법 제81조의6제1항 단서에서 "납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 납세자가 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지와 납세지가 관할을 달리하는 경우
2. 일정한 지역에서 주로 사업을 하는 납세자에 대하여 공정한 세무조사를 실시할 필요가 있는 경우 등 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절하다고 판단되는 경우
3. 세무조사 대상 납세자와 출자관계에 있는 자, 거래가 있는 자 또는 특수관계인에 해당하는 자 등에 대한 세무조사가 필요한 경우
4. 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우
① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다. <신설 2014.1.1>
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 "정기선정"이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2017.12.19>
1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우
2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우
3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우
③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다. <개정 2011.5.2, 2014.1.1, 2015.12.15>
1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우
2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우
3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우
4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
④ 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다. <개정 2014.1.1>
⑤ 세무공무원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 자에 대해서는 제2항에 따른 세무조사를 하지 아니할 수 있다. 다만, 객관적인 증거자료에 의하여 과소신고한 것이 명백한 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2014.1.1>
1. 업종별 수입금액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 사업자
2. 장부 기록 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업자
법 제81조의6제2항제2호에 따라 실시하는 세무조사는 납세자의 이력이나 세무정보 등을 고려하여 국세청장이 정하는 기준에 따른다. <개정 2013.6.11, 2014.2.21>
① 법 제81조의6제5항제1호에서 "업종별 수입금액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. <개정 2014.2.21, 2023.2.28>
1. 개인: 「소득세법」 제160조제3항에 따른 간편장부대상자
2. 법인: 「법인세법」 제60조에 따라 법인세 과세표준 및 세액 신고서에 적어야 할 해당 법인의 수입금액(과세기간이 1년 미만인 경우에는 1년으로 환산한 수입금액을 말한다)이 3억원 이하인 자
② 법 제81조의6제5항제2호에서 "장부 기록 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업자"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 사업자를 말한다. 다만, 제4호의3의 요건은 최초 사업연도의 종료일 이후 1년 이상 경과한 법인으로서 법인세 과세표준 및 세액 신고서에 적어야 할 직전 사업연도의 수입금액이 1억원을 초과하는 법인의 경우에만 해당한다. <개정 2013.2.15, 2014.2.21, 2023.2.28>
1. 모든 거래사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기방식으로 장부를 기록ㆍ관리할 것
2. 과세기간 개시 이전에 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드가맹점으로 가입하고 해당 과세기간에 법 제84조의2제1항제3호 각 목의 행위를 하지 아니할 것(「소득세법」 제162조의3제1항 및 「법인세법」 제117조의2제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 하는 사업자만 해당한다)
3. 과세기간 개시 이전에 「조세특례제한법」 제126조의3에 따른 현금영수증가맹점으로 가입하고 해당 과세기간에 법 제84조의2제1항제4호 각 목의 행위를 하지 아니할 것(「소득세법」 제162조의3제1항 및 「법인세법」 제117조의2제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 하는 사업자만 해당한다)
4. 「소득세법」 제160조의5에 따른 사업용계좌를 개설하여 사용할 것(개인인 경우만 해당한다)
4의2. 재화나 용역을 공급하는 경우 「부가가치세법」 제32조제2항에 따른 전자세금계산서 또는 「소득세법」 제163조제1항 각 호 외의 부분 후단에 따른 전자계산서를 발급하고, 「부가가치세법」 제60조 또는 「소득세법」 제81조의10에 따른 가산세(세금계산서 및 계산서 관련 가산세로 한정한다)의 부과 대상이 되는 행위를 하지 않을 것
4의3. 「법인세법 시행령」 제158조제6항에 따른 지출증명서류 합계표를 작성하여 보관할 것
5. 업종별 평균 수입금액 증가율 등을 고려하여 국세청장이 정하여 고시하는 수입금액 등의 신고기준에 해당할 것
6. 해당 과세기간의 법정신고납부기한 종료일 현재 최근 3년간 조세범으로 처벌받은 사실이 없을 것
7. 해당 과세기간의 법정신고납부기한 종료일 현재 국세의 체납사실이 없을 것