전의 제11조의 규정에 의하여 기술비법을 양도ㆍ대여 또는 제공한 분에 대하여는 당해 대여 및 제공기간이 종료할 때까지는 제11조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제28조 (법인 본사의 수도권 과밀억제권역외 지역이전에 대한 법인세 과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행전에 수도권 과밀억제권역안의 본점 및 주사무소를 양도한 법인의 경우에는 제57조제8항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용받을 수 있다.
제29조 (법인의 공장ㆍ본사의 수도권외 지역이전에 따른 감면세액 추징에 관한 경과조치) 이 영 시행전에 수도권외의 지역으로 이전한 법인의 공장 및 본사의 경우에는 제60조의2제11항 및 제12항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용받을 수 있다.
제30조 (부가가치세의 면제에 관한 경과조치 등) ①제106조제5항 및 제7항제38호의 개정규정에 의하여 부가가치세의 면세사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 이 영 시행전에 취득한 재화를 부가가치세가 면제되는 당해 사업을 위하여 직접 사용하는 경우에는 부가가치세법시행령 제15조제1항제1호 및 제63조의 규정을 적용하지 아니한다.
②제106조제5항 및 제7항제38호의 개정규정에 의하여 부가가치세의 면세사업자로 전환되는 자와 관련하여 사업장의 관할세무서장은 이 영 시행후 지체없이 당해 사업장의 사업자등록을 말소하고, 교부한 사업자등록증을 회수하여야 한다.
제31조 (정부업무대행단체의 과세사업추가에 따른 경과조치 등) ①제106조제8항 단서의 개정규정에 의하여 부가가치세 과세사업이 추가되는 사업자는 2005년 1월 1일부터 2005년 1월 20일까지 관할세무서장에게 사업자등록 정정신고를 하여야 하며, 동 신고를 받은 관할세무서장은 7일 이내에 사업자등록증을 정정교부하여야 한다.
②제106조제8항 단서의 개정규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역으로서 그 공급시기가 2005년 1월 1일부터 제1항의 규정에 의한 사업자등록증 교부전에 도래하는 경우에는 그 공급시기를 2005년 1월 31일로 한다.
제32조 (면세금지금 거래승인에 관한 경과조치) 이 영 시행당시 종전의 제106조의4제4항의 규정에 의하여 승인을 얻은 자에 대하여는 이 영 시행후 6월이 경과할 때까지는 제106조의4제4항 및 제5항의 개정규정에 불구하고 승인을 얻은 것으로 본다.

부칙(주택법시행령) <제18146호,2003.11.29>
제1조 (시행일) 이 영은 2003년 11월 30일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제14조 생략
제15조 (다른 법령의 개정) ①내지 <40>생략
<41>조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제51조의2제3항중 "주택건설촉진법시행령 제30조제1항 단서"를 "주택법시행령 제3조제1항"으로 한다.
제93조제1호중 "주택건설촉진법 제17조"를 "주택법 제74조"로 한다.
제98조제1항제1호ㆍ제5항제1호 및 제99조제3항제1호중 "주택건설촉진법"을 각각 "주택법"으로 한다.
제99조의3제3항제1호중 "주택건설촉진법"을 "주택법"으로 하고, 동항제2호 및 동조제5항중 "주택건설촉진법 제33조"를 각각 "주택법 제16조"로 한다.
제106조제4항제2호중 "주택건설촉진법"을 "주택법"으로 하고, 동조제5항제1호중 "공동주택관리령 제15조"를 "주택법시행령 제58조"로, "동령 별표 3"을 각각 "동시행령 별표 5"로 하며, 동항제2호중 "공동주택관리령 제15조"를 "주택법시행령 제58조"로 한다.
제129조제6항제21호 및 제134조제1항중 "주택건설촉진법"을 각각 "주택법"으로 한다.
<42>내지 <54>생략

부칙(도시및주거환경정비법시행령) <제18044호,2003.6.30>
제1조 (시행일) 이 영은 2003년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법령의 개정) ①내지 <16>생략
<17>조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제72조제2항중 "재개발사업시행인가에 있어서는 도시재개발법"을 "도시및주거환경정비법"으로, "도시재개발법"을 "도시및주거환경정비법"으로 하고, 동조제3항중 "재개발사업의 시행자"를 각각 "사업시행자"로 한다.
제99조제3항제1호중 "도시재개발법에 의한 재개발조합"을 "도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합"으로 한다.
제99조의3제3항제1호중 "도시재개발법에 의한 재개발조합"을 "도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합"으로 하고, 동항제2호중 "도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일"을 "도시및주거환경정비법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다)"로 한다.
제99조의3제5항중 "도시재개발법 제34조"를 "도시및주거환경정비법 제48조"로 한다.
<18>내지 <24>생략
제13조 생략

①(시행일) 이 영은 2003년 7월 1일부터 시행한다.
②(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항의 개정규정은 2003년 7월 1일 이후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2003년 7월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2003년 7월 1일 이후의 투자분에 대하여도 동조동항의 개정규정을 적용한다.
③(임시투자세액공제에 관한 특례) 제23조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 2003년 12월 31일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2003년 12월 31일까지 투자한 분에 대하여는 2003년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조제3항의 규정을 적용한다. 이 경우 투자금액의 계산에 관하여는 제4조제3항의 규정을 준용한다.

제1조 (시행일) 이 영은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제35조의2, 제35조의3, 제81조의3제1항, 제94조제5항, 제121조의2제1항 및 제4항제3호ㆍ제4호, 제137조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조제4항 및 제106조의3 내지 제106조의6의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 영중 소득세 또는 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 영중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.
③이 영중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제3조 (이자상당가산액의 가산율 인하에 관한 적용례) 제3조제3항제2호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 법정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.
제4조 (중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제12조제2항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 출자하여 취득하는 분부터 적용한다.
제5조 (주식매수선택권에 대한 과세특례에 관한 적용례) ①제13조제5항제1호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
②제13조제9항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 주식매수선택권을 행사하는 분부터 적용한다.
제6조 (특정설비투자의 범위 등에 관한 적용례) 제22조제1항제2호 및 제22조의2제1항제3호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제7조 (임시투자세액공제에 관한 적용례) ①제23조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2003년 1월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2003년 1월 1일 이후의 투자분에 대하여도 동조항의 개정규정을 적용한다.
②제23조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 2003년 6월 30일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2003년 6월 30일까지 투자한 분에 대하여는 2003년 6월 30일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조제3항의 규정을 적용한다. 이 경우 투자금액의 계산에 관하여는 제4조제3항의 규정을 준용한다.
제8조 (지주회사요건에 따른 과세특례배제의 예외에 관한 적용례) 제35조의2제6항 및 제35조의3제2항 후단의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제9조 (공장의 대도시외지역 이전에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제56조제2항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 공장을 대도시외지역으로 이전하기 위하여 양도하는 분부터 적용한다.
제10조 (농공단지입주기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제61조제1항 및 제2항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 농공단지에 입주하여 사업을 개시하는 분부터 적용한다.
제11조 (적립식 비과세상품중 보험 등의 불입기간 조정에 관한 적용례) 제80조제1항제4호ㆍ제80조의2제1항제4호ㆍ제81조제1항제2호 및 제82조제1항제1호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 불입하는 분부터 적용한다.
제12조 (장기증권저축에 대한 세액공제 등에 관한 적용례) 제81조의3제1항의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 과세연도에 적용되는 매매회전율분부터 적용한다.
제13조 (연구개발사업에 투자하는 외국인투자에 대한 감면에 관한 적용례) 제116조의2제3항제4호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 감면신청하는 분부터 적용한다.
제14조 (신용카드등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) ①제121조의2제1항의 개정규정은 2002년 8월 29일 이후 최초로 소득세의 과세표준을 신고하는 분, 소득세를 결정하는 분 또는 연말정산하는 분부터 적용한다.
②제121조의2제4항제3호 및 제4호의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
③제121조의2제4항제5호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 사용하는 분부터 적용한다.
제15조 (수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제에 관한 적용례) 제124조제3항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제16조 (연구 및 인력개발준비금의 손금산입대상비용 확대 등에 관한 적용례) 별표 5 및 별표 6의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 발생하는 분부터 적용한다.
제17조 (공장의 대도시외지역 이전에 대한 법인세과세특례에 관한 경과조치) 이 영 시행당시 종전의 제56조의 규정에 의하여 대도시 공장을 이전하여 사업을 개시하거나 대도시 공장을 양도한 경우에는 제56조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의하여 법인세 과세특례를 적용받을 수 있다.
제18조 (국민주택 등 부가가치세 면제에 관한 경과조치) 제106조제4항의 개정규정에 의하여 부가가치세의 면세사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 이 영 시행전에 취득한 재화를 부가가치세가 면제되는 사업을 위하여 직접 사용하는 경우에는 제106조제4항의 개정규정에 불구하고 부가가치세법시행령 제15조제1항제1호 및 제63조의 규정을 적용하지 아니한다.

부칙(기술신용보증기금법시행령) <제17791호,2002.12.5>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①내지 <26>생략
<27>조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제129조제6항제6호중 "신기술사업금융지원에관한법률"을 "기술신용보증기금법"으로 한다.
<28>내지 <36>생략
제3조 생략

①(시행일) 이 영은 2002년 7월 1일부터 시행한다.
②(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항의 개정규정은 2002년 7월 1일 이후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2002년 7월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2002년 7월 1일 이후의 투자분에 대하여도 동조동항의 개정규정을 적용한다.
③(임시투자세액공제에 관한 특레) 제23조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 2002년 12월 31일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2002년 12월 31일까지 투자한 분에 대하여는 2002년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조제3항의 규정을 적용한다.

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(한국공항공사법시행령) <제17538호,2002.3.2>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑥생략
⑦조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제25조제2항제5호를 다음과 같이 한다.
5. 한국공항공사법에 의하여 설립된 한국공항공사
⑧내지 ⑬생략
제4조 생략

제1조 (시행일) 이 영은 2002년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제4조의2ㆍ제13조ㆍ제25조제2항제2호의2ㆍ제82조의5ㆍ제93조제8호 내지 제10호ㆍ제129조제6항제15호의2 및 제15호의3과 제130조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조제7항 단서의 개정규정은 2002년 7월 1일부터 시행하며, 제116조의2제11항의 개정규정은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 영중 소득세 또는 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 영중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
③이 영중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.
④이 영중 특별소비세 및 교통세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑤이 영중 인지세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
제3조 (주식매수선택권에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제13조의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 과세연도에 부여받은 분부터 적용한다.
제4조 (임시투자세액공제에 관한 적용례) ①제23조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2002년 1월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2002년 1월 1일 이후의 투자분에 대하여도 동조동항의 개정규정을 적용한다.
②제23조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 2002년 6월 30일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2002년 6월 30일까지 투자한 분에 대하여는 2002년 6월 30일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조제3항의 규정을 적용한다. 이 경우 투자금액의 계산에 관하여는 제4조제3항의 규정을 준용한다.
제5조 (사회간접자본투자준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제25조제2항제2호의2의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도에 손금에 산입하는 분부터 적용한다.
제6조 (이월과세 적용신청에 관한 적용례) 제28조제3항 및 제29조제3항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 이월과세의 적용을 신청하는 분부터 적용한다.
제7조 (수도권외의 지역으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면 등에 관한 적용례) 제60조 및 제60조의2의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 공장 또는 본사를 이전하는 분부터 적용한다.
제8조 (우리사주조합원 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제82조의4의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 출연하는 분부터 적용한다.
제9조 (조합 등 출자금의 요건 등에 대한 적용례) 제82조의5의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 과세연도에 지급받는 배당소득분부터 적용한다.
제10조 (복권당첨소득의 범위에 관한 적용례) 제93조제8호 내지 제10호의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 과세연도에 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
제11조 (양도소득세가 감면되는 조합원의 범위에 관한 적용례) 제99조의3제3항제2호 및 제5항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 조합원의 지위를 취득하는 분부터 적용한다.
제12조 (외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) ①제116조의2제3항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 조세감면신청을 하는 분부터 적용한다.
②제116조의2제10항 단서 및 동항제1호ㆍ제2호의 개정규정은 회사정리법에 의한 회사정리계획에 따라 2002년 1월 1일 이후 최초로 설립되는 내국법인에게 투자하는 분부터 적용한다.
제13조 (차입금과다법인의 지급이자 손금불산입 등에 관한 적용례) 제129조제6항제15호의2ㆍ제15호의3 및 제130조의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제14조 (기업합리화적립금의 적립 등에 관한 적용례) ①제137조제3항제2호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 과세표준신고, 수정신고, 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.
②제137조제5항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 차입금을 상환하는 분부터 적용한다.
제15조 (재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제에 관한 특례) 제110조제3항제2호 및 제4호의 규정에 의한 사업자가 동조제4항제8호의 규정에 의한 자동차를 취득하는 경우의 부가가치세 매입세액의 공제에 관하여는 제110조제2항의 개정규정에 불구하고 2004년 6월 30일까지는 종전의 규정에 의한다. <개정 2002.12.30, 2003.6.30>
제16조 (정부업무대행단체의 과세전환에 따른 경과조치 등) ①제106조제7항의 개정규정에 의하여 부가가치세 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자는 2002년 7월 1일부터 2002년 7월 20일까지 관할세무서장에게 사업자등록 신청 또는 등록정정신고를 하여야 하며, 신청 또는 신고를 받은 관할세무서장은 7일 이내에 사업자등록증을 교부하거나 정정교부하여야 한다.
②제106조제7항의 개정규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역으로서 그 공급시기가 2002년 7월 1일 이후 사업자등록증 교부전에 도래하는 경우에는 그 공급시기를 2002년 7월 31일로 할 수 있다.
③제106조제7항의 개정규정에 의하여 부가가치세 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자가 당해 사업과 관련하여 이 영 시행전에 취득한 감가상각자산이 다시 면세사업에 사용되는 경우에는 이를 부가가치세법시행령 제15조의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 2002년 7월 1일 이후 당해 재화에 대한 자본적 지출로 인하여 그 가치가 증가된 경우에 그 증가된 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.

①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항의 개정규정은 2001년 9월 3일 이후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2001년 9월 3일 당시 투자가 진행중에 있는 것으로서 2001년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2001년 9월 3일 이후의 투자분에 대하여도 동조동항의 개정규정을 적용한다.
③(임시투자세액공제에 관한 특례) 제23조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 2001년 12월 31일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2001년 12월 31일까지 투자한 분에 대하여는 2001년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조제3항의 규정을 적용한다.
④(축산업에 대한 중복지원의 배제에 관한 특례) 축산업을 영위하는 내국인이 법 제101조의 규정에 의하여 소득공제를 받는 경우에는 제23조제1항의 개정규정에 불구하고 동항의 규정에 의한 임시투자세액공제를 받을 수 없다.

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(기술개발촉진법시행령) <제17305호,2001.7.16>
제1조 (시행일) 이 영은 2001년 7월 17일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑬생략
⑭조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제10조제3항제2호중 "기술개발촉진법 제8조의2 및 동법시행령 제7조제3항의 규정에 의하여 국산신기술제품으로 지원하기로 결정한 것을"을 "기술개발촉진법 제6조 및 동법시행령 제9조의 규정에 의하여 신기술로 인정한 것을"로 한다.
제10조제3항제3호중 "기술개발촉진법 제8조의3제1항 각호"를 "기술개발촉진법 제7조제1항 각호"로 한다.
⑮내지 <18>생략
제4조 생략

부칙(과학기술기본법시행령) <제17303호,2001.7.16>
제1조 (시행일) 이 영은 2001년 7월 17일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법령의 개정) ①및 ②생략
③조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제93조제3호중 "과학기술혁신을위한특별법"을 "과학기술기본법"으로 한다.
④내지 ⑨생략
제4조 생략

부칙(학원의설립ㆍ운영및과외교습에관한법률시행령) <제17296호,2001.7.7>
제1조 (시행일) 이 영은 2001년 7월 8일부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①내지 ③생략
④조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제117조제8항 본문중 "학원의설립ㆍ운영에관한법률"을 "학원의설립ㆍ운영및과외교습에관한법률"로 한다.
⑤내지 ⑬생략
제3조 생략

①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제23조제1항의 개정규정 및 제106조제5항의 개정규정중 법 제106조제1항제4호의2에 관한 부분은 2001년 7월 1일부터 시행하고, 제106조제5항의 개정규정중 법 제106조제1항제4호의3에 관한 부분은 2004년 1월 1일부터 시행한다.
②(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항의 개정규정은 2001년 7월 1일 이후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2001년 7월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2001년 7월 1일 이후의 투자분에 대하여도 동조동항의 개정규정을 적용한다.
③(임시투자세액공제에 관한 특례) 제23조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 2001년 12월 31일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2001년 12월 31일까지 투자한 분에 대하여는 2001년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조제3항의 규정을 적용한다.

부칙(산업디자인진흥법시행령) <제17227호,2001.5.24>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑥생략
⑦조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 6 제1호란의 나목①㉴중 "한국산업디자인진흥원"을 "한국디자인진흥원"으로 한다.

부칙(군인사법시행령) <제17158호,2001.3.27>
제1조 (시행일) 이 영은 2001년 3월 27일부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①내지 <23>생략
<24>조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제113조제2항 후단중 "하사관후보생"을 "부사관후보생"으로 한다.
<25>생략
제3조 생략

부칙(교육인적자원부와그소속기관직제) <제17115호,2001.1.29>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑤생략
⑥조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제77조제2항제2호중 "교육부장관"을 "교육인적자원부장관"으로 한다.
⑦내지 <152>생략

제1조 (시행일) 이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제13조제1항ㆍ제5항 및 제82조의6의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제69조제2항의 개정규정중 기부금에 관한 규정과 동조제3항의 개정규정은 2003년 1월 1일부터 시행하며, 제106조제1항 및 제7항 단서의 개정규정은 2001년 7월 1일부터 시행하고, 제106조제6항제18호의 개정규정은 2001년 9월 1일부터 시행하며, 제106조의2의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 시행한다. <개정 2001.12.31>
제2조 (일반적 적용례) ①이 영중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 영중 양도소득세 및 특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
③이 영중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
④이 영중 특별소비세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업 유예기간에 관한 적용례) 제2조제2항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 분부터 적용한다.
제4조 (투자세액공제에 관한 적용례) ①제4조제1항ㆍ제21조ㆍ제22조제1항 및 제22조의2의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
②제23조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 이 영 시행 당시 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 이 영 시행후의 투자분에 대하여도 이를 적용하되, 투자금액은 제4조제3항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.
제5조 (비과세 주식양도차익 및 배당소득의 계산 등에 관한 적용례) 제11조의2의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 주식과 지급받는 배당분부터 적용한다.
제6조 (주식매수선택권에 관한 적용례) ①제13조제1항 및 제5항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.
②제13조제7항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 부여받는 주식매수선택권을 행사함으로써 발생하는 소득분부터 적용한다.
제7조 (감면세액 납부에 관한 적용례) 제30조, 제32조 내지 제34조, 제39조, 제43조의2, 제60조의2, 제63조, 제64조, 제67조, 제68조, 제76조 내지 제78조의 개정규정중 감면세액과 그 이자상당액의 납부에 관한 부분은 이 영 시행후 최초로 당해 사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제8조 (재무구조개선 등의 지원을 위한 적용례) ①제33조제2항제5호ㆍ제9항 및 제34조제12항ㆍ제15항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 분부터 적용한다.
②제33조제5항 및 제34조제7항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제9조 (현물출자 등에 관한 적용례) 제35조의2ㆍ제35조의3 및 제43조의2의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 현물출자하거나 주식을 교환하는 분부터 적용한다.
제10조 (연금저축 등에 관한 적용례) ①제80조제3항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개인연금저축명세서를 제출하는 분부터 적용한다.
②제80조의2 및 제82조의2제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 연금저축 및 생계형저축에 가입하는 분부터 적용한다.
③제82조의4 및 제82조의5의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 지급받는 배당소득분부터 적용한다.
④제82조의6의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.
⑤제83조의2의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
⑥제92조제1항 및 제2항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 배당받는 분부터 적용한다.
제11조 (관세 등의 추징에 관한 적용례) ①제116조의8의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 관세 등이 면제되는 분부터 적용한다.
②제116조의9제1호의 개정규정중 재산세에 관한 부분은 이 영 시행후 최초로 감면되는 분부터 적용한다. <개정 2005.1.5>
제12조 (임시투자세액공제에 관한 특례) 제23조의 개정규정을 적용함에 있어서 2001년 6월 30일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2001년 6월 30일까지 투자한 분에 대하여는 2001년 6월 30일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조제3항의 규정을 적용한다. 이 경우 투자금액의 계산에 관하여는 제4조제3항의 규정을 준용한다.
제13조 (장기할부조건 양도에 대한 특례) 토지등을 장기할부조건으로 양도하고 종전의 제33조제5항 또는 종전의 제34조제7항의 규정에 의하여 각 회의 부불금을 수입한 날을 양도일로 하여 양도소득세 또는 특별부가세 과세표준신고를 한 자는 이 영 시행일이 속하는 과세연도 전까지 종전의 규정에 의한 양도일이 도래하지 아니한 분에 대하여 이 영 시행일이 속하는 과세연도중에 양도일이 도래한 것으로 보아 법 제36조ㆍ제37조 및 제145조의 규정을 적용한다.
제14조 삭제 <2001.12.31>
제15조 (중소기업판정 등에 관한 경과조치) ①이 영 시행전에 개시한 과세연도에 중소기업 해당여부를 판정하는 경우에는 종전의 제2조 및 대통령령 제17026호 중소기업기본법시행령개정령으로 개정되기 전의 중소기업기본법시행령을 적용한다.
②이 영 시행당시 종전의 제2조제1항의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 이 영 시행후 최초로 개시하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다.
제16조 (사회간접자본준비금의 익금산입에 관한 경과조치) 종전의 제25조제2항제11호의 규정에 의한 사단법인 한국무역협회가 이 영 시행전에 종전의 제25조제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 사회간접자본준비금의 익금산입에 관하여는 법률 제6297호 조세특례제한법중개정법률로 개정되기전의 조세특례제한법 제25조제2항 내지 제5항의 규정을 적용한다.
제17조 (정부업무대행단체의 소매업 등의 과세전환에 따른 경과조치 등) ①제106조제1항 및 제7항의 개정규정에 의하여 부가가치세 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자는 2001년 7월 1일부터 2001년 7월 20일까지 관할세무서장에게 사업자등록 신청 또는 등록정정신고를 하여야 하며, 신청 또는 신고를 받은 관할세무서장은 7일 이내에 사업자등록증을 교부하거나 정정교부하여야 한다.
②제106조제1항 및 제7항의 개정규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역으로서 그 공급시기가 2001년 7월 1일 이후 사업자등록증 교부전에 도래하는 경우에는 그 공급시기를 2001년 7월 31일로 할 수 있다.
③제106조제1항 및 제7항의 개정규정에 의하여 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 경우 2001년 7월 1일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품ㆍ제품ㆍ재료 기타 재고자산(감가상각자산을 제외하며, 세금계산서 수취분으로서 매입세액공제를 받을 수 있는 것에 한한다)에 대하여는 부가가치세법 제17조제1항의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 2001년 7월 1일 이후 6월간의 거래에 대하여 납부할 부가가치세액에서 공제한다.
④제3항의 규정에 의하여 매입세액을 공제받고자 하는 자는 2001년 9월 30일까지 납세지 관할세무서장에게 당해 재고자산을 신고하여야 한다.
⑤제106조제1항 및 제7항의 개정규정에 의하여 부가가치세 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자가 당해 사업과 관련하여 2001년 6월 30일 이전에 취득한 감가상각대상자산이 다시 면세사업에 사용되는 경우에는 이를 부가가치세법시행령 제15조의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 2001년 7월 1일 이후 당해 재화에 대한 자본적 지출로 인하여 그 가치가 증가된 경우에 그 증가된 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.
제18조 (분뇨처리시설 등의 설계ㆍ시공업의 면세에 따른 경과조치) 제106조제4항의 개정규정에 의하여 부가가치세의 면세사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 자가 이 영 시행전에 취득한 재화를 부가가치세가 면제되는 사업에 직접 사용하는 경우에는 부가가치세법시행령 제15조의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니한다.

①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제48조의2 및 제48조의3의 개정규정과 부칙 제2항중 금융지주회사에 관한 부분은 금융지주회사법의 시행일부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 농어촌특별세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제4조제6항제1호중 "제119조제1항제2호(법인세법 제44조제1항 각호의 요건을 충족한 합병의 경우에 한한다)ㆍ제10호"를 "제119조제1항제2호(법인세법 제44조제1항 각호의 요건을 충족한 합병의 경우에 한한다)ㆍ제10호 및 제18호 내지 제20호"로 한다.
③(다른 법령의 개정에 따른 적용례) 부칙 제2항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 등기하는 분부터 적용한다.

부칙(도시계획법시행령) <제16891호,2000.7.1>
제1조 (시행일) 이 영은 2000년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법령의 개정) ①조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제124조제3항제2호중 "도시계획법 제17조"를 "도시계획법 제32조제1항"으로 한다.
②내지 <37>생략
제13조 생략

부칙(우체국보험특별회계법시행령) <제16762호,2000.3.28>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑫생략
⑬조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제80조제1항제1호 라목중 "체신예금ㆍ보험에관한법률"을 "우체국예금ㆍ보험에관한법률"로, "체신보험"을 "우체국보험"으로 하고, 동항제4호중 "체신보험"을 "우체국보험"으로, "체신예금ㆍ보험에관한법률"을 "우체국예금ㆍ보험에관한법률"로 한다.
⑭내지 <16>생략

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제18조제2항제8호, 제45조제1항, 제46조제2항제8호, 제71조제1항, 제79조제4항, 제80조제1항제1호마목, 제106조제6항제8호ㆍ동항제16호ㆍ제8항제2호ㆍ제12항제4호(내수면어업용 선박에 관한 것을 제외한다)ㆍ제15항, 제110조제1항 및 제120조제2항의 개정규정은 2000년 7월 1일부터 시행하고, 제83조 내지 제91조의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행하며, 제116조의2제4항 및 동조제5항의 개정규정중 자유무역지역에 관한 부분은 자유무역지역의지정등에관한법률의 시행일부터, 관세자유지역에 관한 부분은 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률의 시행일부터 각각 적용한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 영중 소득세ㆍ법인세에 관한 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 개시되는 과세연도부터 적용한다. 다만, 제84조 내지 제91조의 개정규정은 2001년 1월 1일이후 최초로 개시되는 과세연도부터 적용한다.
②이 영중 양도소득세ㆍ특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 제43조의2, 제45조제2항, 제54조, 제60조의2 및 제97조의2의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률의 시행후 최초로 양도하는 분부터 하고, 제39조의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 양도분부터 적용한다.
③이 영중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다. 다만, 제106조제5항 및 제108조의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률의 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.
④이 영중 특별소비세 및 주세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 과세시기가 도래하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업의 범위에 관한 적용례) 제2조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 날이 속하는 과세연도의 다음 2과세연도가 경과되는 기업부터 적용한다.
제4조 (기술 및 인력개발비의 세액공제에 관한 적용례) 제9조제4항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 세액공제를 신청하는 분부터 적용한다.
제5조 (주식매입선택권에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제13조제7항의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 주식매입선택권을 부여받는 분부터 적용한다.
제6조 (외국유가증권시장에서 거래되는 유가증권의 양도소득에 관한 적용례) 제18조제4항의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률의 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제7조 (임시투자세액공제에 관한 적용례) 제23조제1항 및 제2항의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2000년 1월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 1977년 1월 1일이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2000년 1월 1일이후의 투자분에 대하여도 적용하되, 이 경우의 투자금액은 제4조제3항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.
제8조 (대손충당금적립에 관한 적용례) 제46조제3항의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률의 공포일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제9조 (법인본사의 수도권외의 지역이전에 관한 적용례) 제57조제7항의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 법인의 본점의 본점 또는 주사무소를 이전하는 분부터 적용한다.
제10조 (개인연금저축 등에 관한 적용례) ①제80조제5항의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률의 공포일이 속하는 과세기간에 해지하거나 연금외의 형태로 지급받는 분부터 적용한다.
②제83조의 개정규정은 2001년 1월 1일이후 최초로 가입하는 분부터 적용한다.
제11조 (세금계산서 원본의 반환에 관한 적용례) 제107조제4항의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 세금계산서 원본의 반환을 신청하는 분부터 적용한다.
제12조 (등록세 면제에 관한 적용례) 제116조제4항의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률의 시행후 최초로 등기하는 분부터 적용한다.
제13조 (외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) ①제116조의2제3항제2호 및 동조제6항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 조세감면신청 또는 조세면제신청을 하는 것부터 적용한다.
②제116조의2제4항제1호 및 동조제5항의 개정규정중 자유무역지역에 관한 부분은 자유무역지역의지정등에관한법률의 시행일이후 동법 제4조의 규정에 의하여 최초로 지정되는 자유무역지역부터 적용한다.
③대통령령 제16366호 조세특례제한법시행령중개정령 부칙 제2항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 조세감면신청 또는 조세면제신청을 하는 것부터 적용한다. 다만, 이 영 시행전에 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것으로서 이 영 시행일까지 조세감면결정 또는 조세면제결정을 받지 못한 것에 대하여는 이 영 시행일에 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것으로 본다.
제14조 (차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입에 관한 적용례) ①제129조제1항 및 제5항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.
②제129조제6항제12호 내지 제15호ㆍ제17호 및 제18호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 주식을 취득하는 분부터 적용한다.
제15조 (기술개발준비금의 손금산입에 관한 적용례) 별표 5의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 신고하는 과세연도에 적립하는 분부터 적용한다.
제16조 (투자가 완료되지 아니하는 경우의 특례) 제23조제1항 및 제2항의 개정규정을 적용함에 있어서 2000년 6월 30일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2000년 6월 30일까지 투자한 분에 대한 투자금액은 제4조제3항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.
제17조 (세금우대저축에 관한 특례) ①증권투자신탁업법에 의한 위탁회사 또는 신탁업법에 의한 신탁회사가 취급하는 재정경제부령이 정하는 저축으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 가계저축은 법 제89조제1항제5호의 규정에 의한 소액가계저축으로 본다.
1. 저축계약기간이 6월 이상 3년이하일 것
2. 저축원금의 합계액(수익자를 기준으로 계산한다)이 2천만원이하일 것
3. 1인 1통장일 것
4. 2000년 12월 31일까지 저축계약이 체결될 것
②제1항의 규정에 의하여 소액가계저축으로 보는 저축중 증권투자신탁업법에 의한 위탁회사가 취급하는 저축에 대하여 신탁의 이익을 계산함에 있어서는 소득세법 제46조제1항의 규정에 의한 채권등의 매매ㆍ평가로 발생한 이익을 소득세법시행령 제23조제3항의 규정에 불구하고 신탁의 이익에서 차감할 수 있다.<개정 2000.10.21>
③제1항의 규정에 의한 가계저축에 관하여는 제81조제5항 내지 제8항과 제87조제2항의 규정을 준용한다.
제18조 (금융기관의 대손충당금 손금산입 특례에 대한 경과조치) 이 영 시행당시 종전의 제46조제2항제8호의 금융기관에 대하여는 종전의 제46조제3항의 규정을 적용한다.
제19조 (합병조합의 중복자산명세서 제출에 관한 경과조치) 제47조제1항의 개정규정에 의하여 합병조합의 동일한 용도의 자산이 2개 이상이 된 경우에는 이 영 시행일부터 6월 이내(6월 이내에 당해자산을 양도하는 경우에는 그 양도일전을 말한다)에 법 제50조제2항제2호의 규정에 의한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
제20조 (원천징수특례를 적용받은 세금우대저축에 관한 경과조치등) 법률 제6045호 조세특례제한법중개정법률 부칙 제12조제1항의 규정에 의하여 세금우대종합저축으로 보는 세금우대저축에 대하여는 동 저축의 만기시까지 종전의 제83조 내지 제88조 및 제90조의 규정과 부칙 제17조의 개정규정을 적용한다.
제21조 (사회간접자본시설 사용료에 관한 경과조치) 법률제6045호 조세특례제한법중개정법률의 시행전에 종전의 제106조제5항의 규정에 의한 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.
제22조 (차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입에 관한 경과조치) 이 영 시행당시 종전의 제129조제6항제12호 내지 제15호의 규정을 적용받던 주식에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.

부칙(행정권한의위임및위탁에관한규정) <제16669호,1999.12.31>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법령의 개정) ①및 ②생략
③조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제116조의13제2항 및 제3항을 각각 제3항 및 제4항으로 하고, 동조에 제2항을 다음과 같이 신설하며, 동조제3항(종전의 제2항) 및 제4항(종전의 제3항)중 "제1항"을 각각 "제1항 및 제2항"으로 한다.
②재정경제부장관은 수출자유지역에서의 외국인투자에 대하여는 법 제121조의2 및 법 제121조의4의 규정에 의한 조세감면신청ㆍ감면내용변경신청 또는 사전확인신청의 접수, 조세감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부의 결정 및 통지에 관한 권한을 산업자원부장관에게 위탁한다.

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (양도소득세등에 관한 적용례) 제32조 및 제39조제2항제2호 나목의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제3조 (복권당첨소득의 범위에 관한 적용례) 제93조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 당첨되는 복권당첨소득분부터 적용한다.
제4조 (세액공제액의 추징에 관한 적용례) 제137조제7항제4호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 과잉생산설비의 폐기에 대한 세액공제를 받는 분부터 적용한다.
제5조 (대도시권의 범위에 관한 적용례) 별표 7의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 공장을 지방이전하는 분부터 적용한다.
제6조 (과잉생산설비의 폐기에 대한 세무서장의 확인절차에 관한 경과조치) 산업자원부장관이 제24조의2제1항의 규정에 의한 업종을 정하기 전에 과잉생산설비를 이미 폐기한 내국인에 대하여는 산업자원부장관이 당해업종을 정한 날부터 30일 이내에 관할세무서장에게 제24조의3제1항의 규정에 의한 세액감면신청서를 제출하여 확인을 받은 후 당해과세연도의 과세표준신고와 함께 폐기세액공제신청서를 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 법 제27조의2의 규정을 적용한다.<개정 2000.1.10>
제7조 (가계장기저축 및 근로자주식저축에 관한 경과조치) 제81조제5항 내지 제7항의 개정규정은 구 조세감면규제법시행령(대통령령 제15976호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제75조의3 및 동시행령 제75조의4의 규정에 의한 가계장기저축 및 근로자주식저축에 관하여 이를 준용한다.

부칙(선박안전법시행령) <제16574호,1999.10.11>
제1조 (시행일) 이 영은 1999년 10월 16일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법령의 개정) ①생략
②조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제106조제6항제26호중 "한국선박안전기술원"을 "선박검사기술협회"로 한다.

부칙(오수ㆍ분뇨및축산폐수의처리에관한법률시행령) <제16508호,1999.8.6>
제1조 (시행일) 이 영은 1999년 8월 9일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법령의 개정) ①내지 ③생략
④조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제22조제1항제2호중 "축산폐수정화시설과 오수정화시설"을 "축산폐수처리시설과 오수처리시설"로 한다.
⑤내지 ⑧생략

부칙(전기공사업법시행령) <제16448호,1999.6.30>
제1조 (시행일) 이 영은 1999년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ① 및 ②생략
③조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제106조제4항중 "건설산업기본법ㆍ전기공사업법 또는 소방법에 의하여 면허를 받은 자와 정보통신공사업법에 의하여 허가를 받은 자 및 주택건설촉진법에 의하여 등록을 한 자"를 "건설산업기본법ㆍ전기공사업법ㆍ소방법ㆍ정보통신공사업법 및 주택건설촉진법에 의하여 등록을 한 자"로 한다.
④생략
제5조 생략

①(시행일) 이 영은 1999년 7월 1일부터 시행한다.
②(투자가 완료되지 아니하는 경우의 투자세액공제에 대한 특례) 제23조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999년 12월 31일 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999년 12월 31일까지 투자한 분에 대하여는 1999년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조제3항의 규정을 적용한다. 이 경우 투자금액의 계산에 관하여는 제4조제3항의 규정을 준용한다.

①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업의 사업에 대한 조세감면의 적용례) 제116조의2제3항제2호의 규정은 2001년 12월 31일까지 외국인투자촉진법에 의하여 신고하는 외국인투자로서 2005년 12월 31일까지 출자의 목적물을 납입완료하는 분에 한하여 적용한다.<개정 2000.1.10>
③(다른 법령과의 관계) 이 영 시행당시 법령에서 종전의 외국인투자촉진법시행령 제9조 내지 제18조 및 제33조를 인용하고 있는 경우에는 이 영 제116조의2 내지 제116조의12를 인용한 것으로 본다.

부칙(과학기술혁신을위한특별법시행령) <제16184호,1999.3.12>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다음 법령의 개정) ①생략
②조세특례제한법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제93조제3호중 "한국종합기술금융주식회사법에 의하여 설립된 한국종합기술금융주식회사가 동법에 의하여 발행하는"을 "과학기술혁신을위한특별법 제7조의2의 규정에 의한"으로 한다.

제1조 (시행일) 이 영은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제25조제1항제8호ㆍ제2항제11호, 제35조, 제36조, 제42조 내지 제44조와 제46조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 영중 소득세ㆍ법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 영중 양도소득세ㆍ특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제3조 (사회간접자본투자준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제25조제1항제8호ㆍ제2항제11호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 종료하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.
제4조 (외국사업자에 대한 환급최저금액에 관한 적용례) 제107조제4항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 공급받는 분부터 적용한다.
제5조 (지방세에 관한 적용례) 제116조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.
제6조 (재평가특례에 관한 적용례) 제138조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 기업공개시한이 도래하는 분부터 적용한다.
제7조 (기술인력개발비 세액공제에 관한 적용례) 별표 6 기술개발란의 파목의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
제8조 (정부업무대행단체의 업무에 대한 부가가치세 면제에 관한 경과조치) 제106조제6항의 개정규정을 적용함에 있어서 대통령령 제15563호 부가가치세법시행령중개정령 부칙 제6조 및 제7조제2항중 지방공단에 관한 규정은 이를 계속 적용한다.
제9조 (다른 법령의 개정) ①농어촌특별세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 조세특례제한법 제66조ㆍ제67조ㆍ제68조ㆍ제69조ㆍ제72조제1항(제1호 및 제5호의 법인을 제외한다)ㆍ제77조 [조세특례제한법 제69조제1항제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다]ㆍ제70조ㆍ제84조ㆍ제101조ㆍ제102조 및 제118조제1항제2호의 규정에 의한 감면
제4조제4항중 "조세감면규제법시행령 제63조제2항"을 "조세특례제한법시행령 제75조제2항"으로 하고, 동조제6항제1호 및 제2호를 각각 다음과 같이 하며, 동조동항제3호중 "조세감면규제법 제81조제1항제2호"를 "조세특례제한법 제89조제1항제2호"로 하고, 동조제7항중 "조세감면규제법의"를 "조세특례제한법의"로 한다.
1. 조세특례제한법 제10조 내지 제14조, 제18조, 제19조, 제60조 내지 제63조, 제64조, 제65조, 제78조제1항제9호, 제81조, 제82조, 제118조제1항제1호 및 제4호의 규정에 의한 감면
2. 조세특례제한법 제89조제1항제2호의 규정에 의한 출자금의 배당금에 대한 감면 및 동법시행령 제83조제1항제1호의 규정에 의한 장학적금의 이자에 대한 감면
제4조제1항제4호, 동조제6항제6호 및 제10조중 "내무부장관이 재정경제원장관과"를 "행정자치부장관이 재정경제부장관과"로 하고, 제12조중 "재정경제원장관에게"를 "재정경제부장관에게"로 한다.
②농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재에대한부가가치세영세율적용에관한특례규정중 다음과 같이 개정한다.
제1조중 "조세감면규제법(이하 "법"이라 한다) 제99조제4호 및 제5호"를 "조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제105조제5호 및 제6호"로 하고, 제2조제1항ㆍ제2항 및 제3조제1항 내지 제6항중 "법 제99조제4호"를 각각 "법 제105조제5호"로 하며, 제2조제3항 및 제3조제7항중 "법 제99조제5호"를 각각 "법 제105조제6호"로 하고, 제4조 본문 및 제5조중 "법 제99조제4호 및 제5호"를 각각 "법 제105조제5호 및 제6호"로 하며, 제3조제3항 내지 제7항 및 제4조제1호ㆍ제2호, 제5조 및 제7조중 "총리령"을 각각 "재정경제부령"으로 한다.
③증권거래세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
증권거래세법시행령 제3조제1항제2호 내지 제4호 및 제8호를 삭제한다.
제10조 (다른 법령과의 관계) 이 영 시행당시 다른 법령에서 종전의 조세감면규제법시행령 및 그 규정을 인용한 경우에는 이 영 및 이 영의 해당 각 조항을 인용한 것으로 본다.