①누구든지 해양생태계교란생물을 해양생태계에 유입시키거나 서식지 및 개체수를 증가시켜서는 아니 된다.
②해양생태계교란생물을 수입 또는 반입하고자 하는 자는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관의 허가를 받아야 한다. 다만, 해양생태계교란생물 중 「유전자변형생물체의 국가간 이동 등에 관한 법률」 제2조에 따른 유전자변형생물체는 그 법에서 정하는 바에 따른다. <개정 2007.12.21, 2008.2.29, 2013.3.23, 2020.2.18>
③해양수산부장관은 해양생태계교란생물이 해양생태계의 균형을 교란하거나 해를 끼치는 경우 조사를 통하여 대책을 수립하여야 하며 관계 중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장에게 관련 조치를 요청할 수 있다. 이 경우 해양수산부장관은 제27조제1항에 따른 해양보호구역에서의 행위제한에도 불구하고 해양생태계교란생물을 포획ㆍ채취하도록 할 수 있다. <개정 2008.2.29, 2013.3.23, 2020.2.18>
①누구든지 해양보호구역에서는 다음 각 호의 하나에 해당하는 행위를 하여서는 아니된다. 다만, 해양보호구역에 「자연공원법」에 따라 지정된 공원구역 또는 「문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률」에 따른 문화유산(보호구역을 포함한다) 및 「자연유산의 보존 및 활용에 관한 법률」에 따른 자연유산(보호구역을 포함한다)이 포함된 경우에는 「자연공원법」 또는 「문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률」 및 「자연유산의 보존 및 활용에 관한 법률」에서 정하는 바에 따른다. <개정 2008.2.29, 2011.5.19, 2013.3.23, 2013.6.4, 2014.3.18, 2017.1.17, 2018.12.31, 2020.2.18, 2023.3.21, 2023.8.8, 2024.2.6>
1. 해양보호구역에서 해양보호생물에 해당하지 아니하는 해양생물 중 해양수산부령으로 정하는 해양생물을 포획ㆍ채취ㆍ이식ㆍ훼손하는 행위 또는 포획하거나 훼손하기 위하여 폭발물ㆍ그물ㆍ함정어구를 설치하거나 인체급성유해성물질, 인체만성유해성물질, 생태유해성물질ㆍ전류를 사용하는 행위
2. 건축물 그 밖에 인공구조물의 신축ㆍ증축행위(해양보호구역 지정 당시의 건축연면적의 2배 이상 증축하는 경우에 한정한다)
3. 공유수면의 구조를 변경하거나 해수의 수위 또는 수량에 증감을 가져오는 행위
4. 공유수면 또는 토지의 형질변경행위
5. 공유수면에서의 바다모래ㆍ규사 및 토석의 채취행위
6. 「물환경보전법」 제2조제8호에 따른 특정수질유해물질, 「폐기물관리법」 제2조제1호에 따른 폐기물 또는 인체급성유해성물질, 인체만성유해성물질, 생태유해성물질을 버리는 행위
7. 해양생태계의 보전 및 관리에 관한 안내판 그 밖의 표지물을 더럽히거나 훼손하거나 이전하는 행위
8. 그 밖에 해양생태계보전에 유해하다고 인정되는 행위로서 대통령령으로 정하는 행위
②다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. <개정 2007.4.11, 2008.2.29, 2013.3.23, 2016.12.27, 2019.8.20, 2020.2.18, 2020.12.8>
1. 군사목적을 위하여 필요한 경우
2. 천재ㆍ지변 또는 이에 준하는 대통령령으로 정하는 재해가 발생하여 긴급한 조치가 필요한 경우
3. 제1항제2호부터 제5호까지의 행위로서 해양보호구역 및 해양보호구역에 오염 등의 영향을 직접 미칠 수 있는 인접지역(이하 "인접지역"이라 한다) 주민의 고유한 생활양식의 유지 또는 향상을 위하여 필요하거나 기존에 실시하던 영농ㆍ영어(營漁)행위를 지속하기 위하여 필요한 행위 등 대통령령으로 정하는 경우
4. 학술적 조사ㆍ연구를 목적으로 하는 행위 또는 관련 시설로서 해양수산부장관이 해당 해양보호구역의 보전에 지장이 없다고 인정하여 허가한 경우
5. 다른 법령에 의하여 관계행정기관의 장이 직접 개발행위등을 하거나 관계행정기관의 장의 인ㆍ허가등을 받은 경우. 이 경우 관계 행정기관의 장은 미리 해양수산부장관과 협의하여야 한다.
6. 「농어촌정비법」 제2조제5호에 따른 농업생산기반정비사업 및 「어촌ㆍ어항법」 제2조제2호에 따른 어촌종합개발사업으로서 이 법 제28조에 따른 해양보호구역관리계획에 포함된 사항을 시행하는 경우
7. 해양수산부장관이 해양보호구역을 보호ㆍ관리하기 위하여 대통령령으로 정하는 행위를 하거나 필요한 시설을 설치하는 경우
8. 제25조제2항제3호에 따른 해양경관보호구역에 생태체험시설 등 대통령령으로 정하는 시설물을 설치하는 경우
③제1항 단서에도 불구하고 제25조제2항제1호에 따른 해양생물보호구역에서는 해양생물에 대하여 제1항제1호의 행위를 하여서는 아니 된다. <개정 2020.2.18>
④제1항에도 불구하고 제25조제2항제3호에 따른 해양경관보호구역에서는 그 구역지정의 근거사유가 되는 해양경관을 훼손하지 아니하는 범위 안에서 해양생물의 포획ㆍ채취행위를 할 수 있다. <개정 2020.2.18>
⑤해양수산부장관 또는 시ㆍ도지사는 해양보호생물의 보호를 위하여 불가피한 경우 또는 취약한 해양생태계의 보전 및 관리를 위하여 특히 필요한 경우에는 해양보호구역에서 대통령령으로 정하는 개발행위등을 제한하거나 제2항제3호에도 불구하고 영어행위를 제한할 수 있다. <개정 2008.2.29, 2011.5.19, 2013.3.23, 2018.12.31, 2020.2.18>