① 법 제103조의62제3항에서 "대통령령으로 정하는 정산금액"이란 해당 납세지에 제88조제1항에 따라 사업장 소재지별로 안분하여 납부할 법인지방소득세를 계산한 금액을 말한다.
① 제103조의23제3항제3호에 따라 해당 사업연도의 특별징수세액을 공제할 때 이 법에 따른 특별징수한 법인지방소득세의 납세지(이하 "특별징수지"라 한다)와 확정신고할 때의 납세지(이하 "신고지"라 한다)가 다른 경우 해당 특별징수세액은 신고지 관할 지방자치단체의 장에게 납부하는 법인지방소득세로 본다.
② 제1항의 경우에 특별징수지 관할 지방자치단체의 장은 해당 특별징수세액의 감액경정을 하여 해당 법인의 본점 또는 주사무소 소재지(연결법인의 경우 연결모법인의 본점 또는 주사무소 소재지를 말하며, 이하 이 조에서 "본점 소재지"라 한다)를 관할하는 지방자치단체의 장에게 지급하여야 한다.
③ 제2항에 따라 특별징수세액을 지급받은 본점 소재지 관할 지방자치단체의 장은 제89조제2항에 따라 신고법인이 안분신고한 내역을 근거로 대통령령으로 정하는 정산금액을 신고지 관할 지방자치단체에 배분하고, 그 내역을 통보하여야 한다. 이 경우 신고지 관할 지방자치단체의 장은 해당 배분액을 납세의무자가 납부한 법인지방소득세로 보아 징수하여야 한다.
④ 제3항에 따라 정산 금액을 배분할 때 본점 소재지 관할 지방자치단체의 장은 제103조의29에 따라 특별징수된 세액이 법인지방소득세 총부담세액을 초과하여 환급세액이 발생한 경우 그 환급세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세의무자에게 환급하거나 지방세에 충당한다. 이 경우 체납된 징수금이 2건 이상인 경우에는 신고지 관할 지방자치단체의 체납된 징수금 중 소멸시효가 먼저 도래하는 것부터 충당하여야 한다. <개정 2016.12.27>
⑤ 지방자치단체의 장은 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 정산을 위하여 지방자치단체간 협약을 체결할 수 있다. 이 경우 협약서에는 정산사무의 내용과 범위, 방법 및 절차 등에 관한 사항을 정하여야 한다.
⑥ 「지방세기본법」에 따른 충당과 환급은 제2항부터 제5항까지의 절차에 따른 정산이 완료된 후에 적용한다.
①법 제89조제2항에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 다음의 계산식에 따라 산출한 비율(이하 이 장에서 "안분율" 이라 한다)을 말한다. <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=22921932" alt="img22921932" > </img>
② 제1항에 따른 종업원 수와 건축물 연면적의 계산은 각 사업연도 종료일 현재 다음 각 호에서 정하는 기준에 따른다. 이 경우 사업장으로 직접 사용하는 건축물이 둘 이상의 지방자치단체에 걸쳐있는 경우에는 해당 지방자치단체별 건축물 연면적 비율에 따라 종업원 수와 건축물의 연면적을 계산하며, 구체적 안분방법에 관한 사항은 행정안전부령으로 정한다. <개정 2016.12.30, 2017.7.26>
1. 종업원 수: 법 제74조제8호에 따른 종업원의 수
2. 건축물 연면적: 사업장으로 직접 사용하는 「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)의 연면적. 다만, 구조적 특성상 연면적을 정하기 곤란한 기계장치 또는 시설물(수조ㆍ저유조ㆍ저장창고ㆍ저장조ㆍ송유관ㆍ송수관 및 송전철탑만 해당한다)의 경우에는 그 수평투영면적을 연면적으로 한다.
③지방자치단체의 장이 법 제103조의20제2항에 따라 법인지방소득세의 세율을 표준세율에서 가감한 경우 납세의무자는 다음의 계산식에 따라 산출한 금액을 법인지방소득세에 가감하여 납부하여야 한다. <img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=22921929" alt="img22921929" > </img>
④ 같은 특별시ㆍ광역시 안의 둘 이상의 구에 사업장이 있는 법인은 해당 특별시ㆍ광역시에 납부할 법인지방소득세를 본점 또는 주사무소의 소재지(연결법인의 경우에는 모법인의 본점 또는 주사무소)를 관할하는 구청장에게 일괄하여 신고ㆍ납부하여야 한다. 다만, 특별시ㆍ광역시 안에 법인의 본점 또는 주사무소가 없는 경우에는 행정안전부령으로 정하는 주된 사업장의 소재지를 관할하는 구청장에게 신고ㆍ납부한다. <개정 2017.7.26>
② 법 제103조의62제2항에 따른 본점 소재지(이하 "본점 소재지"라 한다) 관할 지방자치단체의 장은 같은 조 제4항에 따라 환급세액을 납세의무자에게 환급하는 경우에는 같은 조 제1항에 따른 신고지(이하 "신고지"라 한다)를 관할하는 지방자치단체의 장에게 배분할 금액의 지급을 유보하고 환급금을 해당 법인에 일괄 환급(해당 지방자치단체의 장이 납세의무자에게 환급할 금액에 한정한다)을 하여야 한다. 이 경우에 해당 법인에 환급하고 남은 금액은 그 신고지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 교부하여야 한다.
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③ 납세자는 법 제103조의62에 따라 법인지방소득세 특별징수세액의 정산을 받으려면 행정안전부령으로 정하는 서류를 본점 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다. <개정 2017.7.26>
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영 제100조의36제3항에서 "행정안전부령으로 정하는 서류"란 별지 제42호의4서식의 법인지방소득세 특별징수명세서 및 법인지방소득세 특별징수영수증을 말한다. <개정 2016.12.30, 2017.7.26>
④ 본점 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장은 법 제103조의62에 따른 정산 등의 처리를 완료하면 다음 각 호의 구분에 따라 해당 사항을 통보하여야 한다.
1. 납세의무자: 환급 또는 충당 내역
2. 지점 소재지 관할 지방자치단체의 장: 교부ㆍ환급ㆍ충당 내역
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