제99조(비거주자등과의 거래에 대한 소득금액계산의 특례)

① 법 제12조에 따라 과세표준 및 세액을 조정받으려는 거주자는 법 제47조제2항에 따른 통보를 받은 날부터 3개월 이내에 재정경제부령으로 정하는 소득금액 계산특례 신청서에 제88조제2항에 따라 국세청장이 발급한 상호합의 종결 통보서를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 수정신고 또는 경정청구[국세정보통신망(「국세기본법」 제2조제19호에 따른 국세정보통신망을 말한다. 이하 같다)을 활용한 청구를 포함한다]를 해야 한다. <개정 2025.12.30>

② 제1항에 따른 경정청구를 받은 납세지 관할 세무서장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 경정할 수 있다. 이 경우 경정해야 할 이유가 없을 때에는 그 사실을 경정청구를 한 자에게 통지해야 한다.

① 체약상대국이 거주자와 국외특수관계인의 거래가격을 정상가격으로 조정하고, 이에 대한 상호합의절차가 종결된 경우에는 과세당국은 그 합의에 따라 거주자의 각 과세연도 과세표준 및 세액을 조정하여 계산할 수 있다.

② 제1항에 따라 각 과세연도 과세표준 및 세액의 조정을 받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 또는 경정청구를 하여야 한다.

① 국세청장은 상호합의절차가 종결된 경우에는 그 결과를 재정경제부장관에게 보고하여야 한다. <개정 2025.10.1>

② 재정경제부장관이나 국세청장은 상호합의절차가 종결된 경우에는 과세당국, 지방자치단체의 장, 조세심판원장, 그 밖의 관계 기관 및 신청인에게 그 결과를 상호합의절차 종료일의 다음 날부터 15일 이내에 통보하여야 한다. 이 경우 재정경제부장관은 제42조제1항제1호에 따른 합의내용을 즉시 고시하여야 한다. <개정 2025.10.1>

③ 재정경제부장관이나 국세청장은 상호합의절차를 개시하여 문서로 합의에 도달하고 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 지체 없이 그 합의를 이행하여야 한다. <개정 2025.10.1>

1. 신청인이 상호합의 내용을 수락하는 경우

2. 상호합의절차와 불복쟁송(不服爭訟)이 동시에 진행되는 경우로서 신청인이 상호합의 결과와 관련된 불복쟁송을 취하하는 경우

④ 과세당국이나 지방자치단체의 장은 상호합의 결과에 따라 부과처분, 경정결정 또는 그 밖에 세법에 따른 필요한 조치를 하여야 한다.

① 국세청장은 상호합의절차가 종결된 경우에는 법 제47조제1항에 따라 지체 없이 상호합의서 사본을 재정경제부장관에게 제출해야 한다. <개정 2025.12.30>

② 법 제47조제2항에 따른 상호합의절차의 종결 통보는 재정경제부령으로 정하는 상호합의 종결 통보서에 따른다. <개정 2025.12.30>

③ 과세당국 및 지방자치단체의 장은 법 제47조제4항에 따라 부과처분, 경정결정 또는 그 밖에 세법상 필요한 조치를 한 경우에는 그 조치를 한 날의 다음 날부터 15일 이내에 재정경제부장관 또는 국세청장에게 그 사실을 통보해야 한다. <개정 2025.12.30>

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 1976.12.22, 1978.12.5, 1981.12.31, 1984.8.7, 1989.12.30, 1993.12.31, 1994.3.24, 1995.12.6, 1996.12.30, 1998.12.28, 1999.8.31, 2000.12.29, 2002.12.18, 2003.12.30, 2005.1.5, 2006.12.30, 2007.7.19, 2007.12.31, 2009.1.30, 2010.1.1, 2010.3.31, 2011.12.31, 2013.1.1, 2018.12.31, 2020.6.9, 2020.12.22, 2021.12.21>

1. "국세"(國稅)란 국가가 부과하는 조세 중 다음 각 목의 것을 말한다.

가. 소득세

나. 법인세

다. 상속세와 증여세

라. 종합부동산세

마. 부가가치세

바. 개별소비세

사. 교통ㆍ에너지ㆍ환경세

아. 주세(酒稅)

자. 인지세(印紙稅)

차. 증권거래세

카. 교육세

타. 농어촌특별세

2. "세법"(稅法)이란 국세의 종목과 세율을 정하고 있는 법률과 「국세징수법」, 「조세특례제한법」, 「국제조세조정에 관한 법률」, 「조세범 처벌법」 및 「조세범 처벌절차법」을 말한다.

3. "원천징수"(源泉徵收)란 세법에 따라 원천징수의무자가 국세(이와 관계되는 가산세는 제외한다)를 징수하는 것을 말한다.

4. "가산세"(加算稅)란 이 법 및 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 따라 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말한다.

5. 삭제<2018.12.31>

6. "강제징수비"(强制徵收費)란 「국세징수법」 중 강제징수에 관한 규정에 따른 재산의 압류, 보관, 운반과 매각에 든 비용(매각을 대행시키는 경우 그 수수료를 포함한다)을 말한다.

7. "지방세"(地方稅)란 「지방세기본법」에서 규정하는 세목을 말한다.

8. "공과금"(公課金)이란 「국세징수법」에서 규정하는 강제징수의 예에 따라 징수할 수 있는 채권 중 국세, 관세, 임시수입부가세, 지방세와 이와 관계되는 강제징수비를 제외한 것을 말한다.

9. "납세의무자"란 세법에 따라 국세를 납부할 의무(국세를 징수하여 납부할 의무는 제외한다)가 있는 자를 말한다.

10. "납세자"란 납세의무자(연대납세의무자와 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 경우의 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)와 세법에 따라 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자를 말한다.

11. "제2차 납세의무자"란 납세자가 납세의무를 이행할 수 없는 경우에 납세자를 갈음하여 납세의무를 지는 자를 말한다.

12. "보증인"이란 납세자의 국세 또는 강제징수비의 납부를 보증한 자를 말한다.

13. "과세기간"이란 세법에 따라 국세의 과세표준 계산의 기초가 되는 기간을 말한다.

14. "과세표준"(課稅標準)이란 세법에 따라 직접적으로 세액산출의 기초가 되는 과세대상의 수량 또는 가액(價額)을 말한다.

15. "과세표준신고서"란 국세의 과세표준과 국세의 납부 또는 환급에 필요한 사항을 적은 신고서를 말한다.

15의2. "과세표준수정신고서"란 당초에 제출한 과세표준신고서의 기재사항을 수정하는 신고서를 말한다.

16. "법정신고기한"이란 세법에 따라 과세표준신고서를 제출할 기한을 말한다.

17. "세무공무원"이란 다음 각 목의 사람을 말한다.

가. 국세청장, 지방국세청장, 세무서장 또는 그 소속 공무원

나. 세법에 따라 국세에 관한 사무를 세관장(稅關長)이 관장하는 경우의 그 세관장 또는 그 소속 공무원

다. 삭제 <2011.12.31>

18. "정보통신망"이란 「전기통신기본법」 제2조제2호에 따른 전기통신설비를 활용하거나 전기통신설비와 컴퓨터 및 컴퓨터의 이용기술을 활용하여 정보를 수집, 가공, 저장, 검색, 송신 또는 수신하는 정보통신체계를 말한다.

19. "전자신고"란 과세표준신고서 등 이 법 또는 세법에 따른 신고 관련 서류를 국세청장이 정하여 고시하는 정보통신망(이하 "국세정보통신망"이라 한다)을 이용하여 신고하는 것을 말한다.

20. "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계

나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계

다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계

21. "세무조사"란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

영 제21조제1항 및 제31조제1항에 따른 소득금액 계산특례 신청서는 별지 제5호서식에 따른다.