제16조에 따라 농업생산기반시설을 관리하는 자(이하 "농업생산기반시설관리자"라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그가 관리하는 농업생산기반시설을 다음 각 호의 구분에 따라 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 등록하여야 한다. <개정 2012.2.17>
1. 시ㆍ도지사: 다음 각 목의 농업생산기반시설
가. 농업생산기반시설 중 저수지, 양수장, 배수장, 방조제 및 제방
나. 2개 이상의 시, 군, 광역시 자치구에 걸쳐 있는 농업생산기반시설
2. 시장ㆍ군수ㆍ구청장: 제1호의 농업생산기반시설을 제외한 농업생산기반시설
① 농업생산기반 정비사업 시행자는 농업생산기반 정비사업이 끝나면 그 사업으로 설치된 농업생산기반시설을 관리한다.
② 농림축산식품부장관은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업생산기반시설을 한국농어촌공사가 인수하여 관리하도록 결정할 수 있다. 이 경우 농림축산식품부장관은 미리 한국농어촌공사의 의견을 들어야 한다. <개정 2013.3.23>
1. 국가가 시행한 농업생산기반 정비사업으로 설치된 농업생산기반시설
2. 지방자치단체나 토지 소유자가 관리하는 농업생산기반시설 중 그 지방자치단체 또는 토지 소유자가 농림축산식품부장관에게 한국농어촌공사가 인수하여 관리하게 하여 줄 것을 요청하는 농업생산기반시설
③ 제2항에 따라 농업생산기반시설을 인수한 한국농어촌공사는 그 농업생산기반시설에 관하여 발생한 국가ㆍ지방자치단체 또는 토지 소유자의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계한다.
④ 농림축산식품부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 제1항에도 불구하고 농업생산기반 정비사업으로 설치되는 농업생산기반시설을 한국농어촌공사가 인수하여 관리하도록 미리 결정할 수 있다. 이 경우 농림축산식품부장관은 결정에 앞서 한국농어촌공사의 의견을 들어야 하고, 한국농어촌공사는 그 농업생산기반시설을 설치하기 위하여 국가ㆍ지방자치단체 또는 토지 소유자가 매수한 용지를 미리 한국농어촌공사의 소유로 등기할 수 있다. <개정 2013.3.23>
1. 국가가 농업생산기반 정비사업을 시행할 때
2. 지방자치단체나 토지 소유자가 농업생산기반 정비사업을 시행하는 경우로서 그 지방자치단체나 토지 소유자가 요청할 때
⑤ 제4항의 결정에 따라 농업생산기반시설을 인수한 한국농어촌공사의 권리ㆍ의무 승계에 관하여는 제3항을 준용한다.