제12조의3(기술혁신형 합병에 대한 세액공제)

① 법 제12조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다. <개정 2016.2.5, 2020.2.11, 2022.2.15, 2024.7.2, 2025.2.28, 2025.12.30, 2026.5.19>

1. 합병등기일까지 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업

2. 합병등기일까지 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업

3. 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업

4. 합병등기일까지 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 인증 등을 받은 중소기업

가. 「산업기술혁신 촉진법」 제15조의2제1항에 따른 신기술 지정

나. 「보건의료기술 진흥법」 제8조제1항에 따른 보건신기술 인증

다. 「산업기술혁신 촉진법」 제16조제1항에 따른 신제품 지정

라. 「제약산업 육성 및 지원에 관한 특별법」 제7조제2항에 따른 혁신형 제약기업 인증

마. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제18조제1항에 따른 선정

바. 「의료기기산업 육성 및 혁신의료기기 지원법」 제10조에 따른 혁신형 의료기기기업의 인증

사. 그 밖에 가목부터 바목까지와 유사한 경우로서 재정경제부령으로 정하는 인증 등

② 법 제12조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 「법인세법 시행령」 제2조제8항에 따른 특수관계인을 말한다. <개정 2019.2.12, 2025.2.28>

③ 법 제12조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술가치 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 합병법인이 선택한 금액을 말한다. <개정 2017.2.7, 2019.2.12, 2022.2.15, 2024.2.29, 2024.7.2, 2025.12.30>

1. 「벤처기업육성에 관한 특별법 시행령」 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 합병등기일 전후 3개월 이내에 피합병법인이 보유한 특허권, 실용신안권 및 재정경제부령으로 정하는 기술비법 또는 기술(이하 이 조 및 제11조의4에서 "특허권등"이라 한다)을 평가한 금액의 합계액. 이 경우 그 합계액은 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액에서 합병등기일 현재의 피합병법인의 순자산시가를 뺀 금액[음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다]을 한도로 한다.

2. 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액에서 합병등기일 현재의 피합병법인의 순자산시가의 100분의 120을 뺀 금액

④ 법 제12조의3제1항 각 호 외의 부분에 따른 양도가액은 「법인세법 시행령」 제80조제1항제2호에 따른 금액으로 한다.

⑤ 법 제12조의3제1항제2호와 이 영 제3항에 따른 피합병법인의 순자산시가는 합병등기일 현재의 피합병법인의 자산총액(특허권등의 가액을 제외한다)에서 부채총액을 뺀 금액으로 한다. <개정 2017.2.7>

⑥ 삭제 <2022.2.15>

⑦ 삭제 <2022.2.15>

⑧ 법 제12조의3제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주 또는 출자자" 및 같은 조 제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등"이란 각각 피합병법인의 「법인세법 시행령」 제43조제3항 및 제7항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자를 말한다. <개정 2018.2.13, 2023.2.28>

1. 「법인세법 시행령」 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌인 혈족

2. 합병등기일 현재 피합병법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

⑨ 법 제12조의3제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 합병법인의 지배주주등의 범위에 관하여는 「법인세법 시행령」 제43조제3항 및 제7항을 준용한다.

⑩ 법 제12조의3제1항제4호 및 같은 조 제2항제2호에 따른 합병법인의 사업 계속 및 폐지 여부의 판정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제80조의2제7항을 준용한다. <개정 2020.2.11>

⑪ 법 제12조의3제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다.

⑫ 법 제12조의3제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 같은 조 제1항에 따라 공제받은 세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2019.2.12, 2022.2.15, 2026.2.27>

1. 공제받은 사업연도 종료일의 다음 날부터 납부사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 종료일까지의 기간

2. 제11조의2제10항제2호에 따른 율

⑬ 법 제12조의3제3항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 합병법인이 파산하거나 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계 받은 자산을 처분한 경우를 말한다.

⑭ 법 제12조의3제1항에 따라 세액공제를 받으려는 내국법인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령으로 정하는 세액공제신청서 및 공제세액계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2025.12.30>